src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32
  33 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker implements
  34         AlignCalcWorkerI
  35 {
  36
  37   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
  38                                  // property!
  39
  40   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
  41           AlignmentViewPanel alignPanel)
  42   {
  43     super(alignViewport, alignPanel);
  44     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  45   }
  46
  47   private Conservation cons;
  48
  49   AlignmentAnnotation conservation, quality;
  50
  51   int alWidth;
  52
  53   @Override
  54   public void run()
  55   {
  56     try
  57     {
  58       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  59
  60       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  61       {
  62         try
  63         {
  64           if (ap != null)
  65           {
  66             // ap.paintAlignment(false);
  67           }
  68           Thread.sleep(200);
  69         } catch (Exception ex)
  70         {
  71           ex.printStackTrace();
  72         }
  73       }
  74       if (alignViewport.isClosed())
  75       {
  76         abortAndDestroy();
  77         return;
  78       }
  79       List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  80       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  81       conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  82       quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  83       ourAnnot.add(conservation);
  84       ourAnnot.add(quality);
  85       ourAnnots = ourAnnot;
  86       ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  87       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  88
  89       if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  90       {
  91         calcMan.workerComplete(this);
  92         // .updatingConservation = false;
  93         // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  94
  95         return;
  96       }
  97       try
  98       {
  99         cons = Conservation.calculateConservation("All",
 100                 jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,
 101                 alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
 102                 ConsPercGaps, quality != null);
 103       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
 104       {
 105         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
 106         calcMan.workerComplete(this);
 107         return;
 108       }
 109       updateResultAnnotation(true);
 110     } catch (OutOfMemoryError error)
 111     {
 112       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
 113       calcMan.workerCannotRun(this);
 114       // alignViewport.conservation = null;
 115       // this.alignViewport.quality = null;
 116
 117     }
 118     calcMan.workerComplete(this);
 119
 120     if (ap != null)
 121     {
 122       ap.paintAlignment(true);
 123     }
 124
 125   }
 126
 127   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 128   {
 129     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
 130             && conservation != null && quality != null)
 131     {
 132       alignViewport.setConservation(cons);
 133       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
 134     }
 135   }
 136
 137   @Override
 138   public void updateAnnotation()
 139   {
 140     updateResultAnnotation(false);
 141
 142   }
 143 }