src/jalview/viewmodel/OverviewDimensionsAllVisible.java

   1 package jalview.viewmodel;
   2
   3 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
   4 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
   7 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
   8 import jalview.datamodel.VisibleColsCollection;
   9 import jalview.datamodel.VisibleRowsCollection;
  10
  11 public class OverviewDimensionsAllVisible extends OverviewDimensions
  12 {
  13   private ViewportRanges alRanges;
  14
  15   public OverviewDimensionsAllVisible(ViewportRanges ranges,
  16           boolean showAnnotationPanel)
  17   {
  18     super(ranges, showAnnotationPanel);
  19     alRanges = ranges;
  20     resetAlignmentDims();
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  25           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
  26   {
  27     resetAlignmentDims();
  28
  29     int x = mousex;
  30     int y = mousey;
  31
  32     if (x < 0)
  33     {
  34       x = 0;
  35     }
  36
  37     if (y < 0)
  38     {
  39       y = 0;
  40     }
  41
  42     //
  43     // Convert x value to residue position
  44     //
  45
  46     // need to determine where scrollCol should be, given x
  47     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
  48     // correction
  49
  50     // convert x to residues - this is an absolute position
  51     int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
  52
  53     // get viewport width in residues
  54     int vpwidth = alRanges.getEndRes() - alRanges.getStartRes() + 1;
  55
  56     if (xAsRes + vpwidth > alwidth)
  57     {
  58       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  59
  60       // if last position was before the end of the alignment, need to update
  61       if ((scrollCol + vpwidth - 1) < alwidth)
  62       {
  63         xAsRes = alwidth - vpwidth;
  64       }
  65       else
  66       {
  67         xAsRes = scrollCol;
  68       }
  69     }
  70
  71
  72     //
  73     // Convert y value to sequence position
  74     //
  75
  76     // convert y to residues
  77     int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
  78
  79     // get viewport height in sequences
  80     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
  81     int vpheight = alRanges.getEndSeq() - alRanges.getStartSeq() + 1;
  82
  83     if (yAsSeq + vpheight > alheight)
  84     {
  85       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  86       if ((scrollRow + vpheight - 1) < alheight)
  87       {
  88         yAsSeq = alheight - vpheight;
  89       }
  90       else
  91       {
  92         yAsSeq = scrollRow;
  93       }
  94     }
  95
  96     // update scroll values
  97     scrollCol = xAsRes;
  98     scrollRow = yAsSeq;
  99
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 104           HiddenColumns hiddenCols)
 105   {
 106     resetAlignmentDims();
 107
 108     // work with visible values of startRes and endRes
 109     int startRes = alRanges.getStartRes();
 110     int endRes = alRanges.getEndRes();
 111
 112     // work with visible values of startSeq and endSeq
 113     int startSeq = alRanges.getStartSeq();
 114     int endSeq = alRanges.getEndSeq();
 115
 116     // boxX, boxY is the x,y location equivalent to startRes, startSeq
 117     boxX = Math.round((float) startRes * width / alwidth);
 118     boxY = Math.round((float) startSeq * sequencesHeight / alheight);
 119
 120     // boxWidth is the width in residues translated to pixels
 121     // since the box includes both the start and end residues, add 1 to the
 122     // difference
 123     boxWidth = Math
 124             .round((float) (endRes - startRes + 1) * width / alwidth);
 125     // boxHeight is the height in sequences translated to pixels
 126     boxHeight = Math.round((float) (endSeq - startSeq + 1)
 127             * sequencesHeight / alheight);
 128
 129   }
 130
 131   @Override
 132   public AlignmentColsCollectionI getColumns(HiddenColumns hiddenCols)
 133   {
 134     return new VisibleColsCollection(0,
 135             alRanges.getAbsoluteAlignmentWidth() - 1, hiddenCols);
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public AlignmentRowsCollectionI getRows(AlignmentI al)
 140   {
 141     return new VisibleRowsCollection(0,
 142             alRanges.getAbsoluteAlignmentHeight() - 1, al);
 143   }
 144
 145   @Override
 146   protected void resetAlignmentDims()
 147   {
 148     alwidth = alRanges.getVisibleAlignmentWidth();
 149     alheight = alRanges.getVisibleAlignmentHeight();
 150   }
 151 }