src/jalview/ws/dbsources/EmblCdsSouce.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 import com.stevesoft.pat.Regex;
  28
  29 public class EmblCdsSouce extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  30 {
  31
  32   public EmblCdsSouce()
  33   {
  34     super();
  35     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  36   }
  37
  38   public String getAccessionSeparator()
  39   {
  40     return null;
  41   }
  42
  43   public Regex getAccessionValidator()
  44   {
  45     return new Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  46   }
  47
  48   public String getDbSource()
  49   {
  50     return DBRefSource.EMBLCDS;
  51   }
  52
  53   public String getDbVersion()
  54   {
  55     return "0"; // TODO : this is dynamically set for a returned record - not
  56     // tied to proxy
  57   }
  58
  59   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  60   {
  61     if (queries.indexOf(".") > -1)
  62     {
  63       queries = queries.substring(0, queries.indexOf("."));
  64     }
  65     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBLCDS, queries);
  66   }
  67
  68   public boolean isValidReference(String accession)
  69   {
  70     // most embl CDS refs look like ..
  71     // TODO: improve EMBLCDS regex
  72     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
  73             : getAccessionValidator().search(accession);
  74   }
  75
  76   /**
  77    * cDNA for LDHA_CHICK swissprot sequence
  78    */
  79   public String getTestQuery()
  80   {
  81     return "CAA37824";
  82   }
  83
  84   public String getDbName()
  85   {
  86     return "EMBL (CDS)";
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public int getTier()
  91   {
  92     return 0;
  93   }
  94
  95 }