src/jalview/ws/AWSThread.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.AlignFrame;
  30 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererSettings;
  33
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36
  37 public abstract class AWSThread extends Thread
  38 {
  39
  40   /**
  41    * view that this job was associated with
  42    */
  43   protected AlignmentI currentView = null;
  44
  45   /**
  46    * feature settings from view that job was associated with
  47    */
  48   protected FeatureRendererSettings featureSettings = null;
  49
  50   /**
  51    * metadata about this web service
  52    */
  53   protected WebserviceInfo wsInfo = null;
  54
  55   /**
  56    * original input data for this job
  57    */
  58   protected AlignmentView input = null;
  59
  60   /**
  61    * dataset sequence relationships to be propagated onto new results
  62    */
  63   protected List<AlignedCodonFrame> codonframe = null;
  64
  65   /**
  66    * are there jobs still running in this thread.
  67    */
  68   protected boolean jobComplete = false;
  69
  70   /**
  71    * one or more jobs being managed by this thread.
  72    */
  73   protected AWsJob jobs[] = null;
  74
  75   /**
  76    * full name of service
  77    */
  78   protected String WebServiceName = null;
  79
  80   protected char defGapChar = '-';
  81
  82   /**
  83    * header prepended to all output from job
  84    */
  85   protected String OutputHeader;
  86
  87   /**
  88    * only used when reporting a web service out of memory error - the job ID
  89    * will be concatenated to the URL
  90    */
  91   protected String WsUrl = null;
  92
  93   /*
  94    * The AlignFrame from which the service was requested.
  95    */
  96   private AlignFrame alignFrame;
  97
  98   /**
  99    * generic web service job/subjob poll loop
 100    */
 101   @Override
 102   public void run()
 103   {
 104     JobStateSummary jstate = null;
 105     if (jobs == null)
 106     {
 107       jobComplete = true;
 108     }
 109     while (!jobComplete)
 110     {
 111       jstate = new JobStateSummary();
 112       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 113       {
 114
 115         if (!jobs[j].submitted && jobs[j].hasValidInput())
 116         {
 117           StartJob(jobs[j]);
 118         }
 119
 120         if (jobs[j].submitted && !jobs[j].subjobComplete)
 121         {
 122           try
 123           {
 124             pollJob(jobs[j]);
 125             if (!jobs[j].hasResponse())
 126             {
 127               throw (new Exception(
 128                       "Timed out when communicating with server\nTry again later.\n"));
 129             }
 130             jalview.bin.Cache.log.debug("Job " + j + " Result state "
 131                     + jobs[j].getState() + "(ServerError="
 132                     + jobs[j].isServerError() + ")");
 133           } catch (Exception ex)
 134           {
 135             // Deal with Transaction exceptions
 136             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, MessageManager
 137                     .formatMessage("info.server_exception", new Object[]
 138                     { WebServiceName, ex.getMessage() }));
 139             // always output the exception's stack trace to the log
 140             Cache.log.warn(WebServiceName + " job(" + jobs[j].jobnum
 141                     + ") Server exception.");
 142             // todo: could limit trace to cause if this is a SOAPFaultException.
 143             ex.printStackTrace();
 144
 145             if (jobs[j].allowedServerExceptions > 0)
 146             {
 147               jobs[j].allowedServerExceptions--;
 148               Cache.log.debug("Sleeping after a server exception.");
 149               try
 150               {
 151                 Thread.sleep(5000);
 152               } catch (InterruptedException ex1)
 153               {
 154               }
 155             }
 156             else
 157             {
 158               Cache.log.warn("Dropping job " + j + " " + jobs[j].jobId);
 159               jobs[j].subjobComplete = true;
 160               wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,
 161                       WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 162             }
 163           } catch (OutOfMemoryError er)
 164           {
 165             jobComplete = true;
 166             jobs[j].subjobComplete = true;
 167             jobs[j].clearResponse(); // may contain out of date result data
 168             wsInfo.setStatus(jobs[j].jobnum,
 169                     WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 170             Cache.log.error("Out of memory when retrieving Job " + j
 171                     + " id:" + WsUrl + "/" + jobs[j].jobId, er);
 172             new jalview.gui.OOMWarning(
 173                     "retrieving result for " + WebServiceName, er);
 174             System.gc();
 175           }
 176         }
 177         jstate.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
 178       }
 179       // Decide on overall state based on collected jobs[] states
 180       updateGlobalStatus(jstate);
 181       if (!jobComplete)
 182       {
 183         try
 184         {
 185           Thread.sleep(5000);
 186         } catch (InterruptedException e)
 187         {
 188           Cache.log.debug("Interrupted sleep waiting for next job poll.",
 189                   e);
 190         }
 191         // System.out.println("I'm alive "+alTitle);
 192       }
 193     }
 194     if (jobComplete && jobs != null)
 195     {
 196       parseResult(); // tidy up and make results available to user
 197     }
 198     else
 199     {
 200       Cache.log.debug(
 201               "WebServiceJob poll loop finished with no jobs created.");
 202       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 203       wsInfo.appendProgressText(
 204               MessageManager.getString("info.no_jobs_ran"));
 205       wsInfo.setFinishedNoResults();
 206     }
 207   }
 208
 209   protected void updateGlobalStatus(JobStateSummary jstate)
 210   {
 211     if (jstate.running > 0)
 212     {
 213       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 214     }
 215     else if (jstate.queuing > 0)
 216     {
 217       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_QUEUING);
 218     }
 219     else
 220     {
 221       jobComplete = true;
 222       if (jstate.finished > 0)
 223       {
 224         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);
 225       }
 226       else if (jstate.error > 0)
 227       {
 228         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 229       }
 230       else if (jstate.serror > 0)
 231       {
 232         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 233       }
 234     }
 235   }
 236
 237   public AWSThread()
 238   {
 239     super();
 240   }
 241
 242   public AWSThread(Runnable target)
 243   {
 244     super(target);
 245   }
 246
 247   public AWSThread(String name)
 248   {
 249     super(name);
 250   }
 251
 252   public AWSThread(ThreadGroup group, Runnable target)
 253   {
 254     super(group, target);
 255   }
 256
 257   public AWSThread(ThreadGroup group, String name)
 258   {
 259     super(group, name);
 260   }
 261
 262   public AWSThread(Runnable target, String name)
 263   {
 264     super(target, name);
 265   }
 266
 267   public AWSThread(ThreadGroup group, Runnable target, String name)
 268   {
 269     super(group, target, name);
 270   }
 271
 272   /**
 273    * query web service for status of job. on return, job.result must not be null
 274    * - if it is then it will be assumed that the job status query timed out and
 275    * a server exception will be logged.
 276    *
 277    * @param job
 278    * @throws Exception
 279    *           will be logged as a server exception for this job
 280    */
 281   public abstract void pollJob(AWsJob job) throws Exception;
 282
 283   /**
 284    * submit job to web service
 285    *
 286    * @param job
 287    */
 288   public abstract void StartJob(AWsJob job);
 289
 290   /**
 291    * process the set of AWsJob objects into a set of results, and tidy up.
 292    */
 293   public abstract void parseResult();
 294
 295   /**
 296    * helper function to conserve dataset references to sequence objects returned
 297    * from web services 1. Propagates AlCodonFrame data from
 298    * <code>codonframe</code> to <code>al</code> TODO: refactor to datamodel
 299    *
 300    * @param al
 301    */
 302   public void propagateDatasetMappings(Alignment al)
 303   {
 304     if (codonframe != null)
 305     {
 306       SequenceI[] alignment = al.getSequencesArray();
 307       for (int sq = 0; sq < alignment.length; sq++)
 308       {
 309         for (AlignedCodonFrame acf : codonframe)
 310         {
 311           final SequenceI seq = alignment[sq];
 312           if (acf != null && acf.involvesSequence(seq))
 313           {
 314             al.addCodonFrame(acf);
 315             break;
 316           }
 317         }
 318       }
 319     }
 320   }
 321
 322   public AWSThread(ThreadGroup group, Runnable target, String name,
 323           long stackSize)
 324   {
 325     super(group, target, name, stackSize);
 326   }
 327
 328   /**
 329    *
 330    * @return gap character to use for any alignment generation
 331    */
 332   public char getGapChar()
 333   {
 334     return defGapChar;
 335   }
 336
 337   /**
 338    *
 339    * @param alignFrame
 340    *          reference for copying mappings across
 341    * @param wsInfo
 342    *          gui attachment point
 343    * @param input
 344    *          input data for the calculation
 345    * @param webServiceName
 346    *          name of service
 347    * @param wsUrl
 348    *          url of the service being invoked
 349    */
 350   public AWSThread(AlignFrame alignFrame, WebserviceInfo wsinfo,
 351           AlignmentView input, String webServiceName, String wsUrl)
 352   {
 353     this(alignFrame, wsinfo, input, wsUrl);
 354     WebServiceName = webServiceName;
 355   }
 356
 357   /**
 358    * Extracts additional info from alignment view's context.
 359    *
 360    * @param alframe
 361    *          - reference for copying mappings and display styles across
 362    * @param wsinfo2
 363    *          - gui attachment point - may be null
 364    * @param alview
 365    *          - input data for the calculation
 366    * @param wsurl2
 367    *          - url of the service being invoked
 368    */
 369   public AWSThread(AlignFrame alframe, WebserviceInfo wsinfo2,
 370           AlignmentView alview, String wsurl2)
 371   {
 372     super();
 373     this.alignFrame = alframe;
 374     currentView = alframe.getCurrentView().getAlignment();
 375     featureSettings = alframe.getFeatureRenderer().getSettings();
 376     defGapChar = alframe.getViewport().getGapCharacter();
 377     this.wsInfo = wsinfo2;
 378     this.input = alview;
 379     WsUrl = wsurl2;
 380     if (alframe != null)
 381     {
 382       List<AlignedCodonFrame> cf = alframe.getViewport().getAlignment()
 383               .getCodonFrames();
 384       if (cf != null)
 385       {
 386         codonframe = new ArrayList<AlignedCodonFrame>();
 387         codonframe.addAll(cf);
 388       }
 389     }
 390   }
 391
 392   protected AlignFrame getRequestingAlignFrame()
 393   {
 394     return this.alignFrame;
 395   }
 396 }