src/jalview/viewmodel/OverviewDimensionsAllVisible.java

   1 package jalview.viewmodel;
   2
   3 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
   4 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.AllColsCollection;
   7 import jalview.datamodel.AllRowsCollection;
   8 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   9 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  10
  11 public class OverviewDimensionsAllVisible extends OverviewDimensions
  12 {
  13   private float pixelsPerCol;
  14
  15   private float pixelsPerSeq;
  16
  17   public OverviewDimensionsAllVisible(ViewportRanges ranges,
  18           boolean showAnnotationPanel)
  19   {
  20     super(ranges, showAnnotationPanel);
  21
  22     int alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
  23     int alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
  24
  25     pixelsPerCol = (float) width / alwidth;
  26     pixelsPerSeq = (float) sequencesHeight / alheight;
  27   }
  28
  29   @Override
  30   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  31           HiddenSequences hiddenSeqs, ColumnSelection hiddenCols,
  32           ViewportRanges ranges)
  33   {
  34     int x = mousex;
  35     int y = mousey;
  36
  37     int alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
  38     int alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
  39
  40     if (x < 0)
  41     {
  42       x = 0;
  43     }
  44
  45     if (y < 0)
  46     {
  47       y = 0;
  48     }
  49
  50     //
  51     // Convert x value to residue position
  52     //
  53
  54     // need to determine where scrollCol should be, given x
  55     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
  56     // correction
  57
  58     // convert x to residues - this is an absolute position
  59     int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
  60
  61     // get viewport width in residues
  62     int vpwidth = ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes() + 1;
  63
  64     if (xAsRes + vpwidth > alwidth)
  65     {
  66       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  67
  68       // if last position was before the end of the alignment, need to update
  69       if ((scrollCol + vpwidth - 1) < alwidth)
  70       {
  71         xAsRes = alwidth - vpwidth;
  72       }
  73       else
  74       {
  75         xAsRes = scrollCol;
  76       }
  77     }
  78
  79
  80     //
  81     // Convert y value to sequence position
  82     //
  83
  84     // convert y to residues
  85     int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
  86
  87     // get viewport height in sequences
  88     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
  89     int vpheight = ranges.getEndSeq() - ranges.getStartSeq() + 1;
  90
  91     if (yAsSeq + vpheight > alheight)
  92     {
  93       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  94       if ((scrollRow + vpheight - 1) < alheight)
  95       {
  96         yAsSeq = alheight - vpheight;
  97       }
  98       else
  99       {
 100         yAsSeq = scrollRow;
 101       }
 102     }
 103
 104     // update scroll values
 105     scrollCol = xAsRes;
 106     scrollRow = yAsSeq;
 107
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 112           ColumnSelection hiddenCols, ViewportRanges ranges)
 113   {
 114     int alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 115     int alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
 116
 117     // work with visible values of startRes and endRes
 118     int startRes = ranges.getStartRes();
 119     int endRes = ranges.getEndRes();
 120
 121     // work with visible values of startSeq and endSeq
 122     int startSeq = ranges.getStartSeq();
 123     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 124
 125     // boxX, boxY is the x,y location equivalent to startRes, startSeq
 126     boxX = Math.round((float) startRes * width / alwidth);
 127     boxY = Math.round((float) startSeq * sequencesHeight / alheight);
 128
 129     // boxWidth is the width in residues translated to pixels
 130     // since the box includes both the start and end residues, add 1 to the
 131     // difference
 132     boxWidth = Math
 133             .round((float) (endRes - startRes + 1) * width / alwidth);
 134     // boxHeight is the height in sequences translated to pixels
 135     boxHeight = Math.round((float) (endSeq - startSeq + 1)
 136             * sequencesHeight / alheight);
 137
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public AlignmentColsCollectionI getColumns(ViewportRanges ranges,
 142           ColumnSelection hiddenCols)
 143   {
 144     return new AllColsCollection(0,
 145             ranges.getVisibleAlignmentWidth() - 1, hiddenCols);
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public AlignmentRowsCollectionI getRows(ViewportRanges ranges,
 150           AlignmentI al)
 151   {
 152     return new AllRowsCollection(0,
 153             ranges.getVisibleAlignmentHeight() - 1, al);
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public float getPixelsPerCol()
 158   {
 159     return pixelsPerCol;
 160   }
 161
 162   @Override
 163   public float getPixelsPerSeq()
 164   {
 165     return pixelsPerSeq;
 166   }
 167 }