src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  30
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33
  34 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker implements
  35         AlignCalcWorkerI
  36 {
  37
  38   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
  39                                  // property!
  40
  41   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
  42           AlignmentViewPanel alignPanel)
  43   {
  44     super(alignViewport, alignPanel);
  45     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  46   }
  47
  48   private Conservation cons;
  49
  50   AlignmentAnnotation conservation, quality;
  51
  52   int alWidth;
  53
  54   @Override
  55   public void run()
  56   {
  57     try
  58     {
  59       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  60
  61       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  62       {
  63         try
  64         {
  65           if (ap != null)
  66           {
  67             // ap.paintAlignment(false);
  68           }
  69           Thread.sleep(200);
  70         } catch (Exception ex)
  71         {
  72           ex.printStackTrace();
  73         }
  74       }
  75       if (alignViewport.isClosed())
  76       {
  77         abortAndDestroy();
  78         return;
  79       }
  80       List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  81       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  82       conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  83       quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  84       ourAnnot.add(conservation);
  85       ourAnnot.add(quality);
  86       ourAnnots = ourAnnot;
  87       ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  88       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  89
  90       if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  91       {
  92         calcMan.workerComplete(this);
  93         // .updatingConservation = false;
  94         // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  95
  96         return;
  97       }
  98       try
  99       {
 100         cons = Conservation.calculateConservation("All",
 101                 ResidueProperties.propHash, 3,
 102                 alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
 103                 ConsPercGaps, quality != null);
 104       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
 105       {
 106         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
 107         calcMan.workerComplete(this);
 108         return;
 109       }
 110       updateResultAnnotation(true);
 111     } catch (OutOfMemoryError error)
 112     {
 113       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
 114       calcMan.workerCannotRun(this);
 115       // alignViewport.conservation = null;
 116       // this.alignViewport.quality = null;
 117
 118     }
 119     calcMan.workerComplete(this);
 120
 121     if (ap != null)
 122     {
 123       ap.paintAlignment(true);
 124     }
 125
 126   }
 127
 128   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 129   {
 130     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
 131             && conservation != null && quality != null)
 132     {
 133       alignViewport.setConservation(cons);
 134       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
 135     }
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public void updateAnnotation()
 140   {
 141     updateResultAnnotation(false);
 142
 143   }
 144 }