src/jalview/viewmodel/seqfeatures/FeatureRendererModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.seqfeatures;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.FeatureColourI;
  25 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer;
  30 import jalview.schemes.GraduatedColor;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.beans.PropertyChangeListener;
  34 import java.beans.PropertyChangeSupport;
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.Arrays;
  37 import java.util.HashMap;
  38 import java.util.Hashtable;
  39 import java.util.Iterator;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.Set;
  43 import java.util.concurrent.ConcurrentHashMap;
  44
  45 public abstract class FeatureRendererModel implements
  46         jalview.api.FeatureRenderer
  47 {
  48
  49   /**
  50    * global transparency for feature
  51    */
  52   protected float transparency = 1.0f;
  53
  54   protected Map<String, Object> featureColours = new ConcurrentHashMap<String, Object>();
  55
  56   protected Map<String, Boolean> featureGroups = new ConcurrentHashMap<String, Boolean>();
  57
  58   protected Object currentColour;
  59
  60   /*
  61    * feature types in ordering of rendering, where last means on top
  62    */
  63   protected String[] renderOrder;
  64
  65   protected PropertyChangeSupport changeSupport = new PropertyChangeSupport(
  66           this);
  67
  68   protected AlignViewportI av;
  69
  70   /*
  71    * map holds per feature type, {{min, max}, {min, max}} feature score
  72    * values for positional and non-positional features respectively
  73    */
  74   private Map<String, float[][]> minmax = new Hashtable<String, float[][]>();
  75
  76   @Override
  77   public AlignViewportI getViewport()
  78   {
  79     return av;
  80   }
  81
  82   public FeatureRendererSettings getSettings()
  83   {
  84     return new FeatureRendererSettings(this);
  85   }
  86
  87   public void transferSettings(FeatureRendererSettings fr)
  88   {
  89     this.renderOrder = fr.renderOrder;
  90     this.featureGroups = fr.featureGroups;
  91     this.featureColours = fr.featureColours;
  92     this.transparency = fr.transparency;
  93     this.featureOrder = fr.featureOrder;
  94   }
  95
  96   /**
  97    * update from another feature renderer
  98    *
  99    * @param fr
 100    *          settings to copy
 101    */
 102   public void transferSettings(jalview.api.FeatureRenderer _fr)
 103   {
 104     FeatureRenderer fr = (FeatureRenderer) _fr;
 105     FeatureRendererSettings frs = new FeatureRendererSettings(fr);
 106     this.renderOrder = frs.renderOrder;
 107     this.featureGroups = frs.featureGroups;
 108     this.featureColours = frs.featureColours;
 109     this.transparency = frs.transparency;
 110     this.featureOrder = frs.featureOrder;
 111     if (av != null && av != fr.getViewport())
 112     {
 113       // copy over the displayed feature settings
 114       if (_fr.getFeaturesDisplayed() != null)
 115       {
 116         FeaturesDisplayedI fd = getFeaturesDisplayed();
 117         if (fd == null)
 118         {
 119           setFeaturesDisplayedFrom(_fr.getFeaturesDisplayed());
 120         }
 121         else
 122         {
 123           synchronized (fd)
 124           {
 125             fd.clear();
 126             java.util.Iterator<String> fdisp = _fr.getFeaturesDisplayed()
 127                     .getVisibleFeatures();
 128             while (fdisp.hasNext())
 129             {
 130               fd.setVisible(fdisp.next());
 131             }
 132           }
 133         }
 134       }
 135     }
 136   }
 137
 138   public void setFeaturesDisplayedFrom(FeaturesDisplayedI featuresDisplayed)
 139   {
 140     av.setFeaturesDisplayed(new FeaturesDisplayed(featuresDisplayed));
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public void setVisible(String featureType)
 145   {
 146     FeaturesDisplayedI fdi = av.getFeaturesDisplayed();
 147     if (fdi == null)
 148     {
 149       av.setFeaturesDisplayed(fdi = new FeaturesDisplayed());
 150     }
 151     if (!fdi.isRegistered(featureType))
 152     {
 153       pushFeatureType(Arrays.asList(new String[] { featureType }));
 154     }
 155     fdi.setVisible(featureType);
 156   }
 157
 158   @Override
 159   public void setAllVisible(List<String> featureTypes)
 160   {
 161     FeaturesDisplayedI fdi = av.getFeaturesDisplayed();
 162     if (fdi == null)
 163     {
 164       av.setFeaturesDisplayed(fdi = new FeaturesDisplayed());
 165     }
 166     List<String> nft = new ArrayList<String>();
 167     for (String featureType : featureTypes)
 168     {
 169       if (!fdi.isRegistered(featureType))
 170       {
 171         nft.add(featureType);
 172       }
 173     }
 174     if (nft.size() > 0)
 175     {
 176       pushFeatureType(nft);
 177     }
 178     fdi.setAllVisible(featureTypes);
 179   }
 180
 181   /**
 182    * push a set of new types onto the render order stack. Note - this is a
 183    * direct mechanism rather than the one employed in updateRenderOrder
 184    *
 185    * @param types
 186    */
 187   private void pushFeatureType(List<String> types)
 188   {
 189
 190     int ts = types.size();
 191     String neworder[] = new String[(renderOrder == null ? 0
 192             : renderOrder.length) + ts];
 193     types.toArray(neworder);
 194     if (renderOrder != null)
 195     {
 196       System.arraycopy(neworder, 0, neworder, renderOrder.length, ts);
 197       System.arraycopy(renderOrder, 0, neworder, 0, renderOrder.length);
 198     }
 199     renderOrder = neworder;
 200   }
 201
 202   public Map<String, float[][]> getMinMax()
 203   {
 204     return minmax;
 205   }
 206
 207   /**
 208    * normalise a score against the max/min bounds for the feature type.
 209    *
 210    * @param sequenceFeature
 211    * @return byte[] { signed, normalised signed (-127 to 127) or unsigned
 212    *         (0-255) value.
 213    */
 214   protected final byte[] normaliseScore(SequenceFeature sequenceFeature)
 215   {
 216     float[] mm = minmax.get(sequenceFeature.type)[0];
 217     final byte[] r = new byte[] { 0, (byte) 255 };
 218     if (mm != null)
 219     {
 220       if (r[0] != 0 || mm[0] < 0.0)
 221       {
 222         r[0] = 1;
 223         r[1] = (byte) ((int) 128.0 + 127.0 * (sequenceFeature.score / mm[1]));
 224       }
 225       else
 226       {
 227         r[1] = (byte) ((int) 255.0 * (sequenceFeature.score / mm[1]));
 228       }
 229     }
 230     return r;
 231   }
 232
 233   boolean newFeatureAdded = false;
 234
 235   boolean findingFeatures = false;
 236
 237   protected boolean updateFeatures()
 238   {
 239     if (av.getFeaturesDisplayed() == null || renderOrder == null
 240             || newFeatureAdded)
 241     {
 242       findAllFeatures();
 243       if (av.getFeaturesDisplayed().getVisibleFeatureCount() < 1)
 244       {
 245         return false;
 246       }
 247     }
 248     // TODO: decide if we should check for the visible feature count first
 249     return true;
 250   }
 251
 252   /**
 253    * search the alignment for all new features, give them a colour and display
 254    * them. Then fires a PropertyChangeEvent on the changeSupport object.
 255    *
 256    */
 257   protected void findAllFeatures()
 258   {
 259     synchronized (firing)
 260     {
 261       if (firing.equals(Boolean.FALSE))
 262       {
 263         firing = Boolean.TRUE;
 264         findAllFeatures(true); // add all new features as visible
 265         changeSupport.firePropertyChange("changeSupport", null, null);
 266         firing = Boolean.FALSE;
 267       }
 268     }
 269   }
 270
 271   @Override
 272   public List<SequenceFeature> findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 273   {
 274     ArrayList<SequenceFeature> tmp = new ArrayList<SequenceFeature>();
 275     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 276
 277     if (features != null)
 278     {
 279       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 280       {
 281         if (!av.areFeaturesDisplayed()
 282                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 283                         features[i].getType()))
 284         {
 285           continue;
 286         }
 287
 288         if (features[i].featureGroup != null
 289                 && featureGroups != null
 290                 && featureGroups.containsKey(features[i].featureGroup)
 291                 && !featureGroups.get(features[i].featureGroup)
 292                         .booleanValue())
 293         {
 294           continue;
 295         }
 296
 297         if ((features[i].getBegin() <= res)
 298                 && (features[i].getEnd() >= res))
 299         {
 300           tmp.add(features[i]);
 301         }
 302       }
 303     }
 304     return tmp;
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Searches alignment for all features and updates colours
 309    *
 310    * @param newMadeVisible
 311    *          if true newly added feature types will be rendered immediatly
 312    *          TODO: check to see if this method should actually be proxied so
 313    *          repaint events can be propagated by the renderer code
 314    */
 315   @Override
 316   public synchronized void findAllFeatures(boolean newMadeVisible)
 317   {
 318     newFeatureAdded = false;
 319
 320     if (findingFeatures)
 321     {
 322       newFeatureAdded = true;
 323       return;
 324     }
 325
 326     findingFeatures = true;
 327     if (av.getFeaturesDisplayed() == null)
 328     {
 329       av.setFeaturesDisplayed(new FeaturesDisplayed());
 330     }
 331     FeaturesDisplayedI featuresDisplayed = av.getFeaturesDisplayed();
 332
 333     ArrayList<String> allfeatures = new ArrayList<String>();
 334     ArrayList<String> oldfeatures = new ArrayList<String>();
 335     if (renderOrder != null)
 336     {
 337       for (int i = 0; i < renderOrder.length; i++)
 338       {
 339         if (renderOrder[i] != null)
 340         {
 341           oldfeatures.add(renderOrder[i]);
 342         }
 343       }
 344     }
 345     if (minmax == null)
 346     {
 347       minmax = new Hashtable<String, float[][]>();
 348     }
 349     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 350     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 351     {
 352       SequenceI asq = alignment.getSequenceAt(i);
 353       SequenceFeature[] features = asq.getSequenceFeatures();
 354
 355       if (features == null)
 356       {
 357         continue;
 358       }
 359
 360       int index = 0;
 361       while (index < features.length)
 362       {
 363         if (!featuresDisplayed.isRegistered(features[index].getType()))
 364         {
 365           String fgrp = features[index].getFeatureGroup();
 366           if (fgrp != null)
 367           {
 368             Boolean groupDisplayed = featureGroups.get(fgrp);
 369             if (groupDisplayed == null)
 370             {
 371               groupDisplayed = Boolean.valueOf(newMadeVisible);
 372               featureGroups.put(fgrp, groupDisplayed);
 373             }
 374             if (!groupDisplayed.booleanValue())
 375             {
 376               index++;
 377               continue;
 378             }
 379           }
 380           if (!(features[index].begin == 0 && features[index].end == 0))
 381           {
 382             // If beginning and end are 0, the feature is for the whole sequence
 383             // and we don't want to render the feature in the normal way
 384
 385             if (newMadeVisible
 386                     && !oldfeatures.contains(features[index].getType()))
 387             {
 388               // this is a new feature type on the alignment. Mark it for
 389               // display.
 390               featuresDisplayed.setVisible(features[index].getType());
 391               setOrder(features[index].getType(), 0);
 392             }
 393           }
 394         }
 395         if (!allfeatures.contains(features[index].getType()))
 396         {
 397           allfeatures.add(features[index].getType());
 398         }
 399         if (!Float.isNaN(features[index].score))
 400         {
 401           int nonpos = features[index].getBegin() >= 1 ? 0 : 1;
 402           float[][] mm = minmax.get(features[index].getType());
 403           if (mm == null)
 404           {
 405             mm = new float[][] { null, null };
 406             minmax.put(features[index].getType(), mm);
 407           }
 408           if (mm[nonpos] == null)
 409           {
 410             mm[nonpos] = new float[] { features[index].score,
 411                 features[index].score };
 412
 413           }
 414           else
 415           {
 416             if (mm[nonpos][0] > features[index].score)
 417             {
 418               mm[nonpos][0] = features[index].score;
 419             }
 420             if (mm[nonpos][1] < features[index].score)
 421             {
 422               mm[nonpos][1] = features[index].score;
 423             }
 424           }
 425         }
 426         index++;
 427       }
 428     }
 429     updateRenderOrder(allfeatures);
 430     findingFeatures = false;
 431   }
 432
 433   protected Boolean firing = Boolean.FALSE;
 434
 435   /**
 436    * replaces the current renderOrder with the unordered features in
 437    * allfeatures. The ordering of any types in both renderOrder and allfeatures
 438    * is preserved, and all new feature types are rendered on top of the existing
 439    * types, in the order given by getOrder or the order given in allFeatures.
 440    * Note. this operates directly on the featureOrder hash for efficiency. TODO:
 441    * eliminate the float storage for computing/recalling the persistent ordering
 442    * New Cability: updates min/max for colourscheme range if its dynamic
 443    *
 444    * @param allFeatures
 445    */
 446   private void updateRenderOrder(List<String> allFeatures)
 447   {
 448     List<String> allfeatures = new ArrayList<String>(allFeatures);
 449     String[] oldRender = renderOrder;
 450     renderOrder = new String[allfeatures.size()];
 451     Object mmrange, fc = null;
 452     boolean initOrders = (featureOrder == null);
 453     int opos = 0;
 454     if (oldRender != null && oldRender.length > 0)
 455     {
 456       for (int j = 0; j < oldRender.length; j++)
 457       {
 458         if (oldRender[j] != null)
 459         {
 460           if (initOrders)
 461           {
 462             setOrder(oldRender[j], (1 - (1 + (float) j) / oldRender.length));
 463           }
 464           if (allfeatures.contains(oldRender[j]))
 465           {
 466             renderOrder[opos++] = oldRender[j]; // existing features always
 467             // appear below new features
 468             allfeatures.remove(oldRender[j]);
 469             if (minmax != null)
 470             {
 471               mmrange = minmax.get(oldRender[j]);
 472               if (mmrange != null)
 473               {
 474                 fc = featureColours.get(oldRender[j]);
 475                 if (fc != null && fc instanceof GraduatedColor
 476                         && ((GraduatedColor) fc).isAutoScale())
 477                 {
 478                   ((GraduatedColor) fc).updateBounds(
 479                           ((float[][]) mmrange)[0][0],
 480                           ((float[][]) mmrange)[0][1]);
 481                 }
 482               }
 483             }
 484           }
 485         }
 486       }
 487     }
 488     if (allfeatures.size() == 0)
 489     {
 490       // no new features - leave order unchanged.
 491       return;
 492     }
 493     int i = allfeatures.size() - 1;
 494     int iSize = i;
 495     boolean sort = false;
 496     String[] newf = new String[allfeatures.size()];
 497     float[] sortOrder = new float[allfeatures.size()];
 498     for (String newfeat : allfeatures)
 499     {
 500       newf[i] = newfeat;
 501       if (minmax != null)
 502       {
 503         // update from new features minmax if necessary
 504         mmrange = minmax.get(newf[i]);
 505         if (mmrange != null)
 506         {
 507           fc = featureColours.get(newf[i]);
 508           if (fc != null && fc instanceof GraduatedColor
 509                   && ((GraduatedColor) fc).isAutoScale())
 510           {
 511             ((GraduatedColor) fc).updateBounds(((float[][]) mmrange)[0][0],
 512                     ((float[][]) mmrange)[0][1]);
 513           }
 514         }
 515       }
 516       if (initOrders || !featureOrder.containsKey(newf[i]))
 517       {
 518         int denom = initOrders ? allfeatures.size() : featureOrder.size();
 519         // new unordered feature - compute persistent ordering at head of
 520         // existing features.
 521         setOrder(newf[i], i / (float) denom);
 522       }
 523       // set order from newly found feature from persisted ordering.
 524       sortOrder[i] = 2 - ((Float) featureOrder.get(newf[i])).floatValue();
 525       if (i < iSize)
 526       {
 527         // only sort if we need to
 528         sort = sort || sortOrder[i] > sortOrder[i + 1];
 529       }
 530       i--;
 531     }
 532     if (iSize > 1 && sort)
 533     {
 534       jalview.util.QuickSort.sort(sortOrder, newf);
 535     }
 536     sortOrder = null;
 537     System.arraycopy(newf, 0, renderOrder, opos, newf.length);
 538   }
 539
 540   /**
 541    * get a feature style object for the given type string. Creates a
 542    * java.awt.Color for a featureType with no existing colourscheme. TODO:
 543    * replace return type with object implementing standard abstract colour/style
 544    * interface
 545    *
 546    * @param featureType
 547    * @return java.awt.Color or GraduatedColor
 548    */
 549   @Override
 550   public Object getFeatureStyle(String featureType)
 551   {
 552     Object fc = featureColours.get(featureType);
 553     if (fc == null)
 554     {
 555       jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();
 556       Color col = ucs.createColourFromName(featureType);
 557       featureColours.put(featureType, fc = col);
 558     }
 559     return fc;
 560   }
 561
 562   /**
 563    * return a nominal colour for this feature
 564    *
 565    * @param featureType
 566    * @return standard color, or maximum colour for graduated colourscheme
 567    */
 568   public Color getColour(String featureType)
 569   {
 570     Object fc = getFeatureStyle(featureType);
 571
 572     if (fc instanceof Color)
 573     {
 574       return (Color) fc;
 575     }
 576     else
 577     {
 578       if (fc instanceof GraduatedColor)
 579       {
 580         return ((GraduatedColor) fc).getMaxColor();
 581       }
 582     }
 583     throw new Error("Implementation Error: Unrecognised render object "
 584             + fc.getClass() + " for features of type " + featureType);
 585   }
 586
 587   /**
 588    * calculate the render colour for a specific feature using current feature
 589    * settings.
 590    *
 591    * @param feature
 592    * @return render colour for the given feature
 593    */
 594   public Color getColour(SequenceFeature feature)
 595   {
 596     Object fc = getFeatureStyle(feature.getType());
 597     if (fc instanceof Color)
 598     {
 599       return (Color) fc;
 600     }
 601     else
 602     {
 603       if (fc instanceof GraduatedColor)
 604       {
 605         return ((GraduatedColor) fc).findColor(feature);
 606       }
 607     }
 608     throw new Error("Implementation Error: Unrecognised render object "
 609             + fc.getClass() + " for features of type " + feature.getType());
 610   }
 611
 612   protected boolean showFeature(SequenceFeature sequenceFeature)
 613   {
 614     Object fc = getFeatureStyle(sequenceFeature.type);
 615     if (fc instanceof GraduatedColor)
 616     {
 617       return ((GraduatedColor) fc).isColored(sequenceFeature);
 618     }
 619     else
 620     {
 621       return true;
 622     }
 623   }
 624
 625   protected boolean showFeatureOfType(String type)
 626   {
 627     return av.getFeaturesDisplayed().isVisible(type);
 628   }
 629
 630   @Override
 631   public void setColour(String featureType, Object col)
 632   {
 633     // overwrite
 634     // Color _col = (col instanceof Color) ? ((Color) col) : (col instanceof
 635     // GraduatedColor) ? ((GraduatedColor) col).getMaxColor() : null;
 636     // Object c = featureColours.get(featureType);
 637     // if (c == null || c instanceof Color || (c instanceof GraduatedColor &&
 638     // !((GraduatedColor)c).getMaxColor().equals(_col)))
 639     if (col instanceof FeatureColourI)
 640     {
 641       if (((FeatureColourI) col).isGraduatedColour())
 642       {
 643         col = new GraduatedColor((FeatureColourI) col);
 644       }
 645       else
 646       {
 647         col = ((FeatureColourI) col).getColour();
 648       }
 649     }
 650       featureColours.put(featureType, col);
 651   }
 652
 653   public void setTransparency(float value)
 654   {
 655     transparency = value;
 656   }
 657
 658   public float getTransparency()
 659   {
 660     return transparency;
 661   }
 662
 663   Map featureOrder = null;
 664
 665   /**
 666    * analogous to colour - store a normalized ordering for all feature types in
 667    * this rendering context.
 668    *
 669    * @param type
 670    *          Feature type string
 671    * @param position
 672    *          normalized priority - 0 means always appears on top, 1 means
 673    *          always last.
 674    */
 675   public float setOrder(String type, float position)
 676   {
 677     if (featureOrder == null)
 678     {
 679       featureOrder = new Hashtable();
 680     }
 681     featureOrder.put(type, new Float(position));
 682     return position;
 683   }
 684
 685   /**
 686    * get the global priority (0 (top) to 1 (bottom))
 687    *
 688    * @param type
 689    * @return [0,1] or -1 for a type without a priority
 690    */
 691   public float getOrder(String type)
 692   {
 693     if (featureOrder != null)
 694     {
 695       if (featureOrder.containsKey(type))
 696       {
 697         return ((Float) featureOrder.get(type)).floatValue();
 698       }
 699     }
 700     return -1;
 701   }
 702
 703   @Override
 704   public Map<String, Object> getFeatureColours()
 705   {
 706     return featureColours;
 707   }
 708
 709   /**
 710    * Replace current ordering with new ordering
 711    *
 712    * @param data
 713    *          { String(Type), Colour(Type), Boolean(Displayed) }
 714    * @return true if any visible features have been reordered, else false
 715    */
 716   public boolean setFeaturePriority(Object[][] data)
 717   {
 718     return setFeaturePriority(data, true);
 719   }
 720
 721   /**
 722    * Sets the priority order for features
 723    *
 724    * @param data
 725    *          { String(Type), Colour(Type), Boolean(Displayed) }
 726    * @param visibleNew
 727    *          when true current featureDisplay list will be cleared
 728    * @return true if any visible features have been reordered or recoloured,
 729    *         else false (i.e. no need to repaint)
 730    */
 731   public boolean setFeaturePriority(Object[][] data, boolean visibleNew)
 732   {
 733     /*
 734      * note visible feature ordering and colours before update
 735      */
 736     List<String> visibleFeatures = getDisplayedFeatureTypes();
 737     Map<String, Object> visibleColours = new HashMap<String, Object>(
 738             getFeatureColours());
 739
 740     FeaturesDisplayedI av_featuresdisplayed = null;
 741     if (visibleNew)
 742     {
 743       if ((av_featuresdisplayed = av.getFeaturesDisplayed()) != null)
 744       {
 745         av.getFeaturesDisplayed().clear();
 746       }
 747       else
 748       {
 749         av.setFeaturesDisplayed(av_featuresdisplayed = new FeaturesDisplayed());
 750       }
 751     }
 752     else
 753     {
 754       av_featuresdisplayed = av.getFeaturesDisplayed();
 755     }
 756     if (data == null)
 757     {
 758       return false;
 759     }
 760     // The feature table will display high priority
 761     // features at the top, but these are the ones
 762     // we need to render last, so invert the data
 763     renderOrder = new String[data.length];
 764
 765     if (data.length > 0)
 766     {
 767       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 768       {
 769         String type = data[i][0].toString();
 770         setColour(type, data[i][1]); // todo : typesafety - feature color
 771         // interface object
 772         if (((Boolean) data[i][2]).booleanValue())
 773         {
 774           av_featuresdisplayed.setVisible(type);
 775         }
 776
 777         renderOrder[data.length - i - 1] = type;
 778       }
 779     }
 780
 781     /*
 782      * get the new visible ordering and return true if it has changed
 783      * order or any colour has changed
 784      */
 785     List<String> reorderedVisibleFeatures = getDisplayedFeatureTypes();
 786     if (!visibleFeatures.equals(reorderedVisibleFeatures))
 787     {
 788       /*
 789        * the list of ordered visible features has changed
 790        */
 791       return true;
 792     }
 793
 794     /*
 795      * return true if any feature colour has changed
 796      */
 797     for (String feature : visibleFeatures)
 798     {
 799       if (visibleColours.get(feature) != getFeatureStyle(feature))
 800       {
 801         return true;
 802       }
 803     }
 804     return false;
 805   }
 806
 807   /**
 808    * @param listener
 809    * @see java.beans.PropertyChangeSupport#addPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 810    */
 811   public void addPropertyChangeListener(PropertyChangeListener listener)
 812   {
 813     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
 814   }
 815
 816   /**
 817    * @param listener
 818    * @see java.beans.PropertyChangeSupport#removePropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 819    */
 820   public void removePropertyChangeListener(PropertyChangeListener listener)
 821   {
 822     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
 823   }
 824
 825   public Set<String> getAllFeatureColours()
 826   {
 827     return featureColours.keySet();
 828   }
 829
 830   public void clearRenderOrder()
 831   {
 832     renderOrder = null;
 833   }
 834
 835   public boolean hasRenderOrder()
 836   {
 837     return renderOrder != null;
 838   }
 839
 840   public List<String> getRenderOrder()
 841   {
 842     if (renderOrder == null)
 843     {
 844       return Arrays.asList(new String[] {});
 845     }
 846     return Arrays.asList(renderOrder);
 847   }
 848
 849   public int getFeatureGroupsSize()
 850   {
 851     return featureGroups != null ? 0 : featureGroups.size();
 852   }
 853
 854   @Override
 855   public List<String> getFeatureGroups()
 856   {
 857     // conflict between applet and desktop - featureGroups returns the map in
 858     // the desktop featureRenderer
 859     return (featureGroups == null) ? Arrays.asList(new String[0]) : Arrays
 860             .asList(featureGroups.keySet().toArray(new String[0]));
 861   }
 862
 863   public boolean checkGroupVisibility(String group, boolean newGroupsVisible)
 864   {
 865     if (featureGroups == null)
 866     {
 867       // then an exception happens next..
 868     }
 869     if (featureGroups.containsKey(group))
 870     {
 871       return featureGroups.get(group).booleanValue();
 872     }
 873     if (newGroupsVisible)
 874     {
 875       featureGroups.put(group, new Boolean(true));
 876       return true;
 877     }
 878     return false;
 879   }
 880
 881   /**
 882    * get visible or invisible groups
 883    *
 884    * @param visible
 885    *          true to return visible groups, false to return hidden ones.
 886    * @return list of groups
 887    */
 888   @Override
 889   public List getGroups(boolean visible)
 890   {
 891     if (featureGroups != null)
 892     {
 893       ArrayList gp = new ArrayList();
 894
 895       for (Object grp : featureGroups.keySet())
 896       {
 897         Boolean state = featureGroups.get(grp);
 898         if (state.booleanValue() == visible)
 899         {
 900           gp.add(grp);
 901         }
 902       }
 903       return gp;
 904     }
 905     return null;
 906   }
 907
 908   @Override
 909   public void setGroupVisibility(String group, boolean visible)
 910   {
 911     featureGroups.put(group, new Boolean(visible));
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public void setGroupVisibility(List<String> toset, boolean visible)
 916   {
 917     if (toset != null && toset.size() > 0 && featureGroups != null)
 918     {
 919       boolean rdrw = false;
 920       for (String gst : toset)
 921       {
 922         Boolean st = featureGroups.get(gst);
 923         featureGroups.put(gst, new Boolean(visible));
 924         if (st != null)
 925         {
 926           rdrw = rdrw || (visible != st.booleanValue());
 927         }
 928       }
 929       if (rdrw)
 930       {
 931         // set local flag indicating redraw needed ?
 932       }
 933     }
 934   }
 935
 936   @Override
 937   public Hashtable getDisplayedFeatureCols()
 938   {
 939     Hashtable fcols = new Hashtable();
 940     if (getViewport().getFeaturesDisplayed() == null)
 941     {
 942       return fcols;
 943     }
 944     Iterator<String> en = getViewport().getFeaturesDisplayed()
 945             .getVisibleFeatures();
 946     while (en.hasNext())
 947     {
 948       String col = en.next();
 949       fcols.put(col, getColour(col));
 950     }
 951     return fcols;
 952   }
 953
 954   @Override
 955   public FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed()
 956   {
 957     return av.getFeaturesDisplayed();
 958   }
 959
 960   /**
 961    * Returns a (possibly empty) list of visible feature types, in render order
 962    * (last is on top)
 963    */
 964   @Override
 965   public List<String> getDisplayedFeatureTypes()
 966   {
 967     List<String> typ = getRenderOrder();
 968     List<String> displayed = new ArrayList<String>();
 969     FeaturesDisplayedI feature_disp = av.getFeaturesDisplayed();
 970     if (feature_disp != null)
 971     {
 972       synchronized (feature_disp)
 973       {
 974         for (String type : typ)
 975         {
 976           if (feature_disp.isVisible(type))
 977           {
 978             displayed.add(type);
 979           }
 980         }
 981       }
 982     }
 983     return displayed;
 984   }
 985
 986   @Override
 987   public List<String> getDisplayedFeatureGroups()
 988   {
 989     List<String> _gps = new ArrayList<String>();
 990     boolean valid = false;
 991     for (String gp : getFeatureGroups())
 992     {
 993       if (checkGroupVisibility(gp, false))
 994       {
 995         valid = true;
 996         _gps.add(gp);
 997       }
 998       if (!valid)
 999       {
1000         return null;
1001       }
1002       else
1003       {
1004         // gps = new String[_gps.size()];
1005         // _gps.toArray(gps);
1006       }
1007     }
1008     return _gps;
1009   }
1010
1011 }