src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24
  25 import jalview.api.ViewStyleI;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display setting for showing/hiding annotation tracks reporting sequence
 128    * feature counts in columns of alignment view
 129    */
 130   boolean showSequenceFeatureCounts = false;
 131
 132   /**
 133    * display sequence symbols
 134    */
 135   boolean showText = true;
 136
 137   /**
 138    * show non-conserved residues only
 139    */
 140   protected boolean showUnconserved = false;
 141
 142   Color textColour = Color.black;
 143
 144   Color textColour2 = Color.white;
 145
 146   /**
 147    * PID or consensus threshold
 148    */
 149   int threshold;
 150
 151   /**
 152    * threshold for switching between textColour & textColour2
 153    */
 154   int thresholdTextColour = 0;
 155
 156   /**
 157    * upper case characters in sequence are shown in bold
 158    */
 159   boolean upperCasebold = false;
 160
 161   /**
 162    * name of base font for view
 163    */
 164   private String fontName;
 165
 166   /**
 167    * size for base font
 168    */
 169   private int fontSize;
 170
 171   /*
 172    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 173    * SplitFrame views only)
 174    */
 175   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 176
 177   /*
 178    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 179    * sides of a split screen
 180    */
 181   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 182
 183   /**
 184    * Copy constructor
 185    *
 186    * @param vs
 187    */
 188   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 189   {
 190     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 191     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 192     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 193     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 194     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 195     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 196     setColourText(vs.getColourText());
 197     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 198     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 199     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 200     setFontName(vs.getFontName());
 201     setFontSize(vs.getFontSize());
 202     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 203     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 204     setIncrement(vs.getIncrement());
 205     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 206     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 207     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 208     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 209     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 210     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 211     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 212     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 213     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 214     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 215     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 216     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 217     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 218     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 219     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 220     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 221     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 222     setShowSequenceFeatureCounts(vs.isShowSequenceFeatureCounts());
 223     setShowComplementFeatures(vs.isShowComplementFeatures());
 224     setShowComplementFeaturesOnTop(vs.isShowComplementFeaturesOnTop());
 225     setShowText(vs.getShowText());
 226     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 227     setTextColour(vs.getTextColour());
 228     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 229     setThreshold(vs.getThreshold());
 230     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 231     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 232     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 233     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 234     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 235   }
 236
 237   public ViewStyle()
 238   {
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 243    */
 244   @Override
 245   public boolean equals(Object other)
 246   {
 247     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 248     {
 249       return false;
 250     }
 251     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 252
 253     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 254             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 255             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 256             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 257             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 258                     .getColourAppliesToAllGroups()
 259             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 260             && getColourText() == vs.getColourText()
 261             && isConservationColourSelected() == vs
 262                     .isConservationColourSelected()
 263             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 264             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 265             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 266             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 267             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 268             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 269             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 270             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 271             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 272             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 273             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 274             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 275             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 276             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 277             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 278             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 279             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 280             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 281             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 282             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 283             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 284             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 285                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 286             && isShowSequenceFeatureCounts() == vs
 287                     .isShowSequenceFeatureCounts()
 288             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 289             && isShowComplementFeatures() == vs.isShowComplementFeatures()
 290             && isShowComplementFeaturesOnTop() == vs
 291                     .isShowComplementFeaturesOnTop()
 292             && getShowText() == vs.getShowText()
 293             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 294             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 295             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 296             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 297             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment()
 298             && getWrappedWidth() == vs.getWrappedWidth());
 299     /*
 300      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 301      * values
 302      */
 303     match = match && String.valueOf(getFontName())
 304             .equals(String.valueOf(vs.getFontName()));
 305     match = match && String.valueOf(getTextColour())
 306             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour()));
 307     match = match && String.valueOf(getTextColour2())
 308             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 309     return match;
 310     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 311   }
 312
 313   /**
 314    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 315    * vs2.hashCode()
 316    */
 317   @Override
 318   public int hashCode()
 319   {
 320     /*
 321      * No need to include all properties, just a selection...
 322      */
 323     int hash = 0;
 324     int m = 1;
 325     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 328     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 329     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 330     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 331     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 332     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 333     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 334     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 335     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 336     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 337     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 338     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 339     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 340     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 341     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 342     hash += m++ * this.charHeight;
 343     hash += m++ * this.charWidth;
 344     hash += m++ * fontSize;
 345     hash += m++ * fontStyle;
 346     hash += m++ * idWidth;
 347     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 348     return hash;
 349   }
 350
 351   /**
 352    * @return the upperCasebold
 353    */
 354   @Override
 355   public boolean isUpperCasebold()
 356   {
 357     return upperCasebold;
 358   }
 359
 360   /**
 361    * @param upperCasebold
 362    *          the upperCasebold to set
 363    */
 364   @Override
 365   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 366   {
 367     this.upperCasebold = upperCasebold;
 368   }
 369
 370   /**
 371    * flag for wrapping
 372    */
 373   boolean wrapAlignment = false;
 374
 375   /**
 376    * number columns in wrapped alignment
 377    */
 378   int wrappedWidth;
 379
 380   private int fontStyle;
 381
 382   private boolean showComplementFeatures;
 383
 384   private boolean showComplementFeaturesOnTop;
 385
 386   /**
 387    * GUI state
 388    *
 389    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 390    */
 391   @Override
 392   public boolean getAbovePIDThreshold()
 393   {
 394     return abovePIDThreshold;
 395   }
 396
 397   /**
 398    * DOCUMENT ME!
 399    *
 400    * @return DOCUMENT ME!
 401    */
 402   @Override
 403   public int getCharHeight()
 404   {
 405     return charHeight;
 406   }
 407
 408   /**
 409    * DOCUMENT ME!
 410    *
 411    * @return DOCUMENT ME!
 412    */
 413   @Override
 414   public int getCharWidth()
 415   {
 416     return charWidth;
 417   }
 418
 419   /**
 420    *
 421    *
 422    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 423    */
 424   @Override
 425   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 426   {
 427     return colourAppliesToAllGroups;
 428   }
 429
 430   /**
 431    * DOCUMENT ME!
 432    *
 433    * @return DOCUMENT ME!
 434    */
 435   @Override
 436   public boolean getColourText()
 437   {
 438     return showColourText;
 439   }
 440
 441   /**
 442    * GUI state
 443    *
 444    * @return true if conservation based shading is enabled
 445    */
 446   @Override
 447   public boolean getConservationSelected()
 448   {
 449     return conservationColourSelected;
 450   }
 451
 452   /**
 453    * GUI State
 454    *
 455    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 456    */
 457   @Override
 458   public int getIncrement()
 459   {
 460     return increment;
 461   }
 462
 463   /**
 464    * DOCUMENT ME!
 465    *
 466    * @return DOCUMENT ME!
 467    */
 468   @Override
 469   public boolean getScaleAboveWrapped()
 470   {
 471     return scaleAboveWrapped;
 472   }
 473
 474   /**
 475    * DOCUMENT ME!
 476    *
 477    * @return DOCUMENT ME!
 478    */
 479   @Override
 480   public boolean getScaleLeftWrapped()
 481   {
 482     return scaleLeftWrapped;
 483   }
 484
 485   /**
 486    * DOCUMENT ME!
 487    *
 488    * @return DOCUMENT ME!
 489    */
 490   @Override
 491   public boolean getScaleRightWrapped()
 492   {
 493     return scaleRightWrapped;
 494   }
 495
 496   /**
 497    * DOCUMENT ME!
 498    *
 499    * @return DOCUMENT ME!
 500    */
 501   @Override
 502   public boolean getShowBoxes()
 503   {
 504     return showBoxes;
 505   }
 506
 507   @Override
 508   public boolean getShowHiddenMarkers()
 509   {
 510     return showHiddenMarkers;
 511   }
 512
 513   /**
 514    * DOCUMENT ME!
 515    *
 516    * @return DOCUMENT ME!
 517    */
 518   @Override
 519   public boolean getShowJVSuffix()
 520   {
 521     return showJVSuffix;
 522   }
 523
 524   /**
 525    * DOCUMENT ME!
 526    *
 527    * @return DOCUMENT ME!
 528    */
 529   @Override
 530   public boolean getShowText()
 531   {
 532     return showText;
 533   }
 534
 535   @Override
 536   public boolean getShowUnconserved()
 537   {
 538     return showUnconserved;
 539   }
 540
 541   /**
 542    * @return the textColour
 543    */
 544   @Override
 545   public Color getTextColour()
 546   {
 547     return textColour;
 548   }
 549
 550   /**
 551    * @return the textColour2
 552    */
 553   @Override
 554   public Color getTextColour2()
 555   {
 556     return textColour2;
 557   }
 558
 559   /**
 560    * DOCUMENT ME!
 561    *
 562    * @return DOCUMENT ME!
 563    */
 564   @Override
 565   public int getThreshold()
 566   {
 567     return threshold;
 568   }
 569
 570   /**
 571    * @return the thresholdTextColour
 572    */
 573   @Override
 574   public int getThresholdTextColour()
 575   {
 576     return thresholdTextColour;
 577   }
 578
 579   /**
 580    * DOCUMENT ME!
 581    *
 582    * @return DOCUMENT ME!
 583    */
 584   @Override
 585   public boolean getWrapAlignment()
 586   {
 587     return wrapAlignment;
 588   }
 589
 590   /**
 591    * DOCUMENT ME!
 592    *
 593    * @return DOCUMENT ME!
 594    */
 595   @Override
 596   public int getWrappedWidth()
 597   {
 598     return wrappedWidth;
 599   }
 600
 601   @Override
 602   public boolean isColourByReferenceSeq()
 603   {
 604     return colourByReferenceSeq;
 605   }
 606
 607   /**
 608    * @return the conservationColourSelected
 609    */
 610   @Override
 611   public boolean isConservationColourSelected()
 612   {
 613     return conservationColourSelected;
 614   }
 615
 616   @Override
 617   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 618   {
 619     return displayReferenceSeq;
 620   }
 621
 622   /**
 623    * @return the renderGaps
 624    */
 625   @Override
 626   public boolean isRenderGaps()
 627   {
 628     return renderGaps;
 629   }
 630
 631   @Override
 632   public boolean isRightAlignIds()
 633   {
 634     return rightAlignIds;
 635   }
 636
 637   /**
 638    * @return the seqNameItalics
 639    */
 640   @Override
 641   public boolean isSeqNameItalics()
 642   {
 643     return seqNameItalics;
 644   }
 645
 646   @Override
 647   public boolean isShowAnnotation()
 648   {
 649     return showAnnotation;
 650   }
 651
 652   /**
 653    * @return the showColourText
 654    */
 655   @Override
 656   public boolean isShowColourText()
 657   {
 658     return showColourText;
 659   }
 660
 661   /**
 662    * @return the showSeqFeaturesHeight
 663    */
 664   @Override
 665   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 666   {
 667     return showSeqFeaturesHeight;
 668   }
 669
 670   @Override
 671   public boolean isShowSequenceFeatures()
 672   {
 673     return showSequenceFeatures;
 674   }
 675
 676   /**
 677    * GUI state
 678    *
 679    *
 680    * @param b
 681    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 682    */
 683   @Override
 684   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 685   {
 686     abovePIDThreshold = b;
 687   }
 688
 689   /**
 690    * DOCUMENT ME!
 691    *
 692    * @param h
 693    *          DOCUMENT ME!
 694    */
 695   @Override
 696   public void setCharHeight(int h)
 697   {
 698     this.charHeight = h;
 699   }
 700
 701   /**
 702    * DOCUMENT ME!
 703    *
 704    * @param w
 705    *          DOCUMENT ME!
 706    */
 707   @Override
 708   public void setCharWidth(int w)
 709   {
 710     this.charWidth = w;
 711   }
 712
 713   /**
 714    * @param value
 715    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 716    *          to all groups
 717    */
 718   @Override
 719   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 720   {
 721     colourAppliesToAllGroups = b;
 722   }
 723
 724   @Override
 725   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 726   {
 727     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 728   }
 729
 730   /**
 731    * DOCUMENT ME!
 732    *
 733    * @param state
 734    *          DOCUMENT ME!
 735    */
 736   @Override
 737   public void setColourText(boolean state)
 738   {
 739     showColourText = state;
 740   }
 741
 742   /**
 743    * @param conservationColourSelected
 744    *          the conservationColourSelected to set
 745    */
 746   @Override
 747   public void setConservationColourSelected(
 748           boolean conservationColourSelected)
 749   {
 750     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 751   }
 752
 753   /**
 754    * GUI state
 755    *
 756    * @param b
 757    *          enable conservation based shading
 758    */
 759   @Override
 760   public void setConservationSelected(boolean b)
 761   {
 762     conservationColourSelected = b;
 763   }
 764
 765   @Override
 766   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 767   {
 768     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 769   }
 770
 771   /**
 772    *
 773    * @param inc
 774    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 775    *          conservation
 776    */
 777   @Override
 778   public void setIncrement(int inc)
 779   {
 780     increment = inc;
 781   }
 782
 783   /**
 784    * DOCUMENT ME!
 785    *
 786    * @param state
 787    *          DOCUMENT ME!
 788    */
 789   @Override
 790   public void setRenderGaps(boolean state)
 791   {
 792     renderGaps = state;
 793   }
 794
 795   @Override
 796   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 797   {
 798     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 799   }
 800
 801   /**
 802    * DOCUMENT ME!
 803    *
 804    * @param b
 805    *          DOCUMENT ME!
 806    */
 807   @Override
 808   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 809   {
 810     scaleAboveWrapped = b;
 811   }
 812
 813   /**
 814    * DOCUMENT ME!
 815    *
 816    * @param b
 817    *          DOCUMENT ME!
 818    */
 819   @Override
 820   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 821   {
 822     scaleLeftWrapped = b;
 823   }
 824
 825   /**
 826    *
 827    *
 828    * @param scaleRightWrapped
 829    *          - true or false
 830    */
 831
 832   @Override
 833   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 834   {
 835     scaleRightWrapped = b;
 836   }
 837
 838   @Override
 839   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 840   {
 841     seqNameItalics = italics;
 842   }
 843
 844   @Override
 845   public void setShowAnnotation(boolean b)
 846   {
 847     showAnnotation = b;
 848   }
 849
 850   /**
 851    * DOCUMENT ME!
 852    *
 853    * @param state
 854    *          DOCUMENT ME!
 855    */
 856   @Override
 857   public void setShowBoxes(boolean state)
 858   {
 859     showBoxes = state;
 860   }
 861
 862   /**
 863    * @param showColourText
 864    *          the showColourText to set
 865    */
 866   @Override
 867   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 868   {
 869     this.showColourText = showColourText;
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 874   {
 875     showHiddenMarkers = show;
 876   }
 877
 878   /**
 879    * DOCUMENT ME!
 880    *
 881    * @param b
 882    *          DOCUMENT ME!
 883    */
 884   @Override
 885   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 886   {
 887     showJVSuffix = b;
 888   }
 889
 890   @Override
 891   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 892   {
 893     showSeqFeaturesHeight = selected;
 894
 895   }
 896
 897   /**
 898    * set the flag
 899    *
 900    * @param b
 901    *          features are displayed if true
 902    */
 903   @Override
 904   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 905   {
 906     showSequenceFeatures = b;
 907   }
 908
 909   /**
 910    * DOCUMENT ME!
 911    *
 912    * @param state
 913    *          DOCUMENT ME!
 914    */
 915   @Override
 916   public void setShowText(boolean state)
 917   {
 918     showText = state;
 919   }
 920
 921   @Override
 922   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 923   {
 924     showUnconserved = showunconserved;
 925   }
 926
 927   /**
 928    * @param textColour
 929    *          the textColour to set
 930    */
 931   @Override
 932   public void setTextColour(Color textColour)
 933   {
 934     this.textColour = textColour;
 935   }
 936
 937   /**
 938    * @param textColour2
 939    *          the textColour2 to set
 940    */
 941   @Override
 942   public void setTextColour2(Color textColour2)
 943   {
 944     this.textColour2 = textColour2;
 945   }
 946
 947   /**
 948    * DOCUMENT ME!
 949    *
 950    * @param thresh
 951    *          DOCUMENT ME!
 952    */
 953   @Override
 954   public void setThreshold(int thresh)
 955   {
 956     threshold = thresh;
 957   }
 958
 959   /**
 960    * @param thresholdTextColour
 961    *          the thresholdTextColour to set
 962    */
 963   @Override
 964   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 965   {
 966     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 967   }
 968
 969   /**
 970    * DOCUMENT ME!
 971    *
 972    * @param state
 973    *          DOCUMENT ME!
 974    */
 975   @Override
 976   public void setWrapAlignment(boolean state)
 977   {
 978     wrapAlignment = state;
 979   }
 980
 981   /**
 982    * DOCUMENT ME!
 983    *
 984    * @param w
 985    *          DOCUMENT ME!
 986    */
 987   @Override
 988   public void setWrappedWidth(int w)
 989   {
 990     this.wrappedWidth = w;
 991   }
 992
 993   @Override
 994   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 995   {
 996     return this.equals(that);
 997   }
 998
 999   @Override
1000   public String getFontName()
1001   {
1002     return fontName;
1003   }
1004
1005   @Override
1006   public int getFontSize()
1007   {
1008     return fontSize;
1009   }
1010
1011   @Override
1012   public int getFontStyle()
1013   {
1014     return fontStyle;
1015   }
1016
1017   @Override
1018   public void setFontName(String name)
1019   {
1020     fontName = name;
1021   }
1022
1023   @Override
1024   public void setFontSize(int size)
1025   {
1026     fontSize = size;
1027
1028   }
1029
1030   @Override
1031   public void setFontStyle(int style)
1032   {
1033     fontStyle = style;
1034   }
1035
1036   @Override
1037   public int getIdWidth()
1038   {
1039     return idWidth;
1040   }
1041
1042   /**
1043    * @param idWidth
1044    *          the idWidth to set
1045    */
1046   @Override
1047   public void setIdWidth(int idWidth)
1048   {
1049     this.idWidth = idWidth;
1050   }
1051
1052   /**
1053    * @return the centreColumnLabels
1054    */
1055   @Override
1056   public boolean isCentreColumnLabels()
1057   {
1058     return centreColumnLabels;
1059   }
1060
1061   /**
1062    * @param centreColumnLabels
1063    *          the centreColumnLabels to set
1064    */
1065   @Override
1066   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1067   {
1068     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1069   }
1070
1071   /**
1072    * @return the showdbrefs
1073    */
1074   @Override
1075   public boolean isShowDBRefs()
1076   {
1077     return showdbrefs;
1078   }
1079
1080   /**
1081    * @param showdbrefs
1082    *          the showdbrefs to set
1083    */
1084   @Override
1085   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1086   {
1087     this.showdbrefs = showdbrefs;
1088   }
1089
1090   /**
1091    * @return the shownpfeats
1092    */
1093   @Override
1094   public boolean isShowNPFeats()
1095   {
1096     return shownpfeats;
1097   }
1098
1099   /**
1100    * @param shownpfeats
1101    *          the shownpfeats to set
1102    */
1103   @Override
1104   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1105   {
1106     this.shownpfeats = shownpfeats;
1107   }
1108
1109   @Override
1110   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1111   {
1112     return this.scaleProteinAsCdna;
1113   }
1114
1115   @Override
1116   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1117   {
1118     this.scaleProteinAsCdna = b;
1119   }
1120
1121   @Override
1122   public boolean isProteinFontAsCdna()
1123   {
1124     return proteinFontAsCdna;
1125   }
1126
1127   @Override
1128   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1129   {
1130     proteinFontAsCdna = b;
1131   }
1132
1133   @Override
1134   public void setShowComplementFeatures(boolean b)
1135   {
1136     showComplementFeatures = b;
1137   }
1138
1139   @Override
1140   public boolean isShowComplementFeatures()
1141   {
1142     return showComplementFeatures;
1143   }
1144
1145   @Override
1146   public void setShowComplementFeaturesOnTop(boolean b)
1147   {
1148     showComplementFeaturesOnTop = b;
1149   }
1150
1151   @Override
1152   public boolean isShowComplementFeaturesOnTop()
1153   {
1154     return showComplementFeaturesOnTop;
1155   }
1156
1157   @Override
1158   public void setShowSequenceFeatureCounts(boolean show)
1159   {
1160     showSequenceFeatureCounts = show;
1161   }
1162
1163   @Override
1164   public boolean isShowSequenceFeatureCounts()
1165   {
1166     return showSequenceFeatureCounts;
1167   }
1168 }