src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 import jalview.api.ViewStyleI;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display sequence symbols
 128    */
 129   boolean showText = true;
 130
 131   /**
 132    * show non-conserved residues only
 133    */
 134   protected boolean showUnconserved = false;
 135
 136   Color textColour = Color.black;
 137
 138   Color textColour2 = Color.white;
 139
 140   /**
 141    * PID or consensus threshold
 142    */
 143   int threshold;
 144
 145   /**
 146    * threshold for switching between textColour & textColour2
 147    */
 148   int thresholdTextColour = 0;
 149
 150   /**
 151    * upper case characters in sequence are shown in bold
 152    */
 153   boolean upperCasebold = false;
 154
 155   /**
 156    * name of base font for view
 157    */
 158   private String fontName;
 159
 160   /**
 161    * size for base font
 162    */
 163   private int fontSize;
 164
 165   /*
 166    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 167    * SplitFrame views only)
 168    */
 169   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 170
 171   /*
 172    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 173    * sides of a split screen
 174    */
 175   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 176
 177   /**
 178    * Copy constructor
 179    *
 180    * @param vs
 181    */
 182   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 183   {
 184     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 185     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 186     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 187     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 188     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 189     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 190     setColourText(vs.getColourText());
 191     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 192     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 193     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 194     setFontName(vs.getFontName());
 195     setFontSize(vs.getFontSize());
 196     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 197     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 198     setIncrement(vs.getIncrement());
 199     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 200     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 201     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 202     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 203     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 204     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 205     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 206     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 207     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 208     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 209     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 210     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 211     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 212     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 213     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 214     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 215     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 216     setShowComplementFeatures(vs.isShowComplementFeatures());
 217     setShowComplementFeaturesOnTop(vs.isShowComplementFeaturesOnTop());
 218     setShowText(vs.getShowText());
 219     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 220     setTextColour(vs.getTextColour());
 221     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 222     setThreshold(vs.getThreshold());
 223     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 224     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 225     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 226     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 227     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 228   }
 229
 230   public ViewStyle()
 231   {
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 236    */
 237   @Override
 238   public boolean equals(Object other)
 239   {
 240     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 241     {
 242       return false;
 243     }
 244     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 245
 246     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 247             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 248             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 249             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 250             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 251                     .getColourAppliesToAllGroups()
 252             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 253             && getColourText() == vs.getColourText()
 254             && isConservationColourSelected() == vs
 255                     .isConservationColourSelected()
 256             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 257             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 258             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 259             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 260             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 261             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 262             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 263             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 264             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 265             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 266             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 267             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 268             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 269             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 270             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 271             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 272             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 273             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 274             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 275             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 276             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 277             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 278                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 279             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 280             && isShowComplementFeatures() == vs.isShowComplementFeatures()
 281             && isShowComplementFeaturesOnTop() == vs
 282                     .isShowComplementFeaturesOnTop()
 283             && getShowText() == vs.getShowText()
 284             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 285             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 286             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 287             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 288             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment()
 289             && getWrappedWidth() == vs.getWrappedWidth());
 290     /*
 291      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 292      * values
 293      */
 294     match = match && String.valueOf(getFontName())
 295             .equals(String.valueOf(vs.getFontName()));
 296     match = match && String.valueOf(getTextColour())
 297             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour()));
 298     match = match && String.valueOf(getTextColour2())
 299             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 300     return match;
 301     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 302   }
 303
 304   /**
 305    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 306    * vs2.hashCode()
 307    */
 308   @Override
 309   public int hashCode()
 310   {
 311     /*
 312      * No need to include all properties, just a selection...
 313      */
 314     int hash = 0;
 315     int m = 1;
 316     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 317     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 318     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 319     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 320     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 321     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 322     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 323     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 324     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 325     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 328     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 329     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 330     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 331     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 332     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 333     hash += m++ * this.charHeight;
 334     hash += m++ * this.charWidth;
 335     hash += m++ * fontSize;
 336     hash += m++ * fontStyle;
 337     hash += m++ * idWidth;
 338     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 339     return hash;
 340   }
 341
 342   /**
 343    * @return the upperCasebold
 344    */
 345   @Override
 346   public boolean isUpperCasebold()
 347   {
 348     return upperCasebold;
 349   }
 350
 351   /**
 352    * @param upperCasebold
 353    *          the upperCasebold to set
 354    */
 355   @Override
 356   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 357   {
 358     this.upperCasebold = upperCasebold;
 359   }
 360
 361   /**
 362    * flag for wrapping
 363    */
 364   boolean wrapAlignment = false;
 365
 366   /**
 367    * number columns in wrapped alignment
 368    */
 369   int wrappedWidth;
 370
 371   private int fontStyle;
 372
 373   private boolean showComplementFeatures;
 374
 375   private boolean showComplementFeaturesOnTop;
 376
 377   /**
 378    * GUI state
 379    *
 380    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 381    */
 382   @Override
 383   public boolean getAbovePIDThreshold()
 384   {
 385     return abovePIDThreshold;
 386   }
 387
 388   /**
 389    * DOCUMENT ME!
 390    *
 391    * @return DOCUMENT ME!
 392    */
 393   @Override
 394   public int getCharHeight()
 395   {
 396     return charHeight;
 397   }
 398
 399   /**
 400    * DOCUMENT ME!
 401    *
 402    * @return DOCUMENT ME!
 403    */
 404   @Override
 405   public int getCharWidth()
 406   {
 407     return charWidth;
 408   }
 409
 410   /**
 411    *
 412    *
 413    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 414    */
 415   @Override
 416   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 417   {
 418     return colourAppliesToAllGroups;
 419   }
 420
 421   /**
 422    * DOCUMENT ME!
 423    *
 424    * @return DOCUMENT ME!
 425    */
 426   @Override
 427   public boolean getColourText()
 428   {
 429     return showColourText;
 430   }
 431
 432   /**
 433    * GUI state
 434    *
 435    * @return true if conservation based shading is enabled
 436    */
 437   @Override
 438   public boolean getConservationSelected()
 439   {
 440     return conservationColourSelected;
 441   }
 442
 443   /**
 444    * GUI State
 445    *
 446    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 447    */
 448   @Override
 449   public int getIncrement()
 450   {
 451     return increment;
 452   }
 453
 454   /**
 455    * DOCUMENT ME!
 456    *
 457    * @return DOCUMENT ME!
 458    */
 459   @Override
 460   public boolean getScaleAboveWrapped()
 461   {
 462     return scaleAboveWrapped;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * DOCUMENT ME!
 467    *
 468    * @return DOCUMENT ME!
 469    */
 470   @Override
 471   public boolean getScaleLeftWrapped()
 472   {
 473     return scaleLeftWrapped;
 474   }
 475
 476   /**
 477    * DOCUMENT ME!
 478    *
 479    * @return DOCUMENT ME!
 480    */
 481   @Override
 482   public boolean getScaleRightWrapped()
 483   {
 484     return scaleRightWrapped;
 485   }
 486
 487   /**
 488    * DOCUMENT ME!
 489    *
 490    * @return DOCUMENT ME!
 491    */
 492   @Override
 493   public boolean getShowBoxes()
 494   {
 495     return showBoxes;
 496   }
 497
 498   @Override
 499   public boolean getShowHiddenMarkers()
 500   {
 501     return showHiddenMarkers;
 502   }
 503
 504   /**
 505    * DOCUMENT ME!
 506    *
 507    * @return DOCUMENT ME!
 508    */
 509   @Override
 510   public boolean getShowJVSuffix()
 511   {
 512     return showJVSuffix;
 513   }
 514
 515   /**
 516    * DOCUMENT ME!
 517    *
 518    * @return DOCUMENT ME!
 519    */
 520   @Override
 521   public boolean getShowText()
 522   {
 523     return showText;
 524   }
 525
 526   @Override
 527   public boolean getShowUnconserved()
 528   {
 529     return showUnconserved;
 530   }
 531
 532   /**
 533    * @return the textColour
 534    */
 535   @Override
 536   public Color getTextColour()
 537   {
 538     return textColour;
 539   }
 540
 541   /**
 542    * @return the textColour2
 543    */
 544   @Override
 545   public Color getTextColour2()
 546   {
 547     return textColour2;
 548   }
 549
 550   /**
 551    * DOCUMENT ME!
 552    *
 553    * @return DOCUMENT ME!
 554    */
 555   @Override
 556   public int getThreshold()
 557   {
 558     return threshold;
 559   }
 560
 561   /**
 562    * @return the thresholdTextColour
 563    */
 564   @Override
 565   public int getThresholdTextColour()
 566   {
 567     return thresholdTextColour;
 568   }
 569
 570   /**
 571    * DOCUMENT ME!
 572    *
 573    * @return DOCUMENT ME!
 574    */
 575   @Override
 576   public boolean getWrapAlignment()
 577   {
 578     return wrapAlignment;
 579   }
 580
 581   /**
 582    * DOCUMENT ME!
 583    *
 584    * @return DOCUMENT ME!
 585    */
 586   @Override
 587   public int getWrappedWidth()
 588   {
 589     return wrappedWidth;
 590   }
 591
 592   @Override
 593   public boolean isColourByReferenceSeq()
 594   {
 595     return colourByReferenceSeq;
 596   }
 597
 598   /**
 599    * @return the conservationColourSelected
 600    */
 601   @Override
 602   public boolean isConservationColourSelected()
 603   {
 604     return conservationColourSelected;
 605   }
 606
 607   @Override
 608   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 609   {
 610     return displayReferenceSeq;
 611   }
 612
 613   /**
 614    * @return the renderGaps
 615    */
 616   @Override
 617   public boolean isRenderGaps()
 618   {
 619     return renderGaps;
 620   }
 621
 622   @Override
 623   public boolean isRightAlignIds()
 624   {
 625     return rightAlignIds;
 626   }
 627
 628   /**
 629    * @return the seqNameItalics
 630    */
 631   @Override
 632   public boolean isSeqNameItalics()
 633   {
 634     return seqNameItalics;
 635   }
 636
 637   @Override
 638   public boolean isShowAnnotation()
 639   {
 640     return showAnnotation;
 641   }
 642
 643   /**
 644    * @return the showColourText
 645    */
 646   @Override
 647   public boolean isShowColourText()
 648   {
 649     return showColourText;
 650   }
 651
 652   /**
 653    * @return the showSeqFeaturesHeight
 654    */
 655   @Override
 656   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 657   {
 658     return showSeqFeaturesHeight;
 659   }
 660
 661   @Override
 662   public boolean isShowSequenceFeatures()
 663   {
 664     return showSequenceFeatures;
 665   }
 666
 667   /**
 668    * GUI state
 669    *
 670    *
 671    * @param b
 672    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 673    */
 674   @Override
 675   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 676   {
 677     abovePIDThreshold = b;
 678   }
 679
 680   /**
 681    * DOCUMENT ME!
 682    *
 683    * @param h
 684    *          DOCUMENT ME!
 685    */
 686   @Override
 687   public void setCharHeight(int h)
 688   {
 689     this.charHeight = h;
 690   }
 691
 692   /**
 693    * DOCUMENT ME!
 694    *
 695    * @param w
 696    *          DOCUMENT ME!
 697    */
 698   @Override
 699   public void setCharWidth(int w)
 700   {
 701     this.charWidth = w;
 702   }
 703
 704   /**
 705    * @param value
 706    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 707    *          to all groups
 708    */
 709   @Override
 710   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 711   {
 712     colourAppliesToAllGroups = b;
 713   }
 714
 715   @Override
 716   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 717   {
 718     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 719   }
 720
 721   /**
 722    * DOCUMENT ME!
 723    *
 724    * @param state
 725    *          DOCUMENT ME!
 726    */
 727   @Override
 728   public void setColourText(boolean state)
 729   {
 730     showColourText = state;
 731   }
 732
 733   /**
 734    * @param conservationColourSelected
 735    *          the conservationColourSelected to set
 736    */
 737   @Override
 738   public void setConservationColourSelected(
 739           boolean conservationColourSelected)
 740   {
 741     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 742   }
 743
 744   /**
 745    * GUI state
 746    *
 747    * @param b
 748    *          enable conservation based shading
 749    */
 750   @Override
 751   public void setConservationSelected(boolean b)
 752   {
 753     conservationColourSelected = b;
 754   }
 755
 756   @Override
 757   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 758   {
 759     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 760   }
 761
 762   /**
 763    *
 764    * @param inc
 765    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 766    *          conservation
 767    */
 768   @Override
 769   public void setIncrement(int inc)
 770   {
 771     increment = inc;
 772   }
 773
 774   /**
 775    * DOCUMENT ME!
 776    *
 777    * @param state
 778    *          DOCUMENT ME!
 779    */
 780   @Override
 781   public void setRenderGaps(boolean state)
 782   {
 783     renderGaps = state;
 784   }
 785
 786   @Override
 787   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 788   {
 789     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 790   }
 791
 792   /**
 793    * DOCUMENT ME!
 794    *
 795    * @param b
 796    *          DOCUMENT ME!
 797    */
 798   @Override
 799   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 800   {
 801     scaleAboveWrapped = b;
 802   }
 803
 804   /**
 805    * DOCUMENT ME!
 806    *
 807    * @param b
 808    *          DOCUMENT ME!
 809    */
 810   @Override
 811   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 812   {
 813     scaleLeftWrapped = b;
 814   }
 815
 816   /**
 817    *
 818    *
 819    * @param scaleRightWrapped
 820    *          - true or false
 821    */
 822
 823   @Override
 824   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 825   {
 826     scaleRightWrapped = b;
 827   }
 828
 829   @Override
 830   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 831   {
 832     seqNameItalics = italics;
 833   }
 834
 835   @Override
 836   public void setShowAnnotation(boolean b)
 837   {
 838     showAnnotation = b;
 839   }
 840
 841   /**
 842    * DOCUMENT ME!
 843    *
 844    * @param state
 845    *          DOCUMENT ME!
 846    */
 847   @Override
 848   public void setShowBoxes(boolean state)
 849   {
 850     showBoxes = state;
 851   }
 852
 853   /**
 854    * @param showColourText
 855    *          the showColourText to set
 856    */
 857   @Override
 858   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 859   {
 860     this.showColourText = showColourText;
 861   }
 862
 863   @Override
 864   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 865   {
 866     showHiddenMarkers = show;
 867   }
 868
 869   /**
 870    * DOCUMENT ME!
 871    *
 872    * @param b
 873    *          DOCUMENT ME!
 874    */
 875   @Override
 876   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 877   {
 878     showJVSuffix = b;
 879   }
 880
 881   @Override
 882   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 883   {
 884     showSeqFeaturesHeight = selected;
 885
 886   }
 887
 888   /**
 889    * set the flag
 890    *
 891    * @param b
 892    *          features are displayed if true
 893    */
 894   @Override
 895   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 896   {
 897     showSequenceFeatures = b;
 898   }
 899
 900   /**
 901    * DOCUMENT ME!
 902    *
 903    * @param state
 904    *          DOCUMENT ME!
 905    */
 906   @Override
 907   public void setShowText(boolean state)
 908   {
 909     showText = state;
 910   }
 911
 912   @Override
 913   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 914   {
 915     showUnconserved = showunconserved;
 916   }
 917
 918   /**
 919    * @param textColour
 920    *          the textColour to set
 921    */
 922   @Override
 923   public void setTextColour(Color textColour)
 924   {
 925     this.textColour = textColour;
 926   }
 927
 928   /**
 929    * @param textColour2
 930    *          the textColour2 to set
 931    */
 932   @Override
 933   public void setTextColour2(Color textColour2)
 934   {
 935     this.textColour2 = textColour2;
 936   }
 937
 938   /**
 939    * DOCUMENT ME!
 940    *
 941    * @param thresh
 942    *          DOCUMENT ME!
 943    */
 944   @Override
 945   public void setThreshold(int thresh)
 946   {
 947     threshold = thresh;
 948   }
 949
 950   /**
 951    * @param thresholdTextColour
 952    *          the thresholdTextColour to set
 953    */
 954   @Override
 955   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 956   {
 957     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 958   }
 959
 960   /**
 961    * DOCUMENT ME!
 962    *
 963    * @param state
 964    *          DOCUMENT ME!
 965    */
 966   @Override
 967   public void setWrapAlignment(boolean state)
 968   {
 969     wrapAlignment = state;
 970   }
 971
 972   /**
 973    * DOCUMENT ME!
 974    *
 975    * @param w
 976    *          DOCUMENT ME!
 977    */
 978   @Override
 979   public void setWrappedWidth(int w)
 980   {
 981     this.wrappedWidth = w;
 982   }
 983
 984   @Override
 985   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 986   {
 987     return this.equals(that);
 988   }
 989
 990   @Override
 991   public String getFontName()
 992   {
 993     return fontName;
 994   }
 995
 996   @Override
 997   public int getFontSize()
 998   {
 999     return fontSize;
1000   }
1001
1002   @Override
1003   public int getFontStyle()
1004   {
1005     return fontStyle;
1006   }
1007
1008   @Override
1009   public void setFontName(String name)
1010   {
1011     fontName = name;
1012   }
1013
1014   @Override
1015   public void setFontSize(int size)
1016   {
1017     fontSize = size;
1018
1019   }
1020
1021   @Override
1022   public void setFontStyle(int style)
1023   {
1024     fontStyle = style;
1025   }
1026
1027   @Override
1028   public int getIdWidth()
1029   {
1030     return idWidth;
1031   }
1032
1033   /**
1034    * @param idWidth
1035    *          the idWidth to set
1036    */
1037   @Override
1038   public void setIdWidth(int idWidth)
1039   {
1040     this.idWidth = idWidth;
1041   }
1042
1043   /**
1044    * @return the centreColumnLabels
1045    */
1046   @Override
1047   public boolean isCentreColumnLabels()
1048   {
1049     return centreColumnLabels;
1050   }
1051
1052   /**
1053    * @param centreColumnLabels
1054    *          the centreColumnLabels to set
1055    */
1056   @Override
1057   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1058   {
1059     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1060   }
1061
1062   /**
1063    * @return the showdbrefs
1064    */
1065   @Override
1066   public boolean isShowDBRefs()
1067   {
1068     return showdbrefs;
1069   }
1070
1071   /**
1072    * @param showdbrefs
1073    *          the showdbrefs to set
1074    */
1075   @Override
1076   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1077   {
1078     this.showdbrefs = showdbrefs;
1079   }
1080
1081   /**
1082    * @return the shownpfeats
1083    */
1084   @Override
1085   public boolean isShowNPFeats()
1086   {
1087     return shownpfeats;
1088   }
1089
1090   /**
1091    * @param shownpfeats
1092    *          the shownpfeats to set
1093    */
1094   @Override
1095   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1096   {
1097     this.shownpfeats = shownpfeats;
1098   }
1099
1100   @Override
1101   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1102   {
1103     return this.scaleProteinAsCdna;
1104   }
1105
1106   @Override
1107   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1108   {
1109     this.scaleProteinAsCdna = b;
1110   }
1111
1112   @Override
1113   public boolean isProteinFontAsCdna()
1114   {
1115     return proteinFontAsCdna;
1116   }
1117
1118   @Override
1119   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1120   {
1121     proteinFontAsCdna = b;
1122   }
1123
1124   @Override
1125   public void setShowComplementFeatures(boolean b)
1126   {
1127     showComplementFeatures = b;
1128   }
1129
1130   @Override
1131   public boolean isShowComplementFeatures()
1132   {
1133     return showComplementFeatures;
1134   }
1135
1136   @Override
1137   public void setShowComplementFeaturesOnTop(boolean b)
1138   {
1139     showComplementFeaturesOnTop = b;
1140   }
1141
1142   @Override
1143   public boolean isShowComplementFeaturesOnTop()
1144   {
1145     return showComplementFeaturesOnTop;
1146   }
1147 }