src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import java.util.ArrayList;
  24 import java.util.List;
  25
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.api.AlignCalcWorkerI;
  28 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  29 import jalview.api.AlignViewportI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32
  33 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker implements
  34         AlignCalcWorkerI
  35 {
  36
  37   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
  38                                  // property!
  39
  40   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
  41           AlignmentViewPanel alignPanel)
  42   {
  43     super(alignViewport, alignPanel);
  44     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  45   }
  46
  47   private Conservation cons;
  48
  49   AlignmentAnnotation conservation, quality;
  50
  51   int alWidth;
  52
  53   @Override
  54   public void run()
  55   {
  56     try
  57     {
  58       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  59
  60       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  61       {
  62         try
  63         {
  64           if (ap != null)
  65           {
  66             // ap.paintAlignment(false);
  67           }
  68           Thread.sleep(200);
  69         } catch (Exception ex)
  70         {
  71           ex.printStackTrace();
  72         }
  73       }
  74       if (alignViewport.isClosed())
  75       {
  76         abortAndDestroy();
  77       }
  78       List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  79       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  80       conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  81       quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  82       ourAnnot.add(conservation);
  83       ourAnnot.add(quality);
  84       ourAnnots = ourAnnot;
  85       ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  86       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  87
  88       if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  89       {
  90         calcMan.workerComplete(this);
  91         // .updatingConservation = false;
  92         // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  93
  94         return;
  95       }
  96       try
  97       {
  98         cons = Conservation.calculateConservation("All",
  99                 jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,
 100                 alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
 101                 ConsPercGaps, quality != null);
 102       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
 103       {
 104         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
 105         calcMan.workerComplete(this);
 106         return;
 107       }
 108       updateResultAnnotation(true);
 109     } catch (OutOfMemoryError error)
 110     {
 111       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
 112       calcMan.workerCannotRun(this);
 113       // alignViewport.conservation = null;
 114       // this.alignViewport.quality = null;
 115
 116     }
 117     calcMan.workerComplete(this);
 118
 119     if (ap != null)
 120     {
 121       ap.paintAlignment(true);
 122     }
 123
 124   }
 125
 126   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 127   {
 128     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
 129             && conservation != null && quality != null)
 130     {
 131       alignViewport.setConservation(cons);
 132       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
 133     }
 134   }
 135
 136   @Override
 137   public void updateAnnotation()
 138   {
 139     updateResultAnnotation(false);
 140
 141   }
 142 }