src/jalview/ws/MsaWSThread.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 import jalview.bin.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  27 import jalview.gui.*;\r
  28 import vamsas.objects.simple.MsaResult;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * <p>\r
  32  * Title:\r
  33  * </p>\r
  34  * \r
  35  * <p>\r
  36  * Description:\r
  37  * </p>\r
  38  * \r
  39  * <p>\r
  40  * Copyright: Copyright (c) 2004\r
  41  * </p>\r
  42  * \r
  43  * <p>\r
  44  * Company: Dundee University\r
  45  * </p>\r
  46  * \r
  47  * @author not attributable\r
  48  * @version 1.0\r
  49  */\r
  50 class MsaWSThread extends WSThread implements WSClientI\r
  51 {\r
  52   boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment\r
  53 \r
  54   // service\r
  55 \r
  56   boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence\r
  57 \r
  58   // order\r
  59 \r
  60   class MsaWSJob extends WSThread.WSJob\r
  61   {\r
  62     // hold special input for this\r
  63     vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * MsaWSJob\r
  67      * \r
  68      * @param jobNum\r
  69      *                int\r
  70      * @param jobId\r
  71      *                String\r
  72      */\r
  73     public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)\r
  74     {\r
  75       this.jobnum = jobNum;\r
  76       if (!prepareInput(inSeqs, 2))\r
  77       {\r
  78         submitted = true;\r
  79         subjobComplete = true;\r
  80         result = new MsaResult();\r
  81         result.setFinished(true);\r
  82         result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");\r
  83       }\r
  84 \r
  85     }\r
  86 \r
  87     Hashtable SeqNames = new Hashtable();\r
  88 \r
  89     Vector emptySeqs = new Vector();\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * prepare input sequences for MsaWS service\r
  93      * \r
  94      * @param seqs\r
  95      *                jalview sequences to be prepared\r
  96      * @param minlen\r
  97      *                minimum number of residues required for this MsaWS service\r
  98      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.\r
  99      */\r
 100     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)\r
 101     {\r
 102       int nseqs = 0;\r
 103       if (minlen < 0)\r
 104       {\r
 105         throw new Error(\r
 106                 "Implementation error: minlen must be zero or more.");\r
 107       }\r
 108       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 109       {\r
 110         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 111         {\r
 112           nseqs++;\r
 113         }\r
 114       }\r
 115       boolean valid = nseqs > 1; // need at least two seqs\r
 116       vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]\r
 117               : null;\r
 118       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)\r
 119       {\r
 120 \r
 121         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same\r
 122         // for\r
 123         // any\r
 124         // subjob\r
 125         SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils\r
 126                 .SeqCharacterHash(seqs[i]));\r
 127         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 128         {\r
 129           seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 130           seqarray[n].setId(newname);\r
 131           seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()\r
 132                   : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,\r
 133                           seqs[i].getSequenceAsString()));\r
 134         }\r
 135         else\r
 136         {\r
 137           String empty = null;\r
 138           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())\r
 139           {\r
 140             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq\r
 141                     .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]\r
 142                             .getSequenceAsString());\r
 143           }\r
 144           emptySeqs.add(new String[]\r
 145           { newname, empty });\r
 146         }\r
 147       }\r
 148       this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
 149       this.seqs.setSeqs(seqarray);\r
 150       return valid;\r
 151     }\r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * \r
 155      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.\r
 156      */\r
 157     public boolean hasResults()\r
 158     {\r
 159       if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
 160               && ((MsaResult) result).getMsa() != null\r
 161               && ((MsaResult) result).getMsa().getSeqs() != null)\r
 162       {\r
 163         return true;\r
 164       }\r
 165       return false;\r
 166     }\r
 167 \r
 168     public Object[] getAlignment()\r
 169     {\r
 170 \r
 171       if (result != null && result.isFinished())\r
 172       {\r
 173         SequenceI[] alseqs = null;\r
 174         char alseq_gapchar = '-';\r
 175         int alseq_l = 0;\r
 176         if (((MsaResult) result).getMsa() != null)\r
 177         {\r
 178           alseqs = getVamsasAlignment(((MsaResult) result).getMsa());\r
 179           alseq_gapchar = ((MsaResult) result).getMsa().getGapchar()\r
 180                   .charAt(0);\r
 181           alseq_l = alseqs.length;\r
 182         }\r
 183         if (emptySeqs.size() > 0)\r
 184         {\r
 185           SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l + emptySeqs.size()];\r
 186           // get width\r
 187           int i, w = 0;\r
 188           if (alseq_l > 0)\r
 189           {\r
 190             for (i = 0, w = alseqs[0].getLength(); i < alseq_l; i++)\r
 191             {\r
 192               if (w < alseqs[i].getLength())\r
 193               {\r
 194                 w = alseqs[i].getLength();\r
 195               }\r
 196               t_alseqs[i] = alseqs[i];\r
 197               alseqs[i] = null;\r
 198             }\r
 199           }\r
 200           // check that aligned width is at least as wide as emptySeqs width.\r
 201           int ow = w, nw = w;\r
 202           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)\r
 203           {\r
 204             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);\r
 205             if (es != null && es[1] != null)\r
 206             {\r
 207               int sw = es[1].length();\r
 208               if (nw < sw)\r
 209               {\r
 210                 nw = sw;\r
 211               }\r
 212             }\r
 213           }\r
 214           // make a gapped string.\r
 215           StringBuffer insbuff = new StringBuffer(w);\r
 216           for (i = 0; i < nw; i++)\r
 217           {\r
 218             insbuff.append(alseq_gapchar);\r
 219           }\r
 220           if (ow < nw)\r
 221           {\r
 222             for (i = 0; i < alseq_l; i++)\r
 223             {\r
 224               int sw = t_alseqs[i].getLength();\r
 225               if (nw > sw)\r
 226               {\r
 227                 // pad at end\r
 228                 alseqs[i].setSequence(t_alseqs[i].getSequenceAsString()\r
 229                         + insbuff.substring(0, sw - nw));\r
 230               }\r
 231             }\r
 232           }\r
 233           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)\r
 234           {\r
 235             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);\r
 236             if (es[1] == null)\r
 237             {\r
 238               t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],\r
 239                       insbuff.toString(), 1, 0);\r
 240             }\r
 241             else\r
 242             {\r
 243               if (es[1].length() < nw)\r
 244               {\r
 245                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(\r
 246                         es[0],\r
 247                         es[1] + insbuff.substring(0, nw - es[1].length()),\r
 248                         1, 1 + es[1].length());\r
 249               }\r
 250               else\r
 251               {\r
 252                 t_alseqs[i + alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(\r
 253                         es[0], es[1]);\r
 254               }\r
 255             }\r
 256           }\r
 257           alseqs = t_alseqs;\r
 258         }\r
 259         AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);\r
 260         // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.\r
 261         jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);\r
 262         // account for any missing sequences\r
 263         jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);\r
 264         return new Object[]\r
 265         { alseqs, msaorder };\r
 266       }\r
 267       return null;\r
 268     }\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly\r
 272      */\r
 273     void cancel()\r
 274     {\r
 275       cancelled = true;\r
 276       subjobComplete = true;\r
 277       result = null;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * \r
 282      * @return boolean true if job can be submitted.\r
 283      */\r
 284     boolean hasValidInput()\r
 285     {\r
 286       if (seqs.getSeqs() != null)\r
 287       {\r
 288         return true;\r
 289       }\r
 290       return false;\r
 291     }\r
 292   }\r
 293 \r
 294   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.\r
 295 \r
 296   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be\r
 297 \r
 298   // associated.\r
 299 \r
 300   ext.vamsas.MuscleWS server = null;\r
 301 \r
 302   /**\r
 303    * set basic options for this (group) of Msa jobs\r
 304    * \r
 305    * @param subgaps\r
 306    *                boolean\r
 307    * @param presorder\r
 308    *                boolean\r
 309    */\r
 310   MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,\r
 311           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 312           AlignmentView alview, String wsname, boolean subgaps,\r
 313           boolean presorder)\r
 314   {\r
 315     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);\r
 316     this.server = server;\r
 317     this.submitGaps = subgaps;\r
 318     this.preserveOrder = presorder;\r
 319   }\r
 320 \r
 321   /**\r
 322    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa\r
 323    * \r
 324    * @param title\r
 325    *                String\r
 326    * @param _msa\r
 327    *                AlignmentView\r
 328    * @param subgaps\r
 329    *                boolean\r
 330    * @param presorder\r
 331    *                boolean\r
 332    * @param seqset\r
 333    *                Alignment\r
 334    */\r
 335   MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,\r
 336           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 337           String wsname, String title, AlignmentView _msa, boolean subgaps,\r
 338           boolean presorder, Alignment seqset)\r
 339   {\r
 340     this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);\r
 341     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 342     alTitle = title;\r
 343     dataset = seqset;\r
 344 \r
 345     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');\r
 346     if (conmsa != null)\r
 347     {\r
 348       int njobs = conmsa.length;\r
 349       jobs = new MsaWSJob[njobs];\r
 350       for (int j = 0; j < njobs; j++)\r
 351       {\r
 352         if (j != 0)\r
 353         {\r
 354           jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);\r
 355         }\r
 356         else\r
 357         {\r
 358           jobs[j] = new MsaWSJob(0, conmsa[j]);\r
 359         }\r
 360         if (njobs > 0)\r
 361         {\r
 362           wsinfo\r
 363                   .setProgressName("region " + jobs[j].jobnum,\r
 364                           jobs[j].jobnum);\r
 365         }\r
 366         wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);\r
 367       }\r
 368     }\r
 369   }\r
 370 \r
 371   public boolean isCancellable()\r
 372   {\r
 373     return true;\r
 374   }\r
 375 \r
 376   public void cancelJob()\r
 377   {\r
 378     if (!jobComplete && jobs != null)\r
 379     {\r
 380       boolean cancelled = true;\r
 381       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)\r
 382       {\r
 383         if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)\r
 384         {\r
 385           String cancelledMessage = "";\r
 386           try\r
 387           {\r
 388             vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server\r
 389                     .cancel(jobs[job].jobId);\r
 390             if (cancelledJob.getStatus() == 2)\r
 391             {\r
 392               // CANCELLED_JOB\r
 393               cancelledMessage = "Job cancelled.";\r
 394               ((MsaWSJob) jobs[job]).cancel();\r
 395               wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 396                       WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 397             }\r
 398             else if (cancelledJob.getStatus() == 3)\r
 399             {\r
 400               // VALID UNSTOPPABLE JOB\r
 401               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";\r
 402               cancelled = false;\r
 403               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 404               // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 405             }\r
 406 \r
 407             if (cancelledJob.getJobId() != null)\r
 408             {\r
 409               cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");\r
 410             }\r
 411 \r
 412             cancelledMessage += "\n";\r
 413           } catch (Exception exc)\r
 414           {\r
 415             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"\r
 416                     + exc + "\n");\r
 417             Cache.log.warn(\r
 418                     "Exception whilst cancelling " + jobs[job].jobId, exc);\r
 419           }\r
 420           wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader\r
 421                   + cancelledMessage + "\n");\r
 422         }\r
 423       }\r
 424       if (cancelled)\r
 425       {\r
 426         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 427         jobComplete = true;\r
 428       }\r
 429       this.interrupt(); // kick thread to update job states.\r
 430     }\r
 431     else\r
 432     {\r
 433       if (!jobComplete)\r
 434       {\r
 435         wsInfo\r
 436                 .setProgressText(OutputHeader\r
 437                         + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");\r
 438       }\r
 439     }\r
 440   }\r
 441 \r
 442   void pollJob(WSJob job) throws Exception\r
 443   {\r
 444     ((MsaWSJob) job).result = server.getResult(((MsaWSJob) job).jobId);\r
 445   }\r
 446 \r
 447   void StartJob(WSJob job)\r
 448   {\r
 449     if (!(job instanceof MsaWSJob))\r
 450     {\r
 451       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "\r
 452               + job.getClass());\r
 453     }\r
 454     MsaWSJob j = (MsaWSJob) job;\r
 455     if (j.submitted)\r
 456     {\r
 457       if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
 458       {\r
 459         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "\r
 460                 + j.jobId);\r
 461       }\r
 462       return;\r
 463     }\r
 464     if (j.seqs.getSeqs() == null)\r
 465     {\r
 466       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...\r
 467       j.submitted = true;\r
 468       j.result = new MsaResult();\r
 469       j.result.setFinished(true);\r
 470       j.result.setStatus("Empty Alignment Job");\r
 471       ((MsaResult) j.result).setMsa(null);\r
 472     }\r
 473     try\r
 474     {\r
 475       vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.align(j.seqs);\r
 476 \r
 477       if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))\r
 478       {\r
 479         j.jobId = jobsubmit.getJobId();\r
 480         j.submitted = true;\r
 481         j.subjobComplete = false;\r
 482         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");\r
 483       }\r
 484       else\r
 485       {\r
 486         if (jobsubmit == null)\r
 487         {\r
 488           throw new Exception(\r
 489                   "Server at "\r
 490                           + WsUrl\r
 491                           + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");\r
 492         }\r
 493 \r
 494         throw new Exception(jobsubmit.getJobId());\r
 495       }\r
 496     } catch (Exception e)\r
 497     {\r
 498       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly\r
 499       // For unexpected errors\r
 500       System.err\r
 501               .println(WebServiceName\r
 502                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"\r
 503                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"\r
 504                       + e.toString() + "\n");\r
 505       j.allowedServerExceptions = 0;\r
 506       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 507       wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 508       wsInfo\r
 509               .appendProgressText(\r
 510                       j.jobnum,\r
 511                       "Failed to submit sequences for alignment.\n"\r
 512                               + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"\r
 513                               + "Just close the window\n");\r
 514 \r
 515       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG\r
 516     }\r
 517   }\r
 518 \r
 519   private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(\r
 520           vamsas.objects.simple.Alignment valign)\r
 521   {\r
 522     // TODO: refactor to helper class for vamsas.objects.simple objects\r
 523     vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();\r
 524     jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];\r
 525 \r
 526     for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)\r
 527     {\r
 528       msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]\r
 529               .getSeq());\r
 530     }\r
 531 \r
 532     return msa;\r
 533   }\r
 534 \r
 535   void parseResult()\r
 536   {\r
 537     int results = 0; // number of result sets received\r
 538     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 539     try\r
 540     {\r
 541       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 542       {\r
 543         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 544         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete\r
 545                 && jobs[j].hasResults())\r
 546         {\r
 547           results++;\r
 548           vamsas.objects.simple.Alignment valign = ((MsaResult) jobs[j].result)\r
 549                   .getMsa();\r
 550           if (valign != null)\r
 551           {\r
 552             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,\r
 553                     "\nAlignment Object Method Notes\n");\r
 554             String[] lines = valign.getMethod();\r
 555             for (int line = 0; line < lines.length; line++)\r
 556             {\r
 557               wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");\r
 558             }\r
 559             // JBPNote The returned files from a webservice could be\r
 560             // hidden behind icons in the monitor window that,\r
 561             // when clicked, pop up their corresponding data\r
 562           }\r
 563         }\r
 564       }\r
 565     } catch (Exception ex)\r
 566     {\r
 567 \r
 568       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "\r
 569               + alTitle, ex);\r
 570       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 571     }\r
 572     if (results > 0)\r
 573     {\r
 574       wsInfo.showResultsNewFrame\r
 575               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 576               {\r
 577                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 578                 {\r
 579                   displayResults(true);\r
 580                 }\r
 581               });\r
 582       wsInfo.mergeResults\r
 583               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 584               {\r
 585                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 586                 {\r
 587                   displayResults(false);\r
 588                 }\r
 589               });\r
 590       wsInfo.setResultsReady();\r
 591     }\r
 592     else\r
 593     {\r
 594       wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 595     }\r
 596   }\r
 597 \r
 598   void displayResults(boolean newFrame)\r
 599   {\r
 600     // view input or result data for each block\r
 601     Vector alorders = new Vector();\r
 602     SequenceI[][] results = new SequenceI[jobs.length][];\r
 603     AlignmentOrder[] orders = new AlignmentOrder[jobs.length];\r
 604     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 605     {\r
 606       if (jobs[j].hasResults())\r
 607       {\r
 608         Object[] res = ((MsaWSJob) jobs[j]).getAlignment();\r
 609         alorders.add(res[1]);\r
 610         results[j] = (SequenceI[]) res[0];\r
 611         orders[j] = (AlignmentOrder) res[1];\r
 612 \r
 613         // SequenceI[] alignment = input.getUpdated\r
 614       }\r
 615       else\r
 616       {\r
 617         results[j] = null;\r
 618       }\r
 619     }\r
 620     Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());\r
 621     // trash references to original result data\r
 622     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 623     {\r
 624       results[j] = null;\r
 625       orders[j] = null;\r
 626     }\r
 627     SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newview[0];\r
 628     ColumnSelection columnselection = (ColumnSelection) newview[1];\r
 629     Alignment al = new Alignment(alignment);\r
 630     // TODO: add 'provenance' property to alignment from the method notes\r
 631     // accompanying each subjob\r
 632     if (dataset != null)\r
 633     {\r
 634       al.setDataset(dataset);\r
 635     }\r
 636 \r
 637     propagateDatasetMappings(al);\r
 638     // JBNote- TODO: warn user if a block is input rather than aligned data ?\r
 639 \r
 640     if (newFrame)\r
 641     {\r
 642       AlignFrame af = new AlignFrame(al, columnselection,\r
 643               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 644 \r
 645       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.\r
 646       af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);\r
 647       // update orders\r
 648       if (alorders.size() > 0)\r
 649       {\r
 650         if (alorders.size() == 1)\r
 651         {\r
 652           af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",\r
 653                   (AlignmentOrder) alorders.get(0));\r
 654         }\r
 655         else\r
 656         {\r
 657           // construct a non-redundant ordering set\r
 658           Vector names = new Vector();\r
 659           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)\r
 660           {\r
 661             String orderName = new String(" Region " + i);\r
 662             int j = i + 1;\r
 663 \r
 664             while (j < l)\r
 665             {\r
 666               if (((AlignmentOrder) alorders.get(i))\r
 667                       .equals(((AlignmentOrder) alorders.get(j))))\r
 668               {\r
 669                 alorders.remove(j);\r
 670                 l--;\r
 671                 orderName += "," + j;\r
 672               }\r
 673               else\r
 674               {\r
 675                 j++;\r
 676               }\r
 677             }\r
 678 \r
 679             if (i == 0 && j == 1)\r
 680             {\r
 681               names.add(new String(""));\r
 682             }\r
 683             else\r
 684             {\r
 685               names.add(orderName);\r
 686             }\r
 687           }\r
 688           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)\r
 689           {\r
 690             af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName\r
 691                     + ((String) names.get(i)) + " Ordering",\r
 692                     (AlignmentOrder) alorders.get(i));\r
 693           }\r
 694         }\r
 695       }\r
 696 \r
 697       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 698               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 699 \r
 700     }\r
 701     else\r
 702     {\r
 703       System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");\r
 704       // TODO: modify alignment in original frame, replacing old for new\r
 705       // alignment using the commands.EditCommand model to ensure the update can\r
 706       // be undone\r
 707     }\r
 708   }\r
 709 \r
 710   public boolean canMergeResults()\r
 711   {\r
 712     return false;\r
 713   }\r
 714 }\r