src/jalview/util/ProbabilityAnalyserKickstarter.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.util.Scanner;
   5
   6 /**
   7  * This class contains the brain of the analyser program, and contains a number
   8  * of commands for the processing of data.
   9  *
  10  * @author TZVanaalten
  11  *
  12  */
  13
  14 public class ProbabilityAnalyserKickstarter
  15 {
  16
  17   public static void main(String[] args)
  18           throws IOException, InterruptedException
  19   {
  20
  21     // this does all of the processing
  22     HMMProbabilityDistributionAnalyser analyser = new HMMProbabilityDistributionAnalyser();
  23
  24     boolean running = true;
  25     System.out.println("ACTIVATED");
  26     while (running)
  27     {
  28       Scanner keyboard = new Scanner(System.in);
  29       String command = keyboard.nextLine();
  30
  31       Scanner inputScanner = new Scanner(command);
  32       // prints family to console. Syntax is printFam <index>
  33       if (command.indexOf("printFam") > -1)
  34       {
  35         try
  36         {
  37           inputScanner.next();
  38           int index = inputScanner.nextInt();
  39           analyser.printFam(index);
  40           continue;
  41         } catch (Exception e)
  42         {
  43           System.out.println("Command failed");
  44         }
  45
  46       }
  47       // prints HMM to console. Syntax is printHMM <index>
  48       if (command.indexOf("printHMM") > -1)
  49       {
  50         try
  51         {
  52         inputScanner.next();
  53         int index = inputScanner.nextInt();
  54         analyser.printHMM(index);
  55         continue;
  56         } catch (Exception e)
  57         {
  58           System.out.println("Command failed");
  59         }
  60       }
  61       // prints family to file in current folder. Syntax is exportFam <index>.
  62       if (command.indexOf("exportFam") > -1)
  63       {
  64         try
  65         {
  66         inputScanner.next();
  67         int index = inputScanner.nextInt();
  68           String location = inputScanner.next();
  69           analyser.exportFam(index, location);
  70         continue;
  71         } catch (Exception e)
  72         {
  73           System.out.println("Command failed");
  74         }
  75       }
  76       // prints HMM to file in current folder. Syntax is exportHMM <index>.
  77       if (command.indexOf("exportHMM") > -1)
  78       {
  79         try
  80         {
  81         inputScanner.next();
  82         int index = inputScanner.nextInt();
  83           String location = inputScanner.next();
  84           analyser.exportHMM(index, location);
  85         continue;
  86         } catch (Exception e)
  87         {
  88           System.out.println("Command failed");
  89         }
  90       }
  91       // Processes data. Syntax is run <number of loops> <increments>. The
  92       // number loops specifies the number of increments the program will run.
  93       // After each increment, the data stored currently in the program is
  94       // exported and re-read back into the program. This is to ensure that the
  95       // program can be terminated without losing a large quantity of data. The
  96       // increment is the number of families read per 'save'.
  97       if (command.indexOf("run") > -1)
  98       {
  99         try
 100         {
 101
 102         inputScanner.next();
 103
 104         int loops = inputScanner.nextInt();
 105         int increments = inputScanner.nextInt();
 106         boolean keepRaw = inputScanner.nextBoolean();
 107
 108         for (int i = 0; i < loops; i++)
 109         {
 110           analyser.run(increments, keepRaw);
 111           System.out.println("Saved");
 112         }
 113         System.out.println("Task completed");
 114         continue;
 115         } catch (Exception e)
 116         {
 117           System.out.println("Command failed");
 118         }
 119       }
 120       // terminates program. Syntax is terminate.
 121       if (command.indexOf("terminate") > -1)
 122       {
 123         running = false;
 124         continue;
 125       }
 126       // clears files in current directory (Only a specific set of files).
 127       // Syntax is clear.
 128       if (command.indexOf("clear") > -1)
 129       {
 130         analyser.clear();
 131         continue;
 132       }
 133       // changes current directory. Syntax is cd <directory>
 134       if (command.indexOf("cd") > -1)
 135       {
 136         try
 137         {
 138         inputScanner.next();
 139         analyser.setFolder(inputScanner.next());
 140         } catch (Exception e)
 141         {
 142           System.out.println("Command failed");
 143         }
 144       }
 145
 146       if (command.indexOf("getFamName") > -1)
 147       {
 148         try
 149         {
 150         inputScanner.next();
 151         System.out.println(analyser.getFamilyName(inputScanner.nextInt()));
 152           inputScanner.close();
 153           continue;
 154         } catch (Exception e)
 155         {
 156           System.out.println("Command failed");
 157         }
 158       }
 159       if (command.indexOf("sortIntoClans") > -1)
 160       {
 161         inputScanner.next();
 162         analyser.sortIntoClans(inputScanner.next());
 163           continue;
 164
 165       }
 166     }
 167
 168
 169
 170
 171   }
 172
 173 }