src/jalview/viewmodel/OverviewDimensionsAllVisible.java

   1 package jalview.viewmodel;
   2
   3 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
   4 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
   7 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
   8 import jalview.datamodel.VisibleColsCollection;
   9 import jalview.datamodel.VisibleRowsCollection;
  10
  11 public class OverviewDimensionsAllVisible extends OverviewDimensions
  12 {
  13   public OverviewDimensionsAllVisible(ViewportRanges ranges,
  14           boolean showAnnotationPanel)
  15   {
  16     super(ranges, showAnnotationPanel);
  17
  18     alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
  19     alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
  20   }
  21
  22   @Override
  23   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  24           HiddenSequences hiddenSeqs, ColumnSelection hiddenCols,
  25           ViewportRanges ranges)
  26   {
  27     int x = mousex;
  28     int y = mousey;
  29
  30     alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
  31     alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
  32
  33     if (x < 0)
  34     {
  35       x = 0;
  36     }
  37
  38     if (y < 0)
  39     {
  40       y = 0;
  41     }
  42
  43     //
  44     // Convert x value to residue position
  45     //
  46
  47     // need to determine where scrollCol should be, given x
  48     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
  49     // correction
  50
  51     // convert x to residues - this is an absolute position
  52     int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
  53
  54     // get viewport width in residues
  55     int vpwidth = ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes() + 1;
  56
  57     if (xAsRes + vpwidth > alwidth)
  58     {
  59       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  60
  61       // if last position was before the end of the alignment, need to update
  62       if ((scrollCol + vpwidth - 1) < alwidth)
  63       {
  64         xAsRes = alwidth - vpwidth;
  65       }
  66       else
  67       {
  68         xAsRes = scrollCol;
  69       }
  70     }
  71
  72
  73     //
  74     // Convert y value to sequence position
  75     //
  76
  77     // convert y to residues
  78     int yAsSeq = Math.round((float) y * alheight / sequencesHeight);
  79
  80     // get viewport height in sequences
  81     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
  82     int vpheight = ranges.getEndSeq() - ranges.getStartSeq() + 1;
  83
  84     if (yAsSeq + vpheight > alheight)
  85     {
  86       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  87       if ((scrollRow + vpheight - 1) < alheight)
  88       {
  89         yAsSeq = alheight - vpheight;
  90       }
  91       else
  92       {
  93         yAsSeq = scrollRow;
  94       }
  95     }
  96
  97     // update scroll values
  98     scrollCol = xAsRes;
  99     scrollRow = yAsSeq;
 100
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 105           ColumnSelection hiddenCols, ViewportRanges ranges)
 106   {
 107     alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 108     alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
 109
 110     // work with visible values of startRes and endRes
 111     int startRes = ranges.getStartRes();
 112     int endRes = ranges.getEndRes();
 113
 114     // work with visible values of startSeq and endSeq
 115     int startSeq = ranges.getStartSeq();
 116     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 117
 118     // boxX, boxY is the x,y location equivalent to startRes, startSeq
 119     boxX = Math.round((float) startRes * width / alwidth);
 120     boxY = Math.round((float) startSeq * sequencesHeight / alheight);
 121
 122     // boxWidth is the width in residues translated to pixels
 123     // since the box includes both the start and end residues, add 1 to the
 124     // difference
 125     boxWidth = Math
 126             .round((float) (endRes - startRes + 1) * width / alwidth);
 127     // boxHeight is the height in sequences translated to pixels
 128     boxHeight = Math.round((float) (endSeq - startSeq + 1)
 129             * sequencesHeight / alheight);
 130
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public AlignmentColsCollectionI getColumns(ViewportRanges ranges,
 135           ColumnSelection hiddenCols)
 136   {
 137     return new VisibleColsCollection(0,
 138             ranges.getVisibleAlignmentWidth() - 1, hiddenCols);
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public AlignmentRowsCollectionI getRows(ViewportRanges ranges,
 143           AlignmentI al)
 144   {
 145     return new VisibleRowsCollection(0,
 146             ranges.getVisibleAlignmentHeight() - 1, al);
 147   }
 148 }