src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.workers;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29
  30 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker implements AlignCalcWorkerI
  31 {
  32
  33   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable property!
  34
  35   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport, AlignmentViewPanel alignPanel)
  36   {
  37     super(alignViewport, alignPanel);
  38     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  39   }
  40
  41   private Conservation cons;
  42   AlignmentAnnotation conservation,quality;
  43   int alWidth;
  44   @Override
  45   public void run()
  46   {
  47     try
  48     {
  49       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  50
  51       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  52       {
  53         try
  54         {
  55           if (ap != null)
  56           {
  57             // ap.paintAlignment(false);
  58           }
  59           Thread.sleep(200);
  60         } catch (Exception ex)
  61         {
  62           ex.printStackTrace();
  63         }
  64       }
  65       if (alignViewport.isClosed()) {
  66         abortAndDestroy();
  67       }
  68       List<AlignmentAnnotation>ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  69       AlignmentI alignment=alignViewport.getAlignment();
  70       conservation=alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  71       quality=alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  72       ourAnnot.add(conservation);
  73       ourAnnot.add(quality);
  74       ourAnnots = ourAnnot;
  75
  76       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  77
  78       if (alignment==null || (alWidth=alignment.getWidth())< 0)
  79       {
  80         calcMan.workerComplete(this);
  81         //.updatingConservation = false;
  82         //AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  83
  84         return;
  85       }
  86       try {
  87       cons = Conservation.calculateConservation("All",
  88               jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,
  89               alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false, ConsPercGaps, quality!=null);
  90       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
  91       {
  92         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
  93         calcMan.workerComplete(this);
  94         return;
  95       }
  96       updateResultAnnotation(true);
  97     } catch (OutOfMemoryError error)
  98     {
  99       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
 100       calcMan.workerCannotRun(this);
 101       // alignViewport.conservation = null;
 102       // this.alignViewport.quality = null;
 103
 104     }
 105     calcMan.workerComplete(this);
 106
 107     if (ap != null)
 108     {
 109       ap.paintAlignment(true);
 110     }
 111
 112   }
 113
 114   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 115   {
 116     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons!=null && conservation!=null && quality!=null)
 117     cons.completeAnnotations(conservation,
 118             quality, 0, alWidth);
 119   }
 120   @Override
 121   public void updateAnnotation()
 122   {
 123     updateResultAnnotation(false);
 124
 125   }
 126 }