src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
  24
  25 import java.io.BufferedReader;
  26 import java.io.File;
  27 import java.io.FileReader;
  28
  29 public abstract class EbiFileRetrievedProxy extends DbSourceProxyImpl
  30 {
  31
  32   /**
  33    * temp path to retrieved file
  34    */
  35   protected String file = null;
  36
  37   public StringBuffer getRawRecords()
  38   {
  39     if (file == null)
  40     {
  41       return null;
  42     }
  43     StringBuffer bf = null;
  44     try
  45     {
  46       File f = new File(file);
  47       if (f.exists())
  48       {
  49         bf = new StringBuffer();
  50         BufferedReader breader = new BufferedReader(new FileReader(f));
  51         String line = null;
  52         while (breader.ready() && (line = breader.readLine()) != null)
  53         {
  54           bf.append(line);
  55         }
  56         breader.close();
  57       }
  58     } catch (Exception e)
  59     {
  60       jalview.bin.Console
  61               .errPrintln("Warning: problems reading temp file " + file);
  62       return null;
  63     }
  64     return bf;
  65   }
  66
  67 }