src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import jalview.api.ViewStyleI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display sequence symbols
 128    */
 129   boolean showText = true;
 130
 131   /**
 132    * show non-conserved residues only
 133    */
 134   protected boolean showUnconserved = false;
 135
 136   Color textColour = Color.black;
 137
 138   Color textColour2 = Color.white;
 139
 140   /**
 141    * PID or consensus threshold
 142    */
 143   int threshold;
 144
 145   /**
 146    * threshold for switching between textColour & textColour2
 147    */
 148   int thresholdTextColour = 0;
 149
 150   /**
 151    * upper case characters in sequence are shown in bold
 152    */
 153   boolean upperCasebold = false;
 154
 155   /**
 156    * name of base font for view
 157    */
 158   private String fontName;
 159
 160   /**
 161    * size for base font
 162    */
 163   private int fontSize;
 164
 165   /*
 166    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 167    * SplitFrame views only)
 168    */
 169   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 170
 171   /*
 172    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 173    * sides of a split screen
 174    */
 175   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 176
 177   /**
 178    * Copy constructor
 179    *
 180    * @param vs
 181    */
 182   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 183   {
 184     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 185     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 186     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 187     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 188     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 189     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 190     setColourText(vs.getColourText());
 191     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 192     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 193     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 194     setFontName(vs.getFontName());
 195     setFontSize(vs.getFontSize());
 196     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 197     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 198     setIncrement(vs.getIncrement());
 199     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 200     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 201     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 202     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 203     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 204     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 205     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 206     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 207     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 208     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 209     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 210     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 211     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 212     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 213     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 214     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 215     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 216     setShowComplementFeatures(vs.isShowComplementFeatures());
 217     setShowText(vs.getShowText());
 218     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 219     setTextColour(vs.getTextColour());
 220     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 221     setThreshold(vs.getThreshold());
 222     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 223     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 224     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 225     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 226     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 227   }
 228
 229   public ViewStyle()
 230   {
 231   }
 232
 233   /**
 234    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 235    */
 236   @Override
 237   public boolean equals(Object other)
 238   {
 239     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 240     {
 241       return false;
 242     }
 243     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 244
 245     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 246             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 247             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 248             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 249             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 250                     .getColourAppliesToAllGroups()
 251             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 252             && getColourText() == vs.getColourText()
 253             && isConservationColourSelected() == vs
 254                     .isConservationColourSelected()
 255             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 256             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 257             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 258             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 259             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 260             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 261             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 262             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 263             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 264             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 265             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 266             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 267             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 268             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 269             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 270             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 271             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 272             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 273             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 274             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 275             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 276             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 277                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 278             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 279             && isShowComplementFeatures() == vs.isShowComplementFeatures()
 280             && getShowText() == vs.getShowText()
 281             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 282             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 283             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 284             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 285             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment()
 286             && getWrappedWidth() == vs.getWrappedWidth());
 287     /*
 288      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 289      * values
 290      */
 291     match = match && String.valueOf(getFontName())
 292             .equals(String.valueOf(vs.getFontName()));
 293     match = match && String.valueOf(getTextColour())
 294             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour()));
 295     match = match && String.valueOf(getTextColour2())
 296             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 297     return match;
 298     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 299   }
 300
 301   /**
 302    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 303    * vs2.hashCode()
 304    */
 305   @Override
 306   public int hashCode()
 307   {
 308     /*
 309      * No need to include all properties, just a selection...
 310      */
 311     int hash = 0;
 312     int m = 1;
 313     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 314     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 315     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 316     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 317     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 318     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 319     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 320     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 321     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 322     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 323     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 324     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 325     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 328     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 329     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 330     hash += m++ * this.charHeight;
 331     hash += m++ * this.charWidth;
 332     hash += m++ * fontSize;
 333     hash += m++ * fontStyle;
 334     hash += m++ * idWidth;
 335     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 336     return hash;
 337   }
 338
 339   /**
 340    * @return the upperCasebold
 341    */
 342   @Override
 343   public boolean isUpperCasebold()
 344   {
 345     return upperCasebold;
 346   }
 347
 348   /**
 349    * @param upperCasebold
 350    *          the upperCasebold to set
 351    */
 352   @Override
 353   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 354   {
 355     this.upperCasebold = upperCasebold;
 356   }
 357
 358   /**
 359    * flag for wrapping
 360    */
 361   boolean wrapAlignment = false;
 362
 363   /**
 364    * number columns in wrapped alignment
 365    */
 366   int wrappedWidth;
 367
 368   private int fontStyle;
 369
 370   private boolean showComplementFeatures;
 371
 372   /**
 373    * GUI state
 374    *
 375    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 376    */
 377   @Override
 378   public boolean getAbovePIDThreshold()
 379   {
 380     return abovePIDThreshold;
 381   }
 382
 383   /**
 384    * DOCUMENT ME!
 385    *
 386    * @return DOCUMENT ME!
 387    */
 388   @Override
 389   public int getCharHeight()
 390   {
 391     return charHeight;
 392   }
 393
 394   /**
 395    * DOCUMENT ME!
 396    *
 397    * @return DOCUMENT ME!
 398    */
 399   @Override
 400   public int getCharWidth()
 401   {
 402     return charWidth;
 403   }
 404
 405   /**
 406    *
 407    *
 408    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 409    */
 410   @Override
 411   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 412   {
 413     return colourAppliesToAllGroups;
 414   }
 415
 416   /**
 417    * DOCUMENT ME!
 418    *
 419    * @return DOCUMENT ME!
 420    */
 421   @Override
 422   public boolean getColourText()
 423   {
 424     return showColourText;
 425   }
 426
 427   /**
 428    * GUI state
 429    *
 430    * @return true if conservation based shading is enabled
 431    */
 432   @Override
 433   public boolean getConservationSelected()
 434   {
 435     return conservationColourSelected;
 436   }
 437
 438   /**
 439    * GUI State
 440    *
 441    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 442    */
 443   @Override
 444   public int getIncrement()
 445   {
 446     return increment;
 447   }
 448
 449   /**
 450    * DOCUMENT ME!
 451    *
 452    * @return DOCUMENT ME!
 453    */
 454   @Override
 455   public boolean getScaleAboveWrapped()
 456   {
 457     return scaleAboveWrapped;
 458   }
 459
 460   /**
 461    * DOCUMENT ME!
 462    *
 463    * @return DOCUMENT ME!
 464    */
 465   @Override
 466   public boolean getScaleLeftWrapped()
 467   {
 468     return scaleLeftWrapped;
 469   }
 470
 471   /**
 472    * DOCUMENT ME!
 473    *
 474    * @return DOCUMENT ME!
 475    */
 476   @Override
 477   public boolean getScaleRightWrapped()
 478   {
 479     return scaleRightWrapped;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * DOCUMENT ME!
 484    *
 485    * @return DOCUMENT ME!
 486    */
 487   @Override
 488   public boolean getShowBoxes()
 489   {
 490     return showBoxes;
 491   }
 492
 493   @Override
 494   public boolean getShowHiddenMarkers()
 495   {
 496     return showHiddenMarkers;
 497   }
 498
 499   /**
 500    * DOCUMENT ME!
 501    *
 502    * @return DOCUMENT ME!
 503    */
 504   @Override
 505   public boolean getShowJVSuffix()
 506   {
 507     return showJVSuffix;
 508   }
 509
 510   /**
 511    * DOCUMENT ME!
 512    *
 513    * @return DOCUMENT ME!
 514    */
 515   @Override
 516   public boolean getShowText()
 517   {
 518     return showText;
 519   }
 520
 521   @Override
 522   public boolean getShowUnconserved()
 523   {
 524     return showUnconserved;
 525   }
 526
 527   /**
 528    * @return the textColour
 529    */
 530   @Override
 531   public Color getTextColour()
 532   {
 533     return textColour;
 534   }
 535
 536   /**
 537    * @return the textColour2
 538    */
 539   @Override
 540   public Color getTextColour2()
 541   {
 542     return textColour2;
 543   }
 544
 545   /**
 546    * DOCUMENT ME!
 547    *
 548    * @return DOCUMENT ME!
 549    */
 550   @Override
 551   public int getThreshold()
 552   {
 553     return threshold;
 554   }
 555
 556   /**
 557    * @return the thresholdTextColour
 558    */
 559   @Override
 560   public int getThresholdTextColour()
 561   {
 562     return thresholdTextColour;
 563   }
 564
 565   /**
 566    * DOCUMENT ME!
 567    *
 568    * @return DOCUMENT ME!
 569    */
 570   @Override
 571   public boolean getWrapAlignment()
 572   {
 573     return wrapAlignment;
 574   }
 575
 576   /**
 577    * DOCUMENT ME!
 578    *
 579    * @return DOCUMENT ME!
 580    */
 581   @Override
 582   public int getWrappedWidth()
 583   {
 584     return wrappedWidth;
 585   }
 586
 587   @Override
 588   public boolean isColourByReferenceSeq()
 589   {
 590     return colourByReferenceSeq;
 591   }
 592
 593   /**
 594    * @return the conservationColourSelected
 595    */
 596   @Override
 597   public boolean isConservationColourSelected()
 598   {
 599     return conservationColourSelected;
 600   }
 601
 602   @Override
 603   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 604   {
 605     return displayReferenceSeq;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * @return the renderGaps
 610    */
 611   @Override
 612   public boolean isRenderGaps()
 613   {
 614     return renderGaps;
 615   }
 616
 617   @Override
 618   public boolean isRightAlignIds()
 619   {
 620     return rightAlignIds;
 621   }
 622
 623   /**
 624    * @return the seqNameItalics
 625    */
 626   @Override
 627   public boolean isSeqNameItalics()
 628   {
 629     return seqNameItalics;
 630   }
 631
 632   @Override
 633   public boolean isShowAnnotation()
 634   {
 635     return showAnnotation;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * @return the showColourText
 640    */
 641   @Override
 642   public boolean isShowColourText()
 643   {
 644     return showColourText;
 645   }
 646
 647   /**
 648    * @return the showSeqFeaturesHeight
 649    */
 650   @Override
 651   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 652   {
 653     return showSeqFeaturesHeight;
 654   }
 655
 656   @Override
 657   public boolean isShowSequenceFeatures()
 658   {
 659     return showSequenceFeatures;
 660   }
 661
 662   /**
 663    * GUI state
 664    *
 665    *
 666    * @param b
 667    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 668    */
 669   @Override
 670   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 671   {
 672     abovePIDThreshold = b;
 673   }
 674
 675   /**
 676    * DOCUMENT ME!
 677    *
 678    * @param h
 679    *          DOCUMENT ME!
 680    */
 681   @Override
 682   public void setCharHeight(int h)
 683   {
 684     this.charHeight = h;
 685   }
 686
 687   /**
 688    * DOCUMENT ME!
 689    *
 690    * @param w
 691    *          DOCUMENT ME!
 692    */
 693   @Override
 694   public void setCharWidth(int w)
 695   {
 696     this.charWidth = w;
 697   }
 698
 699   /**
 700    * @param value
 701    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 702    *          to all groups
 703    */
 704   @Override
 705   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 706   {
 707     colourAppliesToAllGroups = b;
 708   }
 709
 710   @Override
 711   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 712   {
 713     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 714   }
 715
 716   /**
 717    * DOCUMENT ME!
 718    *
 719    * @param state
 720    *          DOCUMENT ME!
 721    */
 722   @Override
 723   public void setColourText(boolean state)
 724   {
 725     showColourText = state;
 726   }
 727
 728   /**
 729    * @param conservationColourSelected
 730    *          the conservationColourSelected to set
 731    */
 732   @Override
 733   public void setConservationColourSelected(
 734           boolean conservationColourSelected)
 735   {
 736     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 737   }
 738
 739   /**
 740    * GUI state
 741    *
 742    * @param b
 743    *          enable conservation based shading
 744    */
 745   @Override
 746   public void setConservationSelected(boolean b)
 747   {
 748     conservationColourSelected = b;
 749   }
 750
 751   @Override
 752   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 753   {
 754     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 755   }
 756
 757   /**
 758    *
 759    * @param inc
 760    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 761    *          conservation
 762    */
 763   @Override
 764   public void setIncrement(int inc)
 765   {
 766     increment = inc;
 767   }
 768
 769   /**
 770    * DOCUMENT ME!
 771    *
 772    * @param state
 773    *          DOCUMENT ME!
 774    */
 775   @Override
 776   public void setRenderGaps(boolean state)
 777   {
 778     renderGaps = state;
 779   }
 780
 781   @Override
 782   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 783   {
 784     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 785   }
 786
 787   /**
 788    * DOCUMENT ME!
 789    *
 790    * @param b
 791    *          DOCUMENT ME!
 792    */
 793   @Override
 794   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 795   {
 796     scaleAboveWrapped = b;
 797   }
 798
 799   /**
 800    * DOCUMENT ME!
 801    *
 802    * @param b
 803    *          DOCUMENT ME!
 804    */
 805   @Override
 806   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 807   {
 808     scaleLeftWrapped = b;
 809   }
 810
 811   /**
 812    *
 813    *
 814    * @param scaleRightWrapped
 815    *          - true or false
 816    */
 817
 818   @Override
 819   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 820   {
 821     scaleRightWrapped = b;
 822   }
 823
 824   @Override
 825   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 826   {
 827     seqNameItalics = italics;
 828   }
 829
 830   @Override
 831   public void setShowAnnotation(boolean b)
 832   {
 833     showAnnotation = b;
 834   }
 835
 836   /**
 837    * DOCUMENT ME!
 838    *
 839    * @param state
 840    *          DOCUMENT ME!
 841    */
 842   @Override
 843   public void setShowBoxes(boolean state)
 844   {
 845     showBoxes = state;
 846   }
 847
 848   /**
 849    * @param showColourText
 850    *          the showColourText to set
 851    */
 852   @Override
 853   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 854   {
 855     this.showColourText = showColourText;
 856   }
 857
 858   @Override
 859   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 860   {
 861     showHiddenMarkers = show;
 862   }
 863
 864   /**
 865    * DOCUMENT ME!
 866    *
 867    * @param b
 868    *          DOCUMENT ME!
 869    */
 870   @Override
 871   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 872   {
 873     showJVSuffix = b;
 874   }
 875
 876   @Override
 877   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 878   {
 879     showSeqFeaturesHeight = selected;
 880
 881   }
 882
 883   /**
 884    * set the flag
 885    *
 886    * @param b
 887    *          features are displayed if true
 888    */
 889   @Override
 890   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 891   {
 892     showSequenceFeatures = b;
 893   }
 894
 895   /**
 896    * DOCUMENT ME!
 897    *
 898    * @param state
 899    *          DOCUMENT ME!
 900    */
 901   @Override
 902   public void setShowText(boolean state)
 903   {
 904     showText = state;
 905   }
 906
 907   @Override
 908   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 909   {
 910     showUnconserved = showunconserved;
 911   }
 912
 913   /**
 914    * @param textColour
 915    *          the textColour to set
 916    */
 917   @Override
 918   public void setTextColour(Color textColour)
 919   {
 920     this.textColour = textColour;
 921   }
 922
 923   /**
 924    * @param textColour2
 925    *          the textColour2 to set
 926    */
 927   @Override
 928   public void setTextColour2(Color textColour2)
 929   {
 930     this.textColour2 = textColour2;
 931   }
 932
 933   /**
 934    * DOCUMENT ME!
 935    *
 936    * @param thresh
 937    *          DOCUMENT ME!
 938    */
 939   @Override
 940   public void setThreshold(int thresh)
 941   {
 942     threshold = thresh;
 943   }
 944
 945   /**
 946    * @param thresholdTextColour
 947    *          the thresholdTextColour to set
 948    */
 949   @Override
 950   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 951   {
 952     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 953   }
 954
 955   /**
 956    * DOCUMENT ME!
 957    *
 958    * @param state
 959    *          DOCUMENT ME!
 960    */
 961   @Override
 962   public void setWrapAlignment(boolean state)
 963   {
 964     wrapAlignment = state;
 965   }
 966
 967   /**
 968    * DOCUMENT ME!
 969    *
 970    * @param w
 971    *          DOCUMENT ME!
 972    */
 973   @Override
 974   public void setWrappedWidth(int w)
 975   {
 976     this.wrappedWidth = w;
 977   }
 978
 979   @Override
 980   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 981   {
 982     return this.equals(that);
 983   }
 984
 985   @Override
 986   public String getFontName()
 987   {
 988     return fontName;
 989   }
 990
 991   @Override
 992   public int getFontSize()
 993   {
 994     return fontSize;
 995   }
 996
 997   @Override
 998   public int getFontStyle()
 999   {
1000     return fontStyle;
1001   }
1002
1003   @Override
1004   public void setFontName(String name)
1005   {
1006     fontName = name;
1007   }
1008
1009   @Override
1010   public void setFontSize(int size)
1011   {
1012     fontSize = size;
1013
1014   }
1015
1016   @Override
1017   public void setFontStyle(int style)
1018   {
1019     fontStyle = style;
1020   }
1021
1022   @Override
1023   public int getIdWidth()
1024   {
1025     return idWidth;
1026   }
1027
1028   /**
1029    * @param idWidth
1030    *          the idWidth to set
1031    */
1032   @Override
1033   public void setIdWidth(int idWidth)
1034   {
1035     this.idWidth = idWidth;
1036   }
1037
1038   /**
1039    * @return the centreColumnLabels
1040    */
1041   @Override
1042   public boolean isCentreColumnLabels()
1043   {
1044     return centreColumnLabels;
1045   }
1046
1047   /**
1048    * @param centreColumnLabels
1049    *          the centreColumnLabels to set
1050    */
1051   @Override
1052   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1053   {
1054     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1055   }
1056
1057   /**
1058    * @return the showdbrefs
1059    */
1060   @Override
1061   public boolean isShowDBRefs()
1062   {
1063     return showdbrefs;
1064   }
1065
1066   /**
1067    * @param showdbrefs
1068    *          the showdbrefs to set
1069    */
1070   @Override
1071   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1072   {
1073     this.showdbrefs = showdbrefs;
1074   }
1075
1076   /**
1077    * @return the shownpfeats
1078    */
1079   @Override
1080   public boolean isShowNPFeats()
1081   {
1082     return shownpfeats;
1083   }
1084
1085   /**
1086    * @param shownpfeats
1087    *          the shownpfeats to set
1088    */
1089   @Override
1090   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1091   {
1092     this.shownpfeats = shownpfeats;
1093   }
1094
1095   @Override
1096   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1097   {
1098     return this.scaleProteinAsCdna;
1099   }
1100
1101   @Override
1102   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1103   {
1104     this.scaleProteinAsCdna = b;
1105   }
1106
1107   @Override
1108   public boolean isProteinFontAsCdna()
1109   {
1110     return proteinFontAsCdna;
1111   }
1112
1113   @Override
1114   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1115   {
1116     proteinFontAsCdna = b;
1117   }
1118
1119   @Override
1120   public void setShowComplementFeatures(boolean b)
1121   {
1122     showComplementFeatures = b;
1123   }
1124
1125   @Override
1126   public boolean isShowComplementFeatures()
1127   {
1128     return showComplementFeatures;
1129   }
1130 }