src/jalview/util/Platform.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import jalview.javascript.json.JSON;
  24
  25 import java.awt.Toolkit;
  26 import java.awt.event.MouseEvent;
  27 import java.io.BufferedReader;
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileOutputStream;
  30 import java.io.FileReader;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.io.InputStream;
  33 import java.io.InputStreamReader;
  34 import java.io.Reader;
  35 import java.net.MalformedURLException;
  36 import java.net.URL;
  37 import java.util.Properties;
  38
  39 import javax.swing.SwingUtilities;
  40
  41 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  42 import org.json.simple.parser.ParseException;
  43
  44 /**
  45  * System platform information used by Applet and Application
  46  *
  47  * @author Jim Procter
  48  */
  49 public class Platform
  50 {
  51
  52   private static boolean isJS = /** @j2sNative true || */
  53           false;
  54
  55   private static Boolean isNoJSMac = null, isNoJSWin = null, isMac = null,
  56           isWin = null;
  57
  58   // private static Boolean isHeadless = null;
  59
  60   /**
  61    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
  62    *
  63    * @return
  64    */
  65   public static boolean isMac()
  66   {
  67     return (isMac == null
  68             ? (isMac = (System.getProperty("os.name").indexOf("Mac") >= 0))
  69             : isMac);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
  74    *
  75    * @return
  76    */
  77   public static boolean isWin()
  78   {
  79     return (isWin == null
  80             ? (isWin = (System.getProperty("os.name").indexOf("Win") >= 0))
  81             : isWin);
  82   }
  83
  84   /**
  85    *
  86    * @return true if HTML5 JavaScript
  87    */
  88   public static boolean isJS()
  89   {
  90     return isJS;
  91   }
  92
  93   /**
  94    * sorry folks - Macs really are different
  95    *
  96    * BH: disabled for SwingJS -- will need to check key-press issues
  97    *
  98    * @return true if we do things in a special way.
  99    */
 100   public static boolean isAMacAndNotJS()
 101   {
 102     return (isNoJSMac == null ? (isNoJSMac = !isJS && isMac()) : isNoJSMac);
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Check if we are on a Microsoft plaform...
 107    *
 108    * @return true if we have to cope with another platform variation
 109    */
 110   public static boolean isWindowsAndNotJS()
 111   {
 112     return (isNoJSWin == null ? (isNoJSWin = !isJS && isWin()) : isNoJSWin);
 113   }
 114
 115   // /**
 116   // *
 117   // * @return true if we are running in non-interactive no UI mode
 118   // */
 119   // public static boolean isHeadless()
 120   // {
 121   // if (isHeadless == null)
 122   // {
 123   // isHeadless = "true".equals(System.getProperty("java.awt.headless"));
 124   // }
 125   // return isHeadless;
 126   // }
 127
 128   /**
 129    *
 130    * @return nominal maximum command line length for this platform
 131    */
 132   public static int getMaxCommandLineLength()
 133   {
 134     // TODO: determine nominal limits for most platforms.
 135     return 2046; // this is the max length for a windows NT system.
 136   }
 137
 138   /**
 139    * escape a string according to the local platform's escape character
 140    *
 141    * @param file
 142    * @return escaped file
 143    */
 144   public static String escapeString(String file)
 145   {
 146     StringBuffer f = new StringBuffer();
 147     int p = 0, lastp = 0;
 148     while ((p = file.indexOf('\\', lastp)) > -1)
 149     {
 150       f.append(file.subSequence(lastp, p));
 151       f.append("\\\\");
 152       lastp = p + 1;
 153     }
 154     f.append(file.substring(lastp));
 155     return f.toString();
 156   }
 157
 158   /**
 159    * Answers true if the mouse event has Meta-down (Command key on Mac) or
 160    * Ctrl-down (on other o/s). Note this answers _false_ if the Ctrl key is
 161    * pressed instead of the Meta/Cmd key on Mac. To test for Ctrl-pressed on
 162    * Mac, you can use e.isPopupTrigger().
 163    *
 164    * @param e
 165    * @return
 166    */
 167   public static boolean isControlDown(MouseEvent e)
 168   {
 169     return isControlDown(e, isMac());
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Overloaded version of method (to allow unit testing)
 174    *
 175    * @param e
 176    * @param aMac
 177    * @return
 178    */
 179   protected static boolean isControlDown(MouseEvent e, boolean aMac)
 180   {
 181     if (!aMac)
 182     {
 183       return e.isControlDown();
 184     }
 185     // answer false for right mouse button
 186     // shortcut key will be META for a Mac
 187     return !e.isPopupTrigger()
 188             && (Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()
 189                     & e.getModifiers()) != 0;
 190     // could we use e.isMetaDown() here?
 191   }
 192
 193   // BH: I don't know about that previous method. Here is what SwingJS uses.
 194   // Notice the distinction in mouse events. (BUTTON3_MASK == META)
 195   //
 196   // private static boolean isPopupTrigger(int id, int mods, boolean isWin) {
 197   // boolean rt = ((mods & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0);
 198   // if (isWin) {
 199   // if (id != MouseEvent.MOUSE_RELEASED)
 200   // return false;
 201   ////
 202   //// // Oddly, Windows returns InputEvent.META_DOWN_MASK on release, though
 203   //// // BUTTON3_DOWN_MASK for pressed. So here we just accept both.
 204   ////
 205   //// actually, we can use XXX_MASK, not XXX_DOWN_MASK and avoid this issue,
 206   // because
 207   //// J2S adds the appropriate extended (0x3FC0) and simple (0x3F) modifiers.
 208   ////
 209   // return rt;
 210   // } else {
 211   // // mac, linux, unix
 212   // if (id != MouseEvent.MOUSE_PRESSED)
 213   // return false;
 214   // boolean lt = ((mods & InputEvent.BUTTON1_MASK) != 0);
 215   // boolean ctrl = ((mods & InputEvent.CTRL_MASK) != 0);
 216   // return rt || (ctrl && lt);
 217   // }
 218   // }
 219   //
 220
 221   /**
 222    * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and right button to test for the
 223    * right-mouse pressed event in Windows that would have opened a menu or a
 224    * Mac.
 225    *
 226    * @param e
 227    * @return
 228    */
 229   public static boolean isWinRightButton(MouseEvent e)
 230   {
 231     // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS,
 232
 233     return isWin() && SwingUtilities.isRightMouseButton(e);
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and middle button -- for mouse wheeling
 238    * without pressing the button.
 239    *
 240    * @param e
 241    * @return
 242    */
 243   public static boolean isWinMiddleButton(MouseEvent e)
 244   {
 245     // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS
 246     return isWin() && SwingUtilities.isMiddleMouseButton(e);
 247   }
 248
 249   public static boolean allowMnemonics()
 250   {
 251     return !isMac();
 252   }
 253
 254   public final static int TIME_RESET = 0;
 255
 256   public final static int TIME_MARK = 1;
 257
 258   public static final int TIME_SET = 2;
 259
 260   public static final int TIME_GET = 3;
 261
 262   public static long time, mark, set, duration;
 263
 264   public static void timeCheck(String msg, int mode)
 265   {
 266     long t = System.currentTimeMillis();
 267     switch (mode)
 268     {
 269     case TIME_RESET:
 270       time = mark = t;
 271       if (msg != null)
 272       {
 273         System.err.println("Platform: timer reset\t\t\t" + msg);
 274       }
 275       break;
 276     case TIME_MARK:
 277       if (set > 0)
 278       {
 279         duration += (t - set);
 280       }
 281       else
 282       {
 283         if (time == 0)
 284         {
 285           time = mark = t;
 286         }
 287         if (msg != null)
 288         {
 289           System.err.println("Platform: timer mark\t" + ((t - time) / 1000f)
 290                   + "\t" + ((t - mark) / 1000f) + "\t" + msg);
 291         }
 292         mark = t;
 293       }
 294       break;
 295     case TIME_SET:
 296       set = t;
 297       break;
 298     case TIME_GET:
 299       if (msg != null)
 300       {
 301         System.err.println("Platform: timer dur\t" + ((t - time) / 1000f)
 302                 + "\t" + ((duration) / 1000f) + "\t" + msg);
 303       }
 304       set = 0;
 305       break;
 306     }
 307   }
 308
 309   public static void cacheFileData(String path, Object data)
 310   {
 311     if (!isJS() || data == null)
 312     {
 313       return;
 314     }
 315     /**
 316      * @j2sNative
 317      *
 318      *            swingjs.JSUtil.cacheFileData$S$O(path, data);
 319      *
 320      */
 321   }
 322
 323   public static void cacheFileData(File file)
 324   {
 325     byte[] data;
 326     if (!isJS() || (data = Platform.getFileBytes(file)) == null)
 327     {
 328       return;
 329     }
 330     cacheFileData(file.toString(), data);
 331   }
 332
 333   public static byte[] getFileBytes(File f)
 334   {
 335     // TODO temporary doubling of 秘bytes and _bytes;
 336     // just remove _bytes when new transpiler has been installed
 337     return /** @j2sNative f && (f.秘bytes || f._bytes) || */
 338     null;
 339   }
 340
 341   public static byte[] getFileAsBytes(String fileStr)
 342   {
 343     byte[] bytes = null;
 344     // BH 2018 hack for no support for access-origin
 345     /**
 346      * @j2sNative bytes = swingjs.JSUtil.getFileAsBytes$O(fileStr)
 347      */
 348     cacheFileData(fileStr, bytes);
 349     return bytes;
 350   }
 351
 352   @SuppressWarnings("unused")
 353   public static String getFileAsString(String url)
 354   {
 355     String ret = null;
 356     /**
 357      * @j2sNative
 358      *
 359      *            ret = swingjs.JSUtil.getFileAsString$S(url);
 360      *
 361      *
 362      */
 363     cacheFileData(url, ret);
 364     return ret;
 365   }
 366
 367   public static boolean setFileBytes(File f, String urlstring)
 368   {
 369     if (!isJS())
 370     {
 371       return false;
 372     }
 373     @SuppressWarnings("unused")
 374     byte[] bytes = getFileAsBytes(urlstring);
 375     // TODO temporary doubling of 秘bytes and _bytes;
 376     // just remove _bytes when new transpiler has been installed
 377     /**
 378      * @j2sNative f.秘bytes = f._bytes = bytes;
 379      */
 380     return true;
 381   }
 382
 383   public static void addJ2SBinaryType(String ext)
 384   {
 385     /**
 386      * @j2sNative
 387      *
 388      *            J2S._binaryTypes.push("." + ext + "?");
 389      *
 390      */
 391   }
 392
 393   /**
 394    * Encode the URI using JavaScript encodeURIComponent
 395    *
 396    * @param value
 397    * @return encoded value
 398    */
 399   public static String encodeURI(String value)
 400   {
 401     /**
 402      * @j2sNative value = encodeURIComponent(value);
 403      */
 404     return value;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Open the URL using a simple window call if this is JavaScript
 409    *
 410    * @param url
 411    * @return true if window has been opened
 412    */
 413   public static boolean openURL(String url) throws IOException
 414   {
 415     if (!isJS())
 416     {
 417       BrowserLauncher.openURL(url);
 418       return false;
 419     }
 420     /**
 421      * @j2sNative
 422      *
 423      *
 424      *            window.open(url);
 425      */
 426     return true;
 427   }
 428
 429   public static String getUniqueAppletID()
 430   {
 431     @SuppressWarnings("unused")
 432     ThreadGroup g = Thread.currentThread().getThreadGroup();
 433     /**
 434      * @j2sNative return g.秘html5Applet._uniqueId;
 435      *
 436      */
 437     return null;
 438
 439   }
 440
 441   /**
 442    * Read the Info block for this applet.
 443    *
 444    * @param prefix
 445    *          "jalview_"
 446    * @param p
 447    * @return unique id for this applet
 448    */
 449   public static void readInfoProperties(String prefix, Properties p)
 450   {
 451     if (!isJS())
 452     {
 453       return;
 454     }
 455     @SuppressWarnings("unused")
 456     ThreadGroup g = Thread.currentThread().getThreadGroup();
 457     String id = getUniqueAppletID();
 458     String key = "", value = "";
 459     /**
 460      * @j2sNative var info = g.秘html5Applet.__Info || {}; for (var key in info)
 461      *            { if (key.indexOf(prefix) == 0) { value = "" + info[key];
 462      */
 463
 464     System.out.println(
 465             "Platform id=" + id + " reading Info." + key + " = " + value);
 466     p.put(key, value);
 467
 468     /**
 469      * @j2sNative
 470      *
 471      *
 472      *            } }
 473      */
 474   }
 475
 476   public static void setAjaxJSON(URL url)
 477   {
 478     if (isJS())
 479     {
 480       JSON.setAjax(url);
 481     }
 482   }
 483
 484   public static Object parseJSON(InputStream response)
 485           throws IOException, ParseException
 486   {
 487     if (isJS())
 488     {
 489       return JSON.parse(response);
 490     }
 491
 492     BufferedReader br = null;
 493     try
 494     {
 495       br = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
 496       return new JSONParser().parse(br);
 497     } finally
 498     {
 499       if (br != null)
 500       {
 501         try
 502         {
 503           br.close();
 504         } catch (IOException e)
 505         {
 506           // ignore
 507         }
 508       }
 509     }
 510   }
 511
 512   public static Object parseJSON(String json) throws ParseException
 513   {
 514     return (isJS() ? JSON.parse(json)
 515             : new JSONParser().parse(json));
 516   }
 517
 518   public static Object parseJSON(Reader r)
 519           throws IOException, ParseException
 520   {
 521     if (r == null)
 522     {
 523       return null;
 524     }
 525
 526     if (!isJS())
 527     {
 528       return new JSONParser().parse(r);
 529     }
 530     // Using a file reader is not currently supported in SwingJS JavaScript
 531
 532     if (r instanceof FileReader)
 533     {
 534       throw new IOException(
 535               "StringJS does not support FileReader parsing for JSON -- but it could...");
 536     }
 537     return JSON.parse(r);
 538
 539   }
 540
 541   /**
 542    * Dump the input stream to an output file.
 543    *
 544    * @param is
 545    * @param outFile
 546    * @throws IOException
 547    *           if the file cannot be created or there is a problem reading the
 548    *           input stream.
 549    */
 550   public static void streamToFile(InputStream is, File outFile)
 551           throws IOException
 552   {
 553     FileOutputStream fio = new FileOutputStream(outFile);
 554     try
 555     {
 556       if (isJS()
 557               && /**
 558                   * @j2sNative outFile.setBytes$O && outFile.setBytes$O(is) &&
 559                   */
 560               true)
 561       {
 562         return;
 563       }
 564       byte[] bb = new byte[32 * 1024];
 565       int l;
 566       while ((l = is.read(bb)) > 0)
 567       {
 568         fio.write(bb, 0, l);
 569       }
 570     } finally
 571     {
 572       fio.close();
 573     }
 574   }
 575
 576   /**
 577    * Add a known domain that implements access-control-allow-origin:*
 578    *
 579    * These should be reviewed periodically.
 580    *
 581    * @param domain
 582    *          for a service that is not allowing ajax
 583    *
 584    * @author hansonr@stolaf.edu
 585    *
 586    */
 587   public static void addJ2SDirectDatabaseCall(String domain)
 588   {
 589
 590     if (isJS())
 591     {
 592       System.out.println(
 593             "Platform adding known access-control-allow-origin * for domain "
 594                     + domain);
 595       /**
 596        * @j2sNative
 597        *
 598        *            J2S.addDirectDatabaseCall(domain);
 599        */
 600     }
 601
 602   }
 603
 604   public static void getURLCommandArguments()
 605   {
 606
 607     /**
 608      * Retrieve the first query field as command arguments to Jalview. Include
 609      * only if prior to "?j2s" or "&j2s" or "#". Assign the applet's __Info.args
 610      * element to this value.
 611      *
 612      * @j2sNative var a =
 613      *            decodeURI((document.location.href.replace("&","?").split("?j2s")[0]
 614      *            + "?").split("?")[1].split("#")[0]); a &&
 615      *            (J2S.thisApplet.__Info.args = a.split(" "));
 616      */
 617
 618   }
 619
 620   public static URL getDocumentBase()
 621   {
 622     try
 623     {
 624       return (isJS() ? new URL(/**
 625                                 * @j2sNative J2S.thisApplet._applet.appletViewer.appletDocumentBase
 626                                 *            ||
 627                                 */
 628               "") : null);
 629     } catch (MalformedURLException e)
 630     {
 631       return null;
 632     }
 633   }
 634
 635   public static URL getCodeBase()
 636   {
 637     try
 638     {
 639       return (isJS() ? new URL(/**
 640                                 * @j2sNative J2S.thisApplet._applet.appletViewer.appletCodeBase
 641                                 *            ||
 642                                 */
 643               "") : null);
 644     } catch (MalformedURLException e)
 645     {
 646       return null;
 647     }
 648   }
 649
 650 }