src/jalview/util/ProbabilityAnalyserKickstarter.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.util.Scanner;
   5
   6 /**
   7  * This class contains the brain of the analyser program, and contains a number
   8  * of commands for the processing of data.
   9  *
  10  * @author TZVanaalten
  11  *
  12  */
  13
  14 public class ProbabilityAnalyserKickstarter
  15 {
  16
  17   public static void main(String[] args)
  18           throws IOException, InterruptedException
  19   {
  20
  21     // this does all of the processing
  22     HMMProbabilityDistributionAnalyser analyser = new HMMProbabilityDistributionAnalyser();
  23
  24     boolean running = true;
  25     System.out.println("ACTIVATED");
  26     while (running)
  27     {
  28       Scanner keyboard = new Scanner(System.in);
  29       String command = keyboard.nextLine();
  30
  31       Scanner inputScanner = new Scanner(command);
  32       // prints family to console. Syntax is printFam <index>
  33       if (command.indexOf("printFam") > -1)
  34       {
  35         inputScanner.next();
  36         int index = inputScanner.nextInt();
  37         analyser.printFam(index);
  38         continue;
  39       }
  40       // prints HMM to console. Syntax is printHMM <index>
  41       if (command.indexOf("printHMM") > -1)
  42       {
  43
  44         inputScanner.next();
  45         int index = inputScanner.nextInt();
  46         analyser.printHMM(index);
  47         continue;
  48       }
  49       // prints family to file in current folder. Syntax is exportFam <index>.
  50       if (command.indexOf("exportFam") > -1)
  51       {
  52
  53         inputScanner.next();
  54         int index = inputScanner.nextInt();
  55         String location = inputScanner.next();
  56         analyser.printFamToFile(index);
  57         continue;
  58       }
  59       // prints HMM to file in current folder. Syntax is exportHMM <index>.
  60       if (command.indexOf("exportHMM") > -1)
  61       {
  62
  63         inputScanner.next();
  64         int index = inputScanner.nextInt();
  65         String location = inputScanner.next();
  66         analyser.printHMMToFile(index);
  67         continue;
  68       }
  69       // Processes data. Syntax is run <number of loops> <increments>. The
  70       // number loops specifies the number of increments the program will run.
  71       // After each increment, the data stored currently in the program is
  72       // exported and re-read back into the program. This is to ensure that the
  73       // program can be terminated without losing a large quantity of data. The
  74       // increment is the number of families read per 'save'.
  75       if (command.indexOf("run") > -1)
  76       {
  77         inputScanner.next();
  78
  79         int loops = inputScanner.nextInt();
  80         int increments = inputScanner.nextInt();
  81
  82         for (int i = 0; i < loops; i++)
  83         {
  84           analyser.run(increments);
  85         }
  86         continue;
  87       }
  88       // terminates program. Syntax is terminate.
  89       if (command.indexOf("terminate") > -1)
  90       {
  91         running = false;
  92         continue;
  93       }
  94       // clears files in current directory (Only a specific set of files).
  95       // Syntax is clear.
  96       if (command.indexOf("clear") > -1)
  97       {
  98         analyser.clear();
  99         continue;
 100       }
 101       // changes current directory. Syntax is cd <directory>
 102       if (command.indexOf("cd") > -1)
 103       {
 104         inputScanner.next();
 105         analyser.setFolder(inputScanner.next());
 106       }
 107       inputScanner.close();
 108       continue;
 109     }
 110
 111
 112
 113
 114   }
 115
 116 }