src/jalview/viewmodel/ViewportRanges.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24
  25 /**
  26  * Embryonic class which: Supplies and updates viewport properties relating to
  27  * position such as: start and end residues and sequences; ideally will serve
  28  * hidden columns/rows too. Intention also to support calculations for
  29  * positioning, scrolling etc. such as finding the middle of the viewport,
  30  * checking for scrolls off screen
  31  */
  32 public class ViewportRanges extends ViewportProperties
  33 {
  34   // start residue of viewport
  35   private int startRes;
  36
  37   // end residue of viewport
  38   private int endRes;
  39
  40   // start sequence of viewport
  41   private int startSeq;
  42
  43   // end sequence of viewport
  44   private int endSeq;
  45
  46   // alignment
  47   private AlignmentI al;
  48
  49   /**
  50    * Constructor
  51    *
  52    * @param alignment
  53    *          the viewport's alignment
  54    */
  55   public ViewportRanges(AlignmentI alignment)
  56   {
  57     // initial values of viewport settings
  58     this.startRes = 0;
  59     this.endRes = alignment.getWidth() - 1;
  60     this.startSeq = 0;
  61     this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;
  62     this.al = alignment;
  63   }
  64
  65   /**
  66    * Get alignment width in cols, including hidden cols
  67    */
  68   public int getAbsoluteAlignmentWidth()
  69   {
  70     return al.getWidth();
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Get alignment height in rows, including hidden rows
  75    */
  76   public int getAbsoluteAlignmentHeight()
  77   {
  78     return al.getHeight() + al.getHiddenSequences().getSize();
  79   }
  80
  81   /**
  82    * Set first residue visible in the viewport
  83    *
  84    * @param res
  85    *          residue position
  86    */
  87   public void setStartRes(int res)
  88   {
  89     if (res > al.getWidth() - 1)
  90     {
  91       res = al.getWidth() - 1;
  92     }
  93     else if (res < 0)
  94     {
  95       res = 0;
  96     }
  97     this.startRes = res;
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Set last residue visible in the viewport
 102    *
 103    * @param res
 104    *          residue position
 105    */
 106   public void setEndRes(int res)
 107   {
 108     if (res >= al.getWidth())
 109     {
 110       res = al.getWidth() - 1;
 111     }
 112     else if (res < 0)
 113     {
 114       res = 0;
 115     }
 116     this.endRes = res;
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Set the first sequence visible in the viewport
 121    *
 122    * @param seq
 123    *          sequence position
 124    */
 125   public void setStartSeq(int seq)
 126   {
 127     if (seq > al.getHeight() - 1)
 128     {
 129       seq = al.getHeight() - 1;
 130     }
 131     else if (seq < 0)
 132     {
 133       seq = 0;
 134     }
 135     this.startSeq = seq;
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Set the last sequence visible in the viewport
 140    *
 141    * @param seq
 142    *          sequence position
 143    */
 144   public void setEndSeq(int seq)
 145   {
 146     if (seq >= al.getHeight())
 147     {
 148       seq = al.getHeight() - 1;
 149     }
 150     else if (seq < 0)
 151     {
 152       seq = 0;
 153     }
 154     this.endSeq = seq;
 155   }
 156
 157   /**
 158    * Get start residue of viewport
 159    */
 160   public int getStartRes()
 161   {
 162     return startRes;
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Get end residue of viewport
 167    */
 168   public int getEndRes()
 169   {
 170     return endRes;
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Get start sequence of viewport
 175    */
 176   public int getStartSeq()
 177   {
 178     return startSeq;
 179   }
 180
 181   /**
 182    * Get end sequence of viewport
 183    */
 184   public int getEndSeq()
 185   {
 186     return endSeq;
 187   }
 188 }