src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import jalview.api.ViewStyleI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display sequence symbols
 128    */
 129   boolean showText = true;
 130
 131   /**
 132    * show non-conserved residues only
 133    */
 134   protected boolean showUnconserved = false;
 135
 136   Color textColour = Color.black;
 137
 138   Color textColour2 = Color.white;
 139
 140   /**
 141    * PID or consensus threshold
 142    */
 143   int threshold;
 144
 145   /**
 146    * threshold for switching between textColour & textColour2
 147    */
 148   int thresholdTextColour = 0;
 149
 150   /**
 151    * upper case characters in sequence are shown in bold
 152    */
 153   boolean upperCasebold = false;
 154
 155   /**
 156    * name of base font for view
 157    */
 158   private String fontName;
 159
 160   /**
 161    * size for base font
 162    */
 163   private int fontSize;
 164
 165   /*
 166    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 167    * SplitFrame views only)
 168    */
 169   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 170
 171   /*
 172    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 173    * sides of a split screen
 174    */
 175   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 176
 177   /**
 178    * Copy constructor
 179    *
 180    * @param vs
 181    */
 182   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 183   {
 184     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 185     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 186     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 187     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 188     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 189     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 190     setColourText(vs.getColourText());
 191     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 192     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 193     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 194     setFontName(vs.getFontName());
 195     setFontSize(vs.getFontSize());
 196     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 197     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 198     setIncrement(vs.getIncrement());
 199     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 200     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 201     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 202     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 203     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 204     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 205     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 206     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 207     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 208     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 209     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 210     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 211     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 212     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 213     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 214     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 215     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 216     setShowComplementFeatures(vs.isShowComplementFeatures());
 217     setShowText(vs.getShowText());
 218     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 219     setTextColour(vs.getTextColour());
 220     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 221     setThreshold(vs.getThreshold());
 222     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 223     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 224     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 225     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 226     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 227   }
 228
 229   public ViewStyle()
 230   {
 231   }
 232
 233   /**
 234    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 235    */
 236   @Override
 237   public boolean equals(Object other)
 238   {
 239     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 240     {
 241       return false;
 242     }
 243     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 244
 245     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 246             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 247             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 248             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 249             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 250                     .getColourAppliesToAllGroups()
 251             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 252             && getColourText() == vs.getColourText()
 253             && isConservationColourSelected() == vs
 254                     .isConservationColourSelected()
 255             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 256             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 257             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 258             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 259             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 260             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 261             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 262             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 263             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 264             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 265             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 266             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 267             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 268             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 269             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 270             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 271             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 272             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 273             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 274             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 275             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 276             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 277                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 278             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 279             && isShowComplementFeatures() == vs.isShowComplementFeatures()
 280             && getShowText() == vs.getShowText()
 281             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 282             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 283             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 284             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 285             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment()
 286             && getWrappedWidth() == vs.getWrappedWidth());
 287     /*
 288      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 289      * values
 290      */
 291     match = match && String.valueOf(getFontName())
 292             .equals(String.valueOf(vs.getFontName()));
 293     match = match && String.valueOf(getTextColour())
 294             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour()));
 295     match = match && String.valueOf(getTextColour2())
 296             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 297     return match;
 298     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 299   }
 300
 301   /**
 302    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 303    * vs2.hashCode()
 304    */
 305   @Override
 306   public int hashCode()
 307   {
 308     /*
 309      * No need to include all properties, just a selection...
 310      */
 311     int hash = 0;
 312     int m = 1;
 313     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 314     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 315     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 316     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 317     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 318     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 319     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 320     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 321     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 322     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 323     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 324     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 325     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 328     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 329     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 330     hash += m++ * this.charHeight;
 331     hash += m++ * this.charWidth;
 332     hash += m++ * fontSize;
 333     hash += m++ * fontStyle;
 334     hash += m++ * idWidth;
 335     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 336     return hash;
 337   }
 338
 339   /**
 340    * @return the upperCasebold
 341    */
 342   @Override
 343   public boolean isUpperCasebold()
 344   {
 345     return upperCasebold;
 346   }
 347
 348   /**
 349    * @param upperCasebold
 350    *          the upperCasebold to set
 351    */
 352   @Override
 353   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 354   {
 355     this.upperCasebold = upperCasebold;
 356   }
 357
 358   /**
 359    * flag for wrapping
 360    */
 361   boolean wrapAlignment = false;
 362
 363   /**
 364    * number columns in wrapped alignment
 365    */
 366   int wrappedWidth;
 367
 368   private int fontStyle;
 369
 370   private boolean showComplementFeatures;
 371
 372   private boolean showComplementFeaturesOnTop;
 373
 374   /**
 375    * GUI state
 376    *
 377    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 378    */
 379   @Override
 380   public boolean getAbovePIDThreshold()
 381   {
 382     return abovePIDThreshold;
 383   }
 384
 385   /**
 386    * DOCUMENT ME!
 387    *
 388    * @return DOCUMENT ME!
 389    */
 390   @Override
 391   public int getCharHeight()
 392   {
 393     return charHeight;
 394   }
 395
 396   /**
 397    * DOCUMENT ME!
 398    *
 399    * @return DOCUMENT ME!
 400    */
 401   @Override
 402   public int getCharWidth()
 403   {
 404     return charWidth;
 405   }
 406
 407   /**
 408    *
 409    *
 410    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 411    */
 412   @Override
 413   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 414   {
 415     return colourAppliesToAllGroups;
 416   }
 417
 418   /**
 419    * DOCUMENT ME!
 420    *
 421    * @return DOCUMENT ME!
 422    */
 423   @Override
 424   public boolean getColourText()
 425   {
 426     return showColourText;
 427   }
 428
 429   /**
 430    * GUI state
 431    *
 432    * @return true if conservation based shading is enabled
 433    */
 434   @Override
 435   public boolean getConservationSelected()
 436   {
 437     return conservationColourSelected;
 438   }
 439
 440   /**
 441    * GUI State
 442    *
 443    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 444    */
 445   @Override
 446   public int getIncrement()
 447   {
 448     return increment;
 449   }
 450
 451   /**
 452    * DOCUMENT ME!
 453    *
 454    * @return DOCUMENT ME!
 455    */
 456   @Override
 457   public boolean getScaleAboveWrapped()
 458   {
 459     return scaleAboveWrapped;
 460   }
 461
 462   /**
 463    * DOCUMENT ME!
 464    *
 465    * @return DOCUMENT ME!
 466    */
 467   @Override
 468   public boolean getScaleLeftWrapped()
 469   {
 470     return scaleLeftWrapped;
 471   }
 472
 473   /**
 474    * DOCUMENT ME!
 475    *
 476    * @return DOCUMENT ME!
 477    */
 478   @Override
 479   public boolean getScaleRightWrapped()
 480   {
 481     return scaleRightWrapped;
 482   }
 483
 484   /**
 485    * DOCUMENT ME!
 486    *
 487    * @return DOCUMENT ME!
 488    */
 489   @Override
 490   public boolean getShowBoxes()
 491   {
 492     return showBoxes;
 493   }
 494
 495   @Override
 496   public boolean getShowHiddenMarkers()
 497   {
 498     return showHiddenMarkers;
 499   }
 500
 501   /**
 502    * DOCUMENT ME!
 503    *
 504    * @return DOCUMENT ME!
 505    */
 506   @Override
 507   public boolean getShowJVSuffix()
 508   {
 509     return showJVSuffix;
 510   }
 511
 512   /**
 513    * DOCUMENT ME!
 514    *
 515    * @return DOCUMENT ME!
 516    */
 517   @Override
 518   public boolean getShowText()
 519   {
 520     return showText;
 521   }
 522
 523   @Override
 524   public boolean getShowUnconserved()
 525   {
 526     return showUnconserved;
 527   }
 528
 529   /**
 530    * @return the textColour
 531    */
 532   @Override
 533   public Color getTextColour()
 534   {
 535     return textColour;
 536   }
 537
 538   /**
 539    * @return the textColour2
 540    */
 541   @Override
 542   public Color getTextColour2()
 543   {
 544     return textColour2;
 545   }
 546
 547   /**
 548    * DOCUMENT ME!
 549    *
 550    * @return DOCUMENT ME!
 551    */
 552   @Override
 553   public int getThreshold()
 554   {
 555     return threshold;
 556   }
 557
 558   /**
 559    * @return the thresholdTextColour
 560    */
 561   @Override
 562   public int getThresholdTextColour()
 563   {
 564     return thresholdTextColour;
 565   }
 566
 567   /**
 568    * DOCUMENT ME!
 569    *
 570    * @return DOCUMENT ME!
 571    */
 572   @Override
 573   public boolean getWrapAlignment()
 574   {
 575     return wrapAlignment;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * DOCUMENT ME!
 580    *
 581    * @return DOCUMENT ME!
 582    */
 583   @Override
 584   public int getWrappedWidth()
 585   {
 586     return wrappedWidth;
 587   }
 588
 589   @Override
 590   public boolean isColourByReferenceSeq()
 591   {
 592     return colourByReferenceSeq;
 593   }
 594
 595   /**
 596    * @return the conservationColourSelected
 597    */
 598   @Override
 599   public boolean isConservationColourSelected()
 600   {
 601     return conservationColourSelected;
 602   }
 603
 604   @Override
 605   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 606   {
 607     return displayReferenceSeq;
 608   }
 609
 610   /**
 611    * @return the renderGaps
 612    */
 613   @Override
 614   public boolean isRenderGaps()
 615   {
 616     return renderGaps;
 617   }
 618
 619   @Override
 620   public boolean isRightAlignIds()
 621   {
 622     return rightAlignIds;
 623   }
 624
 625   /**
 626    * @return the seqNameItalics
 627    */
 628   @Override
 629   public boolean isSeqNameItalics()
 630   {
 631     return seqNameItalics;
 632   }
 633
 634   @Override
 635   public boolean isShowAnnotation()
 636   {
 637     return showAnnotation;
 638   }
 639
 640   /**
 641    * @return the showColourText
 642    */
 643   @Override
 644   public boolean isShowColourText()
 645   {
 646     return showColourText;
 647   }
 648
 649   /**
 650    * @return the showSeqFeaturesHeight
 651    */
 652   @Override
 653   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 654   {
 655     return showSeqFeaturesHeight;
 656   }
 657
 658   @Override
 659   public boolean isShowSequenceFeatures()
 660   {
 661     return showSequenceFeatures;
 662   }
 663
 664   /**
 665    * GUI state
 666    *
 667    *
 668    * @param b
 669    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 670    */
 671   @Override
 672   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 673   {
 674     abovePIDThreshold = b;
 675   }
 676
 677   /**
 678    * DOCUMENT ME!
 679    *
 680    * @param h
 681    *          DOCUMENT ME!
 682    */
 683   @Override
 684   public void setCharHeight(int h)
 685   {
 686     this.charHeight = h;
 687   }
 688
 689   /**
 690    * DOCUMENT ME!
 691    *
 692    * @param w
 693    *          DOCUMENT ME!
 694    */
 695   @Override
 696   public void setCharWidth(int w)
 697   {
 698     this.charWidth = w;
 699   }
 700
 701   /**
 702    * @param value
 703    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 704    *          to all groups
 705    */
 706   @Override
 707   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 708   {
 709     colourAppliesToAllGroups = b;
 710   }
 711
 712   @Override
 713   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 714   {
 715     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 716   }
 717
 718   /**
 719    * DOCUMENT ME!
 720    *
 721    * @param state
 722    *          DOCUMENT ME!
 723    */
 724   @Override
 725   public void setColourText(boolean state)
 726   {
 727     showColourText = state;
 728   }
 729
 730   /**
 731    * @param conservationColourSelected
 732    *          the conservationColourSelected to set
 733    */
 734   @Override
 735   public void setConservationColourSelected(
 736           boolean conservationColourSelected)
 737   {
 738     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 739   }
 740
 741   /**
 742    * GUI state
 743    *
 744    * @param b
 745    *          enable conservation based shading
 746    */
 747   @Override
 748   public void setConservationSelected(boolean b)
 749   {
 750     conservationColourSelected = b;
 751   }
 752
 753   @Override
 754   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 755   {
 756     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 757   }
 758
 759   /**
 760    *
 761    * @param inc
 762    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 763    *          conservation
 764    */
 765   @Override
 766   public void setIncrement(int inc)
 767   {
 768     increment = inc;
 769   }
 770
 771   /**
 772    * DOCUMENT ME!
 773    *
 774    * @param state
 775    *          DOCUMENT ME!
 776    */
 777   @Override
 778   public void setRenderGaps(boolean state)
 779   {
 780     renderGaps = state;
 781   }
 782
 783   @Override
 784   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 785   {
 786     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 787   }
 788
 789   /**
 790    * DOCUMENT ME!
 791    *
 792    * @param b
 793    *          DOCUMENT ME!
 794    */
 795   @Override
 796   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 797   {
 798     scaleAboveWrapped = b;
 799   }
 800
 801   /**
 802    * DOCUMENT ME!
 803    *
 804    * @param b
 805    *          DOCUMENT ME!
 806    */
 807   @Override
 808   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 809   {
 810     scaleLeftWrapped = b;
 811   }
 812
 813   /**
 814    *
 815    *
 816    * @param scaleRightWrapped
 817    *          - true or false
 818    */
 819
 820   @Override
 821   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 822   {
 823     scaleRightWrapped = b;
 824   }
 825
 826   @Override
 827   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 828   {
 829     seqNameItalics = italics;
 830   }
 831
 832   @Override
 833   public void setShowAnnotation(boolean b)
 834   {
 835     showAnnotation = b;
 836   }
 837
 838   /**
 839    * DOCUMENT ME!
 840    *
 841    * @param state
 842    *          DOCUMENT ME!
 843    */
 844   @Override
 845   public void setShowBoxes(boolean state)
 846   {
 847     showBoxes = state;
 848   }
 849
 850   /**
 851    * @param showColourText
 852    *          the showColourText to set
 853    */
 854   @Override
 855   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 856   {
 857     this.showColourText = showColourText;
 858   }
 859
 860   @Override
 861   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 862   {
 863     showHiddenMarkers = show;
 864   }
 865
 866   /**
 867    * DOCUMENT ME!
 868    *
 869    * @param b
 870    *          DOCUMENT ME!
 871    */
 872   @Override
 873   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 874   {
 875     showJVSuffix = b;
 876   }
 877
 878   @Override
 879   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 880   {
 881     showSeqFeaturesHeight = selected;
 882
 883   }
 884
 885   /**
 886    * set the flag
 887    *
 888    * @param b
 889    *          features are displayed if true
 890    */
 891   @Override
 892   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 893   {
 894     showSequenceFeatures = b;
 895   }
 896
 897   /**
 898    * DOCUMENT ME!
 899    *
 900    * @param state
 901    *          DOCUMENT ME!
 902    */
 903   @Override
 904   public void setShowText(boolean state)
 905   {
 906     showText = state;
 907   }
 908
 909   @Override
 910   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 911   {
 912     showUnconserved = showunconserved;
 913   }
 914
 915   /**
 916    * @param textColour
 917    *          the textColour to set
 918    */
 919   @Override
 920   public void setTextColour(Color textColour)
 921   {
 922     this.textColour = textColour;
 923   }
 924
 925   /**
 926    * @param textColour2
 927    *          the textColour2 to set
 928    */
 929   @Override
 930   public void setTextColour2(Color textColour2)
 931   {
 932     this.textColour2 = textColour2;
 933   }
 934
 935   /**
 936    * DOCUMENT ME!
 937    *
 938    * @param thresh
 939    *          DOCUMENT ME!
 940    */
 941   @Override
 942   public void setThreshold(int thresh)
 943   {
 944     threshold = thresh;
 945   }
 946
 947   /**
 948    * @param thresholdTextColour
 949    *          the thresholdTextColour to set
 950    */
 951   @Override
 952   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 953   {
 954     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 955   }
 956
 957   /**
 958    * DOCUMENT ME!
 959    *
 960    * @param state
 961    *          DOCUMENT ME!
 962    */
 963   @Override
 964   public void setWrapAlignment(boolean state)
 965   {
 966     wrapAlignment = state;
 967   }
 968
 969   /**
 970    * DOCUMENT ME!
 971    *
 972    * @param w
 973    *          DOCUMENT ME!
 974    */
 975   @Override
 976   public void setWrappedWidth(int w)
 977   {
 978     this.wrappedWidth = w;
 979   }
 980
 981   @Override
 982   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 983   {
 984     return this.equals(that);
 985   }
 986
 987   @Override
 988   public String getFontName()
 989   {
 990     return fontName;
 991   }
 992
 993   @Override
 994   public int getFontSize()
 995   {
 996     return fontSize;
 997   }
 998
 999   @Override
1000   public int getFontStyle()
1001   {
1002     return fontStyle;
1003   }
1004
1005   @Override
1006   public void setFontName(String name)
1007   {
1008     fontName = name;
1009   }
1010
1011   @Override
1012   public void setFontSize(int size)
1013   {
1014     fontSize = size;
1015
1016   }
1017
1018   @Override
1019   public void setFontStyle(int style)
1020   {
1021     fontStyle = style;
1022   }
1023
1024   @Override
1025   public int getIdWidth()
1026   {
1027     return idWidth;
1028   }
1029
1030   /**
1031    * @param idWidth
1032    *          the idWidth to set
1033    */
1034   @Override
1035   public void setIdWidth(int idWidth)
1036   {
1037     this.idWidth = idWidth;
1038   }
1039
1040   /**
1041    * @return the centreColumnLabels
1042    */
1043   @Override
1044   public boolean isCentreColumnLabels()
1045   {
1046     return centreColumnLabels;
1047   }
1048
1049   /**
1050    * @param centreColumnLabels
1051    *          the centreColumnLabels to set
1052    */
1053   @Override
1054   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1055   {
1056     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1057   }
1058
1059   /**
1060    * @return the showdbrefs
1061    */
1062   @Override
1063   public boolean isShowDBRefs()
1064   {
1065     return showdbrefs;
1066   }
1067
1068   /**
1069    * @param showdbrefs
1070    *          the showdbrefs to set
1071    */
1072   @Override
1073   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1074   {
1075     this.showdbrefs = showdbrefs;
1076   }
1077
1078   /**
1079    * @return the shownpfeats
1080    */
1081   @Override
1082   public boolean isShowNPFeats()
1083   {
1084     return shownpfeats;
1085   }
1086
1087   /**
1088    * @param shownpfeats
1089    *          the shownpfeats to set
1090    */
1091   @Override
1092   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1093   {
1094     this.shownpfeats = shownpfeats;
1095   }
1096
1097   @Override
1098   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1099   {
1100     return this.scaleProteinAsCdna;
1101   }
1102
1103   @Override
1104   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1105   {
1106     this.scaleProteinAsCdna = b;
1107   }
1108
1109   @Override
1110   public boolean isProteinFontAsCdna()
1111   {
1112     return proteinFontAsCdna;
1113   }
1114
1115   @Override
1116   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1117   {
1118     proteinFontAsCdna = b;
1119   }
1120
1121   @Override
1122   public void setShowComplementFeatures(boolean b)
1123   {
1124     showComplementFeatures = b;
1125   }
1126
1127   @Override
1128   public boolean isShowComplementFeatures()
1129   {
1130     return showComplementFeatures;
1131   }
1132
1133   @Override
1134   public void setShowComplementFeaturesOnTop(boolean b)
1135   {
1136     showComplementFeaturesOnTop = b;
1137   }
1138
1139   @Override
1140   public boolean isShowComplementFeaturesOnTop()
1141   {
1142     return showComplementFeaturesOnTop;
1143   }
1144 }