src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources;\r
  20 \r
  21 import java.io.BufferedReader;\r
  22 import java.io.File;\r
  23 import java.io.FileReader;\r
  24 \r
  25 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  28 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  29 \r
  30 public abstract class EbiFileRetrievedProxy extends DbSourceProxyImpl\r
  31 {\r
  32 \r
  33   /**\r
  34    * temp path to retrieved file\r
  35    */\r
  36   protected String file = null;\r
  37 \r
  38   public StringBuffer getRawRecords()\r
  39   {\r
  40     if (file==null)\r
  41       return null;\r
  42     StringBuffer bf=null;\r
  43     try {\r
  44       File f = new File(file);\r
  45       if (f.exists())\r
  46       {\r
  47         bf = new StringBuffer();\r
  48         BufferedReader breader = new BufferedReader(new FileReader(f));\r
  49         String line=null;\r
  50         while (breader.ready() && (line = breader.readLine())!=null)\r
  51         {\r
  52           bf.append(line);\r
  53         }\r
  54         breader.close();\r
  55       }\r
  56     } catch (Exception e)\r
  57     {\r
  58       System.err.println("Warning: problems reading temp file "+file);\r
  59       return null;\r
  60     }\r
  61     return bf;\r
  62   }\r
  63 \r
  64 }\r