src/jalview/util/Platform.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import java.awt.Component;
  24 import java.awt.Dimension;
  25 import java.awt.Toolkit;
  26 import java.awt.event.MouseEvent;
  27 import java.io.BufferedReader;
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.FileOutputStream;
  30 import java.io.FileReader;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.io.InputStream;
  33 import java.io.InputStreamReader;
  34 import java.io.Reader;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.nio.file.Files;
  37 import java.nio.file.Path;
  38 import java.nio.file.attribute.BasicFileAttributes;
  39 import java.util.Date;
  40 import java.util.Map;
  41 import java.util.Properties;
  42 import java.util.logging.ConsoleHandler;
  43 import java.util.logging.Level;
  44 import java.util.logging.Logger;
  45
  46 import javax.swing.SwingUtilities;
  47
  48 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  49 import org.json.simple.parser.ParseException;
  50
  51 import com.stevesoft.pat.Regex;
  52
  53 import jalview.bin.Jalview;
  54 import jalview.javascript.json.JSON;
  55 import swingjs.api.JSUtilI;
  56
  57 /**
  58  * System platform information used by Applet and Application
  59  *
  60  * @author Jim Procter
  61  */
  62 public class Platform
  63 {
  64
  65   private static boolean isJS = /** @j2sNative true || */
  66           false;
  67
  68   private static Boolean isNoJSMac = null, isNoJSWin = null, isMac = null,
  69           isWin = null;
  70
  71   private static Boolean isHeadless = null;
  72
  73   private static swingjs.api.JSUtilI jsutil;
  74
  75   static
  76   {
  77     if (isJS)
  78     {
  79       try
  80       {
  81         // this is ok - it's a highly embedded method in Java; the deprecation
  82         // is
  83         // really a recommended best practice.
  84         jsutil = ((JSUtilI) Class.forName("swingjs.JSUtil").newInstance());
  85       } catch (InstantiationException | IllegalAccessException
  86               | ClassNotFoundException e)
  87       {
  88         e.printStackTrace();
  89       }
  90     }
  91   }
  92   // private static Boolean isHeadless = null;
  93
  94   /**
  95    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
  96    *
  97    * @return
  98    */
  99   public static boolean isMac()
 100   {
 101     return (isMac == null
 102             ? (isMac = (System.getProperty("os.name").indexOf("Mac") >= 0))
 103             : isMac);
 104   }
 105
 106   /**
 107    * added to group mouse events into Windows and nonWindows (mac, unix, linux)
 108    *
 109    * @return
 110    */
 111   public static boolean isWin()
 112   {
 113     return (isWin == null
 114             ? (isWin = (System.getProperty("os.name").indexOf("Win") >= 0))
 115             : isWin);
 116   }
 117
 118   /**
 119    *
 120    * @return true if HTML5 JavaScript
 121    */
 122   public static boolean isJS()
 123   {
 124     return isJS;
 125   }
 126
 127   /**
 128    * sorry folks - Macs really are different
 129    *
 130    * BH: disabled for SwingJS -- will need to check key-press issues
 131    *
 132    * @return true if we do things in a special way.
 133    */
 134   public static boolean isAMacAndNotJS()
 135   {
 136     return (isNoJSMac == null ? (isNoJSMac = !isJS && isMac()) : isNoJSMac);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Check if we are on a Microsoft plaform...
 141    *
 142    * @return true if we have to cope with another platform variation
 143    */
 144   public static boolean isWindowsAndNotJS()
 145   {
 146     return (isNoJSWin == null ? (isNoJSWin = !isJS && isWin()) : isNoJSWin);
 147   }
 148
 149   /**
 150    *
 151    * @return true if we are running in non-interactive no UI mode
 152    */
 153   public static boolean isHeadless()
 154   {
 155     if (isHeadless == null)
 156     {
 157       isHeadless = "true".equals(System.getProperty("java.awt.headless"));
 158     }
 159     return isHeadless;
 160   }
 161
 162   /**
 163    *
 164    * @return nominal maximum command line length for this platform
 165    */
 166   public static int getMaxCommandLineLength()
 167   {
 168     // TODO: determine nominal limits for most platforms.
 169     return 2046; // this is the max length for a windows NT system.
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Answers the input with every backslash replaced with a double backslash (an
 174    * 'escaped' single backslash)
 175    *
 176    * @param s
 177    * @return
 178    */
 179   public static String escapeBackslashes(String s)
 180   {
 181     return s == null ? null : s.replace("\\", "\\\\");
 182   }
 183
 184   /**
 185    * Answers true if the mouse event has Meta-down (Command key on Mac) or
 186    * Ctrl-down (on other o/s). Note this answers _false_ if the Ctrl key is
 187    * pressed instead of the Meta/Cmd key on Mac. To test for Ctrl-pressed on
 188    * Mac, you can use e.isPopupTrigger().
 189    *
 190    * @param e
 191    * @return
 192    */
 193   public static boolean isControlDown(MouseEvent e)
 194   {
 195     return isControlDown(e, isMac());
 196   }
 197
 198   /**
 199    * Overloaded version of method (to allow unit testing)
 200    *
 201    * @param e
 202    * @param aMac
 203    * @return
 204    */
 205   protected static boolean isControlDown(MouseEvent e, boolean aMac)
 206   {
 207     if (!aMac)
 208     {
 209       return e.isControlDown();
 210
 211       // Jalview 2.11 code below: above is as amended for JalviewJS
 212       // /*
 213       // * answer false for right mouse button
 214       // */
 215       // if (e.isPopupTrigger())
 216       // {
 217       // return false;
 218       // }
 219       // return
 220       // (jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx() //
 221       // .getMenuShortcutKeyMaskEx()
 222       // & jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper
 223       // .getModifiersEx(e)) != 0; // getModifiers()) != 0;
 224     }
 225     // answer false for right mouse button
 226     // shortcut key will be META for a Mac
 227     return !e.isPopupTrigger()
 228             && (Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()
 229                     & e.getModifiers()) != 0;
 230     // could we use e.isMetaDown() here?
 231   }
 232
 233   // BH: I don't know about that previous method. Here is what SwingJS uses.
 234   // Notice the distinction in mouse events. (BUTTON3_MASK == META)
 235   //
 236   // private static boolean isPopupTrigger(int id, int mods, boolean isWin) {
 237   // boolean rt = ((mods & InputEvent.BUTTON3_MASK) != 0);
 238   // if (isWin) {
 239   // if (id != MouseEvent.MOUSE_RELEASED)
 240   // return false;
 241   ////
 242   //// // Oddly, Windows returns InputEvent.META_DOWN_MASK on release, though
 243   //// // BUTTON3_DOWN_MASK for pressed. So here we just accept both.
 244   ////
 245   //// actually, we can use XXX_MASK, not XXX_DOWN_MASK and avoid this issue,
 246   // because
 247   //// J2S adds the appropriate extended (0x3FC0) and simple (0x3F) modifiers.
 248   ////
 249   // return rt;
 250   // } else {
 251   // // mac, linux, unix
 252   // if (id != MouseEvent.MOUSE_PRESSED)
 253   // return false;
 254   // boolean lt = ((mods & InputEvent.BUTTON1_MASK) != 0);
 255   // boolean ctrl = ((mods & InputEvent.CTRL_MASK) != 0);
 256   // return rt || (ctrl && lt);
 257   // }
 258   // }
 259   //
 260
 261   /**
 262    * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and right button to test for the
 263    * right-mouse pressed event in Windows that would have opened a menu or a
 264    * Mac.
 265    *
 266    * @param e
 267    * @return
 268    */
 269   public static boolean isWinRightButton(MouseEvent e)
 270   {
 271     // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS,
 272
 273     return isWin() && SwingUtilities.isRightMouseButton(e);
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Windows (not Mac, Linux, or Unix) and middle button -- for mouse wheeling
 278    * without pressing the button.
 279    *
 280    * @param e
 281    * @return
 282    */
 283   public static boolean isWinMiddleButton(MouseEvent e)
 284   {
 285     // was !isAMac(), but that is true also for Linux and Unix and JS
 286     return isWin() && SwingUtilities.isMiddleMouseButton(e);
 287   }
 288
 289   public static boolean allowMnemonics()
 290   {
 291     return !isMac();
 292   }
 293
 294   public final static int TIME_RESET = 0;
 295
 296   public final static int TIME_MARK = 1;
 297
 298   public static final int TIME_SET = 2;
 299
 300   public static final int TIME_GET = 3;
 301
 302   public static long time, mark, set, duration;
 303
 304   /**
 305    * typical usage:
 306    *
 307    * Platform.timeCheck(null, Platform.TIME_MARK);
 308    *
 309    * ...
 310    *
 311    * Platform.timeCheck("some message", Platform.TIME_MARK);
 312    *
 313    * reset...[set/mark]n...get
 314    *
 315    * @param msg
 316    * @param mode
 317    */
 318   public static void timeCheck(String msg, int mode)
 319   {
 320     long t = System.currentTimeMillis();
 321     switch (mode)
 322     {
 323     case TIME_RESET:
 324       time = mark = t;
 325       duration = 0;
 326       if (msg != null)
 327       {
 328         System.err.println("Platform: timer reset\t\t\t" + msg);
 329       }
 330       break;
 331     case TIME_MARK:
 332       if (set > 0)
 333       {
 334         // total time between set/mark points
 335         duration += (t - set);
 336       }
 337       else
 338       {
 339         if (time == 0)
 340         {
 341           time = mark = t;
 342         }
 343         if (msg != null)
 344         {
 345           System.err.println("Platform: timer mark\t" + ((t - time) / 1000f)
 346                   + "\t" + ((t - mark) / 1000f) + "\t" + msg);
 347         }
 348         mark = t;
 349       }
 350       break;
 351     case TIME_SET:
 352       set = t;
 353       break;
 354     case TIME_GET:
 355       if (msg != null)
 356       {
 357         System.err.println("Platform: timer dur\t" + ((t - time) / 1000f)
 358                 + "\t" + ((duration) / 1000f) + "\t" + msg);
 359       }
 360       set = 0;
 361       break;
 362     }
 363   }
 364
 365   public static void cacheFileData(String path, Object data)
 366   {
 367     if (isJS && data != null)
 368     {
 369       jsutil.cachePathData(path, data);
 370     }
 371   }
 372
 373   public static void cacheFileData(File file)
 374   {
 375     if (isJS)
 376     {
 377       byte[] data = Platform.getFileBytes(file);
 378       {
 379         if (data != null)
 380         {
 381           cacheFileData(file.toString(), data);
 382         }
 383       }
 384     }
 385   }
 386
 387   public static byte[] getFileBytes(File f)
 388   {
 389     return (isJS && f != null ? jsutil.getBytes(f) : null);
 390   }
 391
 392   public static byte[] getFileAsBytes(String fileStr)
 393   {
 394     if (isJS && fileStr != null)
 395     {
 396       byte[] bytes = (byte[]) jsutil.getFile(fileStr, false);
 397       cacheFileData(fileStr, bytes);
 398       return bytes;
 399     }
 400     return null;
 401   }
 402
 403   public static String getFileAsString(String url)
 404   {
 405     if (isJS && url != null)
 406     {
 407       String ret = (String) jsutil.getFile(url, true);
 408       cacheFileData(url, ret);
 409       return ret;
 410     }
 411     return null;
 412   }
 413
 414   public static boolean setFileBytes(File f, String urlstring)
 415   {
 416     if (isJS && f != null && urlstring != null)
 417     {
 418       @SuppressWarnings("unused")
 419       byte[] bytes = getFileAsBytes(urlstring);
 420       jsutil.setFileBytes(f, bytes);
 421       return true;
 422     }
 423     return false;
 424   }
 425
 426   public static void addJ2SBinaryType(String ext)
 427   {
 428     if (isJS)
 429     {
 430       jsutil.addBinaryFileType(ext);
 431     }
 432   }
 433
 434   /**
 435    * Encode the URI using JavaScript encodeURIComponent
 436    *
 437    * @param value
 438    * @return encoded value
 439    */
 440   public static String encodeURI(String value)
 441   {
 442     /**
 443      * @j2sNative value = encodeURIComponent(value);
 444      */
 445     return value;
 446   }
 447
 448   /**
 449    * Open the URL using a simple window call if this is JavaScript
 450    *
 451    * @param url
 452    * @return true if window has been opened
 453    */
 454   public static boolean openURL(String url) throws IOException
 455   {
 456     if (!isJS())
 457     {
 458       return false;
 459     }
 460     /**
 461      * @j2sNative
 462      *
 463      *
 464      *            window.open(url);
 465      */
 466     return true;
 467   }
 468
 469   public static String getUniqueAppletID()
 470   {
 471     return (isJS ? (String) jsutil.getAppletAttribute("_uniqueId") : null);
 472   }
 473
 474   /**
 475    * Read the Info block for this applet.
 476    *
 477    * @param prefix
 478    *          "jalview_"
 479    * @param p
 480    * @return unique id for this applet
 481    */
 482   public static void readInfoProperties(String prefix, Properties p)
 483   {
 484     if (isJS)
 485     {
 486       String id = getUniqueAppletID();
 487
 488       String key = "";
 489       String value = "";
 490       @SuppressWarnings("unused")
 491       Object info = jsutil.getAppletAttribute("__Info");
 492       /**
 493        * @j2sNative for (key in info) { value = info[key];
 494        */
 495
 496       if (key.indexOf(prefix) == 0)
 497       {
 498         System.out.println("Platform id=" + id + " reading Info." + key
 499                 + " = " + value);
 500         p.put(key, value);
 501
 502       }
 503
 504       /**
 505        * @j2sNative }
 506        */
 507     }
 508   }
 509
 510   public static void setAjaxJSON(URL url)
 511   {
 512     if (isJS())
 513     {
 514       JSON.setAjax(url);
 515     }
 516   }
 517
 518   public static Object parseJSON(InputStream response)
 519           throws IOException, ParseException
 520   {
 521     if (isJS())
 522     {
 523       return JSON.parse(response);
 524     }
 525
 526     BufferedReader br = null;
 527     try
 528     {
 529       br = new BufferedReader(new InputStreamReader(response, "UTF-8"));
 530       return new JSONParser().parse(br);
 531     } finally
 532     {
 533       if (br != null)
 534       {
 535         try
 536         {
 537           br.close();
 538         } catch (IOException e)
 539         {
 540           // ignore
 541         }
 542       }
 543     }
 544   }
 545
 546   public static Object parseJSON(String json) throws ParseException
 547   {
 548     return (isJS() ? JSON.parse(json) : new JSONParser().parse(json));
 549   }
 550
 551   public static Object parseJSON(Reader r)
 552           throws IOException, ParseException
 553   {
 554     if (r == null)
 555     {
 556       return null;
 557     }
 558
 559     if (!isJS())
 560     {
 561       return new JSONParser().parse(r);
 562     }
 563     // Using a file reader is not currently supported in SwingJS JavaScript
 564
 565     if (r instanceof FileReader)
 566     {
 567       throw new IOException(
 568               "StringJS does not support FileReader parsing for JSON -- but it could...");
 569     }
 570     return JSON.parse(r);
 571   }
 572
 573   /**
 574    * Dump the input stream to an output file.
 575    *
 576    * @param is
 577    * @param outFile
 578    * @throws IOException
 579    *           if the file cannot be created or there is a problem reading the
 580    *           input stream.
 581    */
 582   public static void streamToFile(InputStream is, File outFile)
 583           throws IOException
 584   {
 585
 586     if (isJS)
 587     {
 588       jsutil.setFileBytes(outFile, is);
 589       return;
 590     }
 591
 592     FileOutputStream fio = new FileOutputStream(outFile);
 593     try
 594     {
 595       byte[] bb = new byte[32 * 1024];
 596       int l;
 597       while ((l = is.read(bb)) > 0)
 598       {
 599         fio.write(bb, 0, l);
 600       }
 601     } finally
 602     {
 603       fio.close();
 604     }
 605   }
 606
 607   /**
 608    * Add a known domain that implements access-control-allow-origin:*
 609    *
 610    * These should be reviewed periodically.
 611    *
 612    * @param domain
 613    *          for a service that is not allowing ajax
 614    *
 615    * @author hansonr@stolaf.edu
 616    *
 617    */
 618   public static void addJ2SDirectDatabaseCall(String domain)
 619   {
 620
 621     if (isJS)
 622     {
 623       jsutil.addDirectDatabaseCall(domain);
 624
 625       System.out.println(
 626               "Platform adding known access-control-allow-origin * for domain "
 627                       + domain);
 628     }
 629
 630   }
 631
 632   /**
 633    * Allow for URL-line command arguments. Untested.
 634    *
 635    */
 636   public static void getURLCommandArguments()
 637   {
 638
 639     try {
 640     /**
 641      * Retrieve the first query field as command arguments to Jalview. Include
 642      * only if prior to "?j2s" or "&j2s" or "#". Assign the applet's __Info.args
 643      * element to this value.
 644      *
 645      * @j2sNative var a =
 646      *            decodeURI((document.location.href.replace("&","?").split("?j2s")[0]
 647      *            + "?").split("?")[1].split("#")[0]); a &&
 648      *            (J2S.thisApplet.__Info.args = a.split(" "));
 649      *
 650      *            System.out.println("URL arguments: " + a);
 651      */
 652     } catch (Throwable t) {
 653     }
 654   }
 655
 656   /**
 657    * A (case sensitive) file path comparator that ignores the difference between
 658    * / and \
 659    *
 660    * @param path1
 661    * @param path2
 662    * @return
 663    */
 664   public static boolean pathEquals(String path1, String path2)
 665   {
 666     if (path1 == null)
 667     {
 668       return path2 == null;
 669     }
 670     if (path2 == null)
 671     {
 672       return false;
 673     }
 674     String p1 = path1.replace('\\', '/');
 675     String p2 = path2.replace('\\', '/');
 676     return p1.equals(p2);
 677   }
 678
 679   ///////////// JAL-3253 Applet additions //////////////
 680
 681   /**
 682    * Retrieve the object's embedded size from a div's style on a page if
 683    * embedded in SwingJS.
 684    *
 685    * @param frame
 686    *          JFrame or JInternalFrame
 687    * @param defaultWidth
 688    *          use -1 to return null (no default size)
 689    * @param defaultHeight
 690    * @return the embedded dimensions or null (no default size or not embedded)
 691    */
 692   public static Dimension getDimIfEmbedded(Component frame,
 693           int defaultWidth, int defaultHeight)
 694   {
 695     Dimension d = null;
 696     if (isJS)
 697     {
 698       d = (Dimension) getEmbeddedAttribute(frame, "dim");
 699     }
 700     return (d == null && defaultWidth >= 0
 701             ? new Dimension(defaultWidth, defaultHeight)
 702             : d);
 703
 704   }
 705
 706   public static Regex newRegex(String regex)
 707   {
 708     return newRegex(regex, null);
 709   }
 710
 711   public static Regex newRegex(String searchString, String replaceString)
 712   {
 713     ensureRegex();
 714     return (replaceString == null ? new Regex(searchString)
 715             : new Regex(searchString, replaceString));
 716   }
 717
 718   public static Regex newRegexPerl(String code)
 719   {
 720     ensureRegex();
 721     return Regex.perlCode(code);
 722   }
 723
 724   /**
 725    * Initialize Java debug logging. A representative sample -- adapt as desired.
 726    */
 727   public static void startJavaLogging()
 728   {
 729     /**
 730      * @j2sIgnore
 731      */
 732     {
 733       logClass("java.awt.EventDispatchThread", "java.awt.EventQueue",
 734               "java.awt.Component", "java.awt.focus.Component",
 735               "java.awt.event.Component",
 736               "java.awt.focus.DefaultKeyboardFocusManager");
 737     }
 738   }
 739
 740   /**
 741    * Initiate Java logging for a given class. Only for Java, not JavaScript;
 742    * Allows debugging of complex event processing.
 743    *
 744    * @param className
 745    */
 746   public static void logClass(String... classNames)
 747   {
 748     /**
 749      * @j2sIgnore
 750      *
 751      *
 752      */
 753     {
 754       Logger rootLogger = Logger.getLogger("");
 755       rootLogger.setLevel(Level.ALL);
 756       ConsoleHandler consoleHandler = new ConsoleHandler();
 757       consoleHandler.setLevel(Level.ALL);
 758       for (int i = classNames.length; --i >= 0;)
 759       {
 760         Logger logger = Logger.getLogger(classNames[i]);
 761         logger.setLevel(Level.ALL);
 762         logger.addHandler(consoleHandler);
 763       }
 764     }
 765   }
 766
 767   /**
 768    * load a resource -- probably a core file -- if and only if a particular
 769    * class has not been instantialized. We use a String here because if we used
 770    * a .class object, that reference itself would simply load the class, and we
 771    * want the core package to include that as well.
 772    *
 773    * @param resourcePath
 774    * @param className
 775    */
 776   public static void loadStaticResource(String resourcePath,
 777           String className)
 778   {
 779     if (isJS)
 780     {
 781       jsutil.loadResourceIfClassUnknown(resourcePath, className);
 782     }
 783   }
 784
 785   public static void ensureRegex()
 786   {
 787     if (isJS)
 788     {
 789       loadStaticResource("core/core_stevesoft.z.js",
 790               "com.stevesoft.pat.Regex");
 791     }
 792   }
 793
 794   /**
 795    * Set the "app" property of the HTML5 applet object, for example,
 796    * "testApplet.app", to point to the Jalview instance. This will be the object
 797    * that page developers use that is similar to the original Java applet object
 798    * that was accessed via LiveConnect.
 799    *
 800    * @param j
 801    */
 802   public static void setAppClass(Object j)
 803   {
 804     if (isJS)
 805     {
 806       jsutil.setAppletAttribute("app", j);
 807     }
 808   }
 809
 810   /**
 811    *
 812    * If this frame ia embedded in a web page, return a known type.
 813    *
 814    * @param frame
 815    *          a JFrame or JInternalFrame
 816    * @param type
 817    * @return null if frame is not embedded.
 818    */
 819   public static Object getEmbeddedAttribute(Component frame, String type)
 820   {
 821     return (isJS ? jsutil.getEmbeddedAttribute(frame, type) : null);
 822   }
 823
 824   public static void stackTrace()
 825   {
 826     try
 827     {
 828       throw new NullPointerException();
 829     } catch (Exception e)
 830     {
 831       e.printStackTrace();
 832     }
 833
 834   }
 835
 836   public static URL getDocumentBase()
 837   {
 838     return (isJS ? jsutil.getDocumentBase() : null);
 839   }
 840
 841   public static URL getCodeBase()
 842   {
 843     return (isJS ? jsutil.getCodeBase() : null);
 844   }
 845
 846   public static String getUserPath(String subpath)
 847   {
 848     char sep = File.separatorChar;
 849     return System.getProperty("user.home") + sep
 850             + subpath.replace('/', sep);
 851   }
 852
 853   /**
 854    * This method enables checking if a cached file has exceeded a certain
 855    * threshold(in days)
 856    *
 857    * @param file
 858    *          the cached file
 859    * @param noOfDays
 860    *          the threshold in days
 861    * @return
 862    */
 863   public static boolean isFileOlderThanThreshold(File file, int noOfDays)
 864   {
 865     if (isJS())
 866     {
 867       // not meaningful in SwingJS -- this is a session-specific temp file. It
 868       // doesn't have a timestamp.
 869       return false;
 870     }
 871     Path filePath = file.toPath();
 872     BasicFileAttributes attr;
 873     int diffInDays = 0;
 874     try
 875     {
 876       attr = Files.readAttributes(filePath, BasicFileAttributes.class);
 877       diffInDays = (int) ((new Date().getTime()
 878               - attr.lastModifiedTime().toMillis())
 879               / (1000 * 60 * 60 * 24));
 880       // System.out.println("Diff in days : " + diffInDays);
 881     } catch (IOException e)
 882     {
 883       e.printStackTrace();
 884     }
 885     return noOfDays <= diffInDays;
 886   }
 887
 888   /**
 889    * Get the leading integer part of a string that begins with an integer.
 890    *
 891    * @param input
 892    *          - the string input to process
 893    * @param failValue
 894    *          - value returned if unsuccessful
 895    * @return
 896    */
 897   public static int getLeadingIntegerValue(String input, int failValue)
 898   {
 899     if (input == null)
 900     {
 901       return failValue;
 902     }
 903     if (isJS)
 904     {
 905       int val = /** @j2sNative 1 ? parseInt(input) : */
 906               0;
 907       return (val == val + 0 ? val : failValue);
 908     }
 909     // JavaScript does not support Regex ? lookahead
 910     String[] parts = input.split("(?=\\D)(?<=\\d)");
 911     if (parts != null && parts.length > 0 && parts[0].matches("[0-9]+"))
 912     {
 913       return Integer.valueOf(parts[0]);
 914     }
 915     return failValue;
 916   }
 917
 918   public static Map<String, Object> getAppletInfoAsMap()
 919   {
 920     return (isJS ? jsutil.getAppletInfoAsMap() : null);
 921   }
 922
 923   /**
 924    * Get the SwingJS applet ID and combine that with the frameType
 925    *
 926    * @param frameType
 927    *          "alignment", "desktop", etc., or null
 928    * @return
 929    */
 930   public static String getAppID(String frameType)
 931   {
 932     String id = Jalview.getInstance().j2sAppletID;
 933     if (id == null)
 934     {
 935       Jalview.getInstance().j2sAppletID = id = (String) jsutil
 936               .getAppletAttribute("_id");
 937     }
 938     return id + (frameType == null ? "" : "-" + frameType);
 939   }
 940
 941 }