src/jalview/util/Constants.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import java.util.HashMap;
  24 import java.util.Map;
  25
  26 /**
  27  * A class to hold constants relating to Url links used in Jalview
  28  */
  29 public class Constants
  30 {
  31
  32   //character used to represent secondary structures
  33   public static final char HELIX = 'H';
  34   public static final char SHEET = 'E';
  35   public static final char COIL = 'C';
  36
  37   //label in secondary structure annotation data model from 3d structures
  38   public static final String SS_ANNOTATION_LABEL = "Secondary Structure";
  39
  40   //label in secondary structure annotation data model from JPred
  41   public static final String SS_ANNOTATION_FROM_JPRED_LABEL = "jnetpred";
  42
  43   public static final Map<String, String> SECONDARY_STRUCTURE_LABELS = new HashMap<>();
  44   static {
  45       SECONDARY_STRUCTURE_LABELS.put(SS_ANNOTATION_LABEL, "3D Structures");
  46       SECONDARY_STRUCTURE_LABELS.put(SS_ANNOTATION_FROM_JPRED_LABEL, "JPred");
  47       // Add other secondary structure labels here if needed
  48   }
  49 }