src/jalview/ws/SeqSearchWSThread.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 import jalview.bin.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 import jalview.io.NewickFile;\r
  28 import vamsas.objects.simple.MsaResult;\r
  29 import vamsas.objects.simple.SeqSearchResult;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * <p>\r
  33  * Title:\r
  34  * </p>\r
  35  *\r
  36  * <p>\r
  37  * Description:\r
  38  * </p>\r
  39  *\r
  40  * <p>\r
  41  * Copyright: Copyright (c) 2004\r
  42  * </p>\r
  43  *\r
  44  * <p>\r
  45  * Company: Dundee University\r
  46  * </p>\r
  47  *\r
  48  * @author not attributable\r
  49  * @version 1.0\r
  50  */\r
  51 class SeqSearchWSThread\r
  52     extends WSThread implements WSClientI\r
  53 {\r
  54   String dbs=null;\r
  55   boolean profile=false;\r
  56 \r
  57   class SeqSearchWSJob\r
  58       extends WSThread.WSJob\r
  59   {\r
  60     // hold special input for this\r
  61     vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs = new vamsas.objects.simple.\r
  62         SequenceSet();\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * MsaWSJob\r
  66      *\r
  67      * @param jobNum\r
  68      *            int\r
  69      * @param jobId\r
  70      *            String\r
  71      */\r
  72     public SeqSearchWSJob(int jobNum, SequenceI[] inSeqs)\r
  73     {\r
  74       this.jobnum = jobNum;\r
  75       if (!prepareInput(inSeqs, 2))\r
  76       {\r
  77         submitted = true;\r
  78         subjobComplete = true;\r
  79         result = new MsaResult();\r
  80         result.setFinished(true);\r
  81         result.setStatus("Job never ran - input returned to user.");\r
  82       }\r
  83 \r
  84     }\r
  85 \r
  86     Hashtable SeqNames = new Hashtable();\r
  87     Vector emptySeqs = new Vector();\r
  88     /**\r
  89      * prepare input sequences for service\r
  90      * @param seqs jalview sequences to be prepared\r
  91      * @param minlen minimum number of residues required for this MsaWS service\r
  92      * @return true if seqs contains sequences to be submitted to service.\r
  93      */\r
  94     private boolean prepareInput(SequenceI[] seqs, int minlen)\r
  95     {\r
  96       int nseqs = 0;\r
  97       if (minlen < 0)\r
  98       {\r
  99         throw new Error("Implementation error: minlen must be zero or more.");\r
 100       }\r
 101       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
 102       {\r
 103         if (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 104         {\r
 105           nseqs++;\r
 106         }\r
 107       }\r
 108       boolean valid = nseqs >= 1; // need at least one sequence for valid input TODO: generalise\r
 109       vamsas.objects.simple.Sequence[] seqarray =\r
 110           (valid)\r
 111           ? new vamsas.objects.simple.Sequence[nseqs]\r
 112           : null;\r
 113       boolean submitGaps = (nseqs==1) ? false : true; // profile is submitted with gaps  \r
 114       for (int i = 0, n = 0; i < seqs.length; i++)\r
 115       {\r
 116 \r
 117         String newname = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name(i); // same\r
 118         // for\r
 119         // any\r
 120         // subjob\r
 121         SeqNames.put(newname, jalview.analysis.SeqsetUtils\r
 122                      .SeqCharacterHash(seqs[i]));\r
 123         if (valid && seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart() > minlen - 1)\r
 124         {\r
 125           seqarray[n] = new vamsas.objects.simple.Sequence();\r
 126           seqarray[n].setId(newname);\r
 127           seqarray[n++].setSeq( (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()\r
 128                                : AlignSeq.extractGaps(\r
 129                                    jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]\r
 130                                    .getSequenceAsString()));\r
 131         }\r
 132         else\r
 133         {\r
 134           String empty = null;\r
 135           if (seqs[i].getEnd() >= seqs[i].getStart())\r
 136           {\r
 137             empty = (submitGaps) ? seqs[i].getSequenceAsString()\r
 138                 : AlignSeq.extractGaps(\r
 139                     jalview.util.Comparison.GapChars, seqs[i]\r
 140                     .getSequenceAsString());\r
 141           }\r
 142           emptySeqs.add(new String[]\r
 143                         {newname, empty});\r
 144         }\r
 145       }\r
 146       if (submitGaps)\r
 147       {\r
 148         // almost certainly have to remove gapped columns here\r
 149       }\r
 150       this.seqs = new vamsas.objects.simple.SequenceSet();\r
 151       this.seqs.setSeqs(seqarray);\r
 152       return valid;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      *\r
 157      * @return true if getAlignment will return a valid alignment result.\r
 158      */\r
 159     public boolean hasResults()\r
 160     {\r
 161       if (subjobComplete && result != null && result.isFinished()\r
 162           && ( (SeqSearchResult) result).getAlignment() != null &&\r
 163           ( (SeqSearchResult) result).getAlignment().getSeqs() != null)\r
 164       {\r
 165         return true;\r
 166       }\r
 167       return false;\r
 168     }\r
 169 \r
 170     /**\r
 171      * return sequence search results for display\r
 172      * @return null or { Alignment(+features and annotation), NewickFile)}\r
 173      */\r
 174     public Object[] getAlignment(Alignment dataset, Hashtable featureColours)\r
 175     {\r
 176 \r
 177       if (result != null && result.isFinished())\r
 178       {\r
 179         SequenceI[] alseqs = null;\r
 180         //char alseq_gapchar = '-';\r
 181         //int alseq_l = 0;\r
 182         if ( ( (SeqSearchResult) result).getAlignment() != null)\r
 183         {\r
 184           alseqs = getVamsasAlignment( ( (SeqSearchResult) result).getAlignment());\r
 185           //alseq_gapchar = ( (SeqSearchResult) result).getAlignment().getGapchar().charAt(0);\r
 186           //alseq_l = alseqs.length;\r
 187         }\r
 188         /**\r
 189          * what has to be done. 1 - annotate returned alignment with annotation file and sequence features file, and associate any tree-nodes.\r
 190          * 2. connect alignment back to any associated dataset: 2.a. deuniquify recovers sequence information - but additionally, \r
 191          * relocations must be made from the returned aligned sequence back to the dataset.\r
 192          */\r
 193         // construct annotated alignment as it would be done by the jalview applet\r
 194         jalview.datamodel.Alignment al = new Alignment(alseqs);\r
 195         // al.setDataset(dataset);\r
 196         // make dataset\r
 197         String inFile=null;\r
 198         try {\r
 199           inFile = ((SeqSearchResult) result).getAnnotation();\r
 200           if (inFile!=null && inFile.length()>0)\r
 201           {\r
 202             new jalview.io.AnnotationFile().readAnnotationFile(al, inFile, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 203           }\r
 204           }\r
 205         catch (Exception e)\r
 206         {\r
 207           System.err.println("Failed to parse the annotation file associated with the alignment.");\r
 208           System.err.println(">>>EOF"+inFile+"\n<<<EOF\n");\r
 209           e.printStackTrace(System.err);\r
 210         }\r
 211         \r
 212         try {\r
 213           inFile = ((SeqSearchResult) result).getFeatures();\r
 214           if (inFile!=null && inFile.length()>0)\r
 215           {\r
 216             jalview.io.FeaturesFile ff = new jalview.io.FeaturesFile(inFile, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 217             ff.parse(al, featureColours, false);\r
 218           }\r
 219         }\r
 220         catch (Exception e)\r
 221         {\r
 222           System.err.println("Failed to parse the Features file associated with the alignment.");\r
 223           System.err.println(">>>EOF"+inFile+"\n<<<EOF\n");\r
 224           e.printStackTrace(System.err);\r
 225         }\r
 226         jalview.io.NewickFile nf=null;\r
 227         try {\r
 228           inFile = ((SeqSearchResult) result).getNewickTree();\r
 229           if (inFile!=null && inFile.length()>0)\r
 230           {\r
 231             nf = new jalview.io.NewickFile(inFile, jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE);\r
 232             if (!nf.isValid()) {\r
 233               nf.close();\r
 234               nf = null;\r
 235             }\r
 236           }\r
 237         }\r
 238         catch (Exception e)\r
 239         {\r
 240           System.err.println("Failed to parse the treeFile associated with the alignment.");\r
 241           System.err.println(">>>EOF"+inFile+"\n<<<EOF\n");\r
 242           e.printStackTrace(System.err);\r
 243         }\r
 244         \r
 245         /* TODO: housekeeping w.r.t. recovery of dataset and annotation references for input sequences, and then dataset sequence creation for new sequences retrieved from service\r
 246          * // finally, attempt to de-uniquify to recover input sequence identity, and try to map back onto dataset\r
 247         Note: this\r
 248         jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify(SeqNames, alseqs, true);\r
 249         will NOT WORK - the returned alignment may contain multiple versions of the input sequence, each being a subsequence of the original.\r
 250         deuniquify also removes existing annotation and features added in the previous step...\r
 251         al.setDataset(dataset);\r
 252         // add in new sequences retrieved from sequence search which are not already in dataset.\r
 253         // trigger a 'fetchDBids' to annotate sequences with database ids...\r
 254         */\r
 255 \r
 256         return new Object[]\r
 257             {\r
 258             al, nf};\r
 259       }\r
 260       return null;\r
 261     }\r
 262 \r
 263     /**\r
 264      * mark subjob as cancelled and set result object appropriatly\r
 265      */\r
 266     void cancel()\r
 267     {\r
 268       cancelled = true;\r
 269       subjobComplete = true;\r
 270       result = null;\r
 271     }\r
 272 \r
 273     /**\r
 274      *\r
 275      * @return boolean true if job can be submitted.\r
 276      */\r
 277     boolean hasValidInput()\r
 278     {\r
 279       if (seqs.getSeqs() != null)\r
 280       {\r
 281         return true;\r
 282       }\r
 283       return false;\r
 284     }\r
 285   }\r
 286 \r
 287   String alTitle; // name which will be used to form new alignment window.\r
 288   Alignment dataset; // dataset to which the new alignment will be\r
 289 \r
 290   // associated.\r
 291 \r
 292   ext.vamsas.SeqSearchI server = null;\r
 293 \r
 294   private String dbArg;\r
 295   /**\r
 296    * set basic options for this (group) of Msa jobs\r
 297    *\r
 298    * @param subgaps\r
 299    *            boolean\r
 300    * @param presorder\r
 301    *            boolean\r
 302    */\r
 303   SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,\r
 304               WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 305               AlignmentView alview,\r
 306               String wsname, String db)\r
 307   {\r
 308     super(alFrame, wsinfo, alview, wsname, wsUrl);\r
 309     this.server = server;\r
 310     this.dbArg = db;\r
 311   }\r
 312 \r
 313   /**\r
 314    * create one or more Msa jobs to align visible seuqences in _msa\r
 315    *\r
 316    * @param title\r
 317    *            String\r
 318    * @param _msa\r
 319    *            AlignmentView\r
 320    * @param subgaps\r
 321    *            boolean\r
 322    * @param presorder\r
 323    *            boolean\r
 324    * @param seqset\r
 325    *            Alignment\r
 326    */\r
 327   SeqSearchWSThread(ext.vamsas.SeqSearchI server, String wsUrl,\r
 328               WebserviceInfo wsinfo, jalview.gui.AlignFrame alFrame,\r
 329               String wsname, String title, AlignmentView _msa, String db, Alignment seqset)\r
 330   {\r
 331     this(server, wsUrl, wsinfo, alFrame, _msa, wsname, db);\r
 332     OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
 333     alTitle = title;\r
 334     dataset = seqset;\r
 335 \r
 336     SequenceI[][] conmsa = _msa.getVisibleContigs('-');\r
 337     if (conmsa != null)\r
 338     {\r
 339       int njobs = conmsa.length;\r
 340       jobs = new SeqSearchWSJob[njobs];\r
 341       for (int j = 0; j < njobs; j++)\r
 342       {\r
 343         if (j != 0)\r
 344         {\r
 345           jobs[j] = new SeqSearchWSJob(wsinfo.addJobPane(), conmsa[j]);\r
 346         }\r
 347         else\r
 348         {\r
 349           jobs[j] = new SeqSearchWSJob(0, conmsa[j]);\r
 350         }\r
 351         if (njobs > 0)\r
 352         {\r
 353           wsinfo.setProgressName("region " + jobs[j].jobnum, jobs[j].jobnum);\r
 354         }\r
 355         wsinfo.setProgressText(jobs[j].jobnum, OutputHeader);\r
 356       }\r
 357     }\r
 358   }\r
 359 \r
 360   public boolean isCancellable()\r
 361   {\r
 362     return true;\r
 363   }\r
 364 \r
 365   public void cancelJob()\r
 366   {\r
 367     if (!jobComplete && jobs != null)\r
 368     {\r
 369       boolean cancelled = true;\r
 370       for (int job = 0; job < jobs.length; job++)\r
 371       {\r
 372         if (jobs[job].submitted && !jobs[job].subjobComplete)\r
 373         {\r
 374           String cancelledMessage = "";\r
 375           try\r
 376           {\r
 377             vamsas.objects.simple.WsJobId cancelledJob = server\r
 378                 .cancel(jobs[job].jobId);\r
 379             if (cancelledJob.getStatus() == 2)\r
 380             {\r
 381               // CANCELLED_JOB\r
 382               cancelledMessage = "Job cancelled.";\r
 383               ( (SeqSearchWSJob) jobs[job]).cancel();\r
 384               wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 385                                WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 386             }\r
 387             else if (cancelledJob.getStatus() == 3)\r
 388             {\r
 389               // VALID UNSTOPPABLE JOB\r
 390               cancelledMessage +=\r
 391                   "Server cannot cancel this job. just close the window.\n";\r
 392               cancelled = false;\r
 393               // wsInfo.setStatus(jobs[job].jobnum,\r
 394               //                 WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 395             }\r
 396 \r
 397             if (cancelledJob.getJobId() != null)\r
 398             {\r
 399               cancelledMessage += ("[" + cancelledJob.getJobId() + "]");\r
 400             }\r
 401 \r
 402             cancelledMessage += "\n";\r
 403           }\r
 404           catch (Exception exc)\r
 405           {\r
 406             cancelledMessage +=\r
 407                 ("\nProblems cancelling the job : Exception received...\n"\r
 408                  + exc + "\n");\r
 409             Cache.log.warn("Exception whilst cancelling " + jobs[job].jobId,\r
 410                            exc);\r
 411           }\r
 412           wsInfo.setProgressText(jobs[job].jobnum, OutputHeader\r
 413                                  + cancelledMessage + "\n");\r
 414         }\r
 415       }\r
 416       if (cancelled)\r
 417       {\r
 418         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_CANCELLED_OK);\r
 419         jobComplete = true;\r
 420       }\r
 421       this.interrupt(); // kick thread to update job states.\r
 422     }\r
 423     else\r
 424     {\r
 425       if (!jobComplete)\r
 426       {\r
 427         wsInfo\r
 428             .setProgressText(OutputHeader\r
 429                              + "Server cannot cancel this job because it has not been submitted properly. just close the window.\n");\r
 430       }\r
 431     }\r
 432   }\r
 433 \r
 434   void pollJob(WSJob job)\r
 435       throws Exception\r
 436   {\r
 437     ( (SeqSearchWSJob) job).result = server.getResult( ( (SeqSearchWSJob) job).jobId);\r
 438   }\r
 439 \r
 440   void StartJob(WSJob job)\r
 441   {\r
 442     if (! (job instanceof SeqSearchWSJob))\r
 443     {\r
 444       throw new Error("StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance " +\r
 445                       job.getClass());\r
 446     }\r
 447     SeqSearchWSJob j = (SeqSearchWSJob) job;\r
 448     if (j.submitted)\r
 449     {\r
 450       if (Cache.log.isDebugEnabled())\r
 451       {\r
 452         Cache.log.debug("Tried to submit an already submitted job " + j.jobId);\r
 453       }\r
 454       return;\r
 455     }\r
 456     if (j.seqs.getSeqs() == null)\r
 457     {\r
 458       // special case - selection consisted entirely of empty sequences...\r
 459       j.submitted = true;\r
 460       j.result = new MsaResult();\r
 461       j.result.setFinished(true);\r
 462       j.result.setStatus("Empty Alignment Job");\r
 463       ( (MsaResult) j.result).setMsa(null);\r
 464     }\r
 465     try\r
 466     {\r
 467       vamsas.objects.simple.WsJobId jobsubmit = server.search(j.seqs.getSeqs()[0], dbArg);\r
 468 \r
 469       if ( (jobsubmit != null) && (jobsubmit.getStatus() == 1))\r
 470       {\r
 471         j.jobId = jobsubmit.getJobId();\r
 472         j.submitted = true;\r
 473         j.subjobComplete = false;\r
 474         // System.out.println(WsURL + " Job Id '" + jobId + "'");\r
 475       }\r
 476       else\r
 477       {\r
 478         if (jobsubmit == null)\r
 479         {\r
 480           throw new Exception(\r
 481               "Server at "\r
 482               + WsUrl\r
 483               +\r
 484               " returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later ?");\r
 485         }\r
 486 \r
 487         throw new Exception(jobsubmit.getJobId());\r
 488       }\r
 489     }\r
 490     catch (Exception e)\r
 491     {\r
 492       // TODO: JBPNote catch timeout or other fault types explicitly\r
 493       // For unexpected errors\r
 494       System.err\r
 495           .println(WebServiceName\r
 496                    + "Client: Failed to submit the sequences for alignment (probably a server side problem)\n"\r
 497                    + "When contacting Server:" + WsUrl + "\n"\r
 498                    + e.toString() + "\n");\r
 499       j.allowedServerExceptions = 0;\r
 500       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 501       wsInfo.setStatus(j.jobnum, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);\r
 502       wsInfo\r
 503           .appendProgressText(\r
 504               j.jobnum,\r
 505               "Failed to submit sequences for alignment.\n"\r
 506               + "It is most likely that there is a problem with the server.\n"\r
 507               + "Just close the window\n");\r
 508 \r
 509       // e.printStackTrace(); // TODO: JBPNote DEBUG\r
 510     }\r
 511   }\r
 512 \r
 513   private jalview.datamodel.Sequence[] getVamsasAlignment(\r
 514       vamsas.objects.simple.Alignment valign)\r
 515   {\r
 516     vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs = valign.getSeqs().getSeqs();\r
 517     jalview.datamodel.Sequence[] msa = new jalview.datamodel.Sequence[seqs.\r
 518         length];\r
 519 \r
 520     for (int i = 0, j = seqs.length; i < j; i++)\r
 521     {\r
 522       msa[i] = new jalview.datamodel.Sequence(seqs[i].getId(), seqs[i]\r
 523                                               .getSeq());\r
 524     }\r
 525 \r
 526     return msa;\r
 527   }\r
 528 \r
 529   void parseResult()\r
 530   {\r
 531     int results = 0; // number of result sets received\r
 532     JobStateSummary finalState = new JobStateSummary();\r
 533     try\r
 534     {\r
 535       for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 536       {\r
 537         finalState.updateJobPanelState(wsInfo, OutputHeader, jobs[j]);\r
 538         if (jobs[j].submitted && jobs[j].subjobComplete && jobs[j].hasResults())\r
 539         {\r
 540           results++;\r
 541           vamsas.objects.simple.Alignment valign = ( (SeqSearchResult) jobs[j].result).\r
 542               getAlignment();\r
 543           if (valign != null)\r
 544           {\r
 545             wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum,\r
 546                                       "\nAlignment Object Method Notes\n");\r
 547             String[] lines = valign.getMethod();\r
 548             for (int line = 0; line < lines.length; line++)\r
 549             {\r
 550               wsInfo.appendProgressText(jobs[j].jobnum, lines[line] + "\n");\r
 551             }\r
 552             // JBPNote The returned files from a webservice could be\r
 553             //  hidden behind icons in the monitor window that,\r
 554             // when clicked, pop up their corresponding data\r
 555           }\r
 556         }\r
 557       }\r
 558     }\r
 559     catch (Exception ex)\r
 560     {\r
 561 \r
 562       Cache.log.error("Unexpected exception when processing results for " +\r
 563                       alTitle, ex);\r
 564       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 565     }\r
 566     if (results > 0)\r
 567     {\r
 568       wsInfo.showResultsNewFrame\r
 569           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 570       {\r
 571         public void actionPerformed(\r
 572             java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 573         {\r
 574           displayResults(true);\r
 575         }\r
 576       });\r
 577       wsInfo.mergeResults\r
 578           .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 579       {\r
 580         public void actionPerformed(\r
 581             java.awt.event.ActionEvent evt)\r
 582         {\r
 583           displayResults(false);\r
 584         }\r
 585       });\r
 586       wsInfo.setResultsReady();\r
 587     }\r
 588     else\r
 589     {\r
 590       wsInfo.setFinishedNoResults();\r
 591     }\r
 592   }\r
 593 \r
 594   void displayResults(boolean newFrame)\r
 595   {\r
 596     if (!newFrame)\r
 597     {\r
 598       System.err.println("MERGE WITH OLD FRAME NOT IMPLEMENTED");\r
 599       return;\r
 600     }\r
 601     // each subjob is an independent alignment for the moment\r
 602     //Alignment al[] = new Alignment[jobs.length];\r
 603     //NewickFile nf[] = new NewickFile[jobs.length];\r
 604     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 605     {\r
 606       Hashtable featureColours = new Hashtable();\r
 607       Alignment al=null;\r
 608       NewickFile nf = null;\r
 609       if (jobs[j].hasResults())\r
 610       {\r
 611         Object[] res = ( (SeqSearchWSJob) jobs[j]).getAlignment(dataset, featureColours);\r
 612         if (res==null) { continue; };\r
 613         al = (Alignment) res[0];\r
 614         nf = (NewickFile) res[1];\r
 615       }\r
 616       else\r
 617       {\r
 618         al = null;\r
 619         nf = null;\r
 620         continue;\r
 621       }\r
 622     /*\r
 623      * We can't map new alignment back with insertions from input's hidden regions until dataset mapping is sorted out...\r
 624      * but basically it goes like this:\r
 625      1. Merge each domain hit back onto the visible segments in the same way as a Jnet prediction is mapped back\r
 626      \r
 627      Object[] newview = input.getUpdatedView(results, orders, getGapChar());\r
 628     // trash references to original result data\r
 629     for (int j = 0; j < jobs.length; j++)\r
 630     {\r
 631       results[j] = null;\r
 632       orders[j] = null;\r
 633     }\r
 634     SequenceI[] alignment = (SequenceI[]) newview[0];\r
 635     ColumnSelection columnselection = (ColumnSelection) newview[1];\r
 636     Alignment al = new Alignment(alignment);\r
 637 \r
 638     if (dataset != null)\r
 639     {\r
 640       al.setDataset(dataset);\r
 641     }\r
 642 \r
 643     propagateDatasetMappings(al);\r
 644     }\r
 645     */\r
 646       \r
 647       AlignFrame af = new AlignFrame(al,//  columnselection,\r
 648               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 649               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 650       if (nf!=null)\r
 651       {\r
 652         af.ShowNewickTree(nf, "Tree from "+this.alTitle);\r
 653       }\r
 654       // initialise with same renderer settings as in parent alignframe.\r
 655       af.getFeatureRenderer().transferSettings(\r
 656               this.featureSettings);\r
 657       Desktop.addInternalFrame(af, alTitle,\r
 658               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 659               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 660     }\r
 661   }\r
 662 \r
 663   public boolean canMergeResults()\r
 664   {\r
 665     return false;\r
 666   }\r
 667 }\r