src/jalview/ws/dbsources/EbiFileRetrievedProxy.java

   1 package jalview.ws.dbsources;\r
   2 \r
   3 import java.io.BufferedReader;\r
   4 import java.io.File;\r
   5 import java.io.FileReader;\r
   6 \r
   7 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
   8 \r
   9 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  10 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  11 \r
  12 public abstract class EbiFileRetrievedProxy extends DbSourceProxyImpl\r
  13 {\r
  14 \r
  15   /**\r
  16    * temp path to retrieved file\r
  17    */\r
  18   protected String file = null;\r
  19 \r
  20   public StringBuffer getRawRecords()\r
  21   {\r
  22     if (file==null)\r
  23       return null;\r
  24     StringBuffer bf=null;\r
  25     try {\r
  26       File f = new File(file);\r
  27       if (f.exists())\r
  28       {\r
  29         bf = new StringBuffer();\r
  30         BufferedReader breader = new BufferedReader(new FileReader(f));\r
  31         String line=null;\r
  32         while (breader.ready() && (line = breader.readLine())!=null)\r
  33         {\r
  34           bf.append(line);\r
  35         }\r
  36         breader.close();\r
  37       }\r
  38     } catch (Exception e)\r
  39     {\r
  40       System.err.println("Warning: problens reading temp file "+file);\r
  41       return null;\r
  42     }\r
  43     return bf;\r
  44   }\r
  45 \r
  46 }\r