JAL-2335 failing test for FeatureRendererModel.findFeaturesAt and contact features
[jalview.git] / src / jalview / workers / ConservationThread.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.workers;
22
23 import jalview.analysis.Conservation;
24 import jalview.api.AlignViewportI;
25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
28
29 import java.util.ArrayList;
30 import java.util.List;
31
32 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker
33 {
34
35   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
36                                  // property!
37
38   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
39           AlignmentViewPanel alignPanel)
40   {
41     super(alignViewport, alignPanel);
42     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
43   }
44
45   private Conservation cons;
46
47   AlignmentAnnotation conservation, quality;
48
49   int alWidth;
50
51   @Override
52   public void run()
53   {
54     try
55     {
56       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
57
58       while (!calcMan.notifyWorking(this))
59       {
60         try
61         {
62           if (ap != null)
63           {
64             // ap.paintAlignment(false);
65           }
66           Thread.sleep(200);
67         } catch (Exception ex)
68         {
69           ex.printStackTrace();
70         }
71       }
72       if (alignViewport.isClosed())
73       {
74         abortAndDestroy();
75         return;
76       }
77       List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
78       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
79       conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
80       quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
81       ourAnnot.add(conservation);
82       ourAnnot.add(quality);
83       ourAnnots = ourAnnot;
84       ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
85       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
86
87       if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
88       {
89         calcMan.workerComplete(this);
90         // .updatingConservation = false;
91         // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
92
93         return;
94       }
95       try
96       {
97         cons = Conservation.calculateConservation("All",
98                 alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
99                 ConsPercGaps, quality != null);
100       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
101       {
102         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
103         calcMan.workerComplete(this);
104         return;
105       }
106       updateResultAnnotation(true);
107     } catch (OutOfMemoryError error)
108     {
109       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
110       calcMan.disableWorker(this);
111       // alignViewport.conservation = null;
112       // this.alignViewport.quality = null;
113
114     }
115     calcMan.workerComplete(this);
116
117     if (ap != null)
118     {
119       ap.paintAlignment(true);
120     }
121
122   }
123
124   private void updateResultAnnotation(boolean b)
125   {
126     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
127             && conservation != null && quality != null)
128     {
129       alignViewport.setConservation(cons);
130       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
131     }
132   }
133
134   @Override
135   public void updateAnnotation()
136   {
137     updateResultAnnotation(false);
138
139   }
140 }