src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.workers;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29
  30 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker implements AlignCalcWorkerI
  31 {
  32
  33   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable property!
  34
  35   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport, AlignmentViewPanel alignPanel)
  36   {
  37     super(alignViewport, alignPanel);
  38     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  39   }
  40
  41   private Conservation cons;
  42   AlignmentAnnotation conservation,quality;
  43   int alWidth;
  44   public void run()
  45   {
  46     try
  47     {
  48       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  49
  50       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  51       {
  52         try
  53         {
  54           if (ap != null)
  55           {
  56             ap.paintAlignment(false);
  57           }
  58           Thread.sleep(200);
  59         } catch (Exception ex)
  60         {
  61           ex.printStackTrace();
  62         }
  63       }
  64       if (alignViewport.isClosed()) {
  65         abortAndDestroy();
  66       }
  67       List<AlignmentAnnotation>ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  68       AlignmentI alignment=alignViewport.getAlignment();
  69       conservation=alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  70       quality=alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  71       ourAnnot.add(conservation);
  72       ourAnnot.add(quality);
  73       ourAnnots = ourAnnot;
  74
  75       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  76
  77       if (alignment==null || (alWidth=alignment.getWidth())< 0)
  78       {
  79         calcMan.workerComplete(this);
  80         //.updatingConservation = false;
  81         //AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  82
  83         return;
  84       }
  85
  86       cons = Conservation.calculateConservation("All",
  87               jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,
  88               alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false, ConsPercGaps, quality!=null);
  89       updateResultAnnotation(true);
  90     } catch (OutOfMemoryError error)
  91     {
  92       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
  93       calcMan.workerCannotRun(this);
  94       // alignViewport.conservation = null;
  95       // this.alignViewport.quality = null;
  96
  97     }
  98     calcMan.workerComplete(this);
  99
 100     if (ap != null)
 101     {
 102       ap.paintAlignment(true);
 103     }
 104
 105   }
 106
 107   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 108   {
 109     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons!=null && conservation!=null && quality!=null)
 110     cons.completeAnnotations(conservation,
 111             quality, 0, alWidth);
 112   }
 113   @Override
 114   public void updateAnnotation()
 115   {
 116     updateResultAnnotation(false);
 117
 118   }
 119 }