src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import java.io.BufferedReader;
  21 import java.io.File;
  22 import java.io.FileReader;
  23
  24 import com.stevesoft.pat.Regex;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
  28
  29 public abstract class EbiFileRetrievedProxy extends DbSourceProxyImpl
  30 {
  31
  32   /**
  33    * temp path to retrieved file
  34    */
  35   protected String file = null;
  36
  37   public StringBuffer getRawRecords()
  38   {
  39     if (file == null)
  40       return null;
  41     StringBuffer bf = null;
  42     try
  43     {
  44       File f = new File(file);
  45       if (f.exists())
  46       {
  47         bf = new StringBuffer();
  48         BufferedReader breader = new BufferedReader(new FileReader(f));
  49         String line = null;
  50         while (breader.ready() && (line = breader.readLine()) != null)
  51         {
  52           bf.append(line);
  53         }
  54         breader.close();
  55       }
  56     } catch (Exception e)
  57     {
  58       System.err.println("Warning: problems reading temp file " + file);
  59       return null;
  60     }
  61     return bf;
  62   }
  63
  64 }