JAL-2416 order score models by order of addition rather than name
[jalview.git] / src / jalview / util / ParseHtmlBodyAndLinks.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.util;
22
23 import java.util.ArrayList;
24 import java.util.List;
25 import java.util.StringTokenizer;
26 import java.util.regex.Pattern;
27
28 /**
29  * utility class for dealing with HTML link extraction
30  * 
31  * @author jprocter
32  * 
33  */
34 public class ParseHtmlBodyAndLinks
35 {
36   private static final Pattern LEFT_ANGLE_BRACKET_PATTERN = Pattern
37           .compile("<");
38
39   String orig = null;
40
41   public String getOrig()
42   {
43     return orig;
44   }
45
46   boolean htmlContent = true;
47
48   /**
49    * @return true if the content looked like HTML
50    */
51   public boolean isHtmlContent()
52   {
53     return htmlContent;
54   }
55
56   List<String> links = new ArrayList<String>();
57
58   String content;
59
60   /**
61    * result of parsing description - with or without HTML tags
62    * 
63    * @return
64    */
65   public String getContent()
66   {
67
68     return content;
69   }
70
71   /**
72    * list of Label|Link encoded URL links extracted from HTML
73    * 
74    * @return
75    */
76   public List<String> getLinks()
77   {
78     return links;
79   }
80
81   /**
82    * Parses the given html and
83    * <ul>
84    * <li>extracts any 'href' links to a list of "displayName|url" strings,
85    * retrievable by #getLinks</li>
86    * <li>extracts the remaining text (with %LINK% placeholders replacing hrefs),
87    * retrievable by #getContent</li>
88    * </ul>
89    * 
90    * @param description
91    *          - html or text content to be parsed
92    * @param removeHTML
93    *          flag to indicate if HTML tags should be removed if they are
94    *          present.
95    * @param newline
96    */
97   public ParseHtmlBodyAndLinks(String description, boolean removeHTML,
98           String newline)
99   {
100     if (description == null || description.length() == 0)
101     {
102       htmlContent = false;
103       return;
104     }
105     StringBuilder sb = new StringBuilder(description.length());
106     if (description.toUpperCase().indexOf("<HTML>") == -1)
107     {
108       htmlContent = false;
109     }
110     orig = description;
111     StringTokenizer st = new StringTokenizer(description, "<");
112     String token, link;
113     int startTag;
114     String tag = null;
115     while (st.hasMoreElements())
116     {
117       token = st.nextToken(">");
118       if (token.equalsIgnoreCase("html") || token.startsWith("/"))
119       {
120         continue;
121       }
122
123       tag = null;
124       startTag = token.indexOf("<");
125
126       if (startTag > -1)
127       {
128         tag = token.substring(startTag + 1);
129         token = token.substring(0, startTag);
130       }
131
132       if (tag != null && tag.toUpperCase().startsWith("A HREF="))
133       {
134         if (token.length() > 0)
135         {
136           sb.append(token);
137         }
138         link = tag.substring(tag.indexOf("\"") + 1, tag.length() - 1);
139         String label = st.nextToken("<>");
140         links.add(label + "|" + link);
141         sb.append(label + "%LINK%");
142       }
143       else if (tag != null && tag.equalsIgnoreCase("br"))
144       {
145         sb.append(newline);
146       }
147       else
148       {
149         sb.append(token);
150       }
151     }
152     if (removeHTML && !htmlContent)
153     {
154       // instead of parsing the html into plaintext
155       // clean the description ready for embedding in html
156       sb = new StringBuilder(LEFT_ANGLE_BRACKET_PATTERN
157               .matcher(description).replaceAll("&lt;"));
158     }
159     content = translateEntities(sb.toString());
160   }
161
162   private String translateEntities(String s)
163   {
164     s = s.replaceAll("&amp;", "&");
165     s = s.replaceAll("&lt;", "<");
166     s = s.replaceAll("&gt;", ">");
167     return s;
168   }
169
170   /**
171    * get either the parsed content or the original, depending on whether the
172    * original looked like html content or not.
173    * 
174    * @return
175    */
176   public String getNonHtmlContent()
177   {
178     return isHtmlContent() ? content : orig;
179   }
180
181 }