src/jalview/ws/JPredThread.java

   1 package jalview.ws;\r
   2 \r
   3 import java.util.*;\r
   4 \r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import jalview.bin.*;\r
   7 import jalview.datamodel.*;\r
   8 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   9 import jalview.gui.*;\r
  10 import jalview.io.*;\r
  11 import jalview.util.*;\r
  12 import vamsas.objects.simple.JpredResult;\r
  13 \r
  14 class JPredThread\r
  15     extends WSThread implements WSClientI\r
  16 {\r
  17   // TODO: put mapping between JPredJob input and input data here - JNetAnnotation adding is done after result parsing.\r
  18   class JPredJob\r
  19       extends WSThread.WSJob\r
  20   {\r
  21     // TODO: make JPredJob deal only with what was sent to and received from a JNet service\r
  22     int[] predMap = null; // mapping from sequence(i) to the original sequence(predMap[i]) being predicted on\r
  23     vamsas.objects.simple.Sequence sequence;\r
  24     vamsas.objects.simple.Msfalignment msa;\r
  25     java.util.Hashtable SequenceInfo = null;\r
  26     int msaIndex = 0; // the position of the original sequence in the array of Sequences in the input object that this job holds a prediction for\r
  27     /**\r
  28      *\r
  29      * @return true if getResultSet will return a valid alignment and prediction result.\r
  30      */\r
  31     public boolean hasResults()\r
  32     {\r
  33       if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
  34           && ( (JpredResult) result).getPredfile() != null &&\r
  35           ( (JpredResult) result).getAligfile() != null)\r
  36       {\r
  37         return true;\r
  38       }\r
  39       return false;\r
  40     }\r
  41 \r
  42     boolean hasValidInput()\r
  43     {\r
  44       if (sequence != null)\r
  45       {\r
  46         return true;\r
  47       }\r
  48       return false;\r
  49     }\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      *\r
  53      * @return null or Object[] { annotated alignment for this prediction, ColumnSelection for this prediction} or null if no results available.\r
  54      * @throws Exception\r
  55      */\r
  56     public Object[] getResultSet()\r
  57         throws Exception\r
  58     {\r
  59       if (result == null || !result.isFinished())\r
  60       {\r
  61         return null;\r
  62       }\r
  63       Alignment al = null;\r
  64       ColumnSelection alcsel = null;\r
  65       int FirstSeq = -1; // the position of the query sequence in Alignment al\r
  66 \r
  67       JpredResult result = (JpredResult)this.result;\r
  68 \r
  69       jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output from JNet job.");\r
  70       // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
  71       jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result.\r
  72           getPredfile(),\r
  73           "Paste");\r
  74       SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
  75       jalview.bin.Cache.log.debug("Got prediction profile.");\r
  76 \r
  77       if ( (this.msa != null) && (result.getAligfile() != null))\r
  78       {\r
  79         jalview.bin.Cache.log.debug("Getting associated alignment.");\r
  80         // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single sequence\r
  81         String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(result.\r
  82             getAligfile(),\r
  83             "Paste");\r
  84 \r
  85         if (jalview.io.FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
  86         {\r
  87           SequenceI sqs[];\r
  88           if (predMap != null)\r
  89           {\r
  90             Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(\r
  91                 alignFrame.getViewport().getGapCharacter());\r
  92             sqs = (SequenceI[]) alandcolsel[0];\r
  93             al = new Alignment(sqs);\r
  94             alcsel = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
  95           }\r
  96           else\r
  97           {\r
  98             al = new FormatAdapter().readFile(result.getAligfile(),\r
  99                                               "Paste", format);\r
 100             sqs = new SequenceI[al.getHeight()];\r
 101 \r
 102             for (int i = 0, j = al.getHeight(); i < j; i++)\r
 103             {\r
 104               sqs[i] = al.getSequenceAt(i);\r
 105             }\r
 106             if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify( (Hashtable)\r
 107                 SequenceInfo, sqs))\r
 108             {\r
 109               throw (new Exception(\r
 110                   "Couldn't recover sequence properties for alignment."));\r
 111             }\r
 112           }\r
 113           FirstSeq = 0;\r
 114           al.setDataset(null);\r
 115 \r
 116           jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,\r
 117               FirstSeq,\r
 118               false, predMap);\r
 119 \r
 120         }\r
 121         else\r
 122         {\r
 123           throw (new Exception(\r
 124               "Unknown format " + format + " for file : \n" +\r
 125               result.getAligfile()));\r
 126         }\r
 127       }\r
 128       else\r
 129       {\r
 130         al = new Alignment(preds);\r
 131         FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();\r
 132         if (predMap != null)\r
 133         {\r
 134           char gc = alignFrame.getViewport().getGapCharacter();\r
 135           SequenceI[] sqs = (SequenceI[]) ( (java.lang.Object[]) input.\r
 136                                            getAlignmentAndColumnSelection(gc))[\r
 137               0];\r
 138           if (this.msaIndex >= sqs.length)\r
 139           {\r
 140             throw new Error("Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!");\r
 141           }\r
 142 \r
 143           /////\r
 144           //Uses RemoveGapsCommand\r
 145           /////\r
 146           new jalview.commands.RemoveGapsCommand("Remove Gaps",\r
 147                                                  new SequenceI[]\r
 148                                                  {sqs[msaIndex]},\r
 149                                                  alignFrame.getCurrentView().\r
 150                                                  getAlignment());\r
 151 \r
 152           SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(FirstSeq);\r
 153           profileseq.setSequence(sqs[msaIndex].getSequenceAsString());\r
 154         }\r
 155 \r
 156         if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(\r
 157             al.getSequenceAt(FirstSeq), SequenceInfo))\r
 158         {\r
 159           throw (new Exception(\r
 160               "Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!"));\r
 161         }\r
 162         else\r
 163         {\r
 164           al.setDataset(null);\r
 165           jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,\r
 166               FirstSeq,\r
 167               true, predMap);\r
 168           SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(0); // this includes any gaps.\r
 169           alignToProfileSeq(al, profileseq);\r
 170           if (predMap != null)\r
 171           {\r
 172             // Adjust input view for gaps\r
 173             // propagate insertions into profile\r
 174             alcsel = propagateInsertions(profileseq, al, input);\r
 175           }\r
 176         }\r
 177       }\r
 178       return new Object[]\r
 179           {\r
 180           al, alcsel}; // , FirstSeq, noMsa};\r
 181     }\r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * Given an alignment where all other sequences except profileseq are aligned to the ungapped profileseq, insert gaps in the other sequences to realign them with the residues in profileseq\r
 185      * @param al\r
 186      * @param profileseq\r
 187      */\r
 188     private void alignToProfileSeq(Alignment al, SequenceI profileseq)\r
 189     {\r
 190       char gc = al.getGapCharacter();\r
 191       int[] gapMap = profileseq.gapMap();\r
 192       // insert gaps into profile\r
 193       for (int lp = 0, r = 0; r < gapMap.length; r++)\r
 194       {\r
 195         if (gapMap[r] - lp > 1)\r
 196         {\r
 197           StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 198           for (int s = 0, ns = gapMap[r] - lp; s < ns; s++)\r
 199           {\r
 200             sb.append(gc);\r
 201           }\r
 202           for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
 203           {\r
 204             String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
 205             int diff = gapMap[r] - sq.length();\r
 206             if (diff > 0)\r
 207             {\r
 208               // pad gaps\r
 209               sq = sq + sb;\r
 210               while ( (diff = gapMap[r] - sq.length()) > 0)\r
 211               {\r
 212                 sq = sq +\r
 213                     ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() :\r
 214                      sb.substring(0, diff));\r
 215               }\r
 216               al.getSequenceAt(s).setSequence(sq);\r
 217             }\r
 218             else\r
 219             {\r
 220               al.getSequenceAt(s).setSequence(sq.substring(0, gapMap[r]) +\r
 221                                               sb.toString() +\r
 222                                               sq.substring(gapMap[r]));\r
 223             }\r
 224           }\r
 225         }\r
 226         lp = gapMap[r];\r
 227       }\r
 228     }\r
 229 \r
 230     /**\r
 231      * Add gaps into the sequences aligned to profileseq under the given AlignmentView\r
 232      * @param profileseq\r
 233      * @param al\r
 234      * @param input\r
 235      */\r
 236     private ColumnSelection propagateInsertions(SequenceI profileseq,\r
 237                                                 Alignment al,\r
 238                                                 AlignmentView input)\r
 239     {\r
 240       char gc = al.getGapCharacter();\r
 241       Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(gc);\r
 242       ColumnSelection nview = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
 243       SequenceI origseq;\r
 244       nview.pruneDeletions(ShiftList.parseMap( (origseq = ( (SequenceI[])\r
 245           alandcolsel[0])[0]).gapMap())); // recover original prediction sequence's mapping to view.\r
 246       int[] viscontigs = nview.getVisibleContigs(0, profileseq.getLength());\r
 247       int spos = 0;\r
 248       int offset = 0;\r
 249       //  input.pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[]) alandcolsel[0])[0].gapMap()))\r
 250       // add profile to visible contigs\r
 251       for (int v = 0; v < viscontigs.length; v += 2)\r
 252       {\r
 253         if (viscontigs[v] > spos)\r
 254         {\r
 255           StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 256           for (int s = 0, ns = viscontigs[v] - spos; s < ns; s++)\r
 257           {\r
 258             sb.append(gc);\r
 259           }\r
 260           for (int s = 0, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
 261           {\r
 262             SequenceI sqobj = al.getSequenceAt(s);\r
 263             if (sqobj != profileseq)\r
 264             {\r
 265               String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
 266               if (sq.length() <= spos + offset)\r
 267               {\r
 268                 // pad sequence\r
 269                 int diff = spos + offset - sq.length() - 1;\r
 270                 if (diff > 0)\r
 271                 {\r
 272                   // pad gaps\r
 273                   sq = sq + sb;\r
 274                   while ( (diff = spos + offset - sq.length() - 1) > 0)\r
 275                   {\r
 276                     sq = sq +\r
 277                         ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() :\r
 278                          sb.substring(0, diff));\r
 279                   }\r
 280                 }\r
 281                 sq += sb.toString();\r
 282               }\r
 283               else\r
 284               {\r
 285                 al.getSequenceAt(s).setSequence(sq.substring(0, spos + offset) +\r
 286                                                 sb.toString() +\r
 287                                                 sq.substring(spos + offset));\r
 288               }\r
 289             }\r
 290           }\r
 291           //offset+=sb.length();\r
 292         }\r
 293         spos = viscontigs[v + 1] + 1;\r
 294       }\r
 295       if ( (offset + spos) < profileseq.getLength())\r
 296       {\r
 297         StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 298         for (int s = 0, ns = profileseq.getLength() - spos - offset; s < ns; s++)\r
 299         {\r
 300           sb.append(gc);\r
 301         }\r
 302         for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
 303         {\r
 304           String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
 305           // pad sequence\r
 306           int diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
 307           while (diff > 0)\r
 308           {\r
 309             sq = sq +\r
 310                 ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb.substring(0, diff));\r
 311             diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
 312           }\r
 313         }\r
 314       }\r
 315       return nview;\r
 316     }\r
 317 \r
 318     public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq, int[] delMap)\r
 319     {\r
 320       super();\r
 321       this.predMap = delMap;\r
 322       String sq = AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars,\r
 323                                        seq.getSequenceAsString());\r
 324       if (sq.length() >= 20)\r
 325       {\r
 326         this.SequenceInfo = SequenceInfo;\r
 327         sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 328         sequence.setId(seq.getName());\r
 329         sequence.setSeq(sq);\r
 330       }\r
 331     }\r
 332 \r
 333     public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap)\r
 334     {\r
 335       this(SequenceInfo, msf[0], delMap);\r
 336       if (sequence != null)\r
 337       {\r
 338         if (msf.length > 1)\r
 339         {\r
 340           msa = new vamsas.objects.simple.Msfalignment();\r
 341           jalview.io.PileUpfile pileup = new jalview.io.PileUpfile();\r
 342           msa.setMsf(pileup.print(msf));\r
 343         }\r
 344       }\r
 345     }\r
 346   }\r
 347 \r
 348   ext.vamsas.Jpred server;\r
 349   String altitle = "";\r
 350   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
 351               String wsurl, AlignmentView alview, AlignFrame alframe)\r
 352   {\r
 353     super();\r
 354     this.altitle = altitle;\r
 355     this.server = server;\r
 356     this.wsInfo = wsinfo;\r
 357     this.input = alview;\r
 358     this.alignFrame = alframe;\r
 359     WsUrl = wsurl;\r
 360   }\r
 361 \r
 362   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
 363               String wsurl, Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq, int[] delMap,\r
 364               AlignmentView alview, AlignFrame alframe)\r
 365   {\r
 366     this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);\r
 367     JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, seq, delMap);\r
 368     if (job.hasValidInput())\r
 369     {\r
 370       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 371       jobs = new WSJob[]\r
 372           {\r
 373           job};\r
 374       job.jobnum = 0;\r
 375     }\r
 376   }\r
 377 \r
 378   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
 379               Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap,\r
 380               AlignmentView alview, AlignFrame alframe, String wsurl)\r
 381   {\r
 382     this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);\r
 383     JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, msf, delMap);\r
 384     if (job.hasValidInput())\r
 385     {\r
 386       jobs = new WSJob[]\r
 387           {\r
 388           job};\r
 389       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 390       job.jobnum = 0;\r
 391     }\r
 392   }\r
 393 \r
 394   void StartJob(WSJob j)\r
 395   {\r
 396     if (! (j instanceof JPredJob))\r
 397     {\r
 398       throw new Error("Implementation error - StartJob(JpredJob) called on " +\r
 399                       j.getClass());\r
 400     }\r
 401     try\r
 402     {\r
 403       JPredJob job = (JPredJob) j;\r
 404       if (job.msa != null)\r
 405       {\r
 406         job.jobId = server.predictOnMsa(job.msa);\r
 407       }\r
 408       else\r
 409       if (job.sequence != null)\r
 410       {\r
 411         job.jobId = server.predict(job.sequence); // debug like : job.jobId = "/jobs/www-jpred/jp_Yatat29";//\r
 412       }\r
 413 \r
 414       if (job.jobId != null)\r
 415       {\r
 416         if (job.jobId.startsWith("Broken"))\r
 417         {\r
 418           job.result = (vamsas.objects.simple.Result)new JpredResult();\r
 419           job.result.setInvalid(true);\r
 420           job.result.setStatus("Submission " + job.jobId);\r
 421         }\r
 422         else\r
 423         {\r
 424           job.submitted = true;\r
 425           job.subjobComplete = false;\r
 426           Cache.log.info(WsUrl + " Job Id '" + job.jobId + "'");\r
 427         }\r
 428       }\r
 429       else\r
 430       {\r
 431         throw new Exception("Server timed out - try again later\n");\r
 432       }\r
 433     }\r
 434     catch (Exception e)\r
 435     {\r
 436       if (e.getMessage().indexOf("Exception") > -1)\r
 437       {\r
 438         wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 439         wsInfo.setProgressText(j.jobnum,\r
 440                                "Failed to submit the prediction. (Just close the window)\n"\r
 441                                +\r
 442                                "It is most likely that there is a problem with the server.\n");\r
 443         System.err.println(\r
 444             "JPredWS Client: Failed to submit the prediction. Quite possibly because of a server error - see below)\n" +\r
 445             e.getMessage() + "\n");\r
 446 \r
 447         jalview.bin.Cache.log.warn("Server Exception", e);\r
 448       }\r
 449       else\r
 450       {\r
 451         wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 452         // JBPNote - this could be a popup informing the user of the problem.\r
 453         wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
 454                                   "Failed to submit the prediction:\n"\r
 455                                   + e.getMessage() +\r
 456                                   wsInfo.getProgressText());\r
 457 \r
 458         jalview.bin.Cache.log.debug("Failed Submission of job " + j.jobnum, e);\r
 459 \r
 460       }\r
 461       j.allowedServerExceptions = -1;\r
 462       j.subjobComplete = true;\r
 463     }\r
 464   }\r
 465 \r
 466   void parseResult()\r
 467   {\r
 468     int results = 0; // number of result sets received\r
 469     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 470     try\r
 471     {\r
 472       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 473       {\r
 474         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 475         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete && jobs[j].hasResults())\r
 476         {\r
 477           results++;\r
 478         }\r
 479       }\r
 480     }\r
 481     catch (Exception ex)\r
 482     {\r
 483 \r
 484       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for " +\r
 485                       altitle, ex);\r
 486       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 487     }\r
 488     if (results > 0)\r
 489     {\r
 490       wsInfo.showResultsNewFrame\r
 491           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 492       {\r
 493         public void actionPerformed(\r
 494             java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 495         {\r
 496           displayResults(true);\r
 497         }\r
 498       });\r
 499       wsInfo.mergeResults\r
 500           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 501       {\r
 502         public void actionPerformed(\r
 503             java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 504         {\r
 505           displayResults(false);\r
 506         }\r
 507       });\r
 508       wsInfo.setResultsReady();\r
 509     }\r
 510     else\r
 511     {\r
 512       wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 513     }\r
 514   }\r
 515 \r
 516   void displayResults(boolean newWindow)\r
 517   {\r
 518     // TODO: cope with multiple subjobs.\r
 519     if (jobs != null)\r
 520     {\r
 521       Object[] res = null;\r
 522       boolean msa = false;\r
 523       for (int jn = 0; jn < jobs.length; jn++)\r
 524       {\r
 525         Object[] jobres = null;\r
 526         JPredJob j = (JPredJob) jobs[jn];\r
 527 \r
 528         if (j.hasResults())\r
 529         {\r
 530           // hack - we only deal with all single seuqence predictions or all profile predictions\r
 531           msa = (j.msa != null) ? true : msa;\r
 532           try\r
 533           {\r
 534             jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output of job " + jn);\r
 535             jobres = j.getResultSet();\r
 536             jalview.bin.Cache.log.debug("Finished parsing output.");\r
 537             if (jobs.length == 1)\r
 538             {\r
 539               res = jobres;\r
 540             }\r
 541             else\r
 542             {\r
 543               // do merge with other job results\r
 544               throw new Error(\r
 545                   "Multiple JNet subjob merging not yet implemented.");\r
 546             }\r
 547           }\r
 548           catch (Exception e)\r
 549           {\r
 550             jalview.bin.Cache.log.error(\r
 551                 "JNet Client: JPred Annotation Parse Error",\r
 552                 e);\r
 553             wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 554             wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
 555                                       OutputHeader + "\n" +\r
 556                                       j.result.getStatus() +\r
 557                                       "\nInvalid JNet job result data!\n" +\r
 558                                       e.getMessage());\r
 559             j.result.setBroken(true);\r
 560           }\r
 561         }\r
 562       }\r
 563 \r
 564       if (res != null)\r
 565       {\r
 566         if (newWindow)\r
 567         {\r
 568           AlignFrame af;\r
 569           if (input == null)\r
 570           {\r
 571             if (res[1] != null)\r
 572             {\r
 573               af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], (ColumnSelection) res[1],\r
 574                                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 575                                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 576             }\r
 577             else\r
 578             {\r
 579               af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 580                                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 581             }\r
 582           }\r
 583           else\r
 584           {\r
 585             /*java.lang.Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(alignFrame.getViewport().getGapCharacter());\r
 586              if (((SequenceI[])alandcolsel[0])[0].getLength()!=res.getWidth()) {\r
 587               if (msa) {\r
 588                 throw new Error("Implementation Error! ColumnSelection from input alignment will not map to result alignment!");\r
 589               }\r
 590                          }\r
 591                          if (!msa) {\r
 592               // update hidden regions to account for loss of gaps in profile. - if any\r
 593               // gapMap returns insert list, interpreted as delete list by pruneDeletions\r
 594               //((ColumnSelection) alandcolsel[1]).pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[]) alandcolsel[0])[0].gapMap()));\r
 595                          }*/\r
 596 \r
 597             af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], (ColumnSelection) res[1],\r
 598                                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 599                                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 600           }\r
 601           Desktop.addInternalFrame(af, altitle,\r
 602                                    AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 603                                    AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 604         }\r
 605         else\r
 606         {\r
 607           Cache.log.info("Append results onto existing alignment.");\r
 608         }\r
 609       }\r
 610     }\r
 611   }\r
 612 \r
 613   void pollJob(WSJob job)\r
 614       throws Exception\r
 615   {\r
 616     job.result = server.getresult(job.jobId);\r
 617   }\r
 618 \r
 619   public boolean isCancellable()\r
 620   {\r
 621     return false;\r
 622   }\r
 623 \r
 624   public void cancelJob()\r
 625   {\r
 626     throw new Error("Implementation error!");\r
 627   }\r
 628 \r
 629   public boolean canMergeResults()\r
 630   {\r
 631     return false;\r
 632   }\r
 633 \r
 634 }\r