src/jalview/workers/ConservationThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32
  33 public class ConservationThread extends AlignCalcWorker
  34 {
  35
  36   private int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a configurable
  37                                  // property!
  38
  39   public ConservationThread(AlignViewportI alignViewport,
  40           AlignmentViewPanel alignPanel)
  41   {
  42     super(alignViewport, alignPanel);
  43     ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  44   }
  45
  46   private Conservation cons;
  47
  48   AlignmentAnnotation conservation, quality;
  49
  50   int alWidth;
  51
  52   @Override
  53   public void run()
  54   {
  55     try
  56     {
  57       calcMan.notifyStart(this); // updatingConservation = true;
  58
  59       while ((calcMan != null) && (!calcMan.notifyWorking(this)))
  60       {
  61         try
  62         {
  63           if (ap != null)
  64           {
  65             // ap.paintAlignment(false);
  66           }
  67           Thread.sleep(200);
  68         } catch (Exception ex)
  69         {
  70           ex.printStackTrace();
  71         }
  72       }
  73       if ((alignViewport == null) || (calcMan == null)
  74               || (alignViewport.isClosed()))
  75       {
  76         abortAndDestroy();
  77         return;
  78       }
  79       List<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<>();
  80       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  81       conservation = alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation();
  82       quality = alignViewport.getAlignmentQualityAnnot();
  83       ourAnnot.add(conservation);
  84       ourAnnot.add(quality);
  85       ourAnnots = ourAnnot;
  86       ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps();
  87       // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = true;
  88
  89       if (alignment == null || (alWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  90       {
  91         calcMan.workerComplete(this);
  92         // .updatingConservation = false;
  93         // AlignViewport.UPDATING_CONSERVATION = false;
  94
  95         return;
  96       }
  97       try
  98       {
  99         // TODO - TDI is there a conservation measure ?
 100         cons = Conservation.calculateConservation("All",
 101                 alignment.getSequences(), 0, alWidth - 1, false,
 102                 ConsPercGaps, quality != null, alignViewport.is3di() ? ScoreModels.getInstance().getFOLDSEEK3DI():ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(true));
 103       } catch (IndexOutOfBoundsException x)
 104       {
 105         // probable race condition. just finish and return without any fuss.
 106         calcMan.workerComplete(this);
 107         return;
 108       }
 109       updateResultAnnotation(true);
 110     } catch (OutOfMemoryError error)
 111     {
 112       ap.raiseOOMWarning("calculating conservation", error);
 113       calcMan.disableWorker(this);
 114       // alignViewport.conservation = null;
 115       // this.alignViewport.quality = null;
 116
 117     }
 118     calcMan.workerComplete(this);
 119
 120     if ((alignViewport == null) || (calcMan == null)
 121             || (alignViewport.isClosed()))
 122     {
 123       abortAndDestroy();
 124       return;
 125     }
 126     if (ap != null)
 127     {
 128       ap.paintAlignment(true, true);
 129     }
 130
 131   }
 132
 133   private void updateResultAnnotation(boolean b)
 134   {
 135     if (b || !calcMan.isWorking(this) && cons != null
 136             && conservation != null && quality != null)
 137     {
 138       alignViewport.setConservation(cons);
 139       cons.completeAnnotations(conservation, quality, 0, alWidth);
 140     }
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public void updateAnnotation()
 145   {
 146     updateResultAnnotation(false);
 147
 148   }
 149 }