src/jalview/viewmodel/OverviewDimensionsHideHidden.java

   1 package jalview.viewmodel;
   2
   3 import jalview.api.AlignmentColsCollectionI;
   4 import jalview.api.AlignmentRowsCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
   7 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
   8 import jalview.datamodel.VisibleColsCollection;
   9 import jalview.datamodel.VisibleRowsCollection;
  10
  11 public class OverviewDimensionsHideHidden extends OverviewDimensions
  12 {
  13   private ViewportRanges ranges;
  14
  15   public OverviewDimensionsHideHidden(ViewportRanges vpranges,
  16           boolean showAnnotationPanel)
  17   {
  18     super(vpranges, showAnnotationPanel);
  19     ranges = vpranges;
  20     resetAlignmentDims();
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public void updateViewportFromMouse(int mousex, int mousey,
  25           HiddenSequences hiddenSeqs, HiddenColumns hiddenCols)
  26   {
  27     resetAlignmentDims();
  28
  29     int xAsRes = getLeftXFromCentreX(mousex, hiddenCols);
  30     int yAsSeq = getTopYFromCentreY(mousey, hiddenSeqs);
  31
  32     if (xAsRes < 0)
  33     {
  34       xAsRes = 0;
  35     }
  36
  37     if (yAsSeq < 0)
  38     {
  39       yAsSeq = 0;
  40     }
  41
  42     //
  43     // Convert x value to residue position
  44     //
  45
  46     // need to determine where scrollCol should be, given x
  47     // to do this also need to know width of viewport, and some hidden column
  48     // correction
  49
  50     // convert x to residues - this is an absolute position
  51     // int xAsRes = Math.round((float) x * alwidth / width);
  52
  53     // get viewport width in residues
  54     int vpwidth = ranges.getViewportWidth();
  55
  56     if (xAsRes + vpwidth > alwidth)
  57     {
  58       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  59
  60       // if last position was before the end of the alignment, need to update
  61       if (ranges.getStartRes() < alwidth)
  62       {
  63         xAsRes = alwidth - vpwidth;
  64       }
  65       else
  66       {
  67         xAsRes = ranges.getStartRes();
  68       }
  69     }
  70
  71
  72     //
  73     // Convert y value to sequence position
  74     //
  75
  76     // get viewport height in sequences
  77     // add 1 because height includes both endSeq and startSeq
  78     int vpheight = ranges.getViewportHeight();
  79
  80     if (yAsSeq + vpheight > alheight)
  81     {
  82       // went past the end of the alignment, adjust backwards
  83       if (ranges.getEndSeq() < alheight)
  84       {
  85         yAsSeq = alheight - vpheight;
  86       }
  87       else
  88       {
  89         yAsSeq = ranges.getStartSeq();
  90       }
  91     }
  92
  93     // update viewport
  94     ranges.setStartRes(xAsRes);
  95     ranges.setStartSeq(yAsSeq);
  96
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public void setBoxPosition(HiddenSequences hiddenSeqs,
 101           HiddenColumns hiddenCols)
 102   {
 103     setBoxPosition(ranges.getStartRes(), ranges.getStartSeq(),
 104             ranges.getViewportWidth(), ranges.getViewportHeight());
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public AlignmentColsCollectionI getColumns(AlignmentI al)
 109   {
 110     return new VisibleColsCollection(0,
 111             ranges.getAbsoluteAlignmentWidth() - 1, al);
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public AlignmentRowsCollectionI getRows(AlignmentI al)
 116   {
 117     return new VisibleRowsCollection(0,
 118             ranges.getAbsoluteAlignmentHeight() - 1, al);
 119   }
 120
 121   @Override
 122   protected void resetAlignmentDims()
 123   {
 124     alwidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 125     alheight = ranges.getVisibleAlignmentHeight();
 126   }
 127
 128   @Override
 129   protected int getLeftXFromCentreX(int mousex, HiddenColumns hidden)
 130   {
 131     int vpx = Math.round((float) mousex * alwidth / width);
 132     return vpx - ranges.getViewportWidth() / 2;
 133   }
 134
 135   @Override
 136   protected int getTopYFromCentreY(int mousey, HiddenSequences hidden)
 137   {
 138     int vpy = Math.round((float) mousey * alheight / sequencesHeight);
 139     return vpy - ranges.getViewportHeight() / 2;
 140   }
 141 }