src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.viewmodel;
  19
  20 import jalview.analysis.Conservation;
  21 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  22 import jalview.api.AlignViewportI;
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.workers.AlignCalcManager;
  36 import jalview.workers.ConsensusThread;
  37 import jalview.workers.ConservationThread;
  38 import jalview.workers.StrucConsensusThread;
  39
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 /**
  44  * base class holding visualization and analysis attributes and common logic for an active alignment view displayed in the GUI
  45  * @author jimp
  46  *
  47  */
  48 public abstract class AlignmentViewport implements AlignViewportI
  49 {
  50   /**
  51    * alignment displayed in the viewport. Please use get/setter
  52    */
  53   protected AlignmentI alignment;
  54
  55   protected String sequenceSetID;
  56
  57   /**
  58    * probably unused indicator that view is of a dataset rather than an alignment
  59    */
  60   protected boolean isDataset = false;
  61
  62   private Hashtable hiddenRepSequences;
  63
  64   protected ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();
  65
  66
  67   public boolean autoCalculateConsensus = true;
  68
  69   protected boolean autoCalculateStrucConsensus = true;
  70
  71   protected boolean ignoreGapsInConsensusCalculation = false;
  72
  73
  74   protected ColourSchemeI globalColourScheme = null;
  75
  76
  77   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)
  78   {
  79     globalColourScheme = cs;
  80   }
  81
  82   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()
  83   {
  84     return globalColourScheme;
  85   }
  86
  87
  88   protected AlignmentAnnotation consensus;
  89
  90   protected AlignmentAnnotation strucConsensus;
  91
  92   protected AlignmentAnnotation conservation;
  93
  94   protected AlignmentAnnotation quality;
  95
  96   protected AlignmentAnnotation[] groupConsensus;
  97
  98   protected AlignmentAnnotation[] groupConservation;
  99
 100   /**
 101    * results of alignment consensus analysis for visible portion of view
 102    */
 103   protected Hashtable[] hconsensus=null;
 104
 105   /**
 106    * results of secondary structure base pair consensus for visible portion of view
 107    */
 108   protected Hashtable[] hStrucConsensus=null;
 109
 110   /**
 111    * percentage gaps allowed in a column before all amino acid properties should be considered unconserved
 112    */
 113   int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!
 114
 115
 116   public int getConsPercGaps()
 117   {
 118     return ConsPercGaps;
 119   }
 120   @Override
 121   public void setSequenceConsensusHash(Hashtable[] hconsensus)
 122   {
 123     this.hconsensus=hconsensus;
 124
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public Hashtable[] getSequenceConsensusHash()
 129   {
 130     return hconsensus;
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public Hashtable[] getRnaStructureConsensusHash()
 135   {
 136     return hStrucConsensus;
 137   }
 138   @Override
 139   public void setRnaStructureConsensusHash(Hashtable[] hStrucConsensus)
 140   {
 141     this.hStrucConsensus=hStrucConsensus;
 142
 143   }
 144   @Override
 145   public AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot()
 146   {
 147     return quality;
 148   }
 149
 150   @Override
 151   public AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation()
 152   {
 153     return conservation;
 154   }
 155   @Override
 156   public AlignmentAnnotation getAlignmentConsensusAnnotation()
 157   {
 158     return consensus;
 159   }
 160   @Override
 161   public AlignmentAnnotation getAlignmentStrucConsensusAnnotation()
 162   {
 163     return strucConsensus;
 164   }
 165
 166   protected AlignCalcManagerI calculator=new AlignCalcManager();
 167
 168   /**
 169    * trigger update of conservation annotation
 170    */
 171   public void updateConservation(final AlignmentViewPanel ap)
 172   {
 173     // see note in mantis : issue number 8585
 174     if (alignment.isNucleotide() || conservation == null
 175             || !autoCalculateConsensus)
 176     {
 177       return;
 178     }
 179     if (!calculator.startRegisteredWorkersOfClass(jalview.workers.ConservationThread.class))
 180     {
 181       calculator.registerWorker(new jalview.workers.ConservationThread(this, ap));
 182     }
 183   }
 184
 185   /**
 186    * trigger update of consensus annotation
 187    */
 188   public void updateConsensus(final AlignmentViewPanel ap)
 189   {
 190     // see note in mantis : issue number 8585
 191     if (consensus == null || !autoCalculateConsensus)
 192     {
 193       return;
 194     }
 195     if (!calculator.startRegisteredWorkersOfClass(ConsensusThread.class))
 196     {
 197       calculator.registerWorker(new ConsensusThread(this, ap));
 198     }
 199   }
 200
 201   // --------START Structure Conservation
 202   public void updateStrucConsensus(final AlignmentViewPanel ap)
 203   {
 204     if (autoCalculateStrucConsensus && strucConsensus==null && alignment.isNucleotide() && alignment.hasRNAStructure())
 205     {
 206
 207     }
 208
 209     // see note in mantis : issue number 8585
 210     if (strucConsensus == null || !autoCalculateStrucConsensus)
 211     {
 212       return;
 213     }
 214     if (!calculator.startRegisteredWorkersOfClass(StrucConsensusThread.class))
 215     {
 216       calculator.registerWorker(new StrucConsensusThread(this,ap));
 217     }
 218   }
 219
 220   public boolean isCalcInProgress()
 221   {
 222     return calculator.isWorking();
 223   }
 224
 225   public boolean isCalculationInProgress(
 226           AlignmentAnnotation alignmentAnnotation)
 227   {
 228     if (!alignmentAnnotation.autoCalculated)
 229       return false;
 230     if (calculator.workingInvolvedWith(alignmentAnnotation))
 231     {
 232 //      System.err.println("grey out ("+alignmentAnnotation.label+")");
 233       return true;
 234     }
 235     return false;
 236   }
 237   @Override
 238   public boolean isClosed()
 239   {
 240     // TODO: check that this isClosed is only true after panel is closed, not before it is fully constructed.
 241     return alignment==null;
 242   }
 243
 244   @Override
 245   public AlignCalcManagerI getCalcManager()
 246   {
 247     return calculator;
 248   }
 249
 250   /**
 251    * should conservation rows be shown for groups
 252    */
 253   protected boolean showGroupConservation = false;
 254
 255   /**
 256    * should consensus rows be shown for groups
 257    */
 258   protected boolean showGroupConsensus = false;
 259
 260   /**
 261    * should consensus profile be rendered by default
 262    */
 263   protected boolean showSequenceLogo = false;
 264   /**
 265    * should consensus profile be rendered normalised to row height
 266    */
 267   protected boolean normaliseSequenceLogo = false;
 268   /**
 269    * should consensus histograms be rendered by default
 270    */
 271   protected boolean showConsensusHistogram = true;
 272
 273   /**
 274    * @return the showConsensusProfile
 275    */
 276   public boolean isShowSequenceLogo()
 277   {
 278     return showSequenceLogo;
 279   }
 280
 281   /**
 282    * @param showSequenceLogo
 283    *          the new value
 284    */
 285   public void setShowSequenceLogo(boolean showSequenceLogo)
 286   {
 287     if (showSequenceLogo != this.showSequenceLogo)
 288     {
 289       // TODO: decouple settings setting from calculation when refactoring
 290       // annotation update method from alignframe to viewport
 291       this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
 292       calculator.updateAnnotationFor(ConsensusThread.class);
 293       calculator.updateAnnotationFor(StrucConsensusThread.class);
 294     }
 295     this.showSequenceLogo = showSequenceLogo;
 296   }
 297
 298   /**
 299    * @param showConsensusHistogram
 300    *          the showConsensusHistogram to set
 301    */
 302   public void setShowConsensusHistogram(boolean showConsensusHistogram)
 303   {
 304     this.showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
 305   }
 306
 307   /**
 308    * @return the showGroupConservation
 309    */
 310   public boolean isShowGroupConservation()
 311   {
 312     return showGroupConservation;
 313   }
 314
 315   /**
 316    * @param showGroupConservation
 317    *          the showGroupConservation to set
 318    */
 319   public void setShowGroupConservation(boolean showGroupConservation)
 320   {
 321     this.showGroupConservation = showGroupConservation;
 322   }
 323
 324   /**
 325    * @return the showGroupConsensus
 326    */
 327   public boolean isShowGroupConsensus()
 328   {
 329     return showGroupConsensus;
 330   }
 331
 332   /**
 333    * @param showGroupConsensus
 334    *          the showGroupConsensus to set
 335    */
 336   public void setShowGroupConsensus(boolean showGroupConsensus)
 337   {
 338     this.showGroupConsensus = showGroupConsensus;
 339   }
 340
 341   /**
 342    *
 343    * @return flag to indicate if the consensus histogram should be rendered by
 344    *         default
 345    */
 346   public boolean isShowConsensusHistogram()
 347   {
 348     return this.showConsensusHistogram;
 349   }
 350
 351   /**
 352    * show non-conserved residues only
 353    */
 354   protected boolean showUnconserved = false;
 355
 356
 357   /**
 358    * when set, updateAlignment will always ensure sequences are of equal length
 359    */
 360   private boolean padGaps = false;
 361
 362   /**
 363    * when set, alignment should be reordered according to a newly opened tree
 364    */
 365   public boolean sortByTree = false;
 366
 367   public boolean getShowUnconserved()
 368   {
 369     return showUnconserved;
 370   }
 371
 372   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 373   {
 374     showUnconserved = showunconserved;
 375   }
 376
 377   /**
 378    * @param showNonconserved
 379    *          the showUnconserved to set
 380    */
 381   public void setShowunconserved(boolean displayNonconserved)
 382   {
 383     this.showUnconserved = displayNonconserved;
 384   }
 385
 386   /**
 387    *
 388    *
 389    * @return null or the currently selected sequence region
 390    */
 391   public SequenceGroup getSelectionGroup()
 392   {
 393     return selectionGroup;
 394   }
 395
 396   /**
 397    * Set the selection group for this window.
 398    *
 399    * @param sg
 400    *          - group holding references to sequences in this alignment view
 401    *
 402    */
 403   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)
 404   {
 405     selectionGroup = sg;
 406   }
 407
 408   public void setHiddenColumns(ColumnSelection colsel)
 409   {
 410     this.colSel = colsel;
 411     if (colSel.getHiddenColumns() != null)
 412     {
 413       hasHiddenColumns = true;
 414     }
 415   }
 416
 417   public ColumnSelection getColumnSelection()
 418   {
 419     return colSel;
 420   }
 421   public void setColumnSelection(ColumnSelection colSel)
 422   {
 423     this.colSel=colSel;
 424   }
 425   public Hashtable getHiddenRepSequences()
 426   {
 427     return hiddenRepSequences;
 428   }
 429   public void setHiddenRepSequences(Hashtable hiddenRepSequences)
 430   {
 431     this.hiddenRepSequences = hiddenRepSequences;
 432   }
 433   protected boolean hasHiddenColumns = false;
 434
 435   public void updateHiddenColumns()
 436   {
 437     hasHiddenColumns = colSel.getHiddenColumns() != null;
 438   }
 439
 440   protected boolean hasHiddenRows = false;
 441
 442   public boolean hasHiddenRows() {
 443     return hasHiddenRows;
 444   }
 445
 446   protected SequenceGroup selectionGroup;
 447
 448   public void setSequenceSetId(String newid)
 449   {
 450     if (sequenceSetID!=null)
 451     {
 452       System.err.println("Warning - overwriting a sequenceSetId for a viewport!");
 453     }
 454     sequenceSetID=new String(newid);
 455   }
 456   public String getSequenceSetId()
 457   {
 458     if (sequenceSetID == null)
 459     {
 460       sequenceSetID = alignment.hashCode() + "";
 461     }
 462
 463     return sequenceSetID;
 464   }
 465   /**
 466    * unique viewId for synchronizing state (e.g. with stored Jalview Project)
 467    *
 468    */
 469   protected String viewId = null;
 470
 471   public String getViewId()
 472   {
 473     if (viewId == null)
 474     {
 475       viewId = this.getSequenceSetId() + "." + this.hashCode() + "";
 476     }
 477     return viewId;
 478   }
 479   public void setIgnoreGapsConsensus(boolean b, AlignmentViewPanel ap)
 480   {
 481     ignoreGapsInConsensusCalculation = b;
 482     if (ap!=null) {updateConsensus(ap);
 483     if (globalColourScheme != null)
 484     {
 485       globalColourScheme.setThreshold(globalColourScheme.getThreshold(),
 486               ignoreGapsInConsensusCalculation);
 487     }}
 488
 489   }
 490   private long sgrouphash = -1, colselhash = -1;
 491
 492   /**
 493    * checks current SelectionGroup against record of last hash value, and
 494    * updates record.
 495    *
 496    * @param b
 497    *          update the record of last hash value
 498    *
 499    * @return true if SelectionGroup changed since last call (when b is true)
 500    */
 501   public boolean isSelectionGroupChanged(boolean b)
 502   {
 503     int hc = (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() == 0) ? -1
 504             : selectionGroup.hashCode();
 505     if (hc != -1 && hc != sgrouphash)
 506     {
 507       if (b)
 508       {
 509         sgrouphash = hc;
 510       }
 511       return true;
 512     }
 513     return false;
 514   }
 515
 516   /**
 517    * checks current colsel against record of last hash value, and optionally
 518    * updates record.
 519    *
 520    * @param b
 521    *          update the record of last hash value
 522    * @return true if colsel changed since last call (when b is true)
 523    */
 524   public boolean isColSelChanged(boolean b)
 525   {
 526     int hc = (colSel == null || colSel.size() == 0) ? -1 : colSel
 527             .hashCode();
 528     if (hc != -1 && hc != colselhash)
 529     {
 530       if (b)
 531       {
 532         colselhash = hc;
 533       }
 534       return true;
 535     }
 536     return false;
 537   }
 538
 539   public boolean getIgnoreGapsConsensus()
 540   {
 541     return ignoreGapsInConsensusCalculation;
 542   }
 543
 544   /// property change stuff
 545
 546   // JBPNote Prolly only need this in the applet version.
 547   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(
 548           this);
 549
 550   protected boolean showConservation = true;
 551
 552   protected boolean showQuality = true;
 553
 554   protected boolean showConsensus = true;
 555
 556
 557   /**
 558    * Property change listener for changes in alignment
 559    *
 560    * @param listener
 561    *          DOCUMENT ME!
 562    */
 563   public void addPropertyChangeListener(
 564           java.beans.PropertyChangeListener listener)
 565   {
 566     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
 567   }
 568
 569   /**
 570    * DOCUMENT ME!
 571    *
 572    * @param listener
 573    *          DOCUMENT ME!
 574    */
 575   public void removePropertyChangeListener(
 576           java.beans.PropertyChangeListener listener)
 577   {
 578     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
 579   }
 580
 581   /**
 582    * Property change listener for changes in alignment
 583    *
 584    * @param prop
 585    *          DOCUMENT ME!
 586    * @param oldvalue
 587    *          DOCUMENT ME!
 588    * @param newvalue
 589    *          DOCUMENT ME!
 590    */
 591   public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue,
 592           Object newvalue)
 593   {
 594     changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);
 595   }
 596
 597   // common hide/show column stuff
 598
 599
 600   public void hideSelectedColumns()
 601   {
 602     if (colSel.size() < 1)
 603     {
 604       return;
 605     }
 606
 607     colSel.hideSelectedColumns();
 608     setSelectionGroup(null);
 609
 610     hasHiddenColumns = true;
 611   }
 612
 613   public void hideColumns(int start, int end)
 614   {
 615     if (start == end)
 616     {
 617       colSel.hideColumns(start);
 618     }
 619     else
 620     {
 621       colSel.hideColumns(start, end);
 622     }
 623
 624     hasHiddenColumns = true;
 625   }
 626
 627   public void showColumn(int col)
 628   {
 629     colSel.revealHiddenColumns(col);
 630     if (colSel.getHiddenColumns() == null)
 631     {
 632       hasHiddenColumns = false;
 633     }
 634   }
 635
 636   public void showAllHiddenColumns()
 637   {
 638     colSel.revealAllHiddenColumns();
 639     hasHiddenColumns = false;
 640   }
 641
 642
 643   // common hide/show seq stuff
 644   public void showAllHiddenSeqs()
 645   {
 646     if (alignment.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 647     {
 648       if (selectionGroup == null)
 649       {
 650         selectionGroup = new SequenceGroup();
 651         selectionGroup.setEndRes(alignment.getWidth() - 1);
 652       }
 653       Vector tmp = alignment.getHiddenSequences().showAll(
 654               hiddenRepSequences);
 655       for (int t = 0; t < tmp.size(); t++)
 656       {
 657         selectionGroup.addSequence((SequenceI) tmp.elementAt(t), false);
 658       }
 659
 660       hasHiddenRows = false;
 661       hiddenRepSequences = null;
 662
 663       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
 664       // used to set hasHiddenRows/hiddenRepSequences here, after the property changed event
 665       sendSelection();
 666     }
 667   }
 668
 669   public void showSequence(int index)
 670   {
 671     Vector tmp = alignment.getHiddenSequences().showSequence(index,
 672             hiddenRepSequences);
 673     if (tmp.size() > 0)
 674     {
 675       if (selectionGroup == null)
 676       {
 677         selectionGroup = new SequenceGroup();
 678         selectionGroup.setEndRes(alignment.getWidth() - 1);
 679       }
 680
 681       for (int t = 0; t < tmp.size(); t++)
 682       {
 683         selectionGroup.addSequence((SequenceI) tmp.elementAt(t), false);
 684       }
 685       // JBPNote: refactor: only update flag if we modified visiblity (used to do this regardless)
 686       if (alignment.getHiddenSequences().getSize() < 1)
 687       {
 688         hasHiddenRows = false;
 689       }
 690       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
 691       sendSelection();
 692     }
 693   }
 694
 695
 696
 697   public void hideAllSelectedSeqs()
 698   {
 699     if (selectionGroup == null || selectionGroup.getSize() < 1)
 700     {
 701       return;
 702     }
 703
 704     SequenceI[] seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
 705
 706     hideSequence(seqs);
 707
 708     setSelectionGroup(null);
 709   }
 710
 711
 712   public void hideSequence(SequenceI[] seq)
 713   {
 714     if (seq != null)
 715     {
 716       for (int i = 0; i < seq.length; i++)
 717       {
 718         alignment.getHiddenSequences().hideSequence(seq[i]);
 719       }
 720       hasHiddenRows = true;
 721       firePropertyChange("alignment", null, alignment.getSequences());
 722     }
 723   }
 724
 725   public void hideRepSequences(SequenceI repSequence, SequenceGroup sg)
 726   {
 727     int sSize = sg.getSize();
 728     if (sSize < 2)
 729     {
 730       return;
 731     }
 732
 733     if (hiddenRepSequences == null)
 734     {
 735       hiddenRepSequences = new Hashtable();
 736     }
 737
 738     hiddenRepSequences.put(repSequence, sg);
 739
 740     // Hide all sequences except the repSequence
 741     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sSize - 1];
 742     int index = 0;
 743     for (int i = 0; i < sSize; i++)
 744     {
 745       if (sg.getSequenceAt(i) != repSequence)
 746       {
 747         if (index == sSize - 1)
 748         {
 749           return;
 750         }
 751
 752         seqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
 753       }
 754     }
 755     sg.setSeqrep(repSequence); // note: not done in 2.7applet
 756     sg.setHidereps(true); // note: not done in 2.7applet
 757     hideSequence(seqs);
 758
 759   }
 760
 761   public boolean isHiddenRepSequence(SequenceI seq)
 762   {
 763     return hiddenRepSequences != null
 764           && hiddenRepSequences.containsKey(seq);
 765   }
 766   public SequenceGroup getRepresentedSequences(SequenceI seq)
 767   {
 768     return (SequenceGroup) (hiddenRepSequences == null ? null : hiddenRepSequences.get(seq));
 769   }
 770
 771   public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)
 772   {
 773     return alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(
 774             alignmentIndex);
 775   }
 776
 777   // Selection manipulation
 778   /**
 779    * broadcast selection to any interested parties
 780    */
 781   public abstract void sendSelection();
 782
 783
 784   public void invertColumnSelection()
 785   {
 786     colSel.invertColumnSelection(0, alignment.getWidth());
 787   }
 788
 789
 790   /**
 791    * This method returns an array of new SequenceI objects derived from the
 792    * whole alignment or just the current selection with start and end points
 793    * adjusted
 794    *
 795    * @note if you need references to the actual SequenceI objects in the
 796    *       alignment or currently selected then use getSequenceSelection()
 797    * @return selection as new sequenceI objects
 798    */
 799   public SequenceI[] getSelectionAsNewSequence()
 800   {
 801     SequenceI[] sequences;
 802     // JBPNote: Need to test jalviewLite.getSelectedSequencesAsAlignmentFrom - this was the only caller in the applet for this method
 803     // JBPNote: in applet, this method returned references to the alignment sequences, and it did not honour the presence/absence of annotation attached to the alignment (probably!)
 804     if (selectionGroup == null)
 805     {
 806       sequences = alignment.getSequencesArray();
 807       AlignmentAnnotation[] annots = alignment.getAlignmentAnnotation();
 808       for (int i = 0; i < sequences.length; i++)
 809       {
 810         sequences[i] = new Sequence(sequences[i], annots); // construct new
 811         // sequence with
 812         // subset of visible
 813         // annotation
 814       }
 815     }
 816     else
 817     {
 818       sequences = selectionGroup.getSelectionAsNewSequences(alignment);
 819     }
 820
 821     return sequences;
 822   }
 823
 824
 825   /**
 826    * get the currently selected sequence objects or all the sequences in the
 827    * alignment.
 828    *
 829    * @return array of references to sequence objects
 830    */
 831   public SequenceI[] getSequenceSelection()
 832   {
 833     SequenceI[] sequences = null;
 834     if (selectionGroup != null)
 835     {
 836       sequences = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
 837     }
 838     if (sequences == null)
 839     {
 840       sequences = alignment.getSequencesArray();
 841     }
 842     return sequences;
 843   }
 844
 845
 846   /**
 847    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 848    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 849    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 850    * columns.
 851    *
 852    * @return String[]
 853    */
 854   public jalview.datamodel.CigarArray getViewAsCigars(
 855           boolean selectedRegionOnly)
 856   {
 857     return new jalview.datamodel.CigarArray(alignment,
 858             (hasHiddenColumns ? colSel : null),
 859             (selectedRegionOnly ? selectionGroup : null));
 860   }
 861
 862   /**
 863    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 864    * to an analysis function
 865    *
 866    * @param selectedOnly
 867    *          boolean true to just return the selected view
 868    * @return AlignmentView
 869    */
 870   public jalview.datamodel.AlignmentView getAlignmentView(
 871           boolean selectedOnly)
 872   {
 873     return getAlignmentView(selectedOnly, false);
 874   }
 875
 876   /**
 877    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 878    * to an analysis function
 879    *
 880    * @param selectedOnly
 881    *          boolean true to just return the selected view
 882    * @param markGroups
 883    *          boolean true to annotate the alignment view with groups on the
 884    *          alignment (and intersecting with selected region if selectedOnly
 885    *          is true)
 886    * @return AlignmentView
 887    */
 888   public jalview.datamodel.AlignmentView getAlignmentView(
 889           boolean selectedOnly, boolean markGroups)
 890   {
 891     return new AlignmentView(alignment, colSel, selectionGroup,
 892             hasHiddenColumns, selectedOnly, markGroups);
 893   }
 894
 895
 896   /**
 897    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 898    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 899    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 900    * columns.
 901    *
 902    * @return String[]
 903    */
 904   public String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly)
 905   {
 906     String[] selection = null;
 907     SequenceI[] seqs = null;
 908     int i, iSize;
 909     int start = 0, end = 0;
 910     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 911     {
 912       iSize = selectionGroup.getSize();
 913       seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder(alignment);
 914       start = selectionGroup.getStartRes();
 915       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 916     }
 917     else
 918     {
 919       iSize = alignment.getHeight();
 920       seqs = alignment.getSequencesArray();
 921       end = alignment.getWidth();
 922     }
 923
 924     selection = new String[iSize];
 925     if (hasHiddenColumns)
 926     {
 927       selection = colSel.getVisibleSequenceStrings(start, end, seqs);
 928     }
 929     else
 930     {
 931       for (i = 0; i < iSize; i++)
 932       {
 933         selection[i] = seqs[i].getSequenceAsString(start, end);
 934       }
 935
 936     }
 937     return selection;
 938   }
 939
 940
 941   /**
 942    * return visible region boundaries within given column range
 943    * @param min first column (inclusive, from 0)
 944    * @param max last column (exclusive)
 945    * @return int[][] range of {start,end} visible positions
 946    */
 947   public int[][] getVisibleRegionBoundaries(int min, int max)
 948   {
 949     Vector regions = new Vector();
 950     int start = min;
 951     int end = max;
 952
 953     do
 954     {
 955       if (hasHiddenColumns)
 956       {
 957         if (start == 0)
 958         {
 959           start = colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 960         }
 961
 962         end = colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 963         if (start == end)
 964         {
 965           end = max;
 966         }
 967         if (end > max)
 968         {
 969           end = max;
 970         }
 971       }
 972
 973       regions.addElement(new int[]
 974       { start, end });
 975
 976       if (hasHiddenColumns)
 977       {
 978         start = colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 979         start = colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 980       }
 981     } while (end < max);
 982
 983     int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 984
 985     regions.copyInto(startEnd);
 986
 987     return startEnd;
 988
 989   }
 990   /**
 991    * @return the padGaps
 992    */
 993   public boolean isPadGaps()
 994   {
 995     return padGaps;
 996   }
 997   /**
 998    * @param padGaps the padGaps to set
 999    */
1000   public void setPadGaps(boolean padGaps)
1001   {
1002     this.padGaps = padGaps;
1003   }
1004   /**
1005    * apply any post-edit constraints and trigger any calculations needed after an edit has been performed on the alignment
1006    * @param ap
1007    */
1008   public void alignmentChanged(AlignmentViewPanel ap)
1009   {
1010     if (isPadGaps())
1011     {
1012       alignment.padGaps();
1013     }
1014     if (autoCalculateConsensus)
1015     {
1016       updateConsensus(ap);
1017     }
1018     if (hconsensus != null && autoCalculateConsensus)
1019     {
1020       updateConservation(ap);
1021     }
1022     if (autoCalculateStrucConsensus)
1023     {
1024       updateStrucConsensus(ap);
1025     }
1026
1027     // Reset endRes of groups if beyond alignment width
1028     int alWidth = alignment.getWidth();
1029     Vector groups = alignment.getGroups();
1030     if (groups != null)
1031     {
1032       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
1033       {
1034         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);
1035         if (sg.getEndRes() > alWidth)
1036         {
1037           sg.setEndRes(alWidth - 1);
1038         }
1039       }
1040     }
1041
1042     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getEndRes() > alWidth)
1043     {
1044       selectionGroup.setEndRes(alWidth - 1);
1045     }
1046
1047     resetAllColourSchemes();
1048     calculator.restartWorkers();
1049     // alignment.adjustSequenceAnnotations();
1050   }
1051
1052
1053   /**
1054    * reset scope and do calculations for all applied colourschemes on alignment
1055    */
1056   void resetAllColourSchemes()
1057   {
1058     ColourSchemeI cs = globalColourScheme;
1059     if (cs != null)
1060     {
1061       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)
1062       {
1063         ((ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(alignment.getSequences(),
1064                 alignment.getWidth());
1065       }
1066
1067       cs.setConsensus(hconsensus);
1068       if (cs.conservationApplied())
1069       {
1070         cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("All",
1071                 ResidueProperties.propHash, 3, alignment.getSequences(), 0,
1072                 alignment.getWidth(), false, getConsPercGaps(), false));
1073       }
1074     }
1075
1076     int s, sSize = alignment.getGroups().size();
1077     for (s = 0; s < sSize; s++)
1078     {
1079       SequenceGroup sg = (SequenceGroup) alignment.getGroups().elementAt(s);
1080       if (sg.cs != null && sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)
1081       {
1082         ((ClustalxColourScheme) sg.cs).resetClustalX(sg
1083                 .getSequences(hiddenRepSequences), sg.getWidth());
1084       }
1085       sg.recalcConservation();
1086     }
1087   }
1088
1089   protected void initAutoAnnotation()
1090   {
1091     // TODO: add menu option action that nulls or creates consensus object
1092     // depending on if the user wants to see the annotation or not in a
1093     // specific alignment
1094
1095     if (hconsensus == null && !isDataset)
1096     {
1097       if (!alignment.isNucleotide())
1098       {
1099         if (showConservation)
1100         {
1101           if (conservation==null)
1102         {
1103         conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",
1104                 "Conservation of total alignment less than " + getConsPercGaps()
1105                         + "% gaps", new Annotation[1], 0f, 11f,
1106                 AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1107         conservation.hasText = true;
1108         conservation.autoCalculated = true;
1109           alignment.addAnnotation(conservation);
1110         }
1111         }
1112         if (showQuality)
1113         {
1114           if (quality==null)
1115           {
1116           quality = new AlignmentAnnotation("Quality",
1117                   "Alignment Quality based on Blosum62 scores",
1118                   new Annotation[1], 0f, 11f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1119           quality.hasText = true;
1120           quality.autoCalculated = true;
1121           alignment.addAnnotation(quality);
1122         }
1123         }
1124       } else {
1125         if (alignment.hasRNAStructure())
1126         {
1127           strucConsensus = new AlignmentAnnotation("StrucConsensus", "PID",
1128                   new Annotation[1], 0f, 100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1129           strucConsensus.hasText = true;
1130           strucConsensus.autoCalculated = true;
1131         }
1132       }
1133
1134       consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",
1135               new Annotation[1], 0f, 100f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
1136       consensus.hasText = true;
1137       consensus.autoCalculated = true;
1138
1139       if (showConsensus)
1140       {
1141         alignment.addAnnotation(consensus);
1142         if (strucConsensus!=null)
1143         {
1144           alignment.addAnnotation(strucConsensus);
1145         }
1146       }
1147     }
1148   }
1149
1150 }