src/jalview/workers/StrucConsensusThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.workers;
  22
  23 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import java.util.Hashtable;
  32
  33 public class StrucConsensusThread extends AlignCalcWorker
  34 {
  35   public StrucConsensusThread(AlignViewportI alignViewport,
  36           AlignmentViewPanel alignPanel)
  37   {
  38     super(alignViewport, alignPanel);
  39   }
  40
  41   AlignmentAnnotation strucConsensus;
  42
  43   Hashtable[] hStrucConsensus;
  44
  45   private long nseq = -1;
  46
  47   @Override
  48   public void run()
  49   {
  50     try
  51     {
  52       if (calcMan.isPending(this))
  53       {
  54         return;
  55       }
  56       calcMan.notifyStart(this);
  57       while (!calcMan.notifyWorking(this))
  58       {
  59         try
  60         {
  61           if (ap != null)
  62           {
  63             // ap.paintAlignment(false);
  64           }
  65
  66           Thread.sleep(200);
  67         } catch (Exception ex)
  68         {
  69           ex.printStackTrace();
  70         }
  71       }
  72       if (alignViewport.isClosed())
  73       {
  74         abortAndDestroy();
  75         return;
  76       }
  77       AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  78
  79       int aWidth = -1;
  80
  81       if (alignment == null || (aWidth = alignment.getWidth()) < 0)
  82       {
  83         calcMan.workerComplete(this);
  84         return;
  85       }
  86       strucConsensus = alignViewport.getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
  87       hStrucConsensus = alignViewport.getRnaStructureConsensusHash();
  88       strucConsensus.annotations = null;
  89       strucConsensus.annotations = new Annotation[aWidth];
  90
  91       hStrucConsensus = new Hashtable[aWidth];
  92
  93       AlignmentAnnotation[] aa = alignViewport.getAlignment()
  94               .getAlignmentAnnotation();
  95       AlignmentAnnotation rnaStruc = null;
  96       // select rna struct to use for calculation
  97       if (aa != null)
  98       {
  99         for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 100         {
 101           if (aa[i].visible && aa[i].isRNA() && aa[i].isValidStruc())
 102           {
 103             rnaStruc = aa[i];
 104             break;
 105           }
 106         }
 107       }
 108       // check to see if its valid
 109
 110       if (rnaStruc == null || !rnaStruc.isValidStruc())
 111       {
 112         calcMan.workerComplete(this);
 113         return;
 114       }
 115
 116       try
 117       {
 118         final SequenceI[] arr = alignment.getSequencesArray();
 119         nseq = arr.length;
 120         jalview.analysis.StructureFrequency.calculate(arr, 0,
 121                 alignment.getWidth(), hStrucConsensus, true, rnaStruc);
 122       } catch (ArrayIndexOutOfBoundsException x)
 123       {
 124         calcMan.workerComplete(this);
 125         return;
 126       }
 127       alignViewport.setRnaStructureConsensusHash(hStrucConsensus);
 128       // TODO AlignmentAnnotation rnaStruc!!!
 129       updateResultAnnotation(true);
 130     } catch (OutOfMemoryError error)
 131     {
 132       calcMan.disableWorker(this);
 133
 134       // consensus = null;
 135       // hconsensus = null;
 136       ap.raiseOOMWarning("calculating RNA structure consensus", error);
 137     } finally
 138     {
 139       calcMan.workerComplete(this);
 140       if (ap != null)
 141       {
 142         ap.paintAlignment(true);
 143       }
 144     }
 145
 146   }
 147
 148   /**
 149    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
 150    * current visualization settings.
 151    */
 152   @Override
 153   public void updateAnnotation()
 154   {
 155     updateResultAnnotation(false);
 156   }
 157
 158   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
 159   {
 160     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && strucConsensus != null
 161             && hStrucConsensus != null)
 162     {
 163       StructureFrequency.completeConsensus(strucConsensus, hStrucConsensus,
 164               0, hStrucConsensus.length,
 165               alignViewport.isIgnoreGapsConsensus(),
 166               alignViewport.isShowSequenceLogo(), nseq);
 167     }
 168   }
 169
 170 }