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[jalview.git] / src / jalview / workers / ConservationThread.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.workers;
19
20 import java.util.ArrayList;
21 import java.util.List;
22
23 import jalview.analysis.Conservation;
24 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
26 import jalview.api.AlignViewportI;
27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
29
30 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker implements AlignCalcWorkerI
31 {
32
33   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable property!
34   
35   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport, AlignmentViewPanel alignPanel)
36   {
37     super(alignViewport, alignPanel);
38     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
39   }
40   
41   private Conservation cons;
42   AlignmentAnnotation conservation,quality;
43   int alWidth;
44   public void run()
45   {
46     try
47     {
48       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
49
50       while (!calcMan.notifyWorking(this)) 
51       {
52         try
53         {
54           if (ap != null)
55           {
56             ap.paintAlignment(false);
57           }
58           Thread.sleep(200);
59         } catch (Exception ex)
60         {
61           ex.printStackTrace();
62         }
63       }
64       if (alignViewport.isClosed()) {
65         abortAndDestroy();
66       }
67       List<AlignmentAnnotation>ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
68       AlignmentI alignment=alignViewport.getAlignment();
69       conservation=alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
70       quality=alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
71       ourAnnot.add(conservation);
72       ourAnnot.add(quality);
73       ourAnnots = ourAnnot;
74       
75       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
76       
77       if (alignment==null || (alWidth=alignment.getWidth())< 0)
78       {
79         calcMan.workerComplete(this);
80         //.updatingConservation = false;
81         //AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
82         
83         return;
84       }
85
86       cons = Conservation.calculateConservation("All",
87               jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,
88               alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false, ConsPercGaps, quality!=null);
89       updateResultAnnotation(true);
90     } catch (OutOfMemoryError error)
91     {
92       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
93       calcMan.workerCannotRun(this);
94       // alignViewport.conservation = null;
95       // this.alignViewport.quality = null;
96
97     }
98     calcMan.workerComplete(this);
99
100     if (ap != null)
101     {
102       ap.paintAlignment(true);
103     }
104
105   }
106
107   private void updateResultAnnotation(boolean b)
108   {
109     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons!=null && conservation!=null && quality!=null)
110     cons.completeAnnotations(conservation,
111             quality, 0, alWidth);
112   }
113   @Override
114   public void updateAnnotation()
115   {
116     updateResultAnnotation(false);
117     
118   }
119 }