src/jalview/util/Worker.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import java.io.BufferedReader;
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.IOException;
   6 import java.io.InputStreamReader;
   7 import java.io.PrintStream;
   8
   9 import io.github.classgraph.ClassGraph;
  10 import io.github.classgraph.ScanResult;
  11
  12 /***
  13  * from
  14  * http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when
  15  * -using-javas-runtime-exec
  16  *
  17  * @author jimp
  18  *
  19  */
  20 public class Worker extends Thread
  21 {
  22   final Process process;
  23
  24   private BufferedReader outputReader;
  25
  26   private BufferedReader errorReader;
  27
  28   Integer exit;
  29
  30   public Worker(Process process)
  31   {
  32     this.process = process;
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public void run()
  37   {
  38     try
  39     {
  40       exit = process.waitFor();
  41     } catch (InterruptedException ignore)
  42     {
  43       return;
  44     }
  45   }
  46
  47   public BufferedReader getOutputReader()
  48   {
  49     return outputReader;
  50   }
  51
  52   public void setOutputReader(BufferedReader outputReader)
  53   {
  54     this.outputReader = outputReader;
  55   }
  56
  57   public BufferedReader getErrorReader()
  58   {
  59     return errorReader;
  60   }
  61
  62   public void setErrorReader(BufferedReader errorReader)
  63   {
  64     this.errorReader = errorReader;
  65   }
  66
  67   /**
  68    *
  69    * @return null or process exit code
  70    */
  71   public Integer getExitValue()
  72   {
  73     return exit;
  74   }
  75
  76   /**
  77    * terminate with prejudice
  78    */
  79   public void destroyProcess()
  80   {
  81     interrupt();
  82     currentThread().interrupt();
  83     process.destroy();
  84   }
  85
  86   private static ClassGraph scanner = null;
  87
  88   private static String classpath = null;
  89
  90   public synchronized static String getClassPath()
  91   {
  92     if (scanner == null)
  93     {
  94       scanner = new ClassGraph();
  95       ScanResult scan = scanner.scan();
  96       classpath = scan.getClasspath();
  97     }
  98     while (classpath == null)
  99     {
 100       try
 101       {
 102         Thread.sleep(10);
 103       } catch (InterruptedException x)
 104       {
 105
 106       }
 107     }
 108     return classpath;
 109   }
 110
 111   public static Worker jalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd,
 112           int timeout)
 113   {
 114     return jalviewDesktopRunner(withAwt, cmd, timeout, "");
 115   }
 116
 117   public static Worker jalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd,
 118           int timeout, String javaArgs)
 119   {
 120     // Note: JAL-3065 - don't include quotes for lib/* because the arguments are
 121     // not expanded by the shell
 122     String classpath = getClassPath();
 123     String javahome = System.getProperty("java.home");
 124
 125     String _cmd = javahome + File.pathSeparator + "java "
 126             + (withAwt ? "-Djava.awt.headless=true" : "")
 127             + " -classpath " + classpath + " " + javaArgs
 128             + " jalview.bin.Jalview ";
 129     Process ls2_proc = null;
 130     Worker worker = null;
 131     try
 132     {
 133       ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(_cmd + cmd);
 134     } catch (IOException e1)
 135     {
 136       e1.printStackTrace();
 137     }
 138     if (ls2_proc != null)
 139     {
 140       BufferedReader outputReader = new BufferedReader(
 141               new InputStreamReader(ls2_proc.getInputStream()));
 142       BufferedReader errorReader = new BufferedReader(
 143               new InputStreamReader(ls2_proc.getErrorStream()));
 144       worker = new Worker(ls2_proc);
 145       worker.start();
 146       try
 147       {
 148         worker.join(timeout);
 149       } catch (InterruptedException e)
 150       {
 151         // e.printStackTrace();
 152       }
 153       worker.setOutputReader(outputReader);
 154       worker.setErrorReader(errorReader);
 155     }
 156     return worker;
 157   }
 158
 159   class Echo
 160   {
 161     public Echo(final PrintStream out, final BufferedReader source)
 162     {
 163       try
 164       {
 165         new Thread(new Runnable()
 166         {
 167           @Override
 168           public void run()
 169           {
 170             String line;
 171             try
 172             {
 173               while ((line = source.readLine()) != null)
 174               {
 175                 out.print(line);
 176               }
 177             } catch (IOException q)
 178             {
 179             }
 180             ;
 181           };
 182         }).start();
 183       } catch (Exception ex)
 184       {
 185       }
 186       ;
 187
 188     }
 189
 190   }
 191
 192   public void doEcho()
 193   {
 194     new Echo(System.out, getOutputReader());
 195     new Echo(System.err, getErrorReader());
 196   }
 197 }