src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import java.io.BufferedReader;
  21 import java.io.File;
  22 import java.io.FileReader;
  23 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
  24
  25 public abstract class EbiFileRetrievedProxy extends DbSourceProxyImpl
  26 {
  27
  28   /**
  29    * temp path to retrieved file
  30    */
  31   protected String file = null;
  32
  33   public StringBuffer getRawRecords()
  34   {
  35     if (file == null)
  36       return null;
  37     StringBuffer bf = null;
  38     try
  39     {
  40       File f = new File(file);
  41       if (f.exists())
  42       {
  43         bf = new StringBuffer();
  44         BufferedReader breader = new BufferedReader(new FileReader(f));
  45         String line = null;
  46         while (breader.ready() && (line = breader.readLine()) != null)
  47         {
  48           bf.append(line);
  49         }
  50         breader.close();
  51       }
  52     } catch (Exception e)
  53     {
  54       System.err.println("Warning: problems reading temp file " + file);
  55       return null;
  56     }
  57     return bf;
  58   }
  59
  60 }