src/jalview/viewmodel/OverviewDimensionsAllVisible.java

   1 package jalview.viewmodel;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentColsCollection;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentRowsCollection;
   6 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   7 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
   8
   9 public class OverviewDimensionsAllVisible extends OverviewDimensions
  10 {
  11   private float pixelsPerCol;
  12
  13   private float pixelsPerSeq;
  14
  15   public OverviewDimensionsAllVisible(ViewportRanges ranges,
  16           boolean showAnnotationPanel)
  17   {
  18     super(ranges, showAnnotationPanel);
  19
  20     int alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
  21     int alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
  22
  23     pixelsPerCol = (float) width / alwidth;
  24     pixelsPerSeq = (float) sequencesHeight / alheight;
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  29           HiddenSequences hiddenSeqs, ColumnSelection hiddenCols,
  30           ViewportRanges ranges)
  31   {
  32     int x = mousex;
  33     int y = mousey;
  34
  35     int alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
  36     int alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
  37
  38     if (x < 0)
  39     {
  40       x = 0;
  41     }
  42
  43     if (y < 0)
  44     {
  45       y = 0;
  46     }
  47
  48     //
  49     // Convert x value to residue position
  50     //
  51
  52     // need to determine where scrollCol should be, given x
  53     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
  54     // correction
  55
  56     // convert x to residues - this is an absolute position
  57     int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
  58
  59     // get viewport width in residues
  60     int vpwidth = ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes() + 1;
  61
  62     if (xAsRes + vpwidth > alwidth)
  63     {
  64       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  65
  66       // if last position was before the end of the alignment, need to update
  67       if ((scrollCol + vpwidth - 1) < alwidth)
  68       {
  69         xAsRes = alwidth - vpwidth;
  70       }
  71       else
  72       {
  73         xAsRes = scrollCol;
  74       }
  75     }
  76
  77
  78     //
  79     // Convert y value to sequence position
  80     //
  81
  82     // convert y to residues
  83     int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
  84
  85     // get viewport height in sequences
  86     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
  87     int vpheight = ranges.getEndSeq() - ranges.getStartSeq() + 1;
  88
  89     if (yAsSeq + vpheight > alheight)
  90     {
  91       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  92       if ((scrollRow + vpheight - 1) < alheight)
  93       {
  94         yAsSeq = alheight - vpheight;
  95       }
  96       else
  97       {
  98         yAsSeq = scrollRow;
  99       }
 100     }
 101
 102     // update scroll values
 103     scrollCol = xAsRes;
 104     scrollRow = yAsSeq;
 105
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 110           ColumnSelection hiddenCols, ViewportRanges ranges)
 111   {
 112     int alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 113     int alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
 114
 115     // work with visible values of startRes and endRes
 116     int startRes = ranges.getStartRes();
 117     int endRes = ranges.getEndRes();
 118
 119     // work with visible values of startSeq and endSeq
 120     int startSeq = ranges.getStartSeq();
 121     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 122
 123     // boxX, boxY is the x,y location equivalent to startRes, startSeq
 124     boxX = Math.round((float) startRes * width / alwidth);
 125     boxY = Math.round((float) startSeq * sequencesHeight / alheight);
 126
 127     // boxWidth is the width in residues translated to pixels
 128     // since the box includes both the start and end residues, add 1 to the
 129     // difference
 130     boxWidth = Math
 131             .round((float) (endRes - startRes + 1) * width / alwidth);
 132     // boxHeight is the height in sequences translated to pixels
 133     boxHeight = Math.round((float) (endSeq - startSeq + 1)
 134             * sequencesHeight / alheight);
 135
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public AlignmentColsCollection getColumns(ViewportRanges ranges,
 140           ColumnSelection hiddenCols)
 141   {
 142     return new AlignmentColsCollection(0,
 143             ranges.getVisibleAlignmentWidth() - 1, hiddenCols);
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public AlignmentRowsCollection getRows(ViewportRanges ranges,
 148           AlignmentI al)
 149   {
 150     return new AlignmentRowsCollection(0,
 151             ranges.getVisibleAlignmentHeight() - 1, al);
 152   }
 153
 154   @Override
 155   public float getPixelsPerCol()
 156   {
 157     return pixelsPerCol;
 158   }
 159
 160   @Override
 161   public float getPixelsPerSeq()
 162   {
 163     return pixelsPerSeq;
 164   }
 165 }