src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import jalview.api.ViewStyleI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display sequence symbols
 128    */
 129   boolean showText = true;
 130
 131   /**
 132    * show non-conserved residues only
 133    */
 134   protected boolean showUnconserved = false;
 135
 136   Color textColour = Color.black;
 137
 138   Color textColour2 = Color.white;
 139
 140   /**
 141    * PID or consensus threshold
 142    */
 143   int threshold;
 144
 145   /**
 146    * threshold for switching between textColour & textColour2
 147    */
 148   int thresholdTextColour = 0;
 149
 150   /**
 151    * upper case characters in sequence are shown in bold
 152    */
 153   boolean upperCasebold = false;
 154
 155   /**
 156    * name of base font for view
 157    */
 158   private String fontName;
 159
 160   /**
 161    * size for base font
 162    */
 163   private int fontSize;
 164
 165   /*
 166    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 167    * SplitFrame views only)
 168    */
 169   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 170
 171   /*
 172    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 173    * sides of a split screen
 174    */
 175   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 176
 177   /**
 178    * Copy constructor
 179    *
 180    * @param vs
 181    */
 182   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 183   {
 184     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 185     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 186     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 187     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 188     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 189     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 190     setColourText(vs.getColourText());
 191     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 192     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 193     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 194     setFontName(vs.getFontName());
 195     setFontSize(vs.getFontSize());
 196     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 197     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 198     setIncrement(vs.getIncrement());
 199     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 200     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 201     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 202     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 203     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 204     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 205     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 206     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 207     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 208     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 209     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 210     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 211     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 212     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 213     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 214     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 215     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 216     setShowText(vs.getShowText());
 217     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 218     setTextColour(vs.getTextColour());
 219     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 220     setThreshold(vs.getThreshold());
 221     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 222     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 223     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 224     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 225     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 226   }
 227
 228   public ViewStyle()
 229   {
 230   }
 231
 232   /**
 233    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 234    */
 235   @Override
 236   public boolean equals(Object other)
 237   {
 238     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 239     {
 240       return false;
 241     }
 242     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 243
 244     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 245             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 246             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 247             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 248             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 249                     .getColourAppliesToAllGroups()
 250             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 251             && getColourText() == vs.getColourText()
 252             && isConservationColourSelected() == vs
 253                     .isConservationColourSelected()
 254             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 255             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 256             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 257             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 258             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 259             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 260             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 261             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 262             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 263             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 264             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 265             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 266             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 267             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 268             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 269             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 270             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 271             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 272             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 273             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 274             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 275             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 276                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 277             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 278             && getShowText() == vs.getShowText()
 279             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 280             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 281             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 282             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 283             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment()
 284             && getWrappedWidth() == vs.getWrappedWidth());
 285     /*
 286      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 287      * values
 288      */
 289     match = match && String.valueOf(getFontName())
 290             .equals(String.valueOf(vs.getFontName()));
 291     match = match && String.valueOf(getTextColour())
 292             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour()));
 293     match = match && String.valueOf(getTextColour2())
 294             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 295     return match;
 296     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 297   }
 298
 299   /**
 300    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 301    * vs2.hashCode()
 302    */
 303   @Override
 304   public int hashCode()
 305   {
 306     /*
 307      * No need to include all properties, just a selection...
 308      */
 309     int hash = 0;
 310     int m = 1;
 311     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 312     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 313     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 314     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 315     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 316     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 317     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 318     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 319     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 320     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 321     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 322     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 323     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 324     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 325     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 328     hash += m++ * this.charHeight;
 329     hash += m++ * this.charWidth;
 330     hash += m++ * fontSize;
 331     hash += m++ * fontStyle;
 332     hash += m++ * idWidth;
 333     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 334     return hash;
 335   }
 336
 337   /**
 338    * @return the upperCasebold
 339    */
 340   @Override
 341   public boolean isUpperCasebold()
 342   {
 343     return upperCasebold;
 344   }
 345
 346   /**
 347    * @param upperCasebold
 348    *          the upperCasebold to set
 349    */
 350   @Override
 351   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 352   {
 353     this.upperCasebold = upperCasebold;
 354   }
 355
 356   /**
 357    * flag for wrapping
 358    */
 359   boolean wrapAlignment = false;
 360
 361   /**
 362    * number columns in wrapped alignment
 363    */
 364   int wrappedWidth;
 365
 366   private int fontStyle;
 367
 368   /**
 369    * GUI state
 370    *
 371    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 372    */
 373   @Override
 374   public boolean getAbovePIDThreshold()
 375   {
 376     return abovePIDThreshold;
 377   }
 378
 379   /**
 380    * DOCUMENT ME!
 381    *
 382    * @return DOCUMENT ME!
 383    */
 384   @Override
 385   public int getCharHeight()
 386   {
 387     return charHeight;
 388   }
 389
 390   /**
 391    * DOCUMENT ME!
 392    *
 393    * @return DOCUMENT ME!
 394    */
 395   @Override
 396   public int getCharWidth()
 397   {
 398     return charWidth;
 399   }
 400
 401   /**
 402    *
 403    *
 404    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 405    */
 406   @Override
 407   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 408   {
 409     return colourAppliesToAllGroups;
 410   }
 411
 412   /**
 413    * DOCUMENT ME!
 414    *
 415    * @return DOCUMENT ME!
 416    */
 417   @Override
 418   public boolean getColourText()
 419   {
 420     return showColourText;
 421   }
 422
 423   /**
 424    * GUI state
 425    *
 426    * @return true if conservation based shading is enabled
 427    */
 428   @Override
 429   public boolean getConservationSelected()
 430   {
 431     return conservationColourSelected;
 432   }
 433
 434   /**
 435    * GUI State
 436    *
 437    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 438    */
 439   @Override
 440   public int getIncrement()
 441   {
 442     return increment;
 443   }
 444
 445   /**
 446    * DOCUMENT ME!
 447    *
 448    * @return DOCUMENT ME!
 449    */
 450   @Override
 451   public boolean getScaleAboveWrapped()
 452   {
 453     return scaleAboveWrapped;
 454   }
 455
 456   /**
 457    * DOCUMENT ME!
 458    *
 459    * @return DOCUMENT ME!
 460    */
 461   @Override
 462   public boolean getScaleLeftWrapped()
 463   {
 464     return scaleLeftWrapped;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * DOCUMENT ME!
 469    *
 470    * @return DOCUMENT ME!
 471    */
 472   @Override
 473   public boolean getScaleRightWrapped()
 474   {
 475     return scaleRightWrapped;
 476   }
 477
 478   /**
 479    * DOCUMENT ME!
 480    *
 481    * @return DOCUMENT ME!
 482    */
 483   @Override
 484   public boolean getShowBoxes()
 485   {
 486     return showBoxes;
 487   }
 488
 489   @Override
 490   public boolean getShowHiddenMarkers()
 491   {
 492     return showHiddenMarkers;
 493   }
 494
 495   /**
 496    * DOCUMENT ME!
 497    *
 498    * @return DOCUMENT ME!
 499    */
 500   @Override
 501   public boolean getShowJVSuffix()
 502   {
 503     return showJVSuffix;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * DOCUMENT ME!
 508    *
 509    * @return DOCUMENT ME!
 510    */
 511   @Override
 512   public boolean getShowText()
 513   {
 514     return showText;
 515   }
 516
 517   @Override
 518   public boolean getShowUnconserved()
 519   {
 520     return showUnconserved;
 521   }
 522
 523   /**
 524    * @return the textColour
 525    */
 526   @Override
 527   public Color getTextColour()
 528   {
 529     return textColour;
 530   }
 531
 532   /**
 533    * @return the textColour2
 534    */
 535   @Override
 536   public Color getTextColour2()
 537   {
 538     return textColour2;
 539   }
 540
 541   /**
 542    * DOCUMENT ME!
 543    *
 544    * @return DOCUMENT ME!
 545    */
 546   @Override
 547   public int getThreshold()
 548   {
 549     return threshold;
 550   }
 551
 552   /**
 553    * @return the thresholdTextColour
 554    */
 555   @Override
 556   public int getThresholdTextColour()
 557   {
 558     return thresholdTextColour;
 559   }
 560
 561   /**
 562    * DOCUMENT ME!
 563    *
 564    * @return DOCUMENT ME!
 565    */
 566   @Override
 567   public boolean getWrapAlignment()
 568   {
 569     return wrapAlignment;
 570   }
 571
 572   /**
 573    * DOCUMENT ME!
 574    *
 575    * @return DOCUMENT ME!
 576    */
 577   @Override
 578   public int getWrappedWidth()
 579   {
 580     return wrappedWidth;
 581   }
 582
 583   @Override
 584   public boolean isColourByReferenceSeq()
 585   {
 586     return colourByReferenceSeq;
 587   }
 588
 589   /**
 590    * @return the conservationColourSelected
 591    */
 592   @Override
 593   public boolean isConservationColourSelected()
 594   {
 595     return conservationColourSelected;
 596   }
 597
 598   @Override
 599   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 600   {
 601     return displayReferenceSeq;
 602   }
 603
 604   /**
 605    * @return the renderGaps
 606    */
 607   @Override
 608   public boolean isRenderGaps()
 609   {
 610     return renderGaps;
 611   }
 612
 613   @Override
 614   public boolean isRightAlignIds()
 615   {
 616     return rightAlignIds;
 617   }
 618
 619   /**
 620    * @return the seqNameItalics
 621    */
 622   @Override
 623   public boolean isSeqNameItalics()
 624   {
 625     return seqNameItalics;
 626   }
 627
 628   @Override
 629   public boolean isShowAnnotation()
 630   {
 631     return showAnnotation;
 632   }
 633
 634   /**
 635    * @return the showColourText
 636    */
 637   @Override
 638   public boolean isShowColourText()
 639   {
 640     return showColourText;
 641   }
 642
 643   /**
 644    * @return the showSeqFeaturesHeight
 645    */
 646   @Override
 647   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 648   {
 649     return showSeqFeaturesHeight;
 650   }
 651
 652   @Override
 653   public boolean isShowSequenceFeatures()
 654   {
 655     return showSequenceFeatures;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * GUI state
 660    *
 661    *
 662    * @param b
 663    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 664    */
 665   @Override
 666   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 667   {
 668     abovePIDThreshold = b;
 669   }
 670
 671   /**
 672    * DOCUMENT ME!
 673    *
 674    * @param h
 675    *          DOCUMENT ME!
 676    */
 677   @Override
 678   public void setCharHeight(int h)
 679   {
 680     this.charHeight = h;
 681   }
 682
 683   /**
 684    * DOCUMENT ME!
 685    *
 686    * @param w
 687    *          DOCUMENT ME!
 688    */
 689   @Override
 690   public void setCharWidth(int w)
 691   {
 692     this.charWidth = w;
 693   }
 694
 695   /**
 696    * @param value
 697    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 698    *          to all groups
 699    */
 700   @Override
 701   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 702   {
 703     colourAppliesToAllGroups = b;
 704   }
 705
 706   @Override
 707   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 708   {
 709     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 710   }
 711
 712   /**
 713    * DOCUMENT ME!
 714    *
 715    * @param state
 716    *          DOCUMENT ME!
 717    */
 718   @Override
 719   public void setColourText(boolean state)
 720   {
 721     showColourText = state;
 722   }
 723
 724   /**
 725    * @param conservationColourSelected
 726    *          the conservationColourSelected to set
 727    */
 728   @Override
 729   public void setConservationColourSelected(
 730           boolean conservationColourSelected)
 731   {
 732     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 733   }
 734
 735   /**
 736    * GUI state
 737    *
 738    * @param b
 739    *          enable conservation based shading
 740    */
 741   @Override
 742   public void setConservationSelected(boolean b)
 743   {
 744     conservationColourSelected = b;
 745   }
 746
 747   @Override
 748   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 749   {
 750     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 751   }
 752
 753   /**
 754    *
 755    * @param inc
 756    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 757    *          conservation
 758    */
 759   @Override
 760   public void setIncrement(int inc)
 761   {
 762     increment = inc;
 763   }
 764
 765   /**
 766    * DOCUMENT ME!
 767    *
 768    * @param state
 769    *          DOCUMENT ME!
 770    */
 771   @Override
 772   public void setRenderGaps(boolean state)
 773   {
 774     renderGaps = state;
 775   }
 776
 777   @Override
 778   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 779   {
 780     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 781   }
 782
 783   /**
 784    * DOCUMENT ME!
 785    *
 786    * @param b
 787    *          DOCUMENT ME!
 788    */
 789   @Override
 790   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 791   {
 792     scaleAboveWrapped = b;
 793   }
 794
 795   /**
 796    * DOCUMENT ME!
 797    *
 798    * @param b
 799    *          DOCUMENT ME!
 800    */
 801   @Override
 802   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 803   {
 804     scaleLeftWrapped = b;
 805   }
 806
 807   /**
 808    *
 809    *
 810    * @param scaleRightWrapped
 811    *          - true or false
 812    */
 813
 814   @Override
 815   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 816   {
 817     scaleRightWrapped = b;
 818   }
 819
 820   @Override
 821   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 822   {
 823     seqNameItalics = italics;
 824   }
 825
 826   @Override
 827   public void setShowAnnotation(boolean b)
 828   {
 829     showAnnotation = b;
 830   }
 831
 832   /**
 833    * DOCUMENT ME!
 834    *
 835    * @param state
 836    *          DOCUMENT ME!
 837    */
 838   @Override
 839   public void setShowBoxes(boolean state)
 840   {
 841     showBoxes = state;
 842   }
 843
 844   /**
 845    * @param showColourText
 846    *          the showColourText to set
 847    */
 848   @Override
 849   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 850   {
 851     this.showColourText = showColourText;
 852   }
 853
 854   @Override
 855   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 856   {
 857     showHiddenMarkers = show;
 858   }
 859
 860   /**
 861    * DOCUMENT ME!
 862    *
 863    * @param b
 864    *          DOCUMENT ME!
 865    */
 866   @Override
 867   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 868   {
 869     showJVSuffix = b;
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 874   {
 875     showSeqFeaturesHeight = selected;
 876
 877   }
 878
 879   /**
 880    * set the flag
 881    *
 882    * @param b
 883    *          features are displayed if true
 884    */
 885   @Override
 886   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 887   {
 888     showSequenceFeatures = b;
 889   }
 890
 891   /**
 892    * DOCUMENT ME!
 893    *
 894    * @param state
 895    *          DOCUMENT ME!
 896    */
 897   @Override
 898   public void setShowText(boolean state)
 899   {
 900     showText = state;
 901   }
 902
 903   @Override
 904   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 905   {
 906     showUnconserved = showunconserved;
 907   }
 908
 909   /**
 910    * @param textColour
 911    *          the textColour to set
 912    */
 913   @Override
 914   public void setTextColour(Color textColour)
 915   {
 916     this.textColour = textColour;
 917   }
 918
 919   /**
 920    * @param textColour2
 921    *          the textColour2 to set
 922    */
 923   @Override
 924   public void setTextColour2(Color textColour2)
 925   {
 926     this.textColour2 = textColour2;
 927   }
 928
 929   /**
 930    * DOCUMENT ME!
 931    *
 932    * @param thresh
 933    *          DOCUMENT ME!
 934    */
 935   @Override
 936   public void setThreshold(int thresh)
 937   {
 938     threshold = thresh;
 939   }
 940
 941   /**
 942    * @param thresholdTextColour
 943    *          the thresholdTextColour to set
 944    */
 945   @Override
 946   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 947   {
 948     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 949   }
 950
 951   /**
 952    * DOCUMENT ME!
 953    *
 954    * @param state
 955    *          DOCUMENT ME!
 956    */
 957   @Override
 958   public void setWrapAlignment(boolean state)
 959   {
 960     wrapAlignment = state;
 961   }
 962
 963   /**
 964    * DOCUMENT ME!
 965    *
 966    * @param w
 967    *          DOCUMENT ME!
 968    */
 969   @Override
 970   public void setWrappedWidth(int w)
 971   {
 972     this.wrappedWidth = w;
 973   }
 974
 975   @Override
 976   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 977   {
 978     return this.equals(that);
 979   }
 980
 981   @Override
 982   public String getFontName()
 983   {
 984     return fontName;
 985   }
 986
 987   @Override
 988   public int getFontSize()
 989   {
 990     return fontSize;
 991   }
 992
 993   @Override
 994   public int getFontStyle()
 995   {
 996     return fontStyle;
 997   }
 998
 999   @Override
1000   public void setFontName(String name)
1001   {
1002     fontName = name;
1003   }
1004
1005   @Override
1006   public void setFontSize(int size)
1007   {
1008     fontSize = size;
1009
1010   }
1011
1012   @Override
1013   public void setFontStyle(int style)
1014   {
1015     fontStyle = style;
1016   }
1017
1018   @Override
1019   public int getIdWidth()
1020   {
1021     return idWidth;
1022   }
1023
1024   /**
1025    * @param idWidth
1026    *          the idWidth to set
1027    */
1028   @Override
1029   public void setIdWidth(int idWidth)
1030   {
1031     this.idWidth = idWidth;
1032   }
1033
1034   /**
1035    * @return the centreColumnLabels
1036    */
1037   @Override
1038   public boolean isCentreColumnLabels()
1039   {
1040     return centreColumnLabels;
1041   }
1042
1043   /**
1044    * @param centreColumnLabels
1045    *          the centreColumnLabels to set
1046    */
1047   @Override
1048   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1049   {
1050     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1051   }
1052
1053   /**
1054    * @return the showdbrefs
1055    */
1056   @Override
1057   public boolean isShowDBRefs()
1058   {
1059     return showdbrefs;
1060   }
1061
1062   /**
1063    * @param showdbrefs
1064    *          the showdbrefs to set
1065    */
1066   @Override
1067   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1068   {
1069     this.showdbrefs = showdbrefs;
1070   }
1071
1072   /**
1073    * @return the shownpfeats
1074    */
1075   @Override
1076   public boolean isShowNPFeats()
1077   {
1078     return shownpfeats;
1079   }
1080
1081   /**
1082    * @param shownpfeats
1083    *          the shownpfeats to set
1084    */
1085   @Override
1086   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1087   {
1088     this.shownpfeats = shownpfeats;
1089   }
1090
1091   @Override
1092   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1093   {
1094     return this.scaleProteinAsCdna;
1095   }
1096
1097   @Override
1098   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1099   {
1100     this.scaleProteinAsCdna = b;
1101   }
1102
1103   @Override
1104   public boolean isProteinFontAsCdna()
1105   {
1106     return proteinFontAsCdna;
1107   }
1108
1109   @Override
1110   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1111   {
1112     proteinFontAsCdna = b;
1113   }
1114 }