src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.viewmodel.styles;
  22
  23 import jalview.api.ViewStyleI;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 /**
  28  * A container for holding alignment view properties. View properties are
  29  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  30  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  31  * rendering system.
  32  *
  33  * @author jprocter
  34  *
  35  */
  36 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  37 {
  38   private boolean abovePIDThreshold = false;
  39
  40   int charHeight;
  41
  42   int charWidth;
  43
  44   int idWidth = -1;
  45
  46   /**
  47    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  48    */
  49   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  50
  51   /**
  52    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  53    */
  54   boolean centreColumnLabels = false;
  55
  56   private boolean showdbrefs;
  57
  58   private boolean shownpfeats;
  59
  60   // --------END Structure Conservation
  61
  62   /**
  63    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  64    */
  65   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  66
  67   boolean conservationColourSelected = false;
  68
  69   /**
  70    * show the reference sequence in the alignment view
  71    */
  72   private boolean displayReferenceSeq = false;
  73
  74   private int increment;
  75
  76   /**
  77    * display gap characters
  78    */
  79   boolean renderGaps = true;
  80
  81   private boolean rightAlignIds = false;
  82
  83   boolean scaleAboveWrapped = false;
  84
  85   boolean scaleLeftWrapped = true;
  86
  87   boolean scaleRightWrapped = true;
  88
  89   boolean seqNameItalics;
  90
  91   /**
  92    * show annotation tracks on the alignment
  93    */
  94   private boolean showAnnotation = true;
  95
  96   /**
  97    * render each residue in a coloured box
  98    */
  99   boolean showBoxes = true;
 100
 101   /**
 102    * Colour sequence text
 103    */
 104   boolean showColourText = false;
 105
 106   /**
 107    * show blue triangles
 108    */
 109   boolean showHiddenMarkers = true;
 110
 111   /**
 112    * show /start-end in ID panel
 113    */
 114   boolean showJVSuffix = true;
 115
 116   /**
 117    * scale features height according to score
 118    */
 119   boolean showSeqFeaturesHeight;
 120
 121   /**
 122    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 123    */
 124   boolean showSequenceFeatures = false;
 125
 126   /**
 127    * display sequence symbols
 128    */
 129   boolean showText = true;
 130
 131   /**
 132    * show non-conserved residues only
 133    */
 134   protected boolean showUnconserved = false;
 135
 136   Color textColour = Color.black;
 137
 138   Color textColour2 = Color.white;
 139
 140   /**
 141    * PID or consensus threshold
 142    */
 143   int threshold;
 144
 145   /**
 146    * threshold for switching between textColour & textColour2
 147    */
 148   int thresholdTextColour = 0;
 149
 150   /**
 151    * upper case characters in sequence are shown in bold
 152    */
 153   boolean upperCasebold = false;
 154
 155   /**
 156    * name of base font for view
 157    */
 158   private String fontName;
 159
 160   /**
 161    * size for base font
 162    */
 163   private int fontSize;
 164
 165   /*
 166    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 167    * SplitFrame views only)
 168    */
 169   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 170
 171   /*
 172    * if true, font changes to protein or cDNA are applied to both
 173    * sides of a split screen
 174    */
 175   private boolean proteinFontAsCdna = true;
 176
 177   /**
 178    * Copy constructor
 179    *
 180    * @param vs
 181    */
 182   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 183   {
 184     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 185     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 186     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 187     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 188     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 189     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 190     setColourText(vs.getColourText());
 191     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 192     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 193     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 194     setFontName(vs.getFontName());
 195     setFontSize(vs.getFontSize());
 196     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 197     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 198     setIncrement(vs.getIncrement());
 199     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 200     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 201     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 202     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 203     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 204     setProteinFontAsCdna(vs.isProteinFontAsCdna());
 205     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 206     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 207     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 208     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 209     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 210     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 211     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 212     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 213     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 214     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 215     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 216     setShowText(vs.getShowText());
 217     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 218     setTextColour(vs.getTextColour());
 219     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 220     setThreshold(vs.getThreshold());
 221     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 222     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 223     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 224     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 225     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 226   }
 227
 228   public ViewStyle()
 229   {
 230   }
 231
 232   /**
 233    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 234    */
 235   @Override
 236   public boolean equals(Object other)
 237   {
 238     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 239     {
 240       return false;
 241     }
 242     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 243
 244     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 245             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 246             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 247             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 248             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 249                     .getColourAppliesToAllGroups()
 250             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 251             && getColourText() == vs.getColourText()
 252             && isConservationColourSelected() == vs
 253                     .isConservationColourSelected()
 254             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 255             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 256             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 257             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 258             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 259             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 260             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 261             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 262             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 263             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 264             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 265             && isProteinFontAsCdna() == vs.isProteinFontAsCdna()
 266             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 267             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 268             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 269             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 270             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 271             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 272             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 273             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 274             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 275             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 276                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 277             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 278             && getShowText() == vs.getShowText()
 279             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 280             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 281             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 282             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 283             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment()
 284             && getWrappedWidth() == vs.getWrappedWidth());
 285     /*
 286      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null
 287      * values
 288      */
 289     match = match && String.valueOf(getFontName())
 290             .equals(String.valueOf(vs.getFontName()));
 291     match = match && String.valueOf(getTextColour())
 292             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour()));
 293     match = match && String.valueOf(getTextColour2())
 294             .equals(String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 295     return match;
 296     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 297   }
 298
 299   /**
 300    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 301    * vs2.hashCode()
 302    */
 303   @Override
 304   public int hashCode()
 305   {
 306     /*
 307      * No need to include all properties, just a selection...
 308      */
 309     int hash = 0;
 310     int m = 1;
 311     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 312     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 313     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 314     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 315     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 316     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 317     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 318     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 319     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 320     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 321     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 322     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 323     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 324     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 325     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 326     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 327     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 328     hash += m++ * this.charHeight;
 329     hash += m++ * this.charWidth;
 330     hash += m++ * fontSize;
 331     hash += m++ * fontStyle;
 332     hash += m++ * idWidth;
 333     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 334     return hash;
 335   }
 336
 337   /**
 338    * @return the upperCasebold
 339    */
 340   @Override
 341   public boolean isUpperCasebold()
 342   {
 343     return upperCasebold;
 344   }
 345
 346   /**
 347    * @param upperCasebold
 348    *          the upperCasebold to set
 349    */
 350   @Override
 351   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 352   {
 353     this.upperCasebold = upperCasebold;
 354   }
 355
 356   /**
 357    * flag for wrapping
 358    */
 359   boolean wrapAlignment = false;
 360
 361   /**
 362    * number columns in wrapped alignment
 363    */
 364   int wrappedWidth;
 365
 366   private int fontStyle;
 367
 368   private boolean showComplementFeatures;
 369
 370   /**
 371    * GUI state
 372    *
 373    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 374    */
 375   @Override
 376   public boolean getAbovePIDThreshold()
 377   {
 378     return abovePIDThreshold;
 379   }
 380
 381   /**
 382    * DOCUMENT ME!
 383    *
 384    * @return DOCUMENT ME!
 385    */
 386   @Override
 387   public int getCharHeight()
 388   {
 389     return charHeight;
 390   }
 391
 392   /**
 393    * DOCUMENT ME!
 394    *
 395    * @return DOCUMENT ME!
 396    */
 397   @Override
 398   public int getCharWidth()
 399   {
 400     return charWidth;
 401   }
 402
 403   /**
 404    *
 405    *
 406    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 407    */
 408   @Override
 409   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 410   {
 411     return colourAppliesToAllGroups;
 412   }
 413
 414   /**
 415    * DOCUMENT ME!
 416    *
 417    * @return DOCUMENT ME!
 418    */
 419   @Override
 420   public boolean getColourText()
 421   {
 422     return showColourText;
 423   }
 424
 425   /**
 426    * GUI state
 427    *
 428    * @return true if conservation based shading is enabled
 429    */
 430   @Override
 431   public boolean getConservationSelected()
 432   {
 433     return conservationColourSelected;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * GUI State
 438    *
 439    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 440    */
 441   @Override
 442   public int getIncrement()
 443   {
 444     return increment;
 445   }
 446
 447   /**
 448    * DOCUMENT ME!
 449    *
 450    * @return DOCUMENT ME!
 451    */
 452   @Override
 453   public boolean getScaleAboveWrapped()
 454   {
 455     return scaleAboveWrapped;
 456   }
 457
 458   /**
 459    * DOCUMENT ME!
 460    *
 461    * @return DOCUMENT ME!
 462    */
 463   @Override
 464   public boolean getScaleLeftWrapped()
 465   {
 466     return scaleLeftWrapped;
 467   }
 468
 469   /**
 470    * DOCUMENT ME!
 471    *
 472    * @return DOCUMENT ME!
 473    */
 474   @Override
 475   public boolean getScaleRightWrapped()
 476   {
 477     return scaleRightWrapped;
 478   }
 479
 480   /**
 481    * DOCUMENT ME!
 482    *
 483    * @return DOCUMENT ME!
 484    */
 485   @Override
 486   public boolean getShowBoxes()
 487   {
 488     return showBoxes;
 489   }
 490
 491   @Override
 492   public boolean getShowHiddenMarkers()
 493   {
 494     return showHiddenMarkers;
 495   }
 496
 497   /**
 498    * DOCUMENT ME!
 499    *
 500    * @return DOCUMENT ME!
 501    */
 502   @Override
 503   public boolean getShowJVSuffix()
 504   {
 505     return showJVSuffix;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * DOCUMENT ME!
 510    *
 511    * @return DOCUMENT ME!
 512    */
 513   @Override
 514   public boolean getShowText()
 515   {
 516     return showText;
 517   }
 518
 519   @Override
 520   public boolean getShowUnconserved()
 521   {
 522     return showUnconserved;
 523   }
 524
 525   /**
 526    * @return the textColour
 527    */
 528   @Override
 529   public Color getTextColour()
 530   {
 531     return textColour;
 532   }
 533
 534   /**
 535    * @return the textColour2
 536    */
 537   @Override
 538   public Color getTextColour2()
 539   {
 540     return textColour2;
 541   }
 542
 543   /**
 544    * DOCUMENT ME!
 545    *
 546    * @return DOCUMENT ME!
 547    */
 548   @Override
 549   public int getThreshold()
 550   {
 551     return threshold;
 552   }
 553
 554   /**
 555    * @return the thresholdTextColour
 556    */
 557   @Override
 558   public int getThresholdTextColour()
 559   {
 560     return thresholdTextColour;
 561   }
 562
 563   /**
 564    * DOCUMENT ME!
 565    *
 566    * @return DOCUMENT ME!
 567    */
 568   @Override
 569   public boolean getWrapAlignment()
 570   {
 571     return wrapAlignment;
 572   }
 573
 574   /**
 575    * DOCUMENT ME!
 576    *
 577    * @return DOCUMENT ME!
 578    */
 579   @Override
 580   public int getWrappedWidth()
 581   {
 582     return wrappedWidth;
 583   }
 584
 585   @Override
 586   public boolean isColourByReferenceSeq()
 587   {
 588     return colourByReferenceSeq;
 589   }
 590
 591   /**
 592    * @return the conservationColourSelected
 593    */
 594   @Override
 595   public boolean isConservationColourSelected()
 596   {
 597     return conservationColourSelected;
 598   }
 599
 600   @Override
 601   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 602   {
 603     return displayReferenceSeq;
 604   }
 605
 606   /**
 607    * @return the renderGaps
 608    */
 609   @Override
 610   public boolean isRenderGaps()
 611   {
 612     return renderGaps;
 613   }
 614
 615   @Override
 616   public boolean isRightAlignIds()
 617   {
 618     return rightAlignIds;
 619   }
 620
 621   /**
 622    * @return the seqNameItalics
 623    */
 624   @Override
 625   public boolean isSeqNameItalics()
 626   {
 627     return seqNameItalics;
 628   }
 629
 630   @Override
 631   public boolean isShowAnnotation()
 632   {
 633     return showAnnotation;
 634   }
 635
 636   /**
 637    * @return the showColourText
 638    */
 639   @Override
 640   public boolean isShowColourText()
 641   {
 642     return showColourText;
 643   }
 644
 645   /**
 646    * @return the showSeqFeaturesHeight
 647    */
 648   @Override
 649   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 650   {
 651     return showSeqFeaturesHeight;
 652   }
 653
 654   @Override
 655   public boolean isShowSequenceFeatures()
 656   {
 657     return showSequenceFeatures;
 658   }
 659
 660   /**
 661    * GUI state
 662    *
 663    *
 664    * @param b
 665    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 666    */
 667   @Override
 668   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 669   {
 670     abovePIDThreshold = b;
 671   }
 672
 673   /**
 674    * DOCUMENT ME!
 675    *
 676    * @param h
 677    *          DOCUMENT ME!
 678    */
 679   @Override
 680   public void setCharHeight(int h)
 681   {
 682     this.charHeight = h;
 683   }
 684
 685   /**
 686    * DOCUMENT ME!
 687    *
 688    * @param w
 689    *          DOCUMENT ME!
 690    */
 691   @Override
 692   public void setCharWidth(int w)
 693   {
 694     this.charWidth = w;
 695   }
 696
 697   /**
 698    * @param value
 699    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 700    *          to all groups
 701    */
 702   @Override
 703   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 704   {
 705     colourAppliesToAllGroups = b;
 706   }
 707
 708   @Override
 709   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 710   {
 711     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 712   }
 713
 714   /**
 715    * DOCUMENT ME!
 716    *
 717    * @param state
 718    *          DOCUMENT ME!
 719    */
 720   @Override
 721   public void setColourText(boolean state)
 722   {
 723     showColourText = state;
 724   }
 725
 726   /**
 727    * @param conservationColourSelected
 728    *          the conservationColourSelected to set
 729    */
 730   @Override
 731   public void setConservationColourSelected(
 732           boolean conservationColourSelected)
 733   {
 734     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 735   }
 736
 737   /**
 738    * GUI state
 739    *
 740    * @param b
 741    *          enable conservation based shading
 742    */
 743   @Override
 744   public void setConservationSelected(boolean b)
 745   {
 746     conservationColourSelected = b;
 747   }
 748
 749   @Override
 750   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 751   {
 752     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 753   }
 754
 755   /**
 756    *
 757    * @param inc
 758    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 759    *          conservation
 760    */
 761   @Override
 762   public void setIncrement(int inc)
 763   {
 764     increment = inc;
 765   }
 766
 767   /**
 768    * DOCUMENT ME!
 769    *
 770    * @param state
 771    *          DOCUMENT ME!
 772    */
 773   @Override
 774   public void setRenderGaps(boolean state)
 775   {
 776     renderGaps = state;
 777   }
 778
 779   @Override
 780   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 781   {
 782     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 783   }
 784
 785   /**
 786    * DOCUMENT ME!
 787    *
 788    * @param b
 789    *          DOCUMENT ME!
 790    */
 791   @Override
 792   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 793   {
 794     scaleAboveWrapped = b;
 795   }
 796
 797   /**
 798    * DOCUMENT ME!
 799    *
 800    * @param b
 801    *          DOCUMENT ME!
 802    */
 803   @Override
 804   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 805   {
 806     scaleLeftWrapped = b;
 807   }
 808
 809   /**
 810    *
 811    *
 812    * @param scaleRightWrapped
 813    *          - true or false
 814    */
 815
 816   @Override
 817   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 818   {
 819     scaleRightWrapped = b;
 820   }
 821
 822   @Override
 823   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 824   {
 825     seqNameItalics = italics;
 826   }
 827
 828   @Override
 829   public void setShowAnnotation(boolean b)
 830   {
 831     showAnnotation = b;
 832   }
 833
 834   /**
 835    * DOCUMENT ME!
 836    *
 837    * @param state
 838    *          DOCUMENT ME!
 839    */
 840   @Override
 841   public void setShowBoxes(boolean state)
 842   {
 843     showBoxes = state;
 844   }
 845
 846   /**
 847    * @param showColourText
 848    *          the showColourText to set
 849    */
 850   @Override
 851   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 852   {
 853     this.showColourText = showColourText;
 854   }
 855
 856   @Override
 857   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 858   {
 859     showHiddenMarkers = show;
 860   }
 861
 862   /**
 863    * DOCUMENT ME!
 864    *
 865    * @param b
 866    *          DOCUMENT ME!
 867    */
 868   @Override
 869   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 870   {
 871     showJVSuffix = b;
 872   }
 873
 874   @Override
 875   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 876   {
 877     showSeqFeaturesHeight = selected;
 878
 879   }
 880
 881   /**
 882    * set the flag
 883    *
 884    * @param b
 885    *          features are displayed if true
 886    */
 887   @Override
 888   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 889   {
 890     showSequenceFeatures = b;
 891   }
 892
 893   /**
 894    * DOCUMENT ME!
 895    *
 896    * @param state
 897    *          DOCUMENT ME!
 898    */
 899   @Override
 900   public void setShowText(boolean state)
 901   {
 902     showText = state;
 903   }
 904
 905   @Override
 906   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 907   {
 908     showUnconserved = showunconserved;
 909   }
 910
 911   /**
 912    * @param textColour
 913    *          the textColour to set
 914    */
 915   @Override
 916   public void setTextColour(Color textColour)
 917   {
 918     this.textColour = textColour;
 919   }
 920
 921   /**
 922    * @param textColour2
 923    *          the textColour2 to set
 924    */
 925   @Override
 926   public void setTextColour2(Color textColour2)
 927   {
 928     this.textColour2 = textColour2;
 929   }
 930
 931   /**
 932    * DOCUMENT ME!
 933    *
 934    * @param thresh
 935    *          DOCUMENT ME!
 936    */
 937   @Override
 938   public void setThreshold(int thresh)
 939   {
 940     threshold = thresh;
 941   }
 942
 943   /**
 944    * @param thresholdTextColour
 945    *          the thresholdTextColour to set
 946    */
 947   @Override
 948   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 949   {
 950     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 951   }
 952
 953   /**
 954    * DOCUMENT ME!
 955    *
 956    * @param state
 957    *          DOCUMENT ME!
 958    */
 959   @Override
 960   public void setWrapAlignment(boolean state)
 961   {
 962     wrapAlignment = state;
 963   }
 964
 965   /**
 966    * DOCUMENT ME!
 967    *
 968    * @param w
 969    *          DOCUMENT ME!
 970    */
 971   @Override
 972   public void setWrappedWidth(int w)
 973   {
 974     this.wrappedWidth = w;
 975   }
 976
 977   @Override
 978   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 979   {
 980     return this.equals(that);
 981   }
 982
 983   @Override
 984   public String getFontName()
 985   {
 986     return fontName;
 987   }
 988
 989   @Override
 990   public int getFontSize()
 991   {
 992     return fontSize;
 993   }
 994
 995   @Override
 996   public int getFontStyle()
 997   {
 998     return fontStyle;
 999   }
1000
1001   @Override
1002   public void setFontName(String name)
1003   {
1004     fontName = name;
1005   }
1006
1007   @Override
1008   public void setFontSize(int size)
1009   {
1010     fontSize = size;
1011
1012   }
1013
1014   @Override
1015   public void setFontStyle(int style)
1016   {
1017     fontStyle = style;
1018   }
1019
1020   @Override
1021   public int getIdWidth()
1022   {
1023     return idWidth;
1024   }
1025
1026   /**
1027    * @param idWidth
1028    *          the idWidth to set
1029    */
1030   @Override
1031   public void setIdWidth(int idWidth)
1032   {
1033     this.idWidth = idWidth;
1034   }
1035
1036   /**
1037    * @return the centreColumnLabels
1038    */
1039   @Override
1040   public boolean isCentreColumnLabels()
1041   {
1042     return centreColumnLabels;
1043   }
1044
1045   /**
1046    * @param centreColumnLabels
1047    *          the centreColumnLabels to set
1048    */
1049   @Override
1050   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1051   {
1052     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1053   }
1054
1055   /**
1056    * @return the showdbrefs
1057    */
1058   @Override
1059   public boolean isShowDBRefs()
1060   {
1061     return showdbrefs;
1062   }
1063
1064   /**
1065    * @param showdbrefs
1066    *          the showdbrefs to set
1067    */
1068   @Override
1069   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1070   {
1071     this.showdbrefs = showdbrefs;
1072   }
1073
1074   /**
1075    * @return the shownpfeats
1076    */
1077   @Override
1078   public boolean isShowNPFeats()
1079   {
1080     return shownpfeats;
1081   }
1082
1083   /**
1084    * @param shownpfeats
1085    *          the shownpfeats to set
1086    */
1087   @Override
1088   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1089   {
1090     this.shownpfeats = shownpfeats;
1091   }
1092
1093   @Override
1094   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1095   {
1096     return this.scaleProteinAsCdna;
1097   }
1098
1099   @Override
1100   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1101   {
1102     this.scaleProteinAsCdna = b;
1103   }
1104
1105   @Override
1106   public boolean isProteinFontAsCdna()
1107   {
1108     return proteinFontAsCdna;
1109   }
1110
1111   @Override
1112   public void setProteinFontAsCdna(boolean b)
1113   {
1114     proteinFontAsCdna = b;
1115   }
1116
1117   @Override
1118   public void setShowComplementFeatures(boolean b)
1119   {
1120     showComplementFeatures = b;
1121   }
1122
1123   @Override
1124   public boolean isShowComplementFeatures()
1125   {
1126     return showComplementFeatures;
1127   }
1128 }