Check bounds of loaded comp
[jalview.git] / src / jalview / ws / JPredThread.java
1 package jalview.ws;\r
2 \r
3 import java.util.*;\r
4 \r
5 import jalview.analysis.*;\r
6 import jalview.bin.*;\r
7 import jalview.datamodel.*;\r
8 import jalview.datamodel.Alignment;\r
9 import jalview.gui.*;\r
10 import jalview.io.*;\r
11 import jalview.util.*;\r
12 import vamsas.objects.simple.JpredResult;\r
13 \r
14 class JPredThread\r
15     extends WSThread implements WSClientI\r
16 {\r
17   // TODO: put mapping between JPredJob input and input data here - JNetAnnotation adding is done after result parsing.\r
18   class JPredJob\r
19       extends WSThread.WSJob\r
20   {\r
21     // TODO: make JPredJob deal only with what was sent to and received from a JNet service\r
22     int[] predMap = null; // mapping from sequence(i) to the original sequence(predMap[i]) being predicted on\r
23     vamsas.objects.simple.Sequence sequence;\r
24     vamsas.objects.simple.Msfalignment msa;\r
25     java.util.Hashtable SequenceInfo = null;\r
26     int msaIndex = 0; // the position of the original sequence in the array of Sequences in the input object that this job holds a prediction for\r
27     /**\r
28      *\r
29      * @return true if getResultSet will return a valid alignment and prediction result.\r
30      */\r
31     public boolean hasResults()\r
32     {\r
33       if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
34           && ( (JpredResult) result).getPredfile() != null &&\r
35           ( (JpredResult) result).getAligfile() != null)\r
36       {\r
37         return true;\r
38       }\r
39       return false;\r
40     }\r
41 \r
42     boolean hasValidInput()\r
43     {\r
44       if (sequence != null)\r
45       {\r
46         return true;\r
47       }\r
48       return false;\r
49     }\r
50 \r
51     /**\r
52      *\r
53      * @return null or Object[] { annotated alignment for this prediction, ColumnSelection for this prediction} or null if no results available.\r
54      * @throws Exception\r
55      */\r
56     public Object[] getResultSet()\r
57         throws Exception\r
58     {\r
59       if (result == null || !result.isFinished())\r
60       {\r
61         return null;\r
62       }\r
63       Alignment al = null;\r
64       ColumnSelection alcsel = null;\r
65       int FirstSeq = -1; // the position of the query sequence in Alignment al\r
66 \r
67       JpredResult result = (JpredResult)this.result;\r
68 \r
69       jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output from JNet job.");\r
70       // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
71       jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result.\r
72           getPredfile(),\r
73           "Paste");\r
74       SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
75       jalview.bin.Cache.log.debug("Got prediction profile.");\r
76 \r
77       if ( (this.msa != null) && (result.getAligfile() != null))\r
78       {\r
79         jalview.bin.Cache.log.debug("Getting associated alignment.");\r
80         // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single sequence\r
81         String format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(result.\r
82             getAligfile(),\r
83             "Paste");\r
84 \r
85         if (jalview.io.FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
86         {\r
87           SequenceI sqs[];\r
88           if (predMap != null)\r
89           {\r
90             Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(\r
91                 alignFrame.getViewport().getGapCharacter());\r
92             sqs = (SequenceI[]) alandcolsel[0];\r
93             al = new Alignment(sqs);\r
94             alcsel = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
95           }\r
96           else\r
97           {\r
98             al = new FormatAdapter().readFile(result.getAligfile(),\r
99                                               "Paste", format);\r
100             sqs = new SequenceI[al.getHeight()];\r
101 \r
102             for (int i = 0, j = al.getHeight(); i < j; i++)\r
103             {\r
104               sqs[i] = al.getSequenceAt(i);\r
105             }\r
106             if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify( (Hashtable)\r
107                 SequenceInfo, sqs))\r
108             {\r
109               throw (new Exception(\r
110                   "Couldn't recover sequence properties for alignment."));\r
111             }\r
112           }\r
113           FirstSeq = 0;\r
114           al.setDataset(null);\r
115 \r
116           jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,\r
117               FirstSeq,\r
118               false, predMap);\r
119 \r
120         }\r
121         else\r
122         {\r
123           throw (new Exception(\r
124               "Unknown format " + format + " for file : \n" +\r
125               result.getAligfile()));\r
126         }\r
127       }\r
128       else\r
129       {\r
130         al = new Alignment(preds);\r
131         FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();\r
132         if (predMap != null)\r
133         {\r
134           char gc = alignFrame.getViewport().getGapCharacter();\r
135           SequenceI[] sqs = (SequenceI[]) ( (java.lang.Object[]) input.\r
136                                            getAlignmentAndColumnSelection(gc))[\r
137               0];\r
138           if (this.msaIndex >= sqs.length)\r
139           {\r
140             throw new Error("Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!");\r
141           }\r
142 \r
143           /////\r
144           //Uses RemoveGapsCommand\r
145           /////\r
146           new jalview.commands.RemoveGapsCommand("Remove Gaps",\r
147                                                  new SequenceI[]\r
148                                                  {sqs[msaIndex]},\r
149                                                  alignFrame.getCurrentView().\r
150                                                  getAlignment());\r
151 \r
152           SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(FirstSeq);\r
153           profileseq.setSequence(sqs[msaIndex].getSequenceAsString());\r
154         }\r
155 \r
156         if (!jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash(\r
157             al.getSequenceAt(FirstSeq), SequenceInfo))\r
158         {\r
159           throw (new Exception(\r
160               "Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!"));\r
161         }\r
162         else\r
163         {\r
164           al.setDataset(null);\r
165           jalview.io.JnetAnnotationMaker.add_annotation(prediction, al,\r
166               FirstSeq,\r
167               true, predMap);\r
168           SequenceI profileseq = al.getSequenceAt(0); // this includes any gaps.\r
169           alignToProfileSeq(al, profileseq);\r
170           if (predMap != null)\r
171           {\r
172             // Adjust input view for gaps\r
173             // propagate insertions into profile\r
174             alcsel = propagateInsertions(profileseq, al, input);\r
175           }\r
176         }\r
177       }\r
178       return new Object[]\r
179           {\r
180           al, alcsel}; // , FirstSeq, noMsa};\r
181     }\r
182 \r
183     /**\r
184      * Given an alignment where all other sequences except profileseq are aligned to the ungapped profileseq, insert gaps in the other sequences to realign them with the residues in profileseq\r
185      * @param al\r
186      * @param profileseq\r
187      */\r
188     private void alignToProfileSeq(Alignment al, SequenceI profileseq)\r
189     {\r
190       char gc = al.getGapCharacter();\r
191       int[] gapMap = profileseq.gapMap();\r
192       // insert gaps into profile\r
193       for (int lp = 0, r = 0; r < gapMap.length; r++)\r
194       {\r
195         if (gapMap[r] - lp > 1)\r
196         {\r
197           StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
198           for (int s = 0, ns = gapMap[r] - lp; s < ns; s++)\r
199           {\r
200             sb.append(gc);\r
201           }\r
202           for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
203           {\r
204             String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
205             int diff = gapMap[r] - sq.length();\r
206             if (diff > 0)\r
207             {\r
208               // pad gaps\r
209               sq = sq + sb;\r
210               while ( (diff = gapMap[r] - sq.length()) > 0)\r
211               {\r
212                 sq = sq +\r
213                     ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() :\r
214                      sb.substring(0, diff));\r
215               }\r
216               al.getSequenceAt(s).setSequence(sq);\r
217             }\r
218             else\r
219             {\r
220               al.getSequenceAt(s).setSequence(sq.substring(0, gapMap[r]) +\r
221                                               sb.toString() +\r
222                                               sq.substring(gapMap[r]));\r
223             }\r
224           }\r
225         }\r
226         lp = gapMap[r];\r
227       }\r
228     }\r
229 \r
230     /**\r
231      * Add gaps into the sequences aligned to profileseq under the given AlignmentView\r
232      * @param profileseq\r
233      * @param al\r
234      * @param input\r
235      */\r
236     private ColumnSelection propagateInsertions(SequenceI profileseq,\r
237                                                 Alignment al,\r
238                                                 AlignmentView input)\r
239     {\r
240       char gc = al.getGapCharacter();\r
241       Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(gc);\r
242       ColumnSelection nview = (ColumnSelection) alandcolsel[1];\r
243       SequenceI origseq;\r
244       nview.pruneDeletions(ShiftList.parseMap( (origseq = ( (SequenceI[])\r
245           alandcolsel[0])[0]).gapMap())); // recover original prediction sequence's mapping to view.\r
246       int[] viscontigs = nview.getVisibleContigs(0, profileseq.getLength());\r
247       int spos = 0;\r
248       int offset = 0;\r
249       //  input.pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[]) alandcolsel[0])[0].gapMap()))\r
250       // add profile to visible contigs\r
251       for (int v = 0; v < viscontigs.length; v += 2)\r
252       {\r
253         if (viscontigs[v] > spos)\r
254         {\r
255           StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
256           for (int s = 0, ns = viscontigs[v] - spos; s < ns; s++)\r
257           {\r
258             sb.append(gc);\r
259           }\r
260           for (int s = 0, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
261           {\r
262             SequenceI sqobj = al.getSequenceAt(s);\r
263             if (sqobj != profileseq)\r
264             {\r
265               String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
266               if (sq.length() <= spos + offset)\r
267               {\r
268                 // pad sequence\r
269                 int diff = spos + offset - sq.length() - 1;\r
270                 if (diff > 0)\r
271                 {\r
272                   // pad gaps\r
273                   sq = sq + sb;\r
274                   while ( (diff = spos + offset - sq.length() - 1) > 0)\r
275                   {\r
276                     sq = sq +\r
277                         ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() :\r
278                          sb.substring(0, diff));\r
279                   }\r
280                 }\r
281                 sq += sb.toString();\r
282               }\r
283               else\r
284               {\r
285                 al.getSequenceAt(s).setSequence(sq.substring(0, spos + offset) +\r
286                                                 sb.toString() +\r
287                                                 sq.substring(spos + offset));\r
288               }\r
289             }\r
290           }\r
291           //offset+=sb.length();\r
292         }\r
293         spos = viscontigs[v + 1] + 1;\r
294       }\r
295       if ( (offset + spos) < profileseq.getLength())\r
296       {\r
297         StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
298         for (int s = 0, ns = profileseq.getLength() - spos - offset; s < ns; s++)\r
299         {\r
300           sb.append(gc);\r
301         }\r
302         for (int s = 1, ns = al.getHeight(); s < ns; s++)\r
303         {\r
304           String sq = al.getSequenceAt(s).getSequenceAsString();\r
305           // pad sequence\r
306           int diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
307           while (diff > 0)\r
308           {\r
309             sq = sq +\r
310                 ( (diff >= sb.length()) ? sb.toString() : sb.substring(0, diff));\r
311             diff = origseq.getLength() - sq.length();\r
312           }\r
313         }\r
314       }\r
315       return nview;\r
316     }\r
317 \r
318     public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq, int[] delMap)\r
319     {\r
320       super();\r
321       this.predMap = delMap;\r
322       String sq = AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars,\r
323                                        seq.getSequenceAsString());\r
324       if (sq.length() >= 20)\r
325       {\r
326         this.SequenceInfo = SequenceInfo;\r
327         sequence = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
328         sequence.setId(seq.getName());\r
329         sequence.setSeq(sq);\r
330       }\r
331     }\r
332 \r
333     public JPredJob(Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap)\r
334     {\r
335       this(SequenceInfo, msf[0], delMap);\r
336       if (sequence != null)\r
337       {\r
338         if (msf.length > 1)\r
339         {\r
340           msa = new vamsas.objects.simple.Msfalignment();\r
341           jalview.io.PileUpfile pileup = new jalview.io.PileUpfile();\r
342           msa.setMsf(pileup.print(msf));\r
343         }\r
344       }\r
345     }\r
346   }\r
347 \r
348   ext.vamsas.Jpred server;\r
349   String altitle = "";\r
350   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
351               String wsurl, AlignmentView alview, AlignFrame alframe)\r
352   {\r
353     super();\r
354     this.altitle = altitle;\r
355     this.server = server;\r
356     this.wsInfo = wsinfo;\r
357     this.input = alview;\r
358     this.alignFrame = alframe;\r
359     WsUrl = wsurl;\r
360   }\r
361 \r
362   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
363               String wsurl, Hashtable SequenceInfo, SequenceI seq, int[] delMap,\r
364               AlignmentView alview, AlignFrame alframe)\r
365   {\r
366     this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);\r
367     JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, seq, delMap);\r
368     if (job.hasValidInput())\r
369     {\r
370       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
371       jobs = new WSJob[]\r
372           {\r
373           job};\r
374       job.jobnum = 0;\r
375     }\r
376   }\r
377 \r
378   JPredThread(WebserviceInfo wsinfo, String altitle, ext.vamsas.Jpred server,\r
379               Hashtable SequenceInfo, SequenceI[] msf, int[] delMap,\r
380               AlignmentView alview, AlignFrame alframe, String wsurl)\r
381   {\r
382     this(wsinfo, altitle, server, wsurl, alview, alframe);\r
383     JPredJob job = new JPredJob(SequenceInfo, msf, delMap);\r
384     if (job.hasValidInput())\r
385     {\r
386       jobs = new WSJob[]\r
387           {\r
388           job};\r
389       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
390       job.jobnum = 0;\r
391     }\r
392   }\r
393 \r
394   void StartJob(WSJob j)\r
395   {\r
396     if (! (j instanceof JPredJob))\r
397     {\r
398       throw new Error("Implementation error - StartJob(JpredJob) called on " +\r
399                       j.getClass());\r
400     }\r
401     try\r
402     {\r
403       JPredJob job = (JPredJob) j;\r
404       if (job.msa != null)\r
405       {\r
406         job.jobId = server.predictOnMsa(job.msa);\r
407       }\r
408       else\r
409       if (job.sequence != null)\r
410       {\r
411         job.jobId = server.predict(job.sequence); // debug like : job.jobId = "/jobs/www-jpred/jp_Yatat29";//\r
412       }\r
413 \r
414       if (job.jobId != null)\r
415       {\r
416         if (job.jobId.startsWith("Broken"))\r
417         {\r
418           job.result = (vamsas.objects.simple.Result)new JpredResult();\r
419           job.result.setInvalid(true);\r
420           job.result.setStatus("Submission " + job.jobId);\r
421         }\r
422         else\r
423         {\r
424           job.submitted = true;\r
425           job.subjobComplete = false;\r
426           Cache.log.info(WsUrl + " Job Id '" + job.jobId + "'");\r
427         }\r
428       }\r
429       else\r
430       {\r
431         throw new Exception("Server timed out - try again later\n");\r
432       }\r
433     }\r
434     catch (Exception e)\r
435     {\r
436       if (e.getMessage().indexOf("Exception") > -1)\r
437       {\r
438         wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
439         wsInfo.setProgressText(j.jobnum,\r
440                                "Failed to submit the prediction. (Just close the window)\n"\r
441                                +\r
442                                "It is most likely that there is a problem with the server.\n");\r
443         System.err.println(\r
444             "JPredWS Client: Failed to submit the prediction. Quite possibly because of a server error - see below)\n" +\r
445             e.getMessage() + "\n");\r
446 \r
447         jalview.bin.Cache.log.warn("Server Exception", e);\r
448       }\r
449       else\r
450       {\r
451         wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
452         // JBPNote - this could be a popup informing the user of the problem.\r
453         wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
454                                   "Failed to submit the prediction:\n"\r
455                                   + e.getMessage() +\r
456                                   wsInfo.getProgressText());\r
457 \r
458         jalview.bin.Cache.log.debug("Failed Submission of job " + j.jobnum, e);\r
459 \r
460       }\r
461       j.allowedServerExceptions = -1;\r
462       j.subjobComplete = true;\r
463     }\r
464   }\r
465 \r
466   void parseResult()\r
467   {\r
468     int results = 0; // number of result sets received\r
469     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
470     try\r
471     {\r
472       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
473       {\r
474         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
475         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete && jobs[j].hasResults())\r
476         {\r
477           results++;\r
478         }\r
479       }\r
480     }\r
481     catch (Exception ex)\r
482     {\r
483 \r
484       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for " +\r
485                       altitle, ex);\r
486       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
487     }\r
488     if (results > 0)\r
489     {\r
490       wsInfo.showResultsNewFrame\r
491           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
492       {\r
493         public void actionPerformed(\r
494             java.awt.event.ActionEvent evt)\r
495         {\r
496           displayResults(true);\r
497         }\r
498       });\r
499       wsInfo.mergeResults\r
500           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
501       {\r
502         public void actionPerformed(\r
503             java.awt.event.ActionEvent evt)\r
504         {\r
505           displayResults(false);\r
506         }\r
507       });\r
508       wsInfo.setResultsReady();\r
509     }\r
510     else\r
511     {\r
512       wsInfo.setFinishedNoResults();\r
513     }\r
514   }\r
515 \r
516   void displayResults(boolean newWindow)\r
517   {\r
518     // TODO: cope with multiple subjobs.\r
519     if (jobs != null)\r
520     {\r
521       Object[] res = null;\r
522       boolean msa = false;\r
523       for (int jn = 0; jn < jobs.length; jn++)\r
524       {\r
525         Object[] jobres = null;\r
526         JPredJob j = (JPredJob) jobs[jn];\r
527 \r
528         if (j.hasResults())\r
529         {\r
530           // hack - we only deal with all single seuqence predictions or all profile predictions\r
531           msa = (j.msa != null) ? true : msa;\r
532           try\r
533           {\r
534             jalview.bin.Cache.log.debug("Parsing output of job " + jn);\r
535             jobres = j.getResultSet();\r
536             jalview.bin.Cache.log.debug("Finished parsing output.");\r
537             if (jobs.length == 1)\r
538             {\r
539               res = jobres;\r
540             }\r
541             else\r
542             {\r
543               // do merge with other job results\r
544               throw new Error(\r
545                   "Multiple JNet subjob merging not yet implemented.");\r
546             }\r
547           }\r
548           catch (Exception e)\r
549           {\r
550             jalview.bin.Cache.log.error(\r
551                 "JNet Client: JPred Annotation Parse Error",\r
552                 e);\r
553             wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
554             wsInfo.appendProgressText(j.jobnum,\r
555                                       OutputHeader + "\n" +\r
556                                       j.result.getStatus() +\r
557                                       "\nInvalid JNet job result data!\n" +\r
558                                       e.getMessage());\r
559             j.result.setBroken(true);\r
560           }\r
561         }\r
562       }\r
563 \r
564       if (res != null)\r
565       {\r
566         if (newWindow)\r
567         {\r
568           AlignFrame af;\r
569           if (input == null)\r
570           {\r
571             if (res[1] != null)\r
572             {\r
573               af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], (ColumnSelection) res[1],\r
574                                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
575                                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
576             }\r
577             else\r
578             {\r
579               af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
580                                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
581             }\r
582           }\r
583           else\r
584           {\r
585             /*java.lang.Object[] alandcolsel = input.getAlignmentAndColumnSelection(alignFrame.getViewport().getGapCharacter());\r
586              if (((SequenceI[])alandcolsel[0])[0].getLength()!=res.getWidth()) {\r
587               if (msa) {\r
588                 throw new Error("Implementation Error! ColumnSelection from input alignment will not map to result alignment!");\r
589               }\r
590                          }\r
591                          if (!msa) {\r
592               // update hidden regions to account for loss of gaps in profile. - if any\r
593               // gapMap returns insert list, interpreted as delete list by pruneDeletions\r
594               //((ColumnSelection) alandcolsel[1]).pruneDeletions(ShiftList.parseMap(((SequenceI[]) alandcolsel[0])[0].gapMap()));\r
595                          }*/\r
596 \r
597             af = new AlignFrame( (Alignment) res[0], (ColumnSelection) res[1],\r
598                                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
599                                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
600           }\r
601           Desktop.addInternalFrame(af, altitle,\r
602                                    AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
603                                    AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
604         }\r
605         else\r
606         {\r
607           Cache.log.info("Append results onto existing alignment.");\r
608         }\r
609       }\r
610     }\r
611   }\r
612 \r
613   void pollJob(WSJob job)\r
614       throws Exception\r
615   {\r
616     job.result = server.getresult(job.jobId);\r
617   }\r
618 \r
619   public boolean isCancellable()\r
620   {\r
621     return false;\r
622   }\r
623 \r
624   public void cancelJob()\r
625   {\r
626     throw new Error("Implementation error!");\r
627   }\r
628 \r
629   public boolean canMergeResults()\r
630   {\r
631     return false;\r
632   }\r
633 \r
634 }\r