src/jalview/ws/MsaWSThread.java

   1 package jalview.ws;
   2
   3 import java.util.*;
   4
   5 import javax.swing.*;
   6
   7 import jalview.analysis.*;
   8 import jalview.bin.*;
   9 import jalview.datamodel.*;
  10 import jalview.datamodel.Alignment;
  11 import jalview.gui.*;
  12 import vamsas.objects.simple.MsaResult;
  13
  14 /**
  15  * <p>
  16  * Title:
  17  * </p>
  18  *
  19  * <p>
  20  * Description:
  21  * </p>
  22  *
  23  * <p>
  24  * Copyright: Copyright (c) 2004
  25  * </p>
  26  *
  27  * <p>
  28  * Company: Dundee University
  29  * </p>
  30  *
  31  * @author not attributable
  32  * @version 1.0
  33  */
  34 class MsaWSThread
  35     extends WSThread implements WSClientI
  36 {
  37   boolean submitGaps = false; // pass sequences including gaps to alignment
  38
  39   // service
  40
  41   boolean preserveOrder = true; // and always store and recover sequence
  42
  43   // order
  44
  45   class MsaWSJob extends WSThread.WSJob
  46   {
  47     // hold special input for this
  48     vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.
  49         SequenceSet();
  50
  51     /**
  52      * MsaWSJob
  53      *
  54      * @param jobNum
  55      *            int
  56      * @param jobId
  57      *            String
  58      */
  59     public MsaWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)
  60     {
  61       this.jobnum = jobNum;
  62       if (!prepareInput(inSeqs, 2))
  63       {
  64         submitted = true;
  65         subjobComplete = true;
  66         result = new MsaResult();
  67         result.setFinished(true);
  68         result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");
  69       }
  70
  71     }
  72
  73     Hashtable SeqNames = new Hashtable();
  74     Vector emptySeqs = new Vector();
  75     /**
  76      * prepare input sequences for MsaWS service
  77      * @param seqs jalview sequences to be prepared
  78      * @param minlen minimum number of residues required for this MsaWS service
  79      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.
  80      */
  81     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)
  82     {
  83       int nseqs = 0;
  84       if (minlen < 0)
  85       {
  86         throw new Error("Implementation error: minlen must be zero or more.");
  87       }
  88       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  89       {
  90         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
  91         {
  92           nseqs++;
  93         }
  94       }
  95       boolean valid = nseqs > 1; // need at least two seqs
  96       vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray =
  97           (valid)
  98           ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]
  99           : null;
 100       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)
 101       {
 102
 103         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same
 104         // for
 105         // any
 106         // subjob
 107         SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils
 108                      .SeqCharacterHash(seqs[i]));
 109         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)
 110         {
 111           seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();
 112           seqarray[n].setId(newname);
 113           seqarray[n++].setSeq( (submitGaps) ? seqs[i].getSequence()
 114                                : AlignSeq.extractGaps(
 115                                    jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]
 116                                    .getSequence()));
 117         }
 118         else
 119         {
 120           String empty = null;
 121           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())
 122           {
 123             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequence()
 124                 : AlignSeq.extractGaps(
 125                     jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]
 126                     .getSequence());
 127           }
 128           emptySeqs.add(new String[]
 129                         {newname, empty});
 130         }
 131       }
 132       this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();
 133       this.seqs.setSeqs(seqarray);
 134       return valid;
 135     }
 136
 137     /**
 138      *
 139      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.
 140      */
 141     public boolean hasResults()
 142     {
 143       if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()
 144           && ((MsaResult) result).getMsa() != null && ((MsaResult) result).getMsa().getSeqs() != null)
 145       {
 146         return true;
 147       }
 148       return false;
 149     }
 150
 151     public Object[] getAlignment()
 152     {
 153
 154       if (result != null && result.isFinished())
 155       {
 156         SequenceI[] alseqs = null;
 157         char alseq_gapchar = '-';
 158         int alseq_l = 0;
 159         if (((MsaResult) result).getMsa() != null)
 160         {
 161           alseqs = getVamsasAlignment(((MsaResult) result).getMsa());
 162           alseq_gapchar = ((MsaResult) result).getMsa().getGapchar().charAt(0);
 163           alseq_l = alseqs.length;
 164         }
 165         if (emptySeqs.size() > 0)
 166         {
 167           SequenceI[] t_alseqs = new SequenceI[alseq_l + emptySeqs.size()];
 168           // get width
 169           int i, w = 0;
 170           if (alseq_l > 0)
 171           {
 172             for (i = 0, w = alseqs[0].getLength(); i < alseq_l; i++)
 173             {
 174               if (w < alseqs[i].getLength())
 175               {
 176                 w = alseqs[i].getLength();
 177               }
 178               t_alseqs[i] = alseqs[i];
 179               alseqs[i] = null;
 180             }
 181           }
 182           // check that aligned width is at least as wide as emptySeqs width.
 183           int ow = w, nw = w;
 184           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
 185           {
 186             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
 187             if (es != null && es[1] != null)
 188             {
 189               int sw = es[1].length();
 190               if (nw < sw)
 191               {
 192                 nw = sw;
 193               }
 194             }
 195           }
 196           // make a gapped string.
 197           StringBuffer insbuff = new StringBuffer(w);
 198           for (i = 0; i < nw; i++)
 199           {
 200             insbuff.append(alseq_gapchar);
 201           }
 202           if (ow < nw)
 203           {
 204             for (i = 0; i < alseq_l; i++)
 205             {
 206               int sw = t_alseqs[i].getLength();
 207               if (nw > sw)
 208               {
 209                 // pad at end
 210                 alseqs[i].setSequence(t_alseqs[i].getSequence() +
 211                                       insbuff.substring(0, sw - nw));
 212               }
 213             }
 214           }
 215           for (i = 0, w = emptySeqs.size(); i < w; i++)
 216           {
 217             String[] es = (String[]) emptySeqs.get(i);
 218             if (es[1] == null)
 219             {
 220               t_alseqs[i +
 221                   alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],
 222                   insbuff.toString(), 1, 0);
 223             }
 224             else
 225             {
 226               if (es[1].length() < nw)
 227               {
 228                 t_alseqs[i +
 229                     alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0],
 230                     es[1] + insbuff.substring(0, nw - es[1].length()), 1,
 231                     1 + es[1].length());
 232               }
 233               else
 234               {
 235                 t_alseqs[i +
 236                     alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0], es[1]);
 237               }
 238             }
 239           }
 240           alseqs = t_alseqs;
 241         }
 242         AlignmentOrder msaorder = new AlignmentOrder(alseqs);
 243         // always recover the order - makes parseResult()'s life easier.
 244         jalview.analysis.AlignmentSorter.recoverOrder(alseqs);
 245         // account for any missing sequences
 246         jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs);
 247         return new Object[]
 248             {
 249             alseqs, msaorder};
 250       }
 251       return null;
 252     }
 253     /**
 254      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly
 255      */
 256     void cancel() {
 257       cancelled=true;
 258       subjobComplete = true;
 259       result = null;
 260     }
 261     /**
 262      *
 263      * @return boolean true if job can be submitted.
 264      */
 265     boolean hasValidInput() {
 266       if (seqs.getSeqs()!=null)
 267         return true;
 268       return false;
 269     }
 270   }
 271
 272
 273   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.
 274   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be
 275
 276   // associated.
 277
 278   ext.vamsas.MuscleWS server = null;
 279   /**
 280    * set basic options for this (group) of Msa jobs
 281    *
 282    * @param subgaps
 283    *            boolean
 284    * @param presorder
 285    *            boolean
 286    */
 287   MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,
 288               WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
 289               AlignmentView alview,
 290               String wsname, boolean subgaps, boolean presorder)
 291   {
 292     this.server = server;
 293     this.WsUrl = wsUrl;
 294     this.wsInfo = wsinfo;
 295     this.WebServiceName = wsname;
 296     this.input = alview;
 297     this.submitGaps = subgaps;
 298     this.preserveOrder = presorder;
 299     this.alignFrame = alFrame;
 300   }
 301
 302   /**
 303    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa
 304    *
 305    * @param title
 306    *            String
 307    * @param _msa
 308    *            AlignmentView
 309    * @param subgaps
 310    *            boolean
 311    * @param presorder
 312    *            boolean
 313    * @param seqset
 314    *            Alignment
 315    */
 316   MsaWSThread(ext.vamsas.MuscleWS server, String wsUrl,
 317               WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,
 318               String wsname, String title, AlignmentView _msa, boolean subgaps,
 319               boolean presorder, Alignment seqset)
 320   {
 321     this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, subgaps, presorder);
 322     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();
 323     alTitle = title;
 324     dataset = seqset;
 325     SeqCigar[] msa = _msa.getSequences();
 326     int[] contigs = _msa.getContigs();
 327     int njobs = 1;
 328     if (contigs != null && contigs.length > 0)
 329     {
 330       int start = 0;
 331       njobs = 0;
 332       int width = _msa.getWidth();
 333       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3)
 334       {
 335         if ( (contigs[contig + 1] - start) > 0)
 336         {
 337           njobs++;
 338         }
 339         width += contigs[contig + 2]; // end up with full region width (including hidden regions)
 340         start = contigs[contig + 1] + contigs[contig + 2];
 341       }
 342       if (start < width)
 343       {
 344         njobs++;
 345       }
 346       jobs = new MsaWSJob[njobs];
 347       start = 0;
 348       int j = 0;
 349       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3)
 350       {
 351         if (contigs[contig + 1] - start > 0)
 352         {
 353           SequenceI mseq[] = new SequenceI[msa.length];
 354           for (int s = 0; s < mseq.length; s++)
 355           {
 356             mseq[s] = msa[s].getSeq('-').getSubSequence(start,
 357                 contigs[contig + 1]);
 358           }
 359           if (j != 0)
 360           {
 361             jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), mseq);
 362           }
 363           else
 364           {
 365             jobs[j] = new MsaWSJob(0, mseq);
 366           }
 367           wsinfo.setProgressName("region " + jobs[j].jobnum, jobs[j].jobnum);
 368           wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);
 369           j++;
 370         }
 371         start = contigs[contig + 1] + contigs[contig + 2];
 372       }
 373       if (start < width)
 374       {
 375         SequenceI mseq[] = new SequenceI[msa.length];
 376         for (int s = 0; s < mseq.length; s++)
 377         {
 378           mseq[s] = msa[s].getSeq('-').getSubSequence(start,
 379               width + 1);
 380         }
 381         if (j != 0)
 382         {
 383           jobs[j] = new MsaWSJob(wsinfo.addJobPane(), mseq);
 384         }
 385         else
 386         {
 387           jobs[j] = new MsaWSJob(0, mseq);
 388         }
 389         wsinfo.setProgressName("region " + jobs[j].jobnum, jobs[j].jobnum);
 390         wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);
 391         j++;
 392       }
 393     }
 394     else
 395     {
 396       SequenceI mseq[] = new SequenceI[msa.length];
 397       for (int s = 0; s < mseq.length; s++)
 398       {
 399         mseq[s] = msa[s].getSeq('-');
 400       }
 401       jobs = new MsaWSJob[1];
 402       wsinfo.setProgressText(OutputHeader); // ensures default text
 403       jobs[0] = new MsaWSJob(0, mseq);
 404     }
 405   }
 406
 407   public boolean isCancellable()
 408   {
 409     return true;
 410   }
 411
 412   public void cancelJob()
 413   {
 414     if (!jobComplete && jobs != null)
 415     {
 416       boolean cancelled = true;
 417       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)
 418       {
 419         if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)
 420         {
 421           String cancelledMessage = "";
 422           try
 423           {
 424             vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server
 425                 .cancel(jobs[job].jobId);
 426             if (cancelledJob.getStatus() == 2)
 427             {
 428               // CANCELLED_JOB
 429               cancelledMessage = "Job cancelled.";
 430               ((MsaWSJob) jobs[job]).cancel();
 431               wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,
 432                                WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 433             }
 434             else if (cancelledJob.getStatus() == 3)
 435             {
 436               // VALID UNSTOPPABLE JOB
 437               cancelledMessage +=
 438                   "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";
 439               cancelled = false;
 440               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,
 441               //                 WebserviceInfo.STATE_RUNNING);
 442             }
 443
 444             if (cancelledJob.getJobId() != null)
 445             {
 446               cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");
 447             }
 448
 449             cancelledMessage += "\n";
 450           }
 451           catch (Exception exc)
 452           {
 453             cancelledMessage +=
 454                 ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"
 455                  + exc + "\n");
 456             Cache.log.warn("Exception whilst cancelling "+jobs[job].jobId,exc);
 457           }
 458           wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader
 459                                  + cancelledMessage + "\n");
 460         }
 461       }
 462       if (cancelled)
 463       {
 464         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);
 465         jobComplete = true;
 466       }
 467       this.interrupt(); // kick thread to update job states.
 468     }
 469     else
 470     {
 471       if (!jobComplete)
 472       {
 473         wsInfo
 474             .setProgressText(OutputHeader
 475                              + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");
 476       }
 477     }
 478   }
 479   void pollJob(WSJob job) throws Exception {
 480     ((MsaWSJob) job).result = server.getResult(((MsaWSJob) job).jobId);
 481   }
 482   void StartJob(WSJob job)
 483   {
 484     if (!(job instanceof MsaWSJob)) {
 485       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "+job.getClass());
 486     }
 487     MsaWSJob j = (MsaWSJob) job;
 488     if (j.submitted)
 489     {
 490       if (Cache.log.isDebugEnabled())
 491       {
 492         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job " + j.jobId);
 493       }
 494       return;
 495     }
 496     if (j.seqs.getSeqs() == null)
 497     {
 498       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...
 499       j.submitted = true;
 500       j.result = new MsaResult();
 501       j.result.setFinished(true);
 502       j.result.setStatus("Empty Alignment Job");
 503       ((MsaResult) j.result).setMsa(null);
 504     }
 505     try
 506     {
 507       vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.align(j.seqs);
 508
 509       if ( (jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))
 510       {
 511         j.jobId = jobsubmit.getJobId();
 512         j.submitted = true;
 513         j.subjobComplete = false;
 514         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");
 515       }
 516       else
 517       {
 518         if (jobsubmit == null)
 519         {
 520           throw new Exception(
 521               "Server at "
 522               + WsUrl
 523               +
 524               " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");
 525         }
 526
 527         throw new Exception(jobsubmit.getJobId());
 528       }
 529     }
 530     catch (Exception e)
 531     {
 532       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly
 533       // For unexpected errors
 534       System.err
 535           .println(WebServiceName
 536                    + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"
 537                    + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"
 538                    + e.toString() + "\n");
 539       j.allowedServerExceptions = 0;
 540       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 541       wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
 542       wsInfo
 543           .appendProgressText(
 544               j.jobnum,
 545               "Failed to submit sequences for alignment.\n"
 546               + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"
 547               + "Just close the window\n");
 548
 549       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG
 550     }
 551   }
 552
 553   private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(
 554       vamsas.objects.simple.Alignment valign)
 555   {
 556     vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();
 557     jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.
 558         length];
 559
 560     for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)
 561     {
 562       msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]
 563                                               .getSeq());
 564     }
 565
 566     return msa;
 567   }
 568
 569   void parseResult()
 570   {
 571     int results = 0; // number of result sets received
 572     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();
 573     try
 574     {
 575       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)
 576       {
 577         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);
 578         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete && jobs[j].hasResults())
 579         {
 580           results++;
 581           vamsas.objects.simple.Alignment valign = ((MsaResult) jobs[j].result).getMsa();
 582           if (valign != null)
 583           {
 584             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,
 585                                       "\nAlignment Object Method Notes\n");
 586             String[] lines = valign.getMethod();
 587             for (int line = 0; line < lines.length; line++)
 588             {
 589               wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");
 590             }
 591             // JBPNote The returned files from a webservice could be
 592             //  hidden behind icons in the monitor window that,
 593             // when clicked, pop up their corresponding data
 594           }
 595         }
 596       }
 597     }
 598     catch (Exception ex)
 599     {
 600
 601       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for " +
 602                       alTitle, ex);
 603       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 604     }
 605     if (results > 0)
 606     {
 607       wsInfo.showResultsNewFrame
 608           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 609       {
 610         public void actionPerformed(
 611             java.awt.event.ActionEvent evt)
 612         {
 613           displayResults(true);
 614         }
 615       });
 616       wsInfo.mergeResults
 617           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 618       {
 619         public void actionPerformed(
 620             java.awt.event.ActionEvent evt)
 621         {
 622           displayResults(false);
 623         }
 624       });
 625       wsInfo.setResultsReady();
 626     } else
 627       wsInfo.setFinishedNoResults();
 628   }
 629
 630   void displayResults(boolean newFrame)
 631   {
 632     // view input or result data for each block
 633     // warn user if a block is input rather than aligned data ?
 634
 635     int contigs[] = input.getContigs();
 636     SeqCigar[] seqs = input.getSequences();
 637     SequenceI[] alignment = new SequenceI[seqs.length];
 638     ColumnSelection columnselection = new ColumnSelection();
 639     Vector alorders = new Vector();
 640     if (contigs != null && contigs.length > 0)
 641     {
 642       int start = 0;
 643       int nwidth = 0;
 644       int owidth = input.getWidth();
 645       int j = 0;
 646       for (int contig = 0; contig < contigs.length; contig += 3)
 647       {
 648         owidth += contigs[contig + 2]; // recover final column width
 649         if (contigs[contig + 1] - start > 0)
 650         {
 651           int width = 0; // subalignment width
 652           if (jobs[j].hasResults())
 653           {
 654             Object[] subalg = ((MsaWSJob) jobs[j++]).getAlignment();
 655             alorders.add(subalg[1]);
 656             SequenceI mseq[] = (SequenceI[]) subalg[0];
 657             width = mseq[0].getLength();
 658             for (int s = 0; s < mseq.length; s++)
 659             {
 660               if (alignment[s] == null)
 661               {
 662                 alignment[s] = mseq[s];
 663               }
 664               else
 665               {
 666                 alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequence() +
 667                                          mseq[s].getSequence());
 668                 if (mseq[s].getStart() <= mseq[s].getEnd())
 669                 {
 670                   alignment[s].setEnd(mseq[s].getEnd());
 671                 }
 672                 ( (AlignmentOrder) subalg[1]).updateSequence(mseq[s],
 673                     alignment[s]);
 674               }
 675             }
 676           }
 677           else
 678           {
 679             // recover input data or place gaps
 680             if (true)
 681             {
 682               // recover input data
 683               for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
 684               {
 685                 SequenceI oseq = seqs[s].getSeq('-').getSubSequence(start,
 686                     contigs[contig + 1]);
 687                 if (width < oseq.getLength())
 688                 {
 689                   width = oseq.getLength();
 690                 }
 691                 if (alignment[s] == null)
 692                 {
 693                   alignment[s] = oseq;
 694                 }
 695                 else
 696                 {
 697                   alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequence() +
 698                                            oseq.getSequence());
 699                   if (oseq.getEnd() >= oseq.getStart())
 700                   {
 701                     alignment[s].setEnd(oseq.getEnd());
 702                   }
 703                 }
 704               }
 705
 706             }
 707             j++;
 708           }
 709           nwidth += width;
 710         }
 711         // advance to begining of visible region
 712         start = contigs[contig + 1] + contigs[contig + 2];
 713         // add hidden segment to right of next region
 714         for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
 715         {
 716           SequenceI hseq = seqs[s].getSeq('-').getSubSequence(contigs[contig +
 717               1], start);
 718           if (alignment[s] == null)
 719           {
 720             alignment[s] = hseq;
 721           }
 722           else
 723           {
 724             alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequence() +
 725                                      hseq.getSequence());
 726             if (hseq.getEnd() >= hseq.getStart())
 727             {
 728               alignment[s].setEnd(hseq.getEnd());
 729             }
 730           }
 731         }
 732         // mark hidden segment as hidden in the new alignment
 733         columnselection.hideColumns(nwidth, nwidth + contigs[contig + 2] - 1);
 734         nwidth += contigs[contig + 2];
 735       }
 736       // Do final job - if it exists
 737       if (j < jobs.length)
 738       {
 739         int width = 0;
 740         if (jobs[j].hasResults())
 741         {
 742           Object[] subalg = ((MsaWSJob) jobs[j]).getAlignment();
 743           alorders.add(subalg[1]);
 744           SequenceI mseq[] = (SequenceI[]) subalg[0];
 745           width = mseq[0].getLength();
 746           for (int s = 0; s < mseq.length; s++)
 747           {
 748             if (alignment[s] == null)
 749             {
 750               alignment[s] = mseq[s];
 751             }
 752             else
 753             {
 754               alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequence() +
 755                                        mseq[s].getSequence());
 756               if (mseq[s].getEnd() >= mseq[s].getStart())
 757               {
 758                 alignment[s].setEnd(mseq[s].getEnd());
 759               }
 760               ( (AlignmentOrder) subalg[1]).updateSequence(mseq[s], alignment[s]);
 761             }
 762           }
 763         }
 764         else
 765         {
 766           if (start < owidth)
 767           {
 768             // recover input data or place gaps
 769             if (true)
 770             {
 771               // recover input data
 772               for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
 773               {
 774                 SequenceI oseq = seqs[s].getSeq('-').getSubSequence(start,
 775                     owidth + 1);
 776                 if (width < oseq.getLength())
 777                 {
 778                   width = oseq.getLength();
 779                 }
 780                 if (alignment[s] == null)
 781                 {
 782                   alignment[s] = oseq;
 783                 }
 784                 else
 785                 {
 786                   alignment[s].setSequence(alignment[s].getSequence() +
 787                                            oseq.getSequence());
 788                   if (oseq.getEnd() >= oseq.getStart())
 789                   {
 790                     alignment[s].setEnd(oseq.getEnd());
 791                   }
 792                 }
 793               }
 794               nwidth += width;
 795             }
 796             else
 797             {
 798               // place gaps.
 799               throw new Error("Padding not yet implemented.");
 800             }
 801           }
 802         }
 803       }
 804     }
 805     else
 806     {
 807       if (jobs[0].hasResults())
 808       {
 809         Object[] alg = ((MsaWSJob) jobs[0]).getAlignment();
 810         alignment = (SequenceI[]) alg[0];
 811         alorders.add(alg[1]);
 812       }
 813       else
 814       {
 815         alignment = SeqCigar.createAlignmentSequences(seqs, '-',
 816             columnselection, null);
 817       }
 818     }
 819     Alignment al = new Alignment(alignment);
 820     if (dataset != null)
 821     {
 822       al.setDataset(dataset);
 823     }
 824
 825     if (newFrame)
 826     {
 827       // TODO: JBPNote Should also rename the query sequence
 828       // sometime...
 829       AlignFrame af = new AlignFrame(al, columnselection);
 830
 831       // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 832       // found!!<<<
 833       af.getFeatureRenderer().transferSettings(
 834           alignFrame.getFeatureRenderer());
 835       if (alorders.size() > 0)
 836       {
 837         if (alorders.size() == 1)
 838         {
 839           af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + " Ordering",
 840                                     (AlignmentOrder) alorders.get(0));
 841         }
 842         else
 843         {
 844           // construct a non-redundant ordering set
 845           Vector names = new Vector();
 846           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
 847           {
 848             String orderName = new String("Region " + i);
 849             int j = i + 1;
 850             int r = l;
 851             while (j < l)
 852             {
 853               if ( ( (AlignmentOrder) alorders.get(i)).equals( ( (
 854                   AlignmentOrder) alorders.get(j))))
 855               {
 856                 alorders.remove(j);
 857                 l--;
 858                 orderName += "," + j;
 859               }
 860               else
 861               {
 862                 j++;
 863               }
 864             }
 865
 866             if (i == 0 && j == 1)
 867             {
 868               names.add(new String(""));
 869             }
 870             else
 871             {
 872               names.add(orderName);
 873             }
 874           }
 875           for (int i = 0, l = alorders.size(); i < l; i++)
 876           {
 877             af.addSortByOrderMenuItem(WebServiceName + ( (String) names.get(i)) +
 878                                       " Ordering",
 879                                       (AlignmentOrder) alorders.get(i));
 880           }
 881         }
 882       }
 883
 884       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle,
 885                                AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,
 886                                AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);
 887
 888     }
 889     else
 890     {
 891       System.out.println("MERGE WITH OLD FRAME");
 892
 893     }
 894   }
 895 }