src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker
  33 {
  34
  35   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
  36                                  // property!
  37
  38   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
  39           AlignmentViewPanel alignPanel)
  40   {
  41     super(alignViewport, alignPanel);
  42     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  43   }
  44
  45   private Conservation cons;
  46
  47   AlignmentAnnotation conservation, quality;
  48
  49   int alWidth;
  50
  51   @Override
  52   public void run()
  53   {
  54     try
  55     {
  56       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  57
  58       while ((calcMan != null) && (!calcMan.notifyWorking(this)))
  59       {
  60         try
  61         {
  62           if (ap != null)
  63           {
  64             // ap.paintAlignment(false);
  65           }
  66           Thread.sleep(200);
  67         } catch (Exception ex)
  68         {
  69           ex.printStackTrace();
  70         }
  71       }
  72       if ((alignViewport == null) || (calcMan == null)
  73               || (alignViewport.isClosed()))
  74       {
  75         abortAndDestroy();
  76         return;
  77       }
  78       List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  79       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  80       conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  81       quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  82       ourAnnot.add(conservation);
  83       ourAnnot.add(quality);
  84       ourAnnots = ourAnnot;
  85       ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  86       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  87
  88       if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  89       {
  90         calcMan.workerComplete(this);
  91         // .updatingConservation = false;
  92         // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  93
  94         return;
  95       }
  96       try
  97       {
  98         cons = Conservation.calculateConservation("All",
  99                 alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
 100                 ConsPercGaps, quality != null);
 101       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
 102       {
 103         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
 104         calcMan.workerComplete(this);
 105         return;
 106       }
 107       updateResultAnnotation(true);
 108     } catch (OutOfMemoryError error)
 109     {
 110       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
 111       calcMan.disableWorker(this);
 112       // alignViewport.conservation = null;
 113       // this.alignViewport.quality = null;
 114
 115     }
 116     calcMan.workerComplete(this);
 117
 118     if ((alignViewport == null) || (calcMan == null)
 119             || (alignViewport.isClosed()))
 120     {
 121       abortAndDestroy();
 122       return;
 123     }
 124     if (ap != null)
 125     {
 126       ap.paintAlignment(true);
 127     }
 128
 129   }
 130
 131   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 132   {
 133     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
 134             && conservation != null && quality != null)
 135     {
 136       alignViewport.setConservation(cons);
 137       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
 138     }
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void updateAnnotation()
 143   {
 144     updateResultAnnotation(false);
 145
 146   }
 147 }