src/jalview/workers/ColumnCounterSetWorker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer;
  31 import jalview.util.ColorUtils;
  32 import jalview.util.Comparison;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.List;
  37
  38 /**
  39  * A class to compute alignment annotations with column counts for a set of
  40  * properties of interest on positions in an alignment. <br>
  41  * This is designed to be extensible, by supplying to the constructor an object
  42  * that computes a vector of counts for each residue position, based on the
  43  * residue and and sequence features at that position.
  44  *
  45  */
  46 class ColumnCounterSetWorker extends AlignCalcWorker
  47 {
  48   FeatureSetCounterI counter;
  49
  50   /**
  51    * Constructor registers the annotation for the given alignment frame
  52    *
  53    * @param af
  54    * @param counter
  55    */
  56   public ColumnCounterSetWorker(AlignViewportI viewport,
  57           AlignmentViewPanel panel, FeatureSetCounterI counter)
  58   {
  59     super(viewport, panel);
  60     ourAnnots = new ArrayList<>();
  61     this.counter = counter;
  62     calcMan.registerWorker(this);
  63   }
  64
  65   /**
  66    * method called under control of AlignCalcManager to recompute the annotation
  67    * when the alignment changes
  68    */
  69   @Override
  70   public void run()
  71   {
  72     boolean annotationAdded = false;
  73     try
  74     {
  75       calcMan.notifyStart(this);
  76
  77       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  78       {
  79         try
  80         {
  81           Thread.sleep(200);
  82         } catch (InterruptedException ex)
  83         {
  84           ex.printStackTrace();
  85         }
  86       }
  87       if (alignViewport.isClosed())
  88       {
  89         abortAndDestroy();
  90         return;
  91       }
  92
  93       if (alignViewport.getAlignment() != null)
  94       {
  95         try
  96         {
  97           annotationAdded = computeAnnotations();
  98         } catch (IndexOutOfBoundsException x)
  99         {
 100           // probable race condition. just finish and return without any fuss.
 101           return;
 102         }
 103       }
 104     } catch (OutOfMemoryError error)
 105     {
 106       ap.raiseOOMWarning("calculating feature counts", error);
 107       calcMan.disableWorker(this);
 108     } finally
 109     {
 110       calcMan.workerComplete(this);
 111     }
 112
 113     if (ap != null)
 114     {
 115       if (annotationAdded)
 116       {
 117         ap.adjustAnnotationHeight();
 118       }
 119       ap.paintAlignment(true, true);
 120     }
 121
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Scan each column of the alignment to calculate a count by feature type. Set
 126    * the count as the value of the alignment annotation for that feature type.
 127    *
 128    * @return
 129    */
 130   boolean computeAnnotations()
 131   {
 132     FeatureRenderer fr = new FeatureRenderer(alignViewport);
 133     // TODO use the commented out code once JAL-2075 is fixed
 134     // to get adequate performance on genomic length sequence
 135     AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
 136     // AlignmentView alignmentView = alignViewport.getAlignmentView(false);
 137     // AlignmentI alignment = alignmentView.getVisibleAlignment(' ');
 138
 139     int rows = counter.getNames().length;
 140
 141     int width = alignment.getWidth();
 142     int height = alignment.getHeight();
 143     int[][] counts = new int[width][rows];
 144     int max[] = new int[rows];
 145     for (int crow = 0; crow < rows; crow++)
 146     {
 147       max[crow] = 0;
 148     }
 149
 150     int[] minC = counter.getMinColour();
 151     int[] maxC = counter.getMaxColour();
 152     Color minColour = new Color(minC[0], minC[1], minC[2]);
 153     Color maxColour = new Color(maxC[0], maxC[1], maxC[2]);
 154
 155     for (int col = 0; col < width; col++)
 156     {
 157       int[] count = counts[col];
 158       for (int crow = 0; crow < rows; crow++)
 159       {
 160         count[crow] = 0;
 161       }
 162       for (int row = 0; row < height; row++)
 163       {
 164         int[] colcount = countFeaturesAt(alignment, col, row, fr);
 165         if (colcount != null)
 166         {
 167           for (int crow = 0; crow < rows; crow++)
 168           {
 169             count[crow] += colcount[crow];
 170           }
 171         }
 172       }
 173       counts[col] = count;
 174       for (int crow = 0; crow < rows; crow++)
 175       {
 176         max[crow] = Math.max(count[crow], max[crow]);
 177       }
 178     }
 179
 180     boolean annotationAdded = false;
 181
 182     for (int anrow = 0; anrow < rows; anrow++)
 183     {
 184       Annotation[] anns = new Annotation[width];
 185       long rmax = 0;
 186       /*
 187        * add counts as annotations. zeros are needed since select-by-annotation ignores empty annotation positions
 188        */
 189       for (int i = 0; i < counts.length; i++)
 190       {
 191         int count = counts[i][anrow];
 192
 193         Color color = ColorUtils.getGraduatedColour(count, 0, minColour,
 194                 max[anrow], maxColour);
 195         String str = String.valueOf(count);
 196         anns[i] = new Annotation(str, str, '0', count, color);
 197         rmax = Math.max(count, rmax);
 198       }
 199
 200       /*
 201        * construct or update the annotation
 202        */
 203       String description = counter.getDescriptions()[anrow];
 204       if (!alignment.findAnnotation(description).iterator().hasNext())
 205       {
 206         annotationAdded = true;
 207       }
 208       AlignmentAnnotation ann = alignment.findOrCreateAnnotation(
 209               counter.getNames()[anrow], description, false, null, null);
 210       ann.description = description;
 211       ann.showAllColLabels = true;
 212       ann.scaleColLabel = true;
 213       ann.graph = AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH;
 214       ann.annotations = anns;
 215       ann.graphMin = 0f; // minimum always zero count
 216       ann.graphMax = rmax; // maximum count from loop over feature columns
 217       ann.validateRangeAndDisplay();
 218       if (!ourAnnots.contains(ann))
 219       {
 220         ourAnnots.add(ann);
 221       }
 222     }
 223     return annotationAdded;
 224   }
 225
 226   /**
 227    * Returns a count of any feature types present at the specified position of
 228    * the alignment
 229    *
 230    * @param alignment
 231    * @param col
 232    *          (0..)
 233    * @param row
 234    * @param fr
 235    */
 236   int[] countFeaturesAt(AlignmentI alignment, int col, int row,
 237           FeatureRenderer fr)
 238   {
 239     SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(row);
 240     if (seq == null)
 241     {
 242       return null;
 243     }
 244     if (col >= seq.getLength())
 245     {
 246       return null;// sequence doesn't extend this far
 247     }
 248     char res = seq.getCharAt(col);
 249     if (Comparison.isGap(res))
 250     {
 251       return null;
 252     }
 253
 254     /*
 255      * compute a count for any displayed features at residue
 256      */
 257     // see JAL-2075
 258     List<SequenceFeature> features = fr.findFeaturesAtColumn(seq, col + 1);
 259     int[] count = this.counter.count(String.valueOf(res), features);
 260     return count;
 261   }
 262
 263   /**
 264    * Method called when the user changes display options that may affect how the
 265    * annotation is rendered, but do not change its values. Currently no such
 266    * options affect user-defined annotation, so this method does nothing.
 267    */
 268   @Override
 269   public void updateAnnotation()
 270   {
 271     // do nothing
 272   }
 273
 274   /**
 275    * Answers true to indicate that if this worker's annotation is deleted from
 276    * the display, the worker should also be removed. This prevents it running
 277    * and recreating the annotation when the alignment changes.
 278    */
 279   @Override
 280   public boolean isDeletable()
 281   {
 282     return true;
 283   }
 284 }