src/jalview/util/ShiftList.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.util.*;
   4
   5 /**
   6  * ShiftList
   7  * Simple way of mapping a linear series to a new linear range with new points introduced.
   8  * Use at your own risk!
   9  * <p>Title: ShiftList</p>
  10  *
  11  * <p>Description: </p>
  12  *
  13  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
  14  *
  15  * <p>Company: Dundee University</p>
  16  *
  17  * @author not attributable
  18  * @version 1.0
  19  */
  20 public class ShiftList
  21 {
  22     Vector shifts;
  23   public ShiftList()
  24   {
  25     shifts = new Vector();
  26   }
  27
  28   /**
  29    * addShift
  30    * @param pos start position for shift (in original reference frame)
  31    * @param shift length of shift
  32    */
  33   public void addShift(int pos, int shift)
  34   {
  35     int sidx = 0;
  36     int[] rshift=null;
  37     while (sidx<shifts.size() && (rshift=(int[]) shifts.get(sidx))[0]<pos)
  38       sidx++;
  39     if (sidx==shifts.size())
  40       shifts.insertElementAt(new int[] { pos, shift}, 0);
  41     else
  42       rshift[1]+=shift;
  43   }
  44
  45   /**
  46    * shift
  47    *
  48    * @param pos int
  49    * @return int shifted position
  50    */
  51   public int shift(int pos)
  52   {
  53     if (shifts.size()==0)
  54       return pos;
  55     int shifted=pos;
  56     int sidx=0;
  57     int rshift[];
  58     while (sidx<shifts.size()
  59            &&
  60            (rshift=((int[]) shifts.get(sidx++)))[0]<=pos) {
  61       shifted += rshift[1];
  62     }
  63     return shifted;
  64   }
  65
  66   /**
  67    * clear all shifts
  68    */
  69   public void clear()
  70   {
  71     shifts.removeAllElements();
  72   }
  73
  74 }