src/jalview/util/Comparison.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.util;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 \r
  24 public class Comparison {\r
  25 \r
  26   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
  27   {\r
  28     return Comparison.compare(ii,jj,0,ii.getLength()-1);\r
  29   }\r
  30   /**\r
  31    * this was supposed to be an ungapped pid calculation\r
  32    * @param ii SequenceI\r
  33    * @param jj SequenceI\r
  34    * @param start int\r
  35    * @param end int\r
  36    * @return float\r
  37    */\r
  38   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end) {\r
  39 \r
  40      String si   = ii.getSequence();\r
  41      String sj   = jj.getSequence();\r
  42 \r
  43      int ilen = si.length()-1;\r
  44      int jlen = sj.length()-1;\r
  45 \r
  46      while (jalview.util.Comparison.isGap(si.charAt(start + ilen)))\r
  47      {\r
  48        ilen--;\r
  49      }\r
  50 \r
  51      while (jalview.util.Comparison.isGap(sj.charAt(start + jlen)))\r
  52      {\r
  53        jlen--;\r
  54      }\r
  55 \r
  56      int   count = 0;\r
  57      int   match = 0;\r
  58      float pid   = -1;\r
  59 \r
  60      if (ilen > jlen) {\r
  61 \r
  62        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  63          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  64            match++;\r
  65          }\r
  66          count++;\r
  67        }\r
  68        pid = (float)match/(float)ilen * 100;\r
  69      } else {\r
  70        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  71          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  72            match++;\r
  73          }\r
  74          count++;\r
  75        }\r
  76        pid = (float)match/(float)jlen * 100;\r
  77      }\r
  78 \r
  79     return pid;\r
  80   }\r
  81 \r
  82   /**\r
  83    * this is a gapped PID calculation\r
  84    *\r
  85    * @param s1 SequenceI\r
  86    * @param s2 SequenceI\r
  87    * @return float\r
  88    */\r
  89   public static float PID(SequenceI s1 , SequenceI s2)\r
  90   {\r
  91     int len;\r
  92 \r
  93     if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
  94       len = s1.getSequence().length();\r
  95     else\r
  96       len = s2.getSequence().length();\r
  97 \r
  98 \r
  99     int bad = 0;\r
 100 \r
 101     for (int i = 0; i < len; i++)\r
 102     {\r
 103       char chr1;\r
 104       char chr2;\r
 105 \r
 106       if (i < s1.getSequence().length())\r
 107         chr1 = s1.getSequence().charAt(i);\r
 108       else\r
 109         chr1 = '.';\r
 110 \r
 111 \r
 112       if (i < s2.getSequence().length())\r
 113         chr2 = s2.getSequence().charAt(i);\r
 114       else\r
 115         chr2 = '.';\r
 116 \r
 117 \r
 118       if (!(jalview.util.Comparison.isGap( chr1 ))  &&  !(jalview.util.Comparison.isGap( chr2 )))\r
 119       {\r
 120         if (chr1!=chr2)\r
 121           bad++;\r
 122       }\r
 123     }\r
 124 \r
 125     return (float)100*(len-bad)/len;\r
 126   }\r
 127 \r
 128   // Another pid with region specification\r
 129 \r
 130   public static float PID(SequenceI s1 , SequenceI s2, int start, int end)\r
 131   {\r
 132     int len;\r
 133 \r
 134     if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length())\r
 135       len = s1.getSequence().length();\r
 136     else\r
 137       len = s2.getSequence().length();\r
 138 \r
 139     if (end<len)\r
 140       len=end;\r
 141 \r
 142     if (len<start) {\r
 143       start = len - 1; // we just use a single residue for the difference\r
 144     }\r
 145 \r
 146     int bad = 0;\r
 147 \r
 148     for (int i = start; i < len; i++)\r
 149     {\r
 150       char chr1;\r
 151       char chr2;\r
 152 \r
 153       if (i < s1.getSequence().length())\r
 154         chr1 = s1.getSequence().charAt(i);\r
 155       else\r
 156         chr1 = '.';\r
 157 \r
 158 \r
 159       if (i < s2.getSequence().length())\r
 160         chr2 = s2.getSequence().charAt(i);\r
 161       else\r
 162         chr2 = '.';\r
 163 \r
 164 \r
 165       if (!(jalview.util.Comparison.isGap( chr1 ))  &&  !(jalview.util.Comparison.isGap( chr2 )))\r
 166       {\r
 167         if (chr1!=chr2)\r
 168           bad++;\r
 169       }\r
 170     }\r
 171 \r
 172     return (float)100*(len-bad)/len;\r
 173   }\r
 174 \r
 175 \r
 176   public static String GapChars = " .-";\r
 177   public static boolean isGap(char c)\r
 178   {\r
 179     return  (c != '.' && c != '-' && c != ' ') ? false : true;\r
 180   }\r
 181 }\r