src/jalview/ws/DasSequenceFeatureFetcher.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.net.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 \r
  26 import org.biojava.dasobert.das.*;\r
  27 import org.biojava.dasobert.das2.*;\r
  28 import org.biojava.dasobert.das2.io.*;\r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import org.biojava.dasobert.eventmodel.*;\r
  31 import jalview.bin.Cache;\r
  32 import jalview.datamodel.*;\r
  33 import jalview.gui.*;\r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class DasSequenceFeatureFetcher\r
  42 {\r
  43   SequenceI[] sequences;\r
  44 \r
  45   AlignFrame af;\r
  46 \r
  47   FeatureSettings fsettings;\r
  48 \r
  49   StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
  50 \r
  51   Vector selectedSources;\r
  52 \r
  53   boolean cancelled = false;\r
  54   private void debug(String mesg)\r
  55   {\r
  56     debug(mesg, null);\r
  57   }\r
  58   private void debug(String mesg, Exception e)\r
  59   {\r
  60     if (Cache.log!=null)\r
  61     {\r
  62       Cache.log.debug(mesg, e);\r
  63     } else {\r
  64       System.err.println(mesg);\r
  65       if (e!=null)\r
  66       { \r
  67         e.printStackTrace(); \r
  68       }\r
  69     }\r
  70   }\r
  71   long startTime;\r
  72 \r
  73   /**\r
  74    * Creates a new SequenceFeatureFetcher object.\r
  75    * Uses default\r
  76    *\r
  77    * @param align DOCUMENT ME!\r
  78    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  79    */\r
  80   public DasSequenceFeatureFetcher(SequenceI[] sequences,\r
  81           FeatureSettings fsettings, Vector selectedSources)\r
  82   {\r
  83     this(sequences, fsettings, selectedSources, true, true);\r
  84   }\r
  85   public DasSequenceFeatureFetcher(SequenceI[] sequences,\r
  86           FeatureSettings fsettings, Vector selectedSources, boolean checkDbrefs, boolean promptFetchDbrefs)\r
  87   {\r
  88     this.selectedSources = selectedSources;\r
  89     this.sequences = sequences;\r
  90     if (fsettings!=null)\r
  91     {\r
  92       this.fsettings = fsettings;\r
  93       this.af = fsettings.af;\r
  94       af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);\r
  95     }\r
  96     int uniprotCount = 0;\r
  97     for (int i = 0; i < selectedSources.size(); i++)\r
  98     {\r
  99       DasSource source = (DasSource) selectedSources.elementAt(i);\r
 100       DasCoordinateSystem[] coords = source.getCoordinateSystem();\r
 101       for (int c = 0; c < coords.length; c++)\r
 102       {\r
 103         // TODO: match UniProt coord system canonically (?) - does UniProt==uniprot==UNIPROT ? \r
 104         if (coords[c].getName().indexOf("UniProt") > -1)\r
 105         {\r
 106           uniprotCount++;\r
 107           break;\r
 108         }\r
 109       }\r
 110     }\r
 111 \r
 112     int refCount = 0;\r
 113     for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
 114     {\r
 115       DBRefEntry[] dbref = sequences[i].getDBRef();\r
 116       if (dbref != null)\r
 117       {\r
 118         for (int j = 0; j < dbref.length; j++)\r
 119         {\r
 120           if (dbref[j].getSource().equals(\r
 121                   jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT))\r
 122           {\r
 123             refCount++;\r
 124             break;\r
 125           }\r
 126         }\r
 127       }\r
 128     }\r
 129 \r
 130     if (checkDbrefs && refCount < sequences.length && uniprotCount > 0)\r
 131     {\r
 132 \r
 133       int reply = JOptionPane.YES_OPTION;\r
 134       if (promptFetchDbrefs)\r
 135       {\r
 136         reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 137              "Do you want Jalview to find\n"\r
 138                       + "Uniprot Accession ids for given sequence names?",\r
 139               "Find Uniprot Accession Ids", JOptionPane.YES_NO_OPTION,\r
 140               JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 141       }\r
 142               \r
 143 \r
 144       if (reply == JOptionPane.YES_OPTION)\r
 145       {\r
 146         Thread thread = new Thread(new FetchDBRefs());\r
 147         thread.start();\r
 148       }\r
 149       else\r
 150       {\r
 151         startFetching();\r
 152       }\r
 153     }\r
 154     else\r
 155     {\r
 156       startFetching();\r
 157     }\r
 158 \r
 159   }\r
 160 \r
 161   class FetchDBRefs implements Runnable\r
 162   {\r
 163     public void run()\r
 164     {\r
 165       new DBRefFetcher(sequences, af).fetchDBRefs(true);\r
 166       startFetching();\r
 167     }\r
 168   }\r
 169 \r
 170   /**\r
 171    * Spawns a number of dasobert Fetcher threads to add features to sequences in the dataset\r
 172    */\r
 173   void startFetching()\r
 174   {\r
 175     cancelled = false;\r
 176     startTime = System.currentTimeMillis();\r
 177     if (af!=null)\r
 178     {\r
 179       af.setProgressBar("Fetching DAS Sequence Features", startTime);\r
 180     }\r
 181 \r
 182     DasSource[] sources = new jalview.gui.DasSourceBrowser().getDASSource();\r
 183 \r
 184     if (selectedSources == null || selectedSources.size() == 0)\r
 185     {\r
 186       String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 187               "uniprot");\r
 188       StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 189       Vector selectedSources = new Vector();\r
 190       String token;\r
 191       while (st.hasMoreTokens())\r
 192       {\r
 193         token = st.nextToken();\r
 194         for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 195         {\r
 196           if (sources[i].getNickname().equals(token))\r
 197           {\r
 198             selectedSources.addElement(sources[i]);\r
 199             break;\r
 200           }\r
 201         }\r
 202       }\r
 203     }\r
 204 \r
 205     if (selectedSources == null || selectedSources.size() == 0)\r
 206     {\r
 207       System.out.println("No DAS Sources active");\r
 208       cancelled = true;\r
 209       setGuiNoDassourceActive();\r
 210       return;\r
 211     }\r
 212 \r
 213     sourcesRemaining = selectedSources.size();\r
 214     //Now sending requests one at a time to each server\r
 215     for (int sourceIndex = 0; sourceIndex < selectedSources.size()\r
 216             && !cancelled; sourceIndex++)\r
 217     {\r
 218       DasSource dasSource = (DasSource) selectedSources\r
 219               .elementAt(sourceIndex);\r
 220 \r
 221       nextSequence(dasSource, sequences[0]);\r
 222     }\r
 223   }\r
 224 \r
 225   private void setGuiNoDassourceActive()\r
 226   {\r
 227 \r
 228     if (af!=null)\r
 229     {\r
 230       af.setProgressBar("No DAS Sources Active", startTime);\r
 231     }\r
 232     if (getFeatSettings()!=null)\r
 233     {\r
 234       fsettings.noDasSourceActive();\r
 235      }\r
 236   }\r
 237 \r
 238   /**\r
 239    * Update our fsettings dialog reference if we didn't have one when we were first initialised.\r
 240    * @return fsettings\r
 241    */\r
 242   private FeatureSettings getFeatSettings()\r
 243   {\r
 244     if (fsettings == null)\r
 245     {\r
 246       if (af != null)\r
 247       {\r
 248         fsettings = af.featureSettings;\r
 249       }\r
 250     }\r
 251     return fsettings;\r
 252   }\r
 253 \r
 254   public void cancel()\r
 255   {\r
 256     if (af!=null)\r
 257     {\r
 258       af.setProgressBar("DAS Feature Fetching Cancelled", startTime);\r
 259     }\r
 260     cancelled = true;\r
 261   }\r
 262 \r
 263   int sourcesRemaining = 0;\r
 264 \r
 265   void responseComplete(DasSource dasSource, SequenceI seq)\r
 266   {\r
 267     if (seq != null)\r
 268     {\r
 269       for (int seqIndex = 0; seqIndex < sequences.length - 1 && !cancelled; seqIndex++)\r
 270       {\r
 271         if (sequences[seqIndex] == seq)\r
 272         {\r
 273           nextSequence(dasSource, sequences[++seqIndex]);\r
 274           return;\r
 275         }\r
 276       }\r
 277     }\r
 278 \r
 279     sourcesRemaining--;\r
 280 \r
 281     if (sourcesRemaining == 0)\r
 282     {\r
 283       System.err.println("Fetching Complete.");\r
 284       setGuiFetchComplete();\r
 285     }\r
 286 \r
 287   }\r
 288 \r
 289   private void setGuiFetchComplete()\r
 290   {\r
 291 \r
 292     if (af != null)\r
 293     {\r
 294       af.setProgressBar("DAS Feature Fetching Complete", startTime);\r
 295     }\r
 296 \r
 297     if (af != null && af.featureSettings != null)\r
 298     {\r
 299       af.featureSettings.setTableData();\r
 300     }\r
 301 \r
 302     if (getFeatSettings() != null)\r
 303     {\r
 304       fsettings.complete();\r
 305     }\r
 306   }\r
 307 \r
 308   void featuresAdded(SequenceI seq)\r
 309   {\r
 310     if (af==null)\r
 311     {\r
 312       // no gui to update with features.\r
 313       return;\r
 314     }\r
 315     af.getFeatureRenderer().featuresAdded();\r
 316 \r
 317     int start = af.getViewport().getStartSeq();\r
 318     int end = af.getViewport().getEndSeq();\r
 319     int index;\r
 320     for (index = start; index < end; index++)\r
 321     {\r
 322       if (seq == af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(index)\r
 323               .getDatasetSequence())\r
 324       {\r
 325         af.alignPanel.paintAlignment(true);\r
 326         break;\r
 327       }\r
 328     }\r
 329   }\r
 330 \r
 331   void nextSequence(DasSource dasSource, SequenceI seq)\r
 332   {\r
 333     if (cancelled)\r
 334       return;\r
 335     DBRefEntry[] uprefs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(\r
 336             seq.getDBRef(), new String[]\r
 337             {\r
 338             //  jalview.datamodel.DBRefSource.PDB,\r
 339             jalview.datamodel.DBRefSource.UNIPROT,\r
 340             //  jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL - not tested on any EMBL coord sys sources\r
 341             });\r
 342     // TODO: minimal list of DAS queries to make by querying with untyped ID if distinct from any typed IDs\r
 343 \r
 344     boolean dasCoordSysFound = false;\r
 345 \r
 346     if (uprefs != null)\r
 347     {\r
 348       // do any of these ids match the source's coordinate system ?\r
 349       for (int j = 0; !dasCoordSysFound && j < uprefs.length; j++)\r
 350       {\r
 351         DasCoordinateSystem cs[] = dasSource.getCoordinateSystem();\r
 352 \r
 353         for (int csIndex = 0; csIndex < cs.length && !dasCoordSysFound; csIndex++)\r
 354         {\r
 355           if (cs.length > 0\r
 356                   && jalview.util.DBRefUtils.isDasCoordinateSystem(\r
 357                           cs[csIndex].getName(), uprefs[j]))\r
 358           {\r
 359             debug("Launched fetcher for coordinate system "\r
 360                     + cs[0].getName());\r
 361             //  Will have to pass any mapping information to the fetcher\r
 362             //- the start/end for the DBRefEntry may not be the same as the sequence's start/end\r
 363 \r
 364             System.out.println(seq.getName() + " "\r
 365                     + (seq.getDatasetSequence() == null) + " "\r
 366                     + dasSource.getUrl());\r
 367 \r
 368             dasCoordSysFound = true; // break's out of the loop\r
 369             createFeatureFetcher(seq, dasSource, uprefs[j]);\r
 370           }\r
 371           else\r
 372             System.out.println("IGNORE " + cs[csIndex].getName());\r
 373         }\r
 374       }\r
 375     }\r
 376 \r
 377     if (!dasCoordSysFound)\r
 378     {\r
 379       String id = null;\r
 380       // try and use the name as the sequence id\r
 381       if (seq.getName().indexOf("|") > -1)\r
 382       {\r
 383         id = seq.getName().substring(seq.getName().lastIndexOf("|") + 1);\r
 384         if (id.trim().length()<4)\r
 385         {\r
 386           // hack - we regard a significant ID as being at least 4 non-whitespace characters\r
 387           id = seq.getName().substring(0, seq.getName().lastIndexOf("|"));\r
 388           if (id.indexOf("|")>-1)\r
 389           {\r
 390             id = id.substring(id.lastIndexOf("|")+1);\r
 391           }\r
 392         }\r
 393       }\r
 394       else\r
 395       {\r
 396         id = seq.getName();\r
 397       }\r
 398       if (id != null)\r
 399       {\r
 400         // Should try to call a general feature fetcher that\r
 401         // queries many sources with name to discover applicable ID references\r
 402         createFeatureFetcher(seq, dasSource, id);\r
 403       }\r
 404     }\r
 405 \r
 406   }\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * fetch and add das features to a sequence using the given source URL and compatible DbRef id.\r
 410    * new features are mapped using the DbRef mapping to the local coordinate system.\r
 411    * @param seq\r
 412    * @param SourceUrl\r
 413    * @param dbref\r
 414    */\r
 415   protected void createFeatureFetcher(final SequenceI seq,\r
 416           final DasSource dasSource, final DBRefEntry dbref)\r
 417   {\r
 418 \r
 419     //////////////\r
 420     /// fetch DAS features\r
 421     final Das1Source source = new Das1Source();\r
 422     source.setUrl(dasSource.getUrl());\r
 423     source.setNickname(dasSource.getNickname());\r
 424     if (dbref == null || dbref.getAccessionId() == null\r
 425             || dbref.getAccessionId().length() < 1)\r
 426     {\r
 427       responseComplete(dasSource, seq); // reduce thread count anyhow\r
 428       return;\r
 429     }\r
 430     debug("new Das Feature Fetcher for " + dbref.getSource()\r
 431             + ":" + dbref.getAccessionId() + " querying "\r
 432             + dasSource.getUrl());\r
 433     FeatureThread fetcher = new FeatureThread(dbref.getAccessionId()\r
 434     //  +  ":" + start + "," + end,\r
 435             , source);\r
 436 \r
 437     fetcher.addFeatureListener(new FeatureListener()\r
 438     {\r
 439       public void comeBackLater(FeatureEvent e)\r
 440       {\r
 441         responseComplete(dasSource, seq);\r
 442         debug("das source " + e.getSource().getNickname()\r
 443                 + " asked us to come back in " + e.getComeBackLater()\r
 444                 + " secs.");\r
 445       }\r
 446 \r
 447       public void newFeatures(FeatureEvent e)\r
 448       {\r
 449 \r
 450         Das1Source ds = e.getSource();\r
 451 \r
 452         Map[] features = e.getFeatures();\r
 453         // add features to sequence\r
 454         debug("das source " + ds.getUrl() + " returned "\r
 455                 + features.length + " features");\r
 456 \r
 457         if (features.length > 0)\r
 458         {\r
 459           for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 460           {\r
 461             SequenceFeature f = newSequenceFeature(features[i], source\r
 462                     .getNickname());\r
 463             if (dbref.getMap() != null && f.getBegin() > 0\r
 464                     && f.getEnd() > 0)\r
 465             {\r
 466               debug("mapping from " + f.getBegin() + " - "\r
 467                       + f.getEnd());\r
 468               SequenceFeature vf[] = null;\r
 469 \r
 470               try\r
 471               {\r
 472                 vf = dbref.getMap().locateFeature(f);\r
 473               } catch (Exception ex)\r
 474               {\r
 475                 Cache.log\r
 476                         .info("Error in 'experimental' mapping of features. Please try to reproduce and then report info to help@jalview.org.");\r
 477                 Cache.log.info("Mapping feature from " + f.getBegin()\r
 478                         + " to " + f.getEnd() + " in dbref "\r
 479                         + dbref.getAccessionId() + " in "\r
 480                         + dbref.getSource());\r
 481                 Cache.log.info("using das Source " + ds.getUrl());\r
 482                 Cache.log.info("Exception", ex);\r
 483               }\r
 484 \r
 485               if (vf != null)\r
 486               {\r
 487                 for (int v = 0; v < vf.length; v++)\r
 488                 {\r
 489                   debug("mapping to " + v + ": "\r
 490                           + vf[v].getBegin() + " - " + vf[v].getEnd());\r
 491                   seq.addSequenceFeature(vf[v]);\r
 492                 }\r
 493               }\r
 494             }\r
 495             else\r
 496             {\r
 497               seq.addSequenceFeature(f);\r
 498             }\r
 499           }\r
 500 \r
 501           featuresAdded(seq);\r
 502         }\r
 503         else\r
 504         {\r
 505           //  System.out.println("No features found for " + seq.getName()\r
 506           //                     + " from: " + e.getDasSource().getNickname());\r
 507         }\r
 508         responseComplete(dasSource, seq);\r
 509 \r
 510       }\r
 511     }\r
 512 \r
 513     );\r
 514 \r
 515     fetcher.start();\r
 516   }\r
 517 \r
 518   protected void createFeatureFetcher(final SequenceI seq,\r
 519           final DasSource dasSource, String id)\r
 520   {\r
 521     //////////////\r
 522     /// fetch DAS features\r
 523     final Das1Source source = new Das1Source();\r
 524     source.setUrl(dasSource.getUrl());\r
 525     source.setNickname(dasSource.getNickname());\r
 526     \r
 527     if (id!=null)\r
 528     {\r
 529       id = id.trim();\r
 530     }\r
 531     if (id != null && id.length() > 0)\r
 532     {\r
 533       debug("new Das Feature Fetcher for " + id + " querying "\r
 534               + dasSource.getUrl());\r
 535       FeatureThread fetcher = new FeatureThread(id\r
 536       //  +  ":" + start + "," + end,\r
 537               , source);\r
 538 \r
 539       fetcher.addFeatureListener(new FeatureListener()\r
 540       {\r
 541         public void comeBackLater(FeatureEvent e)\r
 542         {\r
 543           responseComplete(dasSource, seq);\r
 544           debug("das source " + e.getSource().getNickname()\r
 545                   + " asked us to come back in " + e.getComeBackLater()\r
 546                   + " secs.");\r
 547         }\r
 548 \r
 549         public void newFeatures(FeatureEvent e)\r
 550         {\r
 551 \r
 552           Das1Source ds = e.getSource();\r
 553 \r
 554           Map[] features = e.getFeatures();\r
 555           // add features to sequence\r
 556           debug("das source " + ds.getUrl() + " returned "\r
 557                   + features.length + " features");\r
 558 \r
 559           if (features.length > 0)\r
 560           {\r
 561             for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 562             {\r
 563               SequenceFeature f = newSequenceFeature(features[i], source\r
 564                       .getNickname());\r
 565 \r
 566               seq.addSequenceFeature(f);\r
 567             }\r
 568 \r
 569             featuresAdded(seq);\r
 570           }\r
 571           else\r
 572           {\r
 573             //  System.out.println("No features found for " + seq.getName()\r
 574             //                     + " from: " + e.getDasSource().getNickname());\r
 575           }\r
 576           responseComplete(dasSource, seq);\r
 577 \r
 578         }\r
 579       }\r
 580 \r
 581       );\r
 582 \r
 583       fetcher.start();\r
 584     } else {\r
 585       // invalid fetch - indicate it is finished.\r
 586       debug("Skipping empty ID for querying "\r
 587               + dasSource.getUrl());\r
 588       responseComplete(dasSource, seq);\r
 589     }\r
 590   }\r
 591 \r
 592   /**\r
 593    * creates a jalview sequence feature from a das feature document\r
 594    * @param dasfeature\r
 595    * @return sequence feature object created using dasfeature information\r
 596    */\r
 597   SequenceFeature newSequenceFeature(Map dasfeature, String nickname)\r
 598   {\r
 599     if (dasfeature == null)\r
 600     {\r
 601       return null;\r
 602     }\r
 603     try\r
 604     {\r
 605       /**\r
 606        * Different qNames for a DAS Feature - are string keys to the HashMaps in features\r
 607        * "METHOD") ||\r
 608                   qName.equals("TYPE") ||\r
 609                   qName.equals("START") ||\r
 610                   qName.equals("END") ||\r
 611                   qName.equals("NOTE") ||\r
 612                   qName.equals("LINK") ||\r
 613                   qName.equals("SCORE")\r
 614        */\r
 615       String desc = new String();\r
 616       if (dasfeature.containsKey("NOTE"))\r
 617       {\r
 618         desc += (String) dasfeature.get("NOTE");\r
 619       }\r
 620 \r
 621       int start = 0, end = 0;\r
 622       float score = 0f;\r
 623 \r
 624       try\r
 625       {\r
 626         start = Integer.parseInt(dasfeature.get("START").toString());\r
 627       } catch (Exception ex)\r
 628       {\r
 629       }\r
 630       try\r
 631       {\r
 632         end = Integer.parseInt(dasfeature.get("END").toString());\r
 633       } catch (Exception ex)\r
 634       {\r
 635       }\r
 636       try\r
 637       {\r
 638         score = Integer.parseInt(dasfeature.get("SCORE").toString());\r
 639       } catch (Exception ex)\r
 640       {\r
 641       }\r
 642 \r
 643       SequenceFeature f = new SequenceFeature((String) dasfeature\r
 644               .get("TYPE"), desc, start, end, score, nickname);\r
 645 \r
 646       if (dasfeature.containsKey("LINK"))\r
 647       {\r
 648         f.addLink(f.getType() + " " + f.begin + "_" + f.end + "|"\r
 649                 + dasfeature.get("LINK"));\r
 650       }\r
 651 \r
 652       return f;\r
 653     } catch (Exception e)\r
 654     {\r
 655       System.out.println("ERRR " + e);\r
 656       e.printStackTrace();\r
 657       System.out.println("############");\r
 658       debug("Failed to parse " + dasfeature.toString(), e);\r
 659       return null;\r
 660     }\r
 661   }\r
 662   /**\r
 663    * query the default DAS Source Registry for sources.\r
 664    * Uses value of jalview property DAS_REGISTRY_URL and the DasSourceBrowser.DEFAULT_REGISTRY if that doesn't exist. \r
 665    * @return list of sources\r
 666    */\r
 667   public static DasSource[] getDASSources()\r
 668   {\r
 669 \r
 670     String registryURL = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
 671             DasSourceBrowser.DEFAULT_REGISTRY);\r
 672     return getDASSources(registryURL);\r
 673   }\r
 674   /**\r
 675    * query the given URL for DasSources.\r
 676    * @param registryURL\r
 677    * return sources from registryURL\r
 678    */\r
 679   public static DasSource[] getDASSources(String registryURL)\r
 680   {\r
 681     DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();\r
 682 \r
 683     try\r
 684     {\r
 685       URL url = new URL(registryURL);\r
 686 \r
 687       DasSource[] sources = reader.readDasSource(url);\r
 688 \r
 689       List das1sources = new ArrayList();\r
 690       for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 691       {\r
 692         DasSource ds = sources[i];\r
 693         if (ds instanceof Das2Source)\r
 694         {\r
 695           Das2Source d2s = (Das2Source) ds;\r
 696           if (d2s.hasDas1Capabilities())\r
 697           {\r
 698             Das1Source d1s = DasSourceConverter.toDas1Source(d2s);\r
 699             das1sources.add(d1s);\r
 700           }\r
 701 \r
 702         }\r
 703         else if (ds instanceof Das1Source)\r
 704         {\r
 705           das1sources.add((Das1Source) ds);\r
 706         }\r
 707       }\r
 708 \r
 709       return (Das1Source[]) das1sources.toArray(new Das1Source[das1sources\r
 710               .size()]);\r
 711     } catch (Exception ex)\r
 712     {\r
 713       ex.printStackTrace();\r
 714       return null;\r
 715     }\r
 716   }\r
 717 \r
 718 }\r