src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import jalview.api.ViewStyleI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display sequence symbols
 128    */
 129   boolean showText = true;
 130
 131   /**
 132    * colour gaps in the alignment view according to the overview gap colour
 133    */
 134   boolean colourGaps = false;
 135   /**
 136    * show non-conserved residues only
 137    */
 138   protected boolean showUnconserved = false;
 139
 140   Color textColour = Color.black;
 141
 142   Color textColour2 = Color.white;
 143
 144   /**
 145    * PID or consensus threshold
 146    */
 147   int threshold;
 148
 149   /**
 150    * threshold for switching between textColour & textColour2
 151    */
 152   int thresholdTextColour = 0;
 153
 154   /**
 155    * upper case characters in sequence are shown in bold
 156    */
 157   boolean upperCasebold = false;
 158
 159   /**
 160    * name of base font for view
 161    */
 162   private String fontName;
 163
 164   /**
 165    * size for base font
 166    */
 167   private int fontSize;
 168
 169   /*
 170    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 171    * SplitFrame views only)
 172    */
 173   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 174
 175   /*
 176    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 177    * sides of a split screen
 178    */
 179   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 180
 181   /**
 182    * Copy constructor
 183    *
 184    * @param vs
 185    */
 186   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 187   {
 188     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 189     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 190     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 191     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 192     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 193     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 194     setColourText(vs.getColourText());
 195     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 196     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 197     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 198     setFontName(vs.getFontName());
 199     setFontSize(vs.getFontSize());
 200     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 201     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 202     setIncrement(vs.getIncrement());
 203     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 204     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 205     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 206     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 207     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 208     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 209     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 210     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 211     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 212     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 213     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 214     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 215     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 216     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 217     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 218     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 219     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 220     setShowComplementFeatures(vs.isShowComplementFeatures());
 221     setShowComplementFeaturesOnTop(vs.isShowComplementFeaturesOnTop());
 222     setShowText(vs.getShowText());
 223     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 224     setTextColour(vs.getTextColour());
 225     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 226     setThreshold(vs.getThreshold());
 227     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 228     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 229     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 230     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 231     setColourGaps(vs.getColourGaps());
 232     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 233   }
 234
 235   public ViewStyle()
 236   {
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 241    */
 242   @Override
 243   public boolean equals(Object other)
 244   {
 245     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 246     {
 247       return false;
 248     }
 249     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 250
 251     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 252             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 253             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 254             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 255             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 256                     .getColourAppliesToAllGroups()
 257             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 258             && getColourText() == vs.getColourText()
 259             && isConservationColourSelected() == vs
 260                     .isConservationColourSelected()
 261             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 262             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 263             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 264             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 265             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 266             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 267             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 268             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 269             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 270             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 271             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 272             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 273             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 274             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 275             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 276             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 277             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 278             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 279             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 280             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 281             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 282             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 283                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 284             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 285             && isShowComplementFeatures() == vs.isShowComplementFeatures()
 286             && isShowComplementFeaturesOnTop() == vs
 287                     .isShowComplementFeaturesOnTop()
 288             && getShowText() == vs.getShowText()
 289             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 290             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 291             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 292             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 293             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment()
 294             && getWrappedWidth() == vs.getWrappedWidth()
 295             && getColourGaps() == vs.getColourGaps());
 296     /*
 297      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 298      * values
 299      */
 300     match = match && String.valueOf(getFontName())
 301             .equals(String.valueOf(vs.getFontName()));
 302     match = match && String.valueOf(getTextColour())
 303             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour()));
 304     match = match && String.valueOf(getTextColour2())
 305             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 306     return match;
 307     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 308   }
 309
 310   /**
 311    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 312    * vs2.hashCode()
 313    */
 314   @Override
 315   public int hashCode()
 316   {
 317     /*
 318      * No need to include all properties, just a selection...
 319      */
 320     int hash = 0;
 321     int m = 1;
 322     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 323     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 324     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 325     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 328     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 329     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 330     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 331     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 332     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 333     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 334     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 335     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 336     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 337     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 338     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 339     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourGaps).hashCode();
 340     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showColourText).hashCode();
 341     hash += m++ * this.charHeight;
 342     hash += m++ * this.charWidth;
 343     hash += m++ * fontSize;
 344     hash += m++ * fontStyle;
 345     hash += m++ * idWidth;
 346     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 347     return hash;
 348   }
 349
 350   /**
 351    * @return the upperCasebold
 352    */
 353   @Override
 354   public boolean isUpperCasebold()
 355   {
 356     return upperCasebold;
 357   }
 358
 359   /**
 360    * @param upperCasebold
 361    *          the upperCasebold to set
 362    */
 363   @Override
 364   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 365   {
 366     this.upperCasebold = upperCasebold;
 367   }
 368
 369   /**
 370    * flag for wrapping
 371    */
 372   boolean wrapAlignment = false;
 373
 374   /**
 375    * number columns in wrapped alignment
 376    */
 377   int wrappedWidth;
 378
 379   private int fontStyle;
 380
 381   private boolean showComplementFeatures;
 382
 383   private boolean showComplementFeaturesOnTop;
 384
 385   /**
 386    * GUI state
 387    *
 388    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 389    */
 390   @Override
 391   public boolean getAbovePIDThreshold()
 392   {
 393     return abovePIDThreshold;
 394   }
 395
 396   /**
 397    * DOCUMENT ME!
 398    *
 399    * @return DOCUMENT ME!
 400    */
 401   @Override
 402   public int getCharHeight()
 403   {
 404     return charHeight;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * DOCUMENT ME!
 409    *
 410    * @return DOCUMENT ME!
 411    */
 412   @Override
 413   public int getCharWidth()
 414   {
 415     return charWidth;
 416   }
 417
 418   /**
 419    *
 420    *
 421    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 422    */
 423   @Override
 424   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 425   {
 426     return colourAppliesToAllGroups;
 427   }
 428
 429   /**
 430    * DOCUMENT ME!
 431    *
 432    * @return DOCUMENT ME!
 433    */
 434   @Override
 435   public boolean getColourText()
 436   {
 437     return showColourText;
 438   }
 439
 440   /**
 441    * GUI state
 442    *
 443    * @return true if conservation based shading is enabled
 444    */
 445   @Override
 446   public boolean getConservationSelected()
 447   {
 448     return conservationColourSelected;
 449   }
 450
 451   /**
 452    * GUI State
 453    *
 454    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 455    */
 456   @Override
 457   public int getIncrement()
 458   {
 459     return increment;
 460   }
 461
 462   /**
 463    * DOCUMENT ME!
 464    *
 465    * @return DOCUMENT ME!
 466    */
 467   @Override
 468   public boolean getScaleAboveWrapped()
 469   {
 470     return scaleAboveWrapped;
 471   }
 472
 473   /**
 474    * DOCUMENT ME!
 475    *
 476    * @return DOCUMENT ME!
 477    */
 478   @Override
 479   public boolean getScaleLeftWrapped()
 480   {
 481     return scaleLeftWrapped;
 482   }
 483
 484   /**
 485    * DOCUMENT ME!
 486    *
 487    * @return DOCUMENT ME!
 488    */
 489   @Override
 490   public boolean getScaleRightWrapped()
 491   {
 492     return scaleRightWrapped;
 493   }
 494
 495   /**
 496    * DOCUMENT ME!
 497    *
 498    * @return DOCUMENT ME!
 499    */
 500   @Override
 501   public boolean getShowBoxes()
 502   {
 503     return showBoxes;
 504   }
 505
 506   @Override
 507   public boolean getShowHiddenMarkers()
 508   {
 509     return showHiddenMarkers;
 510   }
 511
 512   /**
 513    * DOCUMENT ME!
 514    *
 515    * @return DOCUMENT ME!
 516    */
 517   @Override
 518   public boolean getShowJVSuffix()
 519   {
 520     return showJVSuffix;
 521   }
 522
 523   /**
 524    * DOCUMENT ME!
 525    *
 526    * @return DOCUMENT ME!
 527    */
 528   @Override
 529   public boolean getShowText()
 530   {
 531     return showText;
 532   }
 533
 534   @Override
 535   public boolean getShowUnconserved()
 536   {
 537     return showUnconserved;
 538   }
 539
 540   /**
 541    * @return the textColour
 542    */
 543   @Override
 544   public Color getTextColour()
 545   {
 546     return textColour;
 547   }
 548
 549   /**
 550    * @return the textColour2
 551    */
 552   @Override
 553   public Color getTextColour2()
 554   {
 555     return textColour2;
 556   }
 557
 558   /**
 559    * DOCUMENT ME!
 560    *
 561    * @return DOCUMENT ME!
 562    */
 563   @Override
 564   public int getThreshold()
 565   {
 566     return threshold;
 567   }
 568
 569   /**
 570    * @return the thresholdTextColour
 571    */
 572   @Override
 573   public int getThresholdTextColour()
 574   {
 575     return thresholdTextColour;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * DOCUMENT ME!
 580    *
 581    * @return DOCUMENT ME!
 582    */
 583   @Override
 584   public boolean getWrapAlignment()
 585   {
 586     return wrapAlignment;
 587   }
 588
 589   /**
 590    * DOCUMENT ME!
 591    *
 592    * @return DOCUMENT ME!
 593    */
 594   @Override
 595   public int getWrappedWidth()
 596   {
 597     return wrappedWidth;
 598   }
 599
 600   @Override
 601   public boolean isColourByReferenceSeq()
 602   {
 603     return colourByReferenceSeq;
 604   }
 605
 606   /**
 607    * @return the conservationColourSelected
 608    */
 609   @Override
 610   public boolean isConservationColourSelected()
 611   {
 612     return conservationColourSelected;
 613   }
 614
 615   @Override
 616   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 617   {
 618     return displayReferenceSeq;
 619   }
 620
 621   /**
 622    * @return the renderGaps
 623    */
 624   @Override
 625   public boolean isRenderGaps()
 626   {
 627     return renderGaps;
 628   }
 629
 630   @Override
 631   public boolean isRightAlignIds()
 632   {
 633     return rightAlignIds;
 634   }
 635
 636   /**
 637    * @return the seqNameItalics
 638    */
 639   @Override
 640   public boolean isSeqNameItalics()
 641   {
 642     return seqNameItalics;
 643   }
 644
 645   @Override
 646   public boolean isShowAnnotation()
 647   {
 648     return showAnnotation;
 649   }
 650
 651   /**
 652    * @return the showColourText
 653    */
 654   @Override
 655   public boolean isShowColourText()
 656   {
 657     return showColourText;
 658   }
 659
 660   /**
 661    * @return the showSeqFeaturesHeight
 662    */
 663   @Override
 664   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 665   {
 666     return showSeqFeaturesHeight;
 667   }
 668
 669   @Override
 670   public boolean isShowSequenceFeatures()
 671   {
 672     return showSequenceFeatures;
 673   }
 674
 675   /**
 676    * GUI state
 677    *
 678    *
 679    * @param b
 680    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 681    */
 682   @Override
 683   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 684   {
 685     abovePIDThreshold = b;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * DOCUMENT ME!
 690    *
 691    * @param h
 692    *          DOCUMENT ME!
 693    */
 694   @Override
 695   public void setCharHeight(int h)
 696   {
 697     this.charHeight = h;
 698   }
 699
 700   /**
 701    * DOCUMENT ME!
 702    *
 703    * @param w
 704    *          DOCUMENT ME!
 705    */
 706   @Override
 707   public void setCharWidth(int w)
 708   {
 709     this.charWidth = w;
 710   }
 711
 712   /**
 713    * @param value
 714    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 715    *          to all groups
 716    */
 717   @Override
 718   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 719   {
 720     colourAppliesToAllGroups = b;
 721   }
 722
 723   @Override
 724   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 725   {
 726     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 727   }
 728
 729   /**
 730    * DOCUMENT ME!
 731    *
 732    * @param state
 733    *          DOCUMENT ME!
 734    */
 735   @Override
 736   public void setColourText(boolean state)
 737   {
 738     showColourText = state;
 739   }
 740
 741   /**
 742    * @param conservationColourSelected
 743    *          the conservationColourSelected to set
 744    */
 745   @Override
 746   public void setConservationColourSelected(
 747           boolean conservationColourSelected)
 748   {
 749     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 750   }
 751
 752   /**
 753    * GUI state
 754    *
 755    * @param b
 756    *          enable conservation based shading
 757    */
 758   @Override
 759   public void setConservationSelected(boolean b)
 760   {
 761     conservationColourSelected = b;
 762   }
 763
 764   @Override
 765   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 766   {
 767     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 768   }
 769
 770   /**
 771    *
 772    * @param inc
 773    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 774    *          conservation
 775    */
 776   @Override
 777   public void setIncrement(int inc)
 778   {
 779     increment = inc;
 780   }
 781
 782   /**
 783    * DOCUMENT ME!
 784    *
 785    * @param state
 786    *          DOCUMENT ME!
 787    */
 788   @Override
 789   public void setRenderGaps(boolean state)
 790   {
 791     renderGaps = state;
 792   }
 793
 794   @Override
 795   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 796   {
 797     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 798   }
 799
 800   /**
 801    * DOCUMENT ME!
 802    *
 803    * @param b
 804    *          DOCUMENT ME!
 805    */
 806   @Override
 807   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 808   {
 809     scaleAboveWrapped = b;
 810   }
 811
 812   /**
 813    * DOCUMENT ME!
 814    *
 815    * @param b
 816    *          DOCUMENT ME!
 817    */
 818   @Override
 819   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 820   {
 821     scaleLeftWrapped = b;
 822   }
 823
 824   /**
 825    *
 826    *
 827    * @param scaleRightWrapped
 828    *          - true or false
 829    */
 830
 831   @Override
 832   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 833   {
 834     scaleRightWrapped = b;
 835   }
 836
 837   @Override
 838   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 839   {
 840     seqNameItalics = italics;
 841   }
 842
 843   @Override
 844   public void setShowAnnotation(boolean b)
 845   {
 846     showAnnotation = b;
 847   }
 848
 849   /**
 850    * DOCUMENT ME!
 851    *
 852    * @param state
 853    *          DOCUMENT ME!
 854    */
 855   @Override
 856   public void setShowBoxes(boolean state)
 857   {
 858     showBoxes = state;
 859   }
 860
 861   /**
 862    * @param showColourText
 863    *          the showColourText to set
 864    */
 865   @Override
 866   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 867   {
 868     this.showColourText = showColourText;
 869   }
 870
 871   @Override
 872   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 873   {
 874     showHiddenMarkers = show;
 875   }
 876
 877   /**
 878    * DOCUMENT ME!
 879    *
 880    * @param b
 881    *          DOCUMENT ME!
 882    */
 883   @Override
 884   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 885   {
 886     showJVSuffix = b;
 887   }
 888
 889   @Override
 890   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 891   {
 892     showSeqFeaturesHeight = selected;
 893
 894   }
 895
 896   /**
 897    * set the flag
 898    *
 899    * @param b
 900    *          features are displayed if true
 901    */
 902   @Override
 903   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 904   {
 905     showSequenceFeatures = b;
 906   }
 907
 908   /**
 909    * DOCUMENT ME!
 910    *
 911    * @param state
 912    *          DOCUMENT ME!
 913    */
 914   @Override
 915   public void setShowText(boolean state)
 916   {
 917     showText = state;
 918   }
 919
 920   @Override
 921   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 922   {
 923     showUnconserved = showunconserved;
 924   }
 925
 926   /**
 927    * @param textColour
 928    *          the textColour to set
 929    */
 930   @Override
 931   public void setTextColour(Color textColour)
 932   {
 933     this.textColour = textColour;
 934   }
 935
 936   /**
 937    * @param textColour2
 938    *          the textColour2 to set
 939    */
 940   @Override
 941   public void setTextColour2(Color textColour2)
 942   {
 943     this.textColour2 = textColour2;
 944   }
 945
 946   /**
 947    * DOCUMENT ME!
 948    *
 949    * @param thresh
 950    *          DOCUMENT ME!
 951    */
 952   @Override
 953   public void setThreshold(int thresh)
 954   {
 955     threshold = thresh;
 956   }
 957
 958   /**
 959    * @param thresholdTextColour
 960    *          the thresholdTextColour to set
 961    */
 962   @Override
 963   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 964   {
 965     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 966   }
 967
 968   /**
 969    * DOCUMENT ME!
 970    *
 971    * @param state
 972    *          DOCUMENT ME!
 973    */
 974   @Override
 975   public void setWrapAlignment(boolean state)
 976   {
 977     wrapAlignment = state;
 978   }
 979
 980   /**
 981    * DOCUMENT ME!
 982    *
 983    * @param w
 984    *          DOCUMENT ME!
 985    */
 986   @Override
 987   public void setWrappedWidth(int w)
 988   {
 989     this.wrappedWidth = w;
 990   }
 991
 992   @Override
 993   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 994   {
 995     return this.equals(that);
 996   }
 997
 998   @Override
 999   public String getFontName()
1000   {
1001     return fontName;
1002   }
1003
1004   @Override
1005   public int getFontSize()
1006   {
1007     return fontSize;
1008   }
1009
1010   @Override
1011   public int getFontStyle()
1012   {
1013     return fontStyle;
1014   }
1015
1016   @Override
1017   public void setFontName(String name)
1018   {
1019     fontName = name;
1020   }
1021
1022   @Override
1023   public void setFontSize(int size)
1024   {
1025     fontSize = size;
1026
1027   }
1028
1029   @Override
1030   public void setFontStyle(int style)
1031   {
1032     fontStyle = style;
1033   }
1034
1035   @Override
1036   public int getIdWidth()
1037   {
1038     return idWidth;
1039   }
1040
1041   /**
1042    * @param idWidth
1043    *          the idWidth to set
1044    */
1045   @Override
1046   public void setIdWidth(int idWidth)
1047   {
1048     this.idWidth = idWidth;
1049   }
1050
1051   /**
1052    * @return the centreColumnLabels
1053    */
1054   @Override
1055   public boolean isCentreColumnLabels()
1056   {
1057     return centreColumnLabels;
1058   }
1059
1060   /**
1061    * @param centreColumnLabels
1062    *          the centreColumnLabels to set
1063    */
1064   @Override
1065   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1066   {
1067     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1068   }
1069
1070   /**
1071    * @return the showdbrefs
1072    */
1073   @Override
1074   public boolean isShowDBRefs()
1075   {
1076     return showdbrefs;
1077   }
1078
1079   /**
1080    * @param showdbrefs
1081    *          the showdbrefs to set
1082    */
1083   @Override
1084   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1085   {
1086     this.showdbrefs = showdbrefs;
1087   }
1088
1089   /**
1090    * @return the shownpfeats
1091    */
1092   @Override
1093   public boolean isShowNPFeats()
1094   {
1095     return shownpfeats;
1096   }
1097
1098   /**
1099    * @param shownpfeats
1100    *          the shownpfeats to set
1101    */
1102   @Override
1103   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1104   {
1105     this.shownpfeats = shownpfeats;
1106   }
1107
1108   @Override
1109   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1110   {
1111     return this.scaleProteinAsCdna;
1112   }
1113
1114   @Override
1115   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1116   {
1117     this.scaleProteinAsCdna = b;
1118   }
1119
1120   @Override
1121   public boolean isProteinFontAsCdna()
1122   {
1123     return proteinFontAsCdna;
1124   }
1125
1126   @Override
1127   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1128   {
1129     proteinFontAsCdna = b;
1130   }
1131
1132   @Override
1133   public void setShowComplementFeatures(boolean b)
1134   {
1135     showComplementFeatures = b;
1136   }
1137
1138   @Override
1139   public boolean isShowComplementFeatures()
1140   {
1141     return showComplementFeatures;
1142   }
1143
1144   @Override
1145   public void setShowComplementFeaturesOnTop(boolean b)
1146   {
1147     showComplementFeaturesOnTop = b;
1148   }
1149
1150   @Override
1151   public boolean isShowComplementFeaturesOnTop()
1152   {
1153     return showComplementFeaturesOnTop;
1154   }
1155
1156   @Override
1157   public void setColourGaps(boolean b)
1158   {
1159     colourGaps = b;
1160   }
1161
1162   @Override
1163   public boolean getColourGaps()
1164   {
1165     return colourGaps;
1166   }
1167 }