src/jalview/util/Comparison.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.util;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * DOCUMENT ME!\r
  26  *\r
  27  * @author $author$\r
  28  * @version $Revision$\r
  29  */\r
  30 public class Comparison\r
  31 {\r
  32   /** DOCUMENT ME!! */\r
  33   public static String GapChars = " .-";\r
  34 \r
  35   /**\r
  36    * DOCUMENT ME!\r
  37    *\r
  38    * @param ii DOCUMENT ME!\r
  39    * @param jj DOCUMENT ME!\r
  40    *\r
  41    * @return DOCUMENT ME!\r
  42    */\r
  43   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
  44   {\r
  45     return Comparison.compare(ii, jj, 0, ii.getLength() - 1);\r
  46   }\r
  47 \r
  48   /**\r
  49    * this was supposed to be an ungapped pid calculation\r
  50    * @param ii SequenceI\r
  51    * @param jj SequenceI\r
  52    * @param start int\r
  53    * @param end int\r
  54    * @return float\r
  55    */\r
  56   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end)\r
  57   {\r
  58     String si = ii.getSequence();\r
  59     String sj = jj.getSequence();\r
  60 \r
  61     int ilen = si.length() - 1;\r
  62     int jlen = sj.length() - 1;\r
  63 \r
  64     while (jalview.util.Comparison.isGap(si.charAt(start + ilen)))\r
  65     {\r
  66       ilen--;\r
  67     }\r
  68 \r
  69     while (jalview.util.Comparison.isGap(sj.charAt(start + jlen)))\r
  70     {\r
  71       jlen--;\r
  72     }\r
  73 \r
  74     int count = 0;\r
  75     int match = 0;\r
  76     float pid = -1;\r
  77 \r
  78     if (ilen > jlen)\r
  79     {\r
  80       for (int j = 0; j < jlen; j++)\r
  81       {\r
  82         if (si.substring(start + j, start + j + 1).equals(sj.substring(start +\r
  83             j, start + j + 1)))\r
  84         {\r
  85           match++;\r
  86         }\r
  87 \r
  88         count++;\r
  89       }\r
  90 \r
  91       pid = (float) match / (float) ilen * 100;\r
  92     }\r
  93     else\r
  94     {\r
  95       for (int j = 0; j < jlen; j++)\r
  96       {\r
  97         if (si.substring(start + j, start + j + 1).equals(sj.substring(start +\r
  98             j, start + j + 1)))\r
  99         {\r
 100           match++;\r
 101         }\r
 102 \r
 103         count++;\r
 104       }\r
 105 \r
 106       pid = (float) match / (float) jlen * 100;\r
 107     }\r
 108 \r
 109     return pid;\r
 110   }\r
 111 \r
 112   /**\r
 113    * this is a gapped PID calculation\r
 114    *\r
 115    * @param s1 SequenceI\r
 116    * @param s2 SequenceI\r
 117    * @return float\r
 118    */\r
 119   public final static float PID(SequenceI seq1, SequenceI seq2)\r
 120   {\r
 121     return PID(seq1, seq2, 0, seq1.getLength());\r
 122   }\r
 123 \r
 124   static final int caseShift = 'a' - 'A';\r
 125 \r
 126   // Another pid with region specification\r
 127   public final static  float PID(SequenceI seq1, SequenceI seq2, int start, int end)\r
 128   {\r
 129     String s1 = seq1.getSequence();//.toUpperCase();\r
 130     String s2 = seq2.getSequence();//.toUpperCase();\r
 131     int s1len = s1.length();\r
 132     int s2len = s2.length();\r
 133 \r
 134 \r
 135     int len = Math.min(s1len, s2len);\r
 136 \r
 137     if (end < len)\r
 138     {\r
 139       len = end;\r
 140     }\r
 141 \r
 142     if (len < start)\r
 143     {\r
 144       start = len - 1; // we just use a single residue for the difference\r
 145     }\r
 146 \r
 147 \r
 148     int bad = 0;\r
 149     char chr1;\r
 150     char chr2;\r
 151 \r
 152 \r
 153     for (int i = start; i < len; i++)\r
 154     {\r
 155       chr1 =  s1.charAt(i) ;\r
 156 \r
 157       chr2 =  s2.charAt(i) ;\r
 158 \r
 159       if ('a' <= chr1 && chr1 <= 'z')\r
 160       {\r
 161         // TO UPPERCASE !!!\r
 162         //Faster than toUpperCase\r
 163         chr1 -= caseShift;\r
 164       }\r
 165       if ('a' <= chr2 && chr2 <= 'z')\r
 166       {\r
 167         // TO UPPERCASE !!!\r
 168         //Faster than toUpperCase\r
 169         chr2 -= caseShift;\r
 170       }\r
 171 \r
 172 \r
 173       if (chr1!=chr2 && !isGap(chr1) && !isGap(chr2) )\r
 174       {\r
 175           bad++;\r
 176       }\r
 177     }\r
 178 \r
 179     return ( (float) 100 * (len - bad)) / len;\r
 180   }\r
 181 \r
 182   /**\r
 183    * DOCUMENT ME!\r
 184    *\r
 185    * @param c DOCUMENT ME!\r
 186    *\r
 187    * @return DOCUMENT ME!\r
 188    */\r
 189   public static boolean isGap(char c)\r
 190   {\r
 191     return (c == '-' || c == '.' || c == ' ') ? true : false;\r
 192   }\r
 193 \r
 194   public static boolean isNucleotide(SequenceI [] seqs)\r
 195   {\r
 196     int i = 0, iSize = seqs.length, j, jSize;\r
 197     float nt = 0, aa = 0;\r
 198     char c;\r
 199     while (i < iSize)\r
 200     {\r
 201       jSize = seqs[i].getLength();\r
 202       for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 203       {\r
 204         c = seqs[i].getCharAt(j);\r
 205         if ('a' <= c && c <= 'z')\r
 206           c -= ('a' - 'A');\r
 207 \r
 208         if (c == 'A' || c == 'G' || c == 'C' || c == 'T' || c == 'U')\r
 209           nt++;\r
 210         else if (!jalview.util.Comparison.isGap( seqs[i].getCharAt(j)))\r
 211         {\r
 212           aa++;\r
 213         }\r
 214       }\r
 215       i++;\r
 216     }\r
 217 \r
 218     if ( (nt / (nt + aa)) > 0.85f)\r
 219       return true;\r
 220     else\r
 221       return false;\r
 222 \r
 223   }\r
 224 }\r