src/jalview/util/Worker.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.io.BufferedReader;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.InputStreamReader;
   6 import java.io.PrintStream;
   7
   8 import io.github.classgraph.ClassGraph;
   9 import io.github.classgraph.ScanResult;
  10
  11 /***
  12  * from
  13  * http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when
  14  * -using-javas-runtime-exec
  15  *
  16  * @author jimp
  17  *
  18  */
  19 public class Worker extends Thread
  20 {
  21   final Process process;
  22
  23   private BufferedReader outputReader;
  24
  25   private BufferedReader errorReader;
  26
  27   Integer exit;
  28
  29   public Worker(Process process)
  30   {
  31     this.process = process;
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public void run()
  36   {
  37     try
  38     {
  39       exit = process.waitFor();
  40     } catch (InterruptedException ignore)
  41     {
  42       return;
  43     }
  44   }
  45
  46   public BufferedReader getOutputReader()
  47   {
  48     return outputReader;
  49   }
  50
  51   public void setOutputReader(BufferedReader outputReader)
  52   {
  53     this.outputReader = outputReader;
  54   }
  55
  56   public BufferedReader getErrorReader()
  57   {
  58     return errorReader;
  59   }
  60
  61   public void setErrorReader(BufferedReader errorReader)
  62   {
  63     this.errorReader = errorReader;
  64   }
  65
  66   /**
  67    *
  68    * @return null or process exit code
  69    */
  70   public Integer getExitValue()
  71   {
  72     return exit;
  73   }
  74
  75   /**
  76    * terminate with prejudice
  77    */
  78   public void destroyProcess()
  79   {
  80     interrupt();
  81     currentThread().interrupt();
  82     process.destroy();
  83   }
  84
  85   private static ClassGraph scanner = null;
  86
  87   private static String classpath = null;
  88
  89   public synchronized static String getClassPath()
  90   {
  91     if (scanner == null)
  92     {
  93       scanner = new ClassGraph();
  94       ScanResult scan = scanner.scan();
  95       classpath = scan.getClasspath();
  96     }
  97     while (classpath == null)
  98     {
  99       try
 100       {
 101         Thread.sleep(10);
 102       } catch (InterruptedException x)
 103       {
 104
 105       }
 106     }
 107     return classpath;
 108   }
 109
 110   public static Worker jalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd,
 111           int timeout)
 112   {
 113     return jalviewDesktopRunner(withAwt, cmd, timeout, "");
 114   }
 115
 116   public static Worker jalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd,
 117           int timeout, String javaArgs)
 118   {
 119     // Note: JAL-3065 - don't include quotes for lib/* because the arguments are
 120     // not expanded by the shell
 121     String classpath = getClassPath();
 122     String _cmd = "java " + (withAwt ? "-Djava.awt.headless=true" : "")
 123             + " -classpath " + classpath + " " + javaArgs
 124             + " jalview.bin.Jalview ";
 125     Process ls2_proc = null;
 126     Worker worker = null;
 127     try
 128     {
 129       ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(_cmd + cmd);
 130     } catch (IOException e1)
 131     {
 132       e1.printStackTrace();
 133     }
 134     if (ls2_proc != null)
 135     {
 136       BufferedReader outputReader = new BufferedReader(
 137               new InputStreamReader(ls2_proc.getInputStream()));
 138       BufferedReader errorReader = new BufferedReader(
 139               new InputStreamReader(ls2_proc.getErrorStream()));
 140       worker = new Worker(ls2_proc);
 141       worker.start();
 142       try
 143       {
 144         worker.join(timeout);
 145       } catch (InterruptedException e)
 146       {
 147         // e.printStackTrace();
 148       }
 149       worker.setOutputReader(outputReader);
 150       worker.setErrorReader(errorReader);
 151     }
 152     return worker;
 153   }
 154
 155   class Echo
 156   {
 157     public Echo(final PrintStream out, final BufferedReader source)
 158     {
 159       try
 160       {
 161         new Thread(new Runnable()
 162         {
 163           @Override
 164           public void run()
 165           {
 166             String line;
 167             try
 168             {
 169               while ((line = source.readLine()) != null)
 170               {
 171                 out.print(line);
 172               }
 173             } catch (IOException q)
 174             {
 175             }
 176             ;
 177           };
 178         }).start();
 179       } catch (Exception ex)
 180       {
 181       }
 182       ;
 183
 184     }
 185
 186   }
 187
 188   public void doEcho()
 189   {
 190     new Echo(System.out, getOutputReader());
 191     new Echo(System.err, getErrorReader());
 192   }
 193 }