src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 import jalview.bin.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 import jalview.io.NewickFile;\r
  28 import vamsas.objects.simple.MsaResult;\r
  29 import vamsas.objects.simple.SeqSearchResult;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * <p>\r
  33  * Title:\r
  34  * </p>\r
  35  * \r
  36  * <p>\r
  37  * Description:\r
  38  * </p>\r
  39  * \r
  40  * <p>\r
  41  * Copyright: Copyright (c) 2004\r
  42  * </p>\r
  43  * \r
  44  * <p>\r
  45  * Company: Dundee University\r
  46  * </p>\r
  47  * \r
  48  * @author not attributable\r
  49  * @version 1.0\r
  50  */\r
  51 class SeqSearchWSThread extends WSThread implements WSClientI\r
  52 {\r
  53   String dbs = null;\r
  54 \r
  55   boolean profile = false;\r
  56 \r
  57   class SeqSearchWSJob extends WSThread.WSJob\r
  58   {\r
  59     // hold special input for this\r
  60     vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
  61 \r
  62     /**\r
  63      * MsaWSJob\r
  64      * \r
  65      * @param jobNum\r
  66      *                int\r
  67      * @param jobId\r
  68      *                String\r
  69      */\r
  70     public SeqSearchWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)\r
  71     {\r
  72       this.jobnum = jobNum;\r
  73       if (!prepareInput(inSeqs, 2))\r
  74       {\r
  75         submitted = true;\r
  76         subjobComplete = true;\r
  77         result = new MsaResult();\r
  78         result.setFinished(true);\r
  79         result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");\r
  80       }\r
  81 \r
  82     }\r
  83 \r
  84     Hashtable SeqNames = new Hashtable();\r
  85 \r
  86     Vector emptySeqs = new Vector();\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * prepare input sequences for service\r
  90      * \r
  91      * @param seqs\r
  92      *                jalview sequences to be prepared\r
  93      * @param minlen\r
  94      *                minimum number of residues required for this MsaWS service\r
  95      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.\r
  96      */\r
  97     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)\r
  98     {\r
  99       int nseqs = 0;\r
 100       if (minlen < 0)\r
 101       {\r
 102         throw new Error(\r
 103                 "Implementation error: minlen must be zero or more.");\r
 104       }\r
 105       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 106       {\r
 107         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 108         {\r
 109           nseqs++;\r
 110         }\r
 111       }\r
 112       boolean valid = nseqs >= 1; // need at least one sequence for valid input\r
 113                                   // TODO: generalise\r
 114       vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray = (valid) ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]\r
 115               : null;\r
 116       boolean submitGaps = (nseqs == 1) ? false : true; // profile is submitted\r
 117                                                         // with gaps\r
 118       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)\r
 119       {\r
 120 \r
 121         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same\r
 122         // for\r
 123         // any\r
 124         // subjob\r
 125         SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils\r
 126                 .SeqCharacterHash(seqs[i]));\r
 127         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 128         {\r
 129           seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 130           seqarray[n].setId(newname);\r
 131           seqarray[n++].setSeq((submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()\r
 132                   : AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,\r
 133                           seqs[i].getSequenceAsString()));\r
 134         }\r
 135         else\r
 136         {\r
 137           String empty = null;\r
 138           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())\r
 139           {\r
 140             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString() : AlignSeq\r
 141                     .extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]\r
 142                             .getSequenceAsString());\r
 143           }\r
 144           emptySeqs.add(new String[]\r
 145           { newname, empty });\r
 146         }\r
 147       }\r
 148       if (submitGaps)\r
 149       {\r
 150         // almost certainly have to remove gapped columns here\r
 151       }\r
 152       this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
 153       this.seqs.setSeqs(seqarray);\r
 154       return valid;\r
 155     }\r
 156 \r
 157     /**\r
 158      * \r
 159      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.\r
 160      */\r
 161     public boolean hasResults()\r
 162     {\r
 163       if (subjobComplete\r
 164               && result != null\r
 165               && result.isFinished()\r
 166               && ((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null\r
 167               && ((SeqSearchResult) result).getAlignment().getSeqs() != null)\r
 168       {\r
 169         return true;\r
 170       }\r
 171       return false;\r
 172     }\r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * return sequence search results for display\r
 176      * \r
 177      * @return null or { Alignment(+features and annotation), NewickFile)}\r
 178      */\r
 179     public Object[] getAlignment(Alignment dataset, Hashtable featureColours)\r
 180     {\r
 181 \r
 182       if (result != null && result.isFinished())\r
 183       {\r
 184         SequenceI[] alseqs = null;\r
 185         // char alseq_gapchar = '-';\r
 186         // int alseq_l = 0;\r
 187         if (((SeqSearchResult) result).getAlignment() != null)\r
 188         {\r
 189           alseqs = getVamsasAlignment(((SeqSearchResult) result)\r
 190                   .getAlignment());\r
 191           // alseq_gapchar = ( (SeqSearchResult)\r
 192           // result).getAlignment().getGapchar().charAt(0);\r
 193           // alseq_l = alseqs.length;\r
 194         }\r
 195         /**\r
 196          * what has to be done. 1 - annotate returned alignment with annotation\r
 197          * file and sequence features file, and associate any tree-nodes. 2.\r
 198          * connect alignment back to any associated dataset: 2.a. deuniquify\r
 199          * recovers sequence information - but additionally, relocations must be\r
 200          * made from the returned aligned sequence back to the dataset.\r
 201          */\r
 202         // construct annotated alignment as it would be done by the jalview\r
 203         // applet\r
 204         jalview.datamodel.Alignment al = new Alignment(alseqs);\r
 205         // al.setDataset(dataset);\r
 206         // make dataset\r
 207         String inFile = null;\r
 208         try\r
 209         {\r
 210           inFile = ((SeqSearchResult) result).getAnnotation();\r
 211           if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
 212           {\r
 213             new jalview.io.AnnotationFile().readAnnotationFile(al, inFile,\r
 214                     jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 215           }\r
 216         } catch (Exception e)\r
 217         {\r
 218           System.err\r
 219                   .println("Failed to parse the annotation file associated with the alignment.");\r
 220           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
 221           e.printStackTrace(System.err);\r
 222         }\r
 223 \r
 224         try\r
 225         {\r
 226           inFile = ((SeqSearchResult) result).getFeatures();\r
 227           if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
 228           {\r
 229             jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(\r
 230                     inFile, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 231             ff.parse(al, featureColours, false);\r
 232           }\r
 233         } catch (Exception e)\r
 234         {\r
 235           System.err\r
 236                   .println("Failed to parse the Features file associated with the alignment.");\r
 237           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
 238           e.printStackTrace(System.err);\r
 239         }\r
 240         jalview.io.NewickFile nf = null;\r
 241         try\r
 242         {\r
 243           inFile = ((SeqSearchResult) result).getNewickTree();\r
 244           if (inFile != null && inFile.length() > 0)\r
 245           {\r
 246             nf = new jalview.io.NewickFile(inFile,\r
 247                     jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 248             if (!nf.isValid())\r
 249             {\r
 250               nf.close();\r
 251               nf = null;\r
 252             }\r
 253           }\r
 254         } catch (Exception e)\r
 255         {\r
 256           System.err\r
 257                   .println("Failed to parse the treeFile associated with the alignment.");\r
 258           System.err.println(">>>EOF" + inFile + "\n<<<EOF\n");\r
 259           e.printStackTrace(System.err);\r
 260         }\r
 261 \r
 262         /*\r
 263          * TODO: housekeeping w.r.t. recovery of dataset and annotation\r
 264          * references for input sequences, and then dataset sequence creation\r
 265          * for new sequences retrieved from service // finally, attempt to\r
 266          * de-uniquify to recover input sequence identity, and try to map back\r
 267          * onto dataset Note: this\r
 268          * jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs, true); will\r
 269          * NOT WORK - the returned alignment may contain multiple versions of\r
 270          * the input sequence, each being a subsequence of the original.\r
 271          * deuniquify also removes existing annotation and features added in the\r
 272          * previous step... al.setDataset(dataset); // add in new sequences\r
 273          * retrieved from sequence search which are not already in dataset. //\r
 274          * trigger a 'fetchDBids' to annotate sequences with database ids...\r
 275          */\r
 276 \r
 277         return new Object[]\r
 278         { al, nf };\r
 279       }\r
 280       return null;\r
 281     }\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly\r
 285      */\r
 286     void cancel()\r
 287     {\r
 288       cancelled = true;\r
 289       subjobComplete = true;\r
 290       result = null;\r
 291     }\r
 292 \r
 293     /**\r
 294      * \r
 295      * @return boolean true if job can be submitted.\r
 296      */\r
 297     boolean hasValidInput()\r
 298     {\r
 299       if (seqs.getSeqs() != null)\r
 300       {\r
 301         return true;\r
 302       }\r
 303       return false;\r
 304     }\r
 305   }\r
 306 \r
 307   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.\r
 308 \r
 309   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be\r
 310 \r
 311   // associated.\r
 312 \r
 313   ext.vamsas.SeqSearchI server = null;\r
 314 \r
 315   private String dbArg;\r
 316 \r
 317   /**\r
 318    * set basic options for this (group) of Msa jobs\r
 319    * \r
 320    * @param subgaps\r
 321    *                boolean\r
 322    * @param presorder\r
 323    *                boolean\r
 324    */\r
 325   SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,\r
 326           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 327           AlignmentView alview, String wsname, String db)\r
 328   {\r
 329     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);\r
 330     this.server = server;\r
 331     this.dbArg = db;\r
 332   }\r
 333 \r
 334   /**\r
 335    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa\r
 336    * \r
 337    * @param title\r
 338    *                String\r
 339    * @param _msa\r
 340    *                AlignmentView\r
 341    * @param subgaps\r
 342    *                boolean\r
 343    * @param presorder\r
 344    *                boolean\r
 345    * @param seqset\r
 346    *                Alignment\r
 347    */\r
 348   SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,\r
 349           WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 350           String wsname, String title, AlignmentView _msa, String db,\r
 351           Alignment seqset)\r
 352   {\r
 353     this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, db);\r
 354     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 355     alTitle = title;\r
 356     dataset = seqset;\r
 357 \r
 358     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');\r
 359     if (conmsa != null)\r
 360     {\r
 361       int njobs = conmsa.length;\r
 362       jobs = new SeqSearchWSJob[njobs];\r
 363       for (int j = 0; j < njobs; j++)\r
 364       {\r
 365         if (j != 0)\r
 366         {\r
 367           jobs[j] = new SeqSearchWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);\r
 368         }\r
 369         else\r
 370         {\r
 371           jobs[j] = new SeqSearchWSJob(0, conmsa[j]);\r
 372         }\r
 373         if (njobs > 0)\r
 374         {\r
 375           wsinfo\r
 376                   .setProgressName("region " + jobs[j].jobnum,\r
 377                           jobs[j].jobnum);\r
 378         }\r
 379         wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);\r
 380       }\r
 381     }\r
 382   }\r
 383 \r
 384   public boolean isCancellable()\r
 385   {\r
 386     return true;\r
 387   }\r
 388 \r
 389   public void cancelJob()\r
 390   {\r
 391     if (!jobComplete && jobs != null)\r
 392     {\r
 393       boolean cancelled = true;\r
 394       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)\r
 395       {\r
 396         if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)\r
 397         {\r
 398           String cancelledMessage = "";\r
 399           try\r
 400           {\r
 401             vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server\r
 402                     .cancel(jobs[job].jobId);\r
 403             if (cancelledJob.getStatus() == 2)\r
 404             {\r
 405               // CANCELLED_JOB\r
 406               cancelledMessage = "Job cancelled.";\r
 407               ((SeqSearchWSJob) jobs[job]).cancel();\r
 408               wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 409                       WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 410             }\r
 411             else if (cancelledJob.getStatus() == 3)\r
 412             {\r
 413               // VALID UNSTOPPABLE JOB\r
 414               cancelledMessage += "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";\r
 415               cancelled = false;\r
 416               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 417               // WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 418             }\r
 419 \r
 420             if (cancelledJob.getJobId() != null)\r
 421             {\r
 422               cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");\r
 423             }\r
 424 \r
 425             cancelledMessage += "\n";\r
 426           } catch (Exception exc)\r
 427           {\r
 428             cancelledMessage += ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"\r
 429                     + exc + "\n");\r
 430             Cache.log.warn(\r
 431                     "Exception whilst cancelling " + jobs[job].jobId, exc);\r
 432           }\r
 433           wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader\r
 434                   + cancelledMessage + "\n");\r
 435         }\r
 436       }\r
 437       if (cancelled)\r
 438       {\r
 439         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 440         jobComplete = true;\r
 441       }\r
 442       this.interrupt(); // kick thread to update job states.\r
 443     }\r
 444     else\r
 445     {\r
 446       if (!jobComplete)\r
 447       {\r
 448         wsInfo\r
 449                 .setProgressText(OutputHeader\r
 450                         + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");\r
 451       }\r
 452     }\r
 453   }\r
 454 \r
 455   void pollJob(WSJob job) throws Exception\r
 456   {\r
 457     ((SeqSearchWSJob) job).result = server\r
 458             .getResult(((SeqSearchWSJob) job).jobId);\r
 459   }\r
 460 \r
 461   void StartJob(WSJob job)\r
 462   {\r
 463     if (!(job instanceof SeqSearchWSJob))\r
 464     {\r
 465       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance "\r
 466               + job.getClass());\r
 467     }\r
 468     SeqSearchWSJob j = (SeqSearchWSJob) job;\r
 469     if (j.submitted)\r
 470     {\r
 471       if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
 472       {\r
 473         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job "\r
 474                 + j.jobId);\r
 475       }\r
 476       return;\r
 477     }\r
 478     if (j.seqs.getSeqs() == null)\r
 479     {\r
 480       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...\r
 481       j.submitted = true;\r
 482       j.result = new MsaResult();\r
 483       j.result.setFinished(true);\r
 484       j.result.setStatus("Empty Alignment Job");\r
 485       ((MsaResult) j.result).setMsa(null);\r
 486     }\r
 487     try\r
 488     {\r
 489       vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.search(j.seqs\r
 490               .getSeqs()[0], dbArg);\r
 491 \r
 492       if ((jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))\r
 493       {\r
 494         j.jobId = jobsubmit.getJobId();\r
 495         j.submitted = true;\r
 496         j.subjobComplete = false;\r
 497         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");\r
 498       }\r
 499       else\r
 500       {\r
 501         if (jobsubmit == null)\r
 502         {\r
 503           throw new Exception(\r
 504                   "Server at "\r
 505                           + WsUrl\r
 506                           + " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");\r
 507         }\r
 508 \r
 509         throw new Exception(jobsubmit.getJobId());\r
 510       }\r
 511     } catch (Exception e)\r
 512     {\r
 513       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly\r
 514       // For unexpected errors\r
 515       System.err\r
 516               .println(WebServiceName\r
 517                       + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"\r
 518                       + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"\r
 519                       + e.toString() + "\n");\r
 520       j.allowedServerExceptions = 0;\r
 521       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 522       wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 523       wsInfo\r
 524               .appendProgressText(\r
 525                       j.jobnum,\r
 526                       "Failed to submit sequences for alignment.\n"\r
 527                               + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"\r
 528                               + "Just close the window\n");\r
 529 \r
 530       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG\r
 531     }\r
 532   }\r
 533 \r
 534   private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(\r
 535           vamsas.objects.simple.Alignment valign)\r
 536   {\r
 537     vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();\r
 538     jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.length];\r
 539 \r
 540     for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)\r
 541     {\r
 542       msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]\r
 543               .getSeq());\r
 544     }\r
 545 \r
 546     return msa;\r
 547   }\r
 548 \r
 549   void parseResult()\r
 550   {\r
 551     int results = 0; // number of result sets received\r
 552     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 553     try\r
 554     {\r
 555       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 556       {\r
 557         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 558         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete\r
 559                 && jobs[j].hasResults())\r
 560         {\r
 561           results++;\r
 562           vamsas.objects.simple.Alignment valign = ((SeqSearchResult) jobs[j].result)\r
 563                   .getAlignment();\r
 564           if (valign != null)\r
 565           {\r
 566             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,\r
 567                     "\nAlignment Object Method Notes\n");\r
 568             String[] lines = valign.getMethod();\r
 569             for (int line = 0; line < lines.length; line++)\r
 570             {\r
 571               wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");\r
 572             }\r
 573             // JBPNote The returned files from a webservice could be\r
 574             // hidden behind icons in the monitor window that,\r
 575             // when clicked, pop up their corresponding data\r
 576           }\r
 577         }\r
 578       }\r
 579     } catch (Exception ex)\r
 580     {\r
 581 \r
 582       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for "\r
 583               + alTitle, ex);\r
 584       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 585     }\r
 586     if (results > 0)\r
 587     {\r
 588       wsInfo.showResultsNewFrame\r
 589               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 590               {\r
 591                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 592                 {\r
 593                   displayResults(true);\r
 594                 }\r
 595               });\r
 596       wsInfo.mergeResults\r
 597               .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 598               {\r
 599                 public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 600                 {\r
 601                   displayResults(false);\r
 602                 }\r
 603               });\r
 604       wsInfo.setResultsReady();\r
 605     }\r
 606     else\r
 607     {\r
 608       wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 609     }\r
 610   }\r
 611 \r
 612   void displayResults(boolean newFrame)\r
 613   {\r
 614     if (!newFrame)\r
 615     {\r
 616       System.err.println("MERGE WITH OLD FRAME NOT IMPLEMENTED");\r
 617       return;\r
 618     }\r
 619     // each subjob is an independent alignment for the moment\r
 620     // Alignment al[] = new Alignment[jobs.length];\r
 621     // NewickFile nf[] = new NewickFile[jobs.length];\r
 622     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 623     {\r
 624       Hashtable featureColours = new Hashtable();\r
 625       Alignment al = null;\r
 626       NewickFile nf = null;\r
 627       if (jobs[j].hasResults())\r
 628       {\r
 629         Object[] res = ((SeqSearchWSJob) jobs[j]).getAlignment(dataset,\r
 630                 featureColours);\r
 631         if (res == null)\r
 632         {\r
 633           continue;\r
 634         }\r
 635         ;\r
 636         al = (Alignment) res[0];\r
 637         nf = (NewickFile) res[1];\r
 638       }\r
 639       else\r
 640       {\r
 641         al = null;\r
 642         nf = null;\r
 643         continue;\r
 644       }\r
 645       /*\r
 646        * We can't map new alignment back with insertions from input's hidden\r
 647        * regions until dataset mapping is sorted out... but basically it goes\r
 648        * like this: 1. Merge each domain hit back onto the visible segments in\r
 649        * the same way as a Jnet prediction is mapped back\r
 650        * \r
 651        * Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar()); //\r
 652        * trash references to original result data for (int j = 0; j <\r
 653        * jobs.length; j++) { results[j] = null; orders[j] = null; } SequenceI[]\r
 654        * alignment = (SequenceI[]) newview[0]; ColumnSelection columnselection =\r
 655        * (ColumnSelection) newview[1]; Alignment al = new Alignment(alignment);\r
 656        * \r
 657        * if (dataset != null) { al.setDataset(dataset); }\r
 658        * \r
 659        * propagateDatasetMappings(al); }\r
 660        */\r
 661 \r
 662       AlignFrame af = new AlignFrame(al,// columnselection,\r
 663               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 664       if (nf != null)\r
 665       {\r
 666         af.ShowNewickTree(nf, "Tree from " + this.alTitle);\r
 667       }\r
 668       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.\r
 669       af.getFeatureRenderer().transferSettings(this.featureSettings);\r
 670       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 671               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 672     }\r
 673   }\r
 674 \r
 675   public boolean canMergeResults()\r
 676   {\r
 677     return false;\r
 678   }\r
 679 }\r