src/jalview/ws/datamodel/MappableContactMatrixI.java

   1 package jalview.ws.datamodel;
   2
   3 import jalview.datamodel.ContactListI;
   4 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
   5 import jalview.datamodel.Mapping;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 public interface MappableContactMatrixI extends ContactMatrixI
   9 {
  10
  11   boolean hasReferenceSeq();
  12
  13   SequenceI getReferenceSeq();
  14   /**
  15    * remaps the matrix to a new reference sequence
  16    * @param dsq
  17    * @param sqmpping - mapping from current reference to new reference - 1:1 only
  18    * @return new ContactMatrixI instance with updated mapping
  19    */
  20   MappableContactMatrixI liftOver(SequenceI dsq, Mapping sqmpping);
  21
  22   /**
  23    * like ContactMatrixI.getContactList(int column) but
  24    * @param localFrame - sequence or other object that this contact matrix is associated with
  25    * @param column - position in localFrame
  26    * @return ContactListI that returns contacts w.r.t. localFrame
  27    */
  28
  29   ContactListI getMappableContactList(SequenceI localFrame, int column);
  30
  31 }